├── deps └── polyscope │ ├── deps │ ├── glm │ │ ├── glm │ │ │ ├── gtc │ │ │ │ ├── quaternion_simd.inl │ │ │ │ ├── type_precision.inl │ │ │ │ ├── matrix_transform.inl │ │ │ │ ├── vec1.hpp │ │ │ │ ├── matrix_transform.hpp │ │ │ │ └── matrix_access.inl │ │ │ ├── detail │ │ │ │ ├── func_trigonometric_simd.inl │ │ │ │ ├── type_mat4x4_simd.inl │ │ │ │ ├── func_packing_simd.inl │ │ │ │ ├── func_vector_relational_simd.inl │ │ │ │ ├── type_half.hpp │ │ │ │ ├── _fixes.hpp │ │ │ │ ├── compute_vector_relational.hpp │ │ │ │ ├── func_exponential_simd.inl │ │ │ │ └── compute_common.hpp │ │ │ ├── gtx │ │ │ │ ├── raw_data.inl │ │ │ │ ├── type_aligned.inl │ │ │ │ ├── std_based_type.inl │ │ │ │ ├── number_precision.inl │ │ │ │ ├── matrix_factorisation.inl │ │ │ │ ├── perpendicular.inl │ │ │ │ ├── projection.inl │ │ │ │ ├── mixed_product.inl │ │ │ │ ├── normal.inl │ │ │ │ ├── float_notmalize.inl │ │ │ │ ├── texture.inl │ │ │ │ ├── log_base.inl │ │ │ │ ├── optimum_pow.inl │ │ │ │ ├── normalize_dot.inl │ │ │ │ ├── handed_coordinate_space.inl │ │ │ │ ├── transform.inl │ │ │ │ ├── orthonormalize.inl │ │ │ │ ├── exterior_product.inl │ │ │ │ ├── matrix_cross_product.inl │ │ │ │ ├── polar_coordinates.inl │ │ │ │ ├── functions.inl │ │ │ │ ├── scalar_relational.hpp │ │ │ │ ├── gradient_paint.inl │ │ │ │ ├── extend.inl │ │ │ │ ├── normal.hpp │ │ │ │ ├── mixed_product.hpp │ │ │ │ ├── extend.hpp │ │ │ │ ├── projection.hpp │ │ │ │ ├── perpendicular.hpp │ │ │ │ ├── closest_point.inl │ │ │ │ ├── log_base.hpp │ │ │ │ └── raw_data.hpp │ │ │ ├── simd │ │ │ │ ├── packing.h │ │ │ │ ├── vector_relational.h │ │ │ │ ├── trigonometric.h │ │ │ │ └── exponential.h │ │ │ ├── mat3x3.hpp │ │ │ ├── mat3x4.hpp │ │ │ ├── mat4x3.hpp │ │ │ ├── mat2x2.hpp │ │ │ ├── mat2x3.hpp │ │ │ ├── mat2x4.hpp │ │ │ ├── mat3x2.hpp │ │ │ ├── mat4x2.hpp │ │ │ ├── mat4x4.hpp │ │ │ ├── ext │ │ │ │ ├── quaternion_common_simd.inl │ │ │ │ ├── vector_bool2.hpp │ │ │ │ ├── vector_bool3.hpp │ │ │ │ ├── vector_bool4.hpp │ │ │ │ ├── vector_int2.hpp │ │ │ │ ├── vector_int3.hpp │ │ │ │ ├── vector_int4.hpp │ │ │ │ ├── vector_uint2.hpp │ │ │ │ ├── vector_uint3.hpp │ │ │ │ ├── vector_uint4.hpp │ │ │ │ ├── vector_float2.hpp │ │ │ │ ├── vector_float3.hpp │ │ │ │ ├── vector_float4.hpp │ │ │ │ ├── vector_double2.hpp │ │ │ │ ├── vector_double3.hpp │ │ │ │ ├── vector_double4.hpp │ │ │ │ ├── matrix_float3x2.hpp │ │ │ │ ├── matrix_float2x3.hpp │ │ │ │ ├── matrix_float2x4.hpp │ │ │ │ ├── matrix_float3x4.hpp │ │ │ │ ├── matrix_float4x2.hpp │ │ │ │ ├── matrix_float4x3.hpp │ │ │ │ ├── matrix_double2x3.hpp │ │ │ │ ├── matrix_double2x4.hpp │ │ │ │ ├── matrix_double3x2.hpp │ │ │ │ ├── matrix_double3x4.hpp │ │ │ │ ├── matrix_double4x2.hpp │ │ │ │ ├── matrix_double4x3.hpp │ │ │ │ ├── scalar_constants.inl │ │ │ │ ├── matrix_common.inl │ │ │ │ ├── quaternion_transform.inl │ │ │ │ ├── vector_bool1.hpp │ │ │ │ ├── matrix_float2x2.hpp │ │ │ │ ├── matrix_float4x4.hpp │ │ │ │ ├── matrix_float3x3.hpp │ │ │ │ ├── matrix_double2x2.hpp │ │ │ │ ├── matrix_double3x3.hpp │ │ │ │ ├── matrix_double4x4.hpp │ │ │ │ ├── vector_int1.hpp │ │ │ │ ├── vector_uint1.hpp │ │ │ │ ├── quaternion_trigonometric.inl │ │ │ │ ├── vector_float1.hpp │ │ │ │ ├── vector_double1.hpp │ │ │ │ ├── vector_bool1_precision.hpp │ │ │ │ ├── scalar_constants.hpp │ │ │ │ ├── vector_int1_precision.hpp │ │ │ │ ├── matrix_common.hpp │ │ │ │ ├── quaternion_float.hpp │ │ │ │ ├── quaternion_double.hpp │ │ │ │ ├── quaternion_relational.inl │ │ │ │ ├── vector_uint1_precision.hpp │ │ │ │ ├── vector_float1_precision.hpp │ │ │ │ ├── quaternion_float_precision.hpp │ │ │ │ ├── vector_double1_precision.hpp │ │ │ │ ├── quaternion_geometric.inl │ │ │ │ ├── scalar_relational.inl │ │ │ │ ├── vector_bool2_precision.hpp │ │ │ │ └── vector_bool3_precision.hpp │ │ │ ├── vec2.hpp │ │ │ ├── vec3.hpp │ │ │ └── vec4.hpp │ │ └── util │ │ │ └── autoexp.txt │ ├── glfw │ │ ├── examples │ │ │ ├── glfw.rc │ │ │ ├── glfw.icns │ │ │ └── glfw.ico │ │ ├── src │ │ │ ├── glfw3Config.cmake.in │ │ │ ├── glfw3.pc.in │ │ │ ├── xkb_unicode.h │ │ │ └── null_joystick.h │ │ ├── docs │ │ │ ├── footer.html │ │ │ └── CMakeLists.txt │ │ ├── CMake │ │ │ ├── modules │ │ │ │ ├── FindOSMesa.cmake │ │ │ │ ├── FindEpollShim.cmake │ │ │ │ ├── FindWaylandProtocols.cmake │ │ │ │ └── FindXKBCommon.cmake │ │ │ ├── i686-w64-mingw32.cmake │ │ │ ├── i686-w64-mingw32-clang.cmake │ │ │ ├── x86_64-w64-mingw32.cmake │ │ │ ├── x86_64-w64-mingw32-clang.cmake │ │ │ ├── GenerateMappings.cmake │ │ │ └── MacOSXBundleInfo.plist.in │ │ ├── LICENSE.md │ │ └── cmake_uninstall.cmake.in │ ├── glad │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── LICENSE │ │ └── src │ │ │ └── CMakeLists.txt │ ├── happly │ │ ├── happly_logo.jpg │ │ ├── test │ │ │ ├── sampledata │ │ │ │ └── platonic_shelf.ply │ │ │ └── CMakeLists.txt.in │ │ ├── .travis.yml │ │ ├── .gitignore │ │ ├── .clang-format │ │ └── LICENSE │ ├── imgui │ │ └── imgui │ │ │ ├── misc │ │ │ ├── fonts │ │ │ │ ├── DroidSans.ttf │ │ │ │ ├── ProggyClean.ttf │ │ │ │ ├── ProggyTiny.ttf │ │ │ │ ├── Karla-Regular.ttf │ │ │ │ ├── Roboto-Medium.ttf │ │ │ │ └── Cousine-Regular.ttf │ │ │ ├── natvis │ │ │ │ ├── README.txt │ │ │ │ └── imgui.natvis │ │ │ ├── cpp │ │ │ │ ├── README.txt │ │ │ │ └── imgui_stdlib.h │ │ │ ├── single_file │ │ │ │ └── imgui_single_file.h │ │ │ └── README.txt │ │ │ ├── examples │ │ │ ├── example_glfw_vulkan │ │ │ │ ├── gen_spv.sh │ │ │ │ ├── glsl_shader.frag │ │ │ │ ├── glsl_shader.vert │ │ │ │ ├── build_win64.bat │ │ │ │ └── build_win32.bat │ │ │ ├── example_apple_metal │ │ │ │ ├── iOS │ │ │ │ │ └── Default-568h@2x.png │ │ │ │ ├── Shared │ │ │ │ │ ├── Renderer.h │ │ │ │ │ ├── AppDelegate.m │ │ │ │ │ ├── ViewController.h │ │ │ │ │ ├── AppDelegate.h │ │ │ │ │ └── main.m │ │ │ │ ├── README.md │ │ │ │ └── macOS │ │ │ │ │ └── Info-macOS.plist │ │ │ ├── example_null │ │ │ │ ├── build_win32.bat │ │ │ │ └── main.cpp │ │ │ ├── libs │ │ │ │ ├── usynergy │ │ │ │ │ └── README.txt │ │ │ │ └── glfw │ │ │ │ │ └── COPYING.txt │ │ │ ├── example_win32_directx9 │ │ │ │ └── build_win32.bat │ │ │ ├── example_glfw_opengl2 │ │ │ │ └── build_win32.bat │ │ │ ├── example_win32_directx12 │ │ │ │ └── build_win32.bat │ │ │ ├── example_glfw_opengl3 │ │ │ │ └── build_win32.bat │ │ │ ├── example_win32_directx10 │ │ │ │ └── build_win32.bat │ │ │ ├── example_win32_directx11 │ │ │ │ └── build_win32.bat │ │ │ ├── example_sdl_opengl2 │ │ │ │ ├── build_win32.bat │ │ │ │ └── README.md │ │ │ ├── example_sdl_opengl3 │ │ │ │ └── build_win32.bat │ │ │ ├── example_allegro5 │ │ │ │ └── imconfig_allegro5.h │ │ │ ├── example_sdl_directx11 │ │ │ │ └── build_win32.bat │ │ │ ├── example_emscripten │ │ │ │ └── README.md │ │ │ ├── example_marmalade │ │ │ │ ├── data │ │ │ │ │ └── app.icf │ │ │ │ └── marmalade_example.mkb │ │ │ ├── imgui_impl_osx.h │ │ │ ├── example_glfw_metal │ │ │ │ └── Makefile │ │ │ ├── imgui_impl_dx9.h │ │ │ ├── imgui_impl_dx10.h │ │ │ ├── example_sdl_metal │ │ │ │ └── Makefile │ │ │ └── imgui_impl_dx11.h │ │ │ ├── .github │ │ │ └── pull_request_template.md │ │ │ ├── .gitattributes │ │ │ ├── .editorconfig │ │ │ ├── .gitignore │ │ │ └── LICENSE.txt │ ├── stb │ │ ├── stb_impl.cpp │ │ └── CMakeLists.txt │ ├── CMakeLists.txt │ ├── args │ │ └── LICENSE │ └── json │ │ └── LICENSE.MIT │ ├── misc │ ├── material_images │ │ ├── .gitignore │ │ ├── concrete_seamless.jpg │ │ └── render_material.blend │ ├── file2c │ │ ├── file2cpp │ │ └── file2cpp.c │ └── generate_colormap_constant.py │ ├── include │ └── polyscope │ │ ├── render │ │ ├── opengl │ │ │ ├── gl_shaders.h │ │ │ └── shaders │ │ │ │ ├── histogram_shaders.h │ │ │ │ ├── common.h │ │ │ │ ├── ribbon_shaders.h │ │ │ │ ├── ground_plane_shaders.h │ │ │ │ ├── gizmo_shaders.h │ │ │ │ ├── vector_shaders.h │ │ │ │ ├── sphere_shaders.h │ │ │ │ ├── lighting_shaders.h │ │ │ │ ├── cylinder_shaders.h │ │ │ │ ├── surface_mesh_shaders.h │ │ │ │ └── texture_draw_shaders.h │ │ ├── engine.ipp │ │ ├── shader_builder.h │ │ └── colormap_defs.h │ │ ├── colors.h │ │ ├── file_helpers.h │ │ ├── surface_parameterization_enums.h │ │ ├── color_management.h │ │ ├── screenshot.h │ │ ├── widget.h │ │ ├── point_cloud_quantity.h │ │ ├── curve_network_quantity.h │ │ ├── types.h │ │ ├── surface_mesh_io.h │ │ ├── volume_mesh_quantity.h │ │ ├── surface_mesh_quantity.h │ │ ├── point_cloud_color_quantity.h │ │ ├── camera_parameters.h │ │ ├── messages.h │ │ ├── trace_vector_field.h │ │ ├── point_cloud_scalar_quantity.h │ │ ├── surface_input_curve_quantity.h │ │ ├── disjoint_sets.h │ │ ├── surface_graph_quantity.h │ │ └── surface_subset_quantity.h │ ├── test │ ├── include │ │ └── polyscope_test.h │ ├── CMakeLists.txt.in │ └── src │ │ └── main_test.cpp │ ├── examples │ └── demo-app │ │ └── simple_dot_mesh_parser.h │ ├── .gitmodules │ ├── src │ ├── widget.cpp │ ├── state.cpp │ ├── persistent_value.cpp │ └── file_helpers.cpp │ ├── CMakeLists.txt │ ├── .gitignore │ ├── .clang-format │ ├── LICENSE │ └── .github │ └── workflows │ └── macos.yml ├── interface.png ├── 15462_Final_FA2021.pdf ├── data └── test.mol └── LICENSE /deps/polyscope/deps/glm/glm/gtc/quaternion_simd.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glm/glm/detail/func_trigonometric_simd.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glm/glm/gtx/raw_data.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | /// @ref gtx_raw_data 2 | 3 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/misc/material_images/.gitignore: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | imagesrgb2material 2 | bin2vector 3 | -------------------------------------------------------------------------------- /interface.png: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/CMU-Graphics/molecular-dynamics/HEAD/interface.png -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glfw/examples/glfw.rc: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | GLFW_ICON ICON "glfw.ico" 3 | 4 | -------------------------------------------------------------------------------- /15462_Final_FA2021.pdf: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/CMU-Graphics/molecular-dynamics/HEAD/15462_Final_FA2021.pdf -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glad/CMakeLists.txt: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | cmake_minimum_required(VERSION 3.1) 2 | 3 | add_subdirectory(src) 4 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glfw/src/glfw3Config.cmake.in: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | include("${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}/glfw3Targets.cmake") 2 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glm/glm/gtc/type_precision.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | /// @ref gtc_precision 2 | 3 | namespace glm 4 | { 5 | 6 | } 7 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glm/glm/gtx/type_aligned.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | /// @ref gtc_type_aligned 2 | 3 | namespace glm 4 | { 5 | 6 | } 7 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glm/glm/gtx/std_based_type.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | /// @ref gtx_std_based_type 2 | 3 | namespace glm 4 | { 5 | 6 | } 7 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glm/glm/detail/type_mat4x4_simd.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | /// @ref core 2 | 3 | namespace glm 4 | { 5 | 6 | }//namespace glm 7 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glm/glm/gtx/number_precision.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | /// @ref gtx_number_precision 2 | 3 | namespace glm 4 | { 5 | 6 | } 7 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/misc/file2c/file2cpp: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/CMU-Graphics/molecular-dynamics/HEAD/deps/polyscope/misc/file2c/file2cpp -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/include/polyscope/render/opengl/gl_shaders.h: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | #pragma once 2 | 3 | #include "polyscope/render/engine.h" 4 | 5 | // crickets 6 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glfw/examples/glfw.icns: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/CMU-Graphics/molecular-dynamics/HEAD/deps/polyscope/deps/glfw/examples/glfw.icns -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glfw/examples/glfw.ico: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/CMU-Graphics/molecular-dynamics/HEAD/deps/polyscope/deps/glfw/examples/glfw.ico -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glm/glm/detail/func_packing_simd.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | namespace glm{ 2 | namespace detail 3 | { 4 | 5 | }//namespace detail 6 | }//namespace glm 7 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glm/glm/gtc/matrix_transform.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | #include "../geometric.hpp" 2 | #include "../trigonometric.hpp" 3 | #include "../matrix.hpp" 4 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/happly/happly_logo.jpg: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/CMU-Graphics/molecular-dynamics/HEAD/deps/polyscope/deps/happly/happly_logo.jpg -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glm/glm/detail/func_vector_relational_simd.inl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | namespace glm{ 2 | namespace detail 3 | { 4 | 5 | }//namespace detail 6 | }//namespace glm 7 | -------------------------------------------------------------------------------- /deps/polyscope/deps/glfw/docs/footer.html: -------------------------------------------------------------------------------- 1 |
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