├── .github ├── ISSUE_TEMPLATE │ ├── bug_report.md │ └── use-case.md └── workflows │ ├── deploy.yml │ └── test.yml ├── .gitignore ├── CODE_OF_CONDUCT.md ├── CONTRIBUTING.md ├── LICENSE ├── Makefile ├── README.md ├── RELEASE_PROCEDURE.md ├── docs ├── Gemfile ├── Gemfile.lock.2024-05-28 ├── README.md ├── _compatibility │ ├── 0.2-DRAFT │ │ └── context.json │ ├── 0.2 │ │ └── context.json │ ├── 0.3-DRAFT │ │ └── context.json │ ├── 1.0 │ │ ├── context.jsonld │ │ ├── ro-crate-metadata.jsonld │ │ └── ro-crate-preview.html │ ├── 1.1 │ │ ├── context.jsonld │ │ ├── ro-crate-metadata.json │ │ ├── ro-crate-metadata.jsonld │ │ └── ro-crate-preview.html │ ├── 1.2-DRAFT │ │ ├── context.jsonld │ │ ├── ro-crate-metadata.json │ │ ├── ro-crate-metadata.jsonld │ │ └── ro-crate-preview.html │ ├── README.md │ └── tools │ │ └── index.md ├── _config.docker.yml ├── _config.yml ├── _data │ ├── domains.yml │ ├── faqs.yml │ ├── featured.yml │ ├── footer.yml │ ├── roles.yml │ ├── sidebars │ │ ├── about.yml │ │ ├── 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ro-crate-preview.html │ │ ├── root-data-entity.md │ │ ├── structure.md │ │ ├── terminology.md │ │ └── workflows.md ├── assets │ ├── fonts │ │ ├── OFL.txt │ │ ├── PTSans-Bold.ttf │ │ ├── PTSans-Bold.woff │ │ ├── PTSans-Bold.woff2 │ │ ├── PTSans-BoldItalic.ttf │ │ ├── PTSans-BoldItalic.woff │ │ ├── PTSans-BoldItalic.woff2 │ │ ├── PTSans-Italic.ttf │ │ ├── PTSans-Italic.woff │ │ ├── PTSans-Italic.woff2 │ │ ├── PTSans-Regular.ttf │ │ ├── PTSans-Regular.woff │ │ └── PTSans-Regular.woff2 │ ├── img │ │ ├── COMPSs-screenshot.png │ │ ├── COMPSs.png │ │ ├── ReXAFS.png │ │ ├── ZBMED.svg │ │ ├── android-chrome-192x192.png │ │ ├── android-chrome-512x512.png │ │ ├── apple-touch-icon.png │ │ ├── arkisto.png │ │ ├── autosubmit.svg │ │ ├── bg22.jpg │ │ ├── bioconnect-screenshot.png │ │ ├── bioconnect.png │ │ ├── biodt.svg │ │ ├── crate.png │ │ ├── crate1-folders.png │ │ ├── crate1-folders.svg │ │ ├── destine.svg │ │ ├── dsw-logo.svg │ │ ├── dt-geo.png │ │ ├── edito-infra.png │ │ ├── favicon-16x16.png │ 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Replacer (#933) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#925) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#928) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#929) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#950) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#884) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#892) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#926) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#941) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#949) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#952) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Resorter (#939) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Resorter (#946) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Create Collection Column (#935) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#886) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#919) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#921) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#923) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner 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How many rea (#72) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#72) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#53) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#71) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── How many rea (#75) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#70) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#52) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#67) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Stop loop_ (#81) │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#78) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#79) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#80) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Update firea (#73) │ │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#39) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Update reach (#74) │ │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#66) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Variable Condition Loop End (#56) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Data pre_pro (#828) │ │ │ │ │ ├── All involved (#777) │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#744) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#745) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#723) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#779) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#780) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#771) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Parse reacti (#773) │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#713) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#714) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#715) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#733) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#734) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Ungroup (#758) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Ungroup (#759) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Prepare Comp (#778) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#761) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#743) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#762) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#763) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Prepare HasL (#776) │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#757) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#759) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Prepare HasR (#775) │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#757) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#733) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Prepare Reac (#772) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#725) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#724) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Prepare Reac (#781) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#725) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Ungroup (#726) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Initialize D (#1052) │ │ │ │ │ ├── Create Temp Dir (#964) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── SQLite Connector (#8) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Populate DB (#40) │ │ │ │ │ ├── Database Writer (#10) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Writer (#11) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Writer (#12) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Writer (#15) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Writer (#9) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Merge Variables (#13) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Merge Variables (#14) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Prepare Sink (#754) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#684) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#750) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#748) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#745) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#749) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Set initial (#41) │ │ │ │ │ ├── Database Drop Table (#832) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#833) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Writer (#9) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Empty Table Switch (#1062) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── End IF (#1064) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Extract resu (#1059) │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1058) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1059) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Reference Row Splitter (#975) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Get Source i (#771) │ │ │ │ ├── Column Filter (#684) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Ungroup (#749) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Get transfor (#1054) │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1018) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1020) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1022) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1025) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1036) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1017) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1019) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1021) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1024) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1035) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#988) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#986) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1005) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1009) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1014) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1015) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1023) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#994) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#995) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#987) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Writer (#15) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Writer (#990) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Merge Variables (#989) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Refesh First (#1027) │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1027) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1028) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1040) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── How many tra (#1048) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1043) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#53) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#71) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── How many tra (#1049) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1047) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#1045) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#1046) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Math Formula (#1036) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Recursive Loop End (#1037) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Recursive Loop Start (#1038) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Stop loop_ (#1050) │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#78) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#79) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#80) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#984) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1035) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Update Iter (#1051) │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1034) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1032) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1031) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Math Formula (#1044) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1033) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Refesh First (#1030) │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1027) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1028) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1040) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── How many tra (#1048) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1043) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#53) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#71) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── How many tra (#1049) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1047) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#1045) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#1046) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Math Formula (#1036) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Recursive Loop End (#1037) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Recursive Loop Start (#1038) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Stop loop_ (#1050) │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#78) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#79) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#80) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#984) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1035) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Update Iter (#1051) │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1034) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1032) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1031) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Math Formula (#1044) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1033) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Refesh First (#1031) │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1027) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1028) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1040) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── How many tra (#1048) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1043) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#53) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#71) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── How many tra (#1049) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1047) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#1045) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#1046) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Math Formula (#1036) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Recursive Loop End (#1037) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Recursive Loop Start (#1038) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Stop loop_ (#1050) │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#78) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#79) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#80) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#984) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1035) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Update Iter (#1051) │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1034) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1032) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1031) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Math Formula (#1044) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1033) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Remove leave (#1033) │ │ │ │ │ ├── Empty Table Creator (#68) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Generic Loop Start (#55) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── How many rea (#72) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#72) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#53) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#71) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── How many rea (#75) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#70) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#52) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#67) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Stop loop_ (#81) │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#78) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#79) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#80) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Update firea (#1012) │ │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#39) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Update firea (#73) │ │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#39) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Update reach (#1010) │ │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#66) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Update reach (#1011) │ │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#66) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Variable Condition Loop End (#56) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Source still (#1046) │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1045) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1039) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#1038) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1044) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#1037) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1033) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Table Creator (#984) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#992) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Loop End (#1057) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Row To Variable Loop Start (#777) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Validator (#1063) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Input (#1060) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#1061) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── FIRE (#782) │ │ │ ├── Empty Table Switch (#581) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Empty case (#756) │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#573) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#574) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#576) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#577) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Resorter (#575) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── End IF (#582) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Extract Table Dimension (#580) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#570) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Reaction Enu (#579) │ │ │ │ ├── BI (#598) │ │ │ │ │ ├── Chunk Loop Start (#744) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Empty Table Switch (#731) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Empty case (#756) │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#573) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#574) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#576) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#577) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#575) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── End IF (#757) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Fire one rul (#758) │ │ │ │ │ │ ├── Catch Errors _Data Ports_ (#747) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Two Component Reaction (#748) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Reaction_err (#742) │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#568) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#563) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#564) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#569) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── Try _Data Ports_ (#746) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Column (#737) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Loop End (#743) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Loop End (#745) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Parse result (#752) │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#759) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#776) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#777) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#756) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#760) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#778) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#788) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#757) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#761) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#781) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#762) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Empty Table Switch (#782) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Empty case (#784) │ │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#573) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#574) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#576) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#577) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#575) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── End IF (#783) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#780) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#763) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#786) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#787) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Unpivoting (#779) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Reference Column Filter (#729) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#730) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row To Variable Loop Start (#735) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Column Filter (#599) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#600) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Concatenate (#575) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Mono (#595) │ │ │ │ │ ├── Empty Table Switch (#731) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Empty Table Switch (#938) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Empty case (#749) │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#573) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#574) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#576) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#577) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#575) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── End IF (#744) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── End IF (#939) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Filter rules (#937) │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#929) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#930) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#931) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#933) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Parse outter (#969) │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#960) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#961) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#968) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#967) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Extract Variables _Data_ (#958) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#964) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#962) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#963) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#965) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Molecule Substructure Filter (#928) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Reference Row Filter (#936) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Ungroup (#934) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Fire rules (#951) │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#948) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#947) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Fire one rul (#750) │ │ │ │ │ │ │ ├── Catch Errors _Data Ports_ (#739) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit One Component Reaction (#736) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Reaction_err (#742) │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#568) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#563) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#564) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ │ ├── Try _Variable Ports_ (#741) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Column (#737) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── Loop End (#743) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Python Script _2_1_ (#950) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row To Variable Loop Start (#735) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Parse result (#752) │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#758) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#759) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#756) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#760) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#757) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#761) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#762) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#763) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#764) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Reference Column Filter (#729) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#730) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#481) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#574) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Sorter (#571) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Row To Variable Loop Start (#575) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Variable Condition Loop End (#576) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Input (#757) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#758) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Java Edit Variable (#1049) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Java Edit Variable (#909) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Loop End (#784) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#1050) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#1084) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── PARSE (#914) │ │ │ ├── Canonic SMIL (#820) │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#814) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── String Replacer (#945) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Canonic SMIL (#898) │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#814) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── String Replacer (#945) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Column Rename (#943) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Extract Left (#824) │ │ │ │ ├── Column Filter (#794) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── GroupBy (#803) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Ungroup (#796) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Extract Righ (#825) │ │ │ │ ├── Column Filter (#797) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── GroupBy (#804) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Ungroup (#798) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Filter (#951) │ │ │ │ ├── Reference Row Filter (#949) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Ungroup (#950) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Filter (#952) │ │ │ │ ├── GroupBy (#952) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Reference Row Filter (#949) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RowID (#953) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Ungroup (#950) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Ungroup (#951) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Filter (#953) │ │ │ │ ├── GroupBy (#952) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Reference Row Filter (#949) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RowID (#953) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Ungroup (#950) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Ungroup (#951) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── GroupBy (#944) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── InChI (#938) │ │ │ │ ├── InChI (#818) │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Lite InChI (#755) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#755) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#756) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#759) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Joiner (#758) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#751) │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#651) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#646) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#649) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#647) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#650) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#753) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── InChI (#947) │ │ │ │ ├── InChI (#818) │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Lite InChI (#755) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#755) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#756) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#759) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Joiner (#758) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#751) │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#651) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#646) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#649) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#647) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#650) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#753) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Joiner (#940) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#941) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Sanitize (#945) │ │ │ │ ├── Cast to RDKi (#950) │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#947) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#946) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Column Rename (#758) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Joiner (#803) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── StandardizeC (#750) │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#728) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#725) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#735) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#715) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#729) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#738) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#739) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#808) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#740) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#721) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── End IF (#737) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#683) │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Merge Variables (#810) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#704) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#809) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Aromatizer (#705) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#811) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Chemical Transformation (#686) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#736) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#710) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#741) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#807) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Salt Stripper (#703) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#718) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#745) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#709) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#743) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#726) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#746) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Sanitize (#946) │ │ │ │ ├── Cast to RDKi (#950) │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#947) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#946) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Column Filter (#809) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#948) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#758) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Concatenate (#949) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Joiner (#803) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Joiner (#804) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── StandardizeC (#750) │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#728) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#725) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#735) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#715) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#729) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#738) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#739) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#808) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#740) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#721) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── End IF (#737) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#683) │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Merge Variables (#810) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#704) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#809) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Aromatizer (#705) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#811) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Chemical Transformation (#686) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#736) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#710) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#741) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#807) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Salt Stripper (#703) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#718) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#745) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#709) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#743) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#726) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#746) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Transformati (#795) │ │ │ │ ├── Column Combiner (#792) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#793) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Resorter (#794) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#787) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#795) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#796) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Math Formula (#791) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Transformati (#827) │ │ │ │ ├── Column Filter (#800) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── GroupBy (#803) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Joiner (#801) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Ungroup (#802) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Ungroup (#942) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Input (#939) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#896) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Recursive Loop End _2 ports_ (#783) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Recursive Loop Start _2 ports_ (#781) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Remove globa (#1083) │ │ │ ├── Build csv pa (#1072) │ │ │ │ ├── Column Appender (#1075) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Java Snippet (#1073) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1076) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1070) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1074) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Delete Files (#966) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── String to URI (#971) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Variable to Table Row (#968) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Input (#972) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#973) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Rules (#940) │ │ │ ├── CSV Reader (#725) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Combiner (#729) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Resorter (#730) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Resorter (#731) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Domain Calculator (#942) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#726) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Math Formula (#948) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Missing Value (#721) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── RowID (#939) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#722) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Validator (#724) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Input (#940) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#941) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Source_ Sink (#938) │ │ │ ├── Cofactor (#856) │ │ │ │ ├── Ref table (#911) │ │ │ │ │ ├── Extract Column Header (#907) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#906) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Transpose (#908) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Reference Column Filter (#904) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Reference Column Resorter (#905) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#776) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Read Sources (#741) │ │ │ │ ├── CSV Reader (#480) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Resorter (#782) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#776) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#768) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#769) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#774) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── GroupBy (#778) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Mass Filter (#784) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#781) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Descriptor Calculation (#779) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#780) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Mass Filter (#785) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#781) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Descriptor Calculation (#779) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#780) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Missing Value (#777) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Parse Cofact (#775) │ │ │ │ │ ├── Compute Lite (#762) │ │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#751) │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#651) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#646) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#649) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#647) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#650) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#753) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#760) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#765) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Load as Rdki (#758) │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#733) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#732) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Pass only mo (#763) │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#746) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#750) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#749) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── SMILES (#759) │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#465) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#637) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#639) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Sanitize (#766) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#758) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#803) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Standardize (#750) │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#728) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#725) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#735) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#715) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#729) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#738) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#739) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#808) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#740) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#721) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── End IF (#737) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#683) │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ │ ├── Merge Variables (#810) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#704) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#809) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Aromatizer (#705) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#811) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Chemical Transformation (#686) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#736) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#710) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#741) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#807) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Salt Stripper (#703) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#718) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#745) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#709) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#743) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#726) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#746) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Table Validator (#761) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Parse Sinks (#766) │ │ │ │ │ ├── Compute Lite (#755) │ │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#751) │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#651) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#646) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#649) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#647) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#650) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#753) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#744) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#757) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Load as Rdki (#756) │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#733) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#732) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Pass only mo (#752) │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#746) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#750) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#749) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── SMILES (#745) │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#465) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#637) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#639) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Sanitize (#764) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#758) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#803) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Standardize (#750) │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#728) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#725) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#735) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#715) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#729) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#738) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#739) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#808) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#740) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#721) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── End IF (#737) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#683) │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ │ ├── Merge Variables (#810) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#704) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#809) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Aromatizer (#705) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#811) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Chemical Transformation (#686) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#736) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#710) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#741) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#807) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Salt Stripper (#703) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#718) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#745) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#709) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#743) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#726) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#746) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Table Validator (#731) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Parse Source (#767) │ │ │ │ │ ├── Compute Lite (#762) │ │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#751) │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#651) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#646) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#649) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#647) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#650) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#753) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#760) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#765) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Load as Rdki (#758) │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#733) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#732) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Pass only mo (#763) │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#746) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#750) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#749) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── SMILES (#759) │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#465) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#637) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#639) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Sanitize (#766) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#758) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#803) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Standardize (#750) │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#728) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#725) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#735) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#715) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#729) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#738) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#739) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#808) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#740) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#721) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── End IF (#737) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#683) │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ │ ├── Merge Variables (#810) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#704) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#809) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Aromatizer (#705) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#811) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Chemical Transformation (#686) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#736) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#710) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#741) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#807) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Salt Stripper (#703) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#718) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#745) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#709) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#743) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#726) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#746) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Table Validator (#761) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Read Cofacto (#795) │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#793) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#790) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CSV Reader (#481) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#789) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#792) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Read Sink (#794) │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#793) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#790) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CSV Reader (#481) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#789) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#792) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── RowID (#786) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Sink _ Sourc (#854) │ │ │ │ ├── Column Rename (#912) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Ref table (#910) │ │ │ │ │ ├── Extract Column Header (#907) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#906) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Transpose (#908) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Reference Column Filter (#904) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Reference Column Resorter (#905) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#776) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Source in Si (#853) │ │ │ │ ├── Ref table (#910) │ │ │ │ │ ├── Extract Column Header (#907) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#906) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Transpose (#908) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Reference Column Filter (#904) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Reference Column Resorter (#905) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#776) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Source not i (#855) │ │ │ │ ├── Ref table (#910) │ │ │ │ │ ├── Extract Column Header (#907) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#906) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Transpose (#908) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Reference Column Filter (#904) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Reference Column Resorter (#905) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#776) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── WrappedNode Input (#865) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#861) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── UPDATE SOURC (#935) │ │ │ ├── Column Rename (#942) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Concatenate (#904) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#924) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#922) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#940) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Mass Filter (#920) │ │ │ │ ├── Column Filter (#918) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Descriptor Calculation (#910) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#919) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Missing Value (#948) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Reference Row Splitter (#899) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── RowID (#912) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Score Filter (#932) │ │ │ │ ├── Row Sampling (#688) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Sorter (#691) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Set Operator (#896) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Validator (#944) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Validator (#945) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Validator (#947) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#921) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Input (#943) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#939) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── WrappedNode Input (#1081) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#1082) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Write Source (#1085) │ │ │ ├── Build csv pa (#1072) │ │ │ │ ├── Column Appender (#1075) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Java Snippet (#1073) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1076) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1070) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1074) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── CSV Writer (#961) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#966) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#960) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Resorter (#962) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Input (#965) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#964) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Write global (#963) │ │ │ ├── Build csv pa (#1072) │ │ │ │ ├── Column Appender (#1075) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Java Snippet (#1073) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1076) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1070) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1074) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── CSV Writer (#961) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#960) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Resorter (#962) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Constant Value Column (#966) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── String To Number (#967) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Input (#965) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#964) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Write per so (#1079) │ │ │ ├── Column Filter (#1060) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Empty Table Switch (#1082) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#1061) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Row To Variable Loop Start (#1062) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Variable Loop End (#1074) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Input (#1081) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#1079) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Write csv_ j (#1077) │ │ │ │ ├── Make JSON (#1075) │ │ │ │ │ ├── Build file n (#1072) │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#977) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1076) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1070) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1048) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── JSON Writer (#990) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Prepare json (#1083) │ │ │ │ │ │ ├── Column Combiner (#1082) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1011) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1025) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1029) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1041) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1077) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1078) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#983) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#992) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1031) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1035) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1044) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1074) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1076) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1080) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Columns to JSON (#1036) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Columns to JSON (#996) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#1014) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#1038) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#1043) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#998) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1005) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1006) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1030) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1034) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1042) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1085) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1086) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Create Collection Column (#1088) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#1033) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#1081) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#989) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── InChIKey (#1098) │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1095) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#1100) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#1098) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#1097) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#1099) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── InChIKey (#1099) │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1101) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#1100) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#1098) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#1097) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#1099) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── InChIKey (#1100) │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1101) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#1100) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#1098) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#1097) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#1099) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── JSON Row Combiner (#1037) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── JSON Row Combiner (#997) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── JSON Row Combiner (#999) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule Engine (#1084) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule Engine (#1087) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── RowID (#1047) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Merge Variables (#1076) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#1065) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Sanitize sou (#1067) │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#994) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#995) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#978) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#996) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#1077) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#1078) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Write as CSV (#1073) │ │ │ │ │ ├── Build csv pa (#1072) │ │ │ │ │ │ ├── Column Appender (#1075) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Java Snippet (#1073) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#977) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1076) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1070) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1074) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── CSV Writer (#961) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1066) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#960) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#962) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Write depict (#1053) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1029) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1041) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#983) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1035) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1044) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#1043) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Create Directory (#1074) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#1033) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Image Column Writer (#1023) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── InChIKey and (#1097) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1095) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#1100) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#1098) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#1097) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#1099) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Renderer to Image (#1079) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RowID (#1040) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Input config (#740) │ │ ├── File Upload (#765) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── File Upload (#766) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── File Upload (#767) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Integer Input (#745) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Integer Input (#747) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Integer Input (#748) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Integer Input (#749) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Integer Input (#755) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Integer Input (#756) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#741) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#746) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#750) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#752) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#760) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#761) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#762) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#768) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Single Selection (#732) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Single Selection (#734) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── String Input (#744) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── String Manipulation _Variable_ (#769) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── String Manipulation _Variable_ (#770) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#710) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#764) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Output confi (#959) │ │ ├── File Upload (#767) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Merge Variables (#741) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── String Input (#771) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── String Input (#772) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#710) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#764) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ │ ├── workflow.knime │ │ ├── workflow.svg │ │ └── workflowset.meta └── workflow-0.2.0 │ ├── .gitignore │ ├── .travis.yml │ ├── Dockerfile │ ├── README.md │ ├── ro-crate-metadata.jsonld │ ├── test │ └── test.sh │ ├── tools │ └── RetroPath2.cwl │ └── workflow │ ├── Core (#1081) │ ├── BUILD (#936) │ │ ├── Aggregate (#936) │ │ │ ├── Column Filter (#882) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#880) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#884) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#878) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#883) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Aggregate (#940) │ │ │ ├── Column Filter (#882) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#880) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#884) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#878) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#883) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Cell Replacer (#933) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Filter (#925) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Filter (#928) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Filter (#929) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Filter (#950) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Rename (#884) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Rename (#892) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Rename (#926) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Rename (#941) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Rename (#949) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Rename (#952) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Resorter (#939) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Resorter (#946) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Create Collection Column (#935) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Joiner (#886) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Joiner (#919) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Joiner (#921) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Joiner (#923) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Joiner (#948) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Joiner (#951) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Missing Value (#932) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Reaction SMI (#877) │ │ │ ├── Column Combiner (#874) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#875) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#876) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Table Creator (#934) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Ungroup (#924) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Ungroup (#947) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#920) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#917) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── Chunk Loop Start (#780) │ │ └── settings.xml │ ├── Compute scop (#1080) │ │ ├── Compute over (#1055) │ │ │ ├── Compute over (#72) │ │ │ │ ├── Empty Table Creator (#68) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Generic Loop Start (#55) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── How many rea (#72) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#72) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#53) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#71) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── How many rea (#75) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#70) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#52) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#67) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Stop loop_ (#81) │ │ │ │ │ ├── Joiner (#78) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#79) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#80) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Update firea (#73) │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#39) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Update reach (#74) │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#66) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Variable Condition Loop End (#56) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Data pre_pro (#828) │ │ │ │ ├── All involved (#777) │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#744) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#745) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Column Filter (#723) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#779) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#780) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── GroupBy (#771) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Parse reacti (#773) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#713) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#714) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#715) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#733) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#734) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Ungroup (#758) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Ungroup (#759) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Prepare Comp (#778) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#761) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#743) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#762) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#763) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Prepare HasL (#776) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#757) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#759) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Prepare HasR (#775) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#757) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#733) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Prepare Reac (#772) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#725) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#724) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Prepare Reac (#781) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#725) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Ungroup (#726) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Initialize D (#1052) │ │ │ │ ├── Create Temp Dir (#964) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── SQLite Connector (#8) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Populate DB (#40) │ │ │ │ ├── Database Writer (#10) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Writer (#11) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Writer (#12) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Writer (#15) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Writer (#9) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Merge Variables (#13) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Merge Variables (#14) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Prepare Sink (#754) │ │ │ │ ├── Column Filter (#684) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#750) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#748) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── GroupBy (#745) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#749) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Set initial (#41) │ │ │ │ ├── Database Drop Table (#832) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#833) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Writer (#9) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Empty Table Switch (#1062) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── End IF (#1064) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Extract resu (#1059) │ │ │ ├── Constant Value Column (#1058) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Constant Value Column (#1059) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Reference Row Splitter (#975) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Get Source i (#771) │ │ │ ├── Column Filter (#684) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#749) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Get transfor (#1054) │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1018) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1020) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1022) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1025) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1036) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1017) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1019) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1021) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1024) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1035) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#988) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#986) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1005) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1009) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1014) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1015) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1023) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database SQL Executor (#994) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database SQL Executor (#995) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database Table Selector (#987) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database Writer (#15) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Database Writer (#990) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Merge Variables (#989) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Refesh First (#1027) │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1027) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1028) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1040) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── How many tra (#1048) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1043) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#53) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#71) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── How many tra (#1049) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1047) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#1045) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#1046) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Math Formula (#1036) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Recursive Loop End (#1037) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Recursive Loop Start (#1038) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Stop loop_ (#1050) │ │ │ │ │ ├── Joiner (#78) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#79) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#80) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Table Creator (#984) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1035) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Update Iter (#1051) │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1034) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1032) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1031) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Math Formula (#1044) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1033) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Refesh First (#1030) │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1027) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1028) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1040) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── How many tra (#1048) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1043) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#53) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#71) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── How many tra (#1049) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1047) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#1045) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#1046) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Math Formula (#1036) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Recursive Loop End (#1037) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Recursive Loop Start (#1038) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Stop loop_ (#1050) │ │ │ │ │ ├── Joiner (#78) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#79) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#80) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Table Creator (#984) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1035) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Update Iter (#1051) │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1034) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1032) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1031) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Math Formula (#1044) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1033) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Refesh First (#1031) │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1027) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1028) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1040) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── How many tra (#1048) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1043) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#53) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#71) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── How many tra (#1049) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1047) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#1045) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#1046) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Math Formula (#1036) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Recursive Loop End (#1037) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Recursive Loop Start (#1038) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Stop loop_ (#1050) │ │ │ │ │ ├── Joiner (#78) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#79) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#80) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Table Creator (#984) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1035) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Update Iter (#1051) │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1034) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1032) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1031) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Math Formula (#1044) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1033) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Remove leave (#1033) │ │ │ │ ├── Empty Table Creator (#68) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Generic Loop Start (#55) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── How many rea (#72) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#72) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#53) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#71) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── How many rea (#75) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#70) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#52) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#67) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Stop loop_ (#81) │ │ │ │ │ ├── Joiner (#78) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#79) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#80) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Update firea (#1012) │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#39) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Update firea (#73) │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#39) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Update reach (#1010) │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#66) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Update reach (#1011) │ │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#66) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Variable Condition Loop End (#56) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Source still (#1046) │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _End_ (#1045) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#1039) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Connection Table Reader (#1038) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database SQL Executor (#1044) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Database Table Selector (#1037) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1033) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Table Creator (#984) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Creator (#992) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Loop End (#1057) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Table Row To Variable Loop Start (#777) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Table Validator (#1063) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#1060) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#1061) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── FIRE (#782) │ │ ├── Empty Table Switch (#581) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Empty case (#756) │ │ │ ├── Cell Splitter (#573) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Cell Splitter (#574) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#576) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#577) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Resorter (#575) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── End IF (#582) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Extract Table Dimension (#580) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── GroupBy (#570) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Reaction Enu (#579) │ │ │ ├── BI (#598) │ │ │ │ ├── Chunk Loop Start (#744) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Empty Table Switch (#731) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Empty case (#756) │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#573) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#574) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#576) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#577) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#575) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── End IF (#757) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Fire one rul (#758) │ │ │ │ │ ├── Catch Errors _Data Ports_ (#747) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit Two Component Reaction (#748) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Reaction_err (#742) │ │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#568) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#563) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#564) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#569) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Try _Data Ports_ (#746) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Column (#737) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Loop End (#743) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Loop End (#745) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Parse result (#752) │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#759) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#776) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#777) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#756) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#760) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#778) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#788) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#757) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#761) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#781) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#762) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Empty Table Switch (#782) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Empty case (#784) │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#573) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#574) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#576) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#577) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#575) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── End IF (#783) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#780) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#763) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#786) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#787) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Unpivoting (#779) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Reference Column Filter (#729) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#730) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Row To Variable Loop Start (#735) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Column Filter (#599) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#600) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Concatenate (#575) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Mono (#595) │ │ │ │ ├── Empty Table Switch (#731) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Empty Table Switch (#938) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Empty case (#749) │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#573) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#574) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#576) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#577) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#575) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── End IF (#744) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── End IF (#939) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Filter rules (#937) │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#929) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#930) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#931) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#933) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Parse outter (#969) │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#960) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#961) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#968) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#967) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Extract Variables _Data_ (#958) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#964) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#962) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#963) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#965) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── RDKit Molecule Substructure Filter (#928) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Reference Row Filter (#936) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Ungroup (#934) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Fire rules (#951) │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#948) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#947) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Fire one rul (#750) │ │ │ │ │ │ ├── Catch Errors _Data Ports_ (#739) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit One Component Reaction (#736) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Reaction_err (#742) │ │ │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#568) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#563) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#564) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#567) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── Try _Variable Ports_ (#741) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Column (#737) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── Loop End (#743) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Python Script _2_1_ (#950) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row To Variable Loop Start (#735) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Parse result (#752) │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#758) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#759) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#756) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#760) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#757) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#761) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Resorter (#762) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#763) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#764) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Reference Column Filter (#729) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#730) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#481) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Rule_based Row Filter (#574) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Sorter (#571) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Table Row To Variable Loop Start (#575) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Variable Condition Loop End (#576) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#757) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#758) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── Java Edit Variable (#1049) │ │ └── settings.xml │ ├── Java Edit Variable (#909) │ │ └── settings.xml │ ├── Loop End (#784) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#1050) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#1084) │ │ └── settings.xml │ ├── PARSE (#914) │ │ ├── Canonic SMIL (#820) │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#814) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── String Replacer (#945) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Canonic SMIL (#898) │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#814) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── String Replacer (#945) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Column Rename (#943) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Extract Left (#824) │ │ │ ├── Column Filter (#794) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#803) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#796) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Extract Righ (#825) │ │ │ ├── Column Filter (#797) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#804) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#798) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Filter (#951) │ │ │ ├── Reference Row Filter (#949) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#950) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Filter (#952) │ │ │ ├── GroupBy (#952) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Reference Row Filter (#949) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── RowID (#953) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#950) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#951) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Filter (#953) │ │ │ ├── GroupBy (#952) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Reference Row Filter (#949) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── RowID (#953) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#950) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#951) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── GroupBy (#944) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── InChI (#938) │ │ │ ├── InChI (#818) │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Lite InChI (#755) │ │ │ │ ├── Column Filter (#755) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#756) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Resorter (#759) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Joiner (#758) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Lite InChI (#751) │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#651) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#646) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#649) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#647) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#650) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#753) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── InChI (#947) │ │ │ ├── InChI (#818) │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Lite InChI (#755) │ │ │ │ ├── Column Filter (#755) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#756) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Resorter (#759) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Joiner (#758) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Lite InChI (#751) │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#651) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#646) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#649) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#647) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#650) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#753) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Joiner (#940) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Joiner (#941) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Sanitize (#945) │ │ │ ├── Cast to RDKi (#950) │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#947) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#946) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Column Rename (#758) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#803) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── StandardizeC (#750) │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#728) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#725) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#735) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#715) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#729) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#738) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#739) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#808) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#740) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#721) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── End IF (#737) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Lite InChI (#683) │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Merge Variables (#810) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#704) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#809) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Aromatizer (#705) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#811) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Chemical Transformation (#686) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#736) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#710) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#741) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#807) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Salt Stripper (#703) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Row Splitter (#718) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Row Splitter (#745) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#709) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#743) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#726) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#746) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Sanitize (#946) │ │ │ ├── Cast to RDKi (#950) │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#947) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#946) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Column Filter (#809) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#948) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Rename (#758) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Concatenate (#949) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#803) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#804) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── StandardizeC (#750) │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#728) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#725) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#735) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#715) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#729) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#738) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#739) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#808) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#740) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#721) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── End IF (#737) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Lite InChI (#683) │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Merge Variables (#810) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#704) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#809) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Aromatizer (#705) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#811) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Chemical Transformation (#686) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#736) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#710) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#741) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#807) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Salt Stripper (#703) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Row Splitter (#718) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Row Splitter (#745) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#709) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#743) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#726) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#746) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Transformati (#795) │ │ │ ├── Column Combiner (#792) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Filter (#793) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Resorter (#794) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Constant Value Column (#787) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Constant Value Column (#795) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Constant Value Column (#796) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Math Formula (#791) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Transformati (#827) │ │ │ ├── Column Filter (#800) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#803) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Joiner (#801) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ungroup (#802) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Ungroup (#942) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#939) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#896) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── Recursive Loop End _2 ports_ (#783) │ │ └── settings.xml │ ├── Recursive Loop Start _2 ports_ (#781) │ │ └── settings.xml │ ├── Remove globa (#1083) │ │ ├── Build csv pa (#1072) │ │ │ ├── Column Appender (#1075) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Java Snippet (#1073) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1076) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1070) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1074) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Delete Files (#966) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── String to URI (#971) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Variable to Table Row (#968) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#972) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#973) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── Rules (#940) │ │ ├── CSV Reader (#725) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Combiner (#729) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Resorter (#730) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Resorter (#731) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Domain Calculator (#942) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── GroupBy (#726) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Math Formula (#948) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Missing Value (#721) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── RowID (#939) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Rule_based Row Filter (#722) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Table Validator (#724) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#940) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#941) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── Source_ Sink (#938) │ │ ├── Cofactor (#856) │ │ │ ├── Ref table (#911) │ │ │ │ ├── Extract Column Header (#907) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#906) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Transpose (#908) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Reference Column Filter (#904) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Reference Column Resorter (#905) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#776) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Read Sources (#741) │ │ │ ├── CSV Reader (#480) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Column Resorter (#782) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#776) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Constant Value Column (#768) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Constant Value Column (#769) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Constant Value Column (#774) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── GroupBy (#778) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Mass Filter (#784) │ │ │ │ ├── Column Filter (#781) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Descriptor Calculation (#779) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#780) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Mass Filter (#785) │ │ │ │ ├── Column Filter (#781) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RDKit Descriptor Calculation (#779) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#780) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Missing Value (#777) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Parse Cofact (#775) │ │ │ │ ├── Compute Lite (#762) │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#751) │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#651) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#646) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#649) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#647) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#650) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#753) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── GroupBy (#760) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── GroupBy (#765) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Load as Rdki (#758) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#733) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#732) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Pass only mo (#763) │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#746) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#750) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#749) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── SMILES (#759) │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#465) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#637) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#639) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Sanitize (#766) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#758) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Joiner (#803) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Standardize (#750) │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#728) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#725) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#735) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#715) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#729) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#738) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#739) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#808) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#740) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#721) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── End IF (#737) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#683) │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── Merge Variables (#810) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#704) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#809) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Aromatizer (#705) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#811) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Chemical Transformation (#686) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#736) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#710) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#741) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#807) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Salt Stripper (#703) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#718) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#745) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#709) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#743) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#726) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#746) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Table Validator (#761) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Parse Sinks (#766) │ │ │ │ ├── Compute Lite (#755) │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#751) │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#651) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#646) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#649) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#647) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#650) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#753) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── GroupBy (#744) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── GroupBy (#757) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Load as Rdki (#756) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#733) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#732) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Pass only mo (#752) │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#746) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#750) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#749) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── SMILES (#745) │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#465) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#637) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#639) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Sanitize (#764) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#758) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Joiner (#803) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Standardize (#750) │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#728) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#725) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#735) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#715) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#729) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#738) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#739) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#808) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#740) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#721) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── End IF (#737) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#683) │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── Merge Variables (#810) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#704) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#809) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Aromatizer (#705) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#811) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Chemical Transformation (#686) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#736) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#710) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#741) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#807) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Salt Stripper (#703) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#718) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#745) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#709) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#743) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#726) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#746) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Table Validator (#731) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Parse Source (#767) │ │ │ │ ├── Compute Lite (#762) │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#751) │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#651) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#646) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#649) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#647) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#650) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#753) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── GroupBy (#760) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── GroupBy (#765) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Load as Rdki (#758) │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#733) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#732) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Pass only mo (#763) │ │ │ │ │ ├── Cell Splitter (#746) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#750) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#749) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── SMILES (#759) │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#465) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#637) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Replacer (#639) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Sanitize (#766) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#758) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Joiner (#803) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Standardize (#750) │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#728) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#725) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _Start_ (#735) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#715) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#729) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#738) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#739) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#808) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#740) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#721) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── End IF (#737) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Lite InChI (#683) │ │ │ │ │ │ │ ├── Concatenate _Optional in_ (#648) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#636) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#639) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#641) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── Rule_based Row Splitter (#644) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#640) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#645) │ │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ │ ├── Merge Variables (#810) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#704) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Add Hs (#809) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Aromatizer (#705) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Canon SMILES (#811) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Chemical Transformation (#686) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From InChI (#736) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#710) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#741) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Kekulizer (#807) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit Salt Stripper (#703) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#718) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Row Splitter (#745) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#709) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Table Creator (#743) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Input (#726) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── WrappedNode Output (#746) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Table Validator (#761) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Read Cofacto (#795) │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#793) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#790) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CSV Reader (#481) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#789) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#792) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Read Sink (#794) │ │ │ │ ├── CASE Switch Data _End_ (#793) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CASE Switch Variable _Start_ (#790) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── CSV Reader (#481) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Rule Engine Variable (#789) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#792) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── RowID (#786) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Sink _ Sourc (#854) │ │ │ ├── Column Rename (#912) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Ref table (#910) │ │ │ │ ├── Extract Column Header (#907) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#906) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Transpose (#908) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Reference Column Filter (#904) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Reference Column Resorter (#905) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#776) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Source in Si (#853) │ │ │ ├── Ref table (#910) │ │ │ │ ├── Extract Column Header (#907) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#906) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Transpose (#908) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Reference Column Filter (#904) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Reference Column Resorter (#905) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#776) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Source not i (#855) │ │ │ ├── Ref table (#910) │ │ │ │ ├── Extract Column Header (#907) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Creator (#906) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Transpose (#908) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Reference Column Filter (#904) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Reference Column Resorter (#905) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#776) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── WrappedNode Input (#865) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#861) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── UPDATE SOURC (#935) │ │ ├── Column Rename (#942) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Concatenate (#904) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── GroupBy (#924) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Joiner (#922) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Joiner (#940) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Mass Filter (#920) │ │ │ ├── Column Filter (#918) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── RDKit Descriptor Calculation (#910) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#919) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Missing Value (#948) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Reference Row Splitter (#899) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── RowID (#912) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Score Filter (#932) │ │ │ ├── Row Sampling (#688) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Sorter (#691) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── Set Operator (#896) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Table Validator (#944) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Table Validator (#945) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Table Validator (#947) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Ungroup (#921) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#943) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#939) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── WrappedNode Input (#1081) │ │ └── settings.xml │ ├── WrappedNode Output (#1082) │ │ └── settings.xml │ ├── Write Source (#1085) │ │ ├── Build csv pa (#1072) │ │ │ ├── Column Appender (#1075) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Java Snippet (#1073) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1076) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1070) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1074) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── CSV Writer (#961) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Filter (#966) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Rename (#960) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Resorter (#962) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#965) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#964) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── Write global (#963) │ │ ├── Build csv pa (#1072) │ │ │ ├── Column Appender (#1075) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Java Snippet (#1073) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1076) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1070) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1074) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── CSV Writer (#961) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Rename (#960) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Column Resorter (#962) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Constant Value Column (#966) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── String To Number (#967) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#965) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#964) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── Write per so (#1079) │ │ ├── Column Filter (#1060) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Empty Table Switch (#1082) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── GroupBy (#1061) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Table Row To Variable Loop Start (#1062) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Variable Loop End (#1074) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Input (#1081) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── WrappedNode Output (#1079) │ │ │ └── settings.xml │ │ ├── Write csv_ j (#1077) │ │ │ ├── Make JSON (#1075) │ │ │ │ ├── Build file n (#1072) │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#977) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1076) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1070) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1048) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── JSON Writer (#990) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Prepare json (#1083) │ │ │ │ │ ├── Column Combiner (#1082) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1011) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1025) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1029) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1041) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1077) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#1078) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#983) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Filter (#992) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1031) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1035) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1044) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1074) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1076) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1080) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Columns to JSON (#1036) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Columns to JSON (#996) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#1014) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#1038) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#1043) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Concatenate (#998) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1005) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1006) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1030) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1034) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1042) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1085) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Constant Value Column (#1086) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Create Collection Column (#1088) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#1033) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#1081) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── GroupBy (#989) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── InChIKey (#1098) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1095) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#1100) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#1098) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#1097) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#1099) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── InChIKey (#1099) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1101) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#1100) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#1098) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#1097) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#1099) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── InChIKey (#1100) │ │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1101) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Joiner (#1100) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#1098) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#1097) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#1099) │ │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ │ ├── JSON Row Combiner (#1037) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── JSON Row Combiner (#997) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── JSON Row Combiner (#999) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule Engine (#1084) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Rule Engine (#1087) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── RowID (#1047) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Merge Variables (#1076) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Rule_based Row Filter (#1065) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Sanitize sou (#1067) │ │ │ │ ├── String Manipulation (#994) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── String Manipulation (#995) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#978) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#996) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── WrappedNode Input (#1077) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── WrappedNode Output (#1078) │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ ├── Write as CSV (#1073) │ │ │ │ ├── Build csv pa (#1072) │ │ │ │ │ ├── Column Appender (#1075) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Java Snippet (#1073) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── String Manipulation (#977) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Table Row to Variable (#1076) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1070) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Variable to Table Row (#1074) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── CSV Writer (#961) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#1066) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#960) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Resorter (#962) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── Write depict (#1053) │ │ │ │ ├── Column Filter (#1029) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#1041) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Filter (#983) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#1035) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Column Rename (#1044) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Concatenate (#1043) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Create Directory (#1074) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── GroupBy (#1033) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── Image Column Writer (#1023) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── InChIKey and (#1097) │ │ │ │ │ ├── Column Rename (#1095) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Joiner (#1100) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── Molecule Type Cast (#1098) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit From Molecule (#1097) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ ├── RDKit To InChI (#1099) │ │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ │ ├── Renderer to Image (#1079) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ ├── RowID (#1040) │ │ │ │ │ └── settings.xml │ │ │ │ └── workflow.knime │ │ │ ├── settings.xml │ │ │ └── workflow.knime │ │ ├── settings.xml │ │ └── workflow.knime │ ├── settings.xml │ └── workflow.knime │ ├── Input config (#740) │ ├── File Upload (#765) │ │ └── settings.xml │ ├── File Upload (#766) │ │ └── settings.xml │ ├── File Upload (#767) │ │ └── settings.xml │ ├── Integer Input (#745) │ │ └── settings.xml │ ├── Integer Input (#747) │ │ └── settings.xml │ ├── Integer Input (#748) │ │ └── settings.xml │ ├── Integer Input (#749) │ │ └── settings.xml │ ├── Integer Input (#755) │ │ └── settings.xml │ ├── Integer Input (#756) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#741) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#746) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#750) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#752) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#760) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#761) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#762) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#768) │ │ └── settings.xml │ ├── Single Selection (#732) │ │ └── settings.xml │ ├── Single Selection (#734) │ │ └── settings.xml │ ├── String Input (#744) │ │ └── settings.xml │ ├── String Manipulation _Variable_ (#769) │ │ └── settings.xml │ ├── String Manipulation _Variable_ (#770) │ │ └── settings.xml │ ├── WrappedNode Input (#710) │ │ └── settings.xml │ ├── WrappedNode Output (#764) │ │ └── settings.xml │ ├── settings.xml │ └── workflow.knime │ ├── Output confi (#959) │ ├── File Upload (#767) │ │ └── settings.xml │ ├── Merge Variables (#741) │ │ └── settings.xml │ ├── String Input (#771) │ │ └── settings.xml │ ├── String Input (#772) │ │ └── settings.xml │ ├── WrappedNode Input (#710) │ │ └── settings.xml │ ├── WrappedNode Output (#764) │ │ └── settings.xml │ ├── settings.xml │ └── workflow.knime │ ├── workflow.knime │ ├── workflow.svg │ └── workflowset.meta ├── package-lock.json ├── package.json └── scripts ├── pandoc-admonition.py └── schema-context.py /.github/ISSUE_TEMPLATE/bug_report.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | name: Bug report 3 | about: Something is wrong in the examples or documentation 4 | title: '' 5 | labels: bug 6 | assignees: '' 7 | 8 | --- 9 | 10 | **Describe the bug** 11 | A clear and concise description of what the bug is. 12 | 13 | 14 | **URL** 15 | Provide link to RO-Crate page or source code most related to the bug. 16 | 17 | 18 | **Suggested fix** 19 | Do you have any suggestions on how to fix the bug? 20 | 21 | 22 | **Additional context** 23 | Add any other context about the problem here. 24 | -------------------------------------------------------------------------------- /.github/ISSUE_TEMPLATE/use-case.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | name: Use case 3 | about: Describe a potential use of creating, consuming or integrating RO-Crate 4 | title: 'Use Case: ...' 5 | labels: use-case 6 | assignees: '' 7 | 8 | --- 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | As a **type of user**, I want **some goal** so that **some reason**. 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | -------------------------------------------------------------------------------- /.github/workflows/deploy.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | # Build and deploy Jekyll site to GitHub Pages 2 | # adapted from https://github.com/actions/starter-workflows/blob/main/pages/jekyll.yml 3 | name: Deploy site 4 | 5 | on: 6 | # Runs on pushes targeting the default branch 7 | push: 8 | branches: ["main"] # TODO change to "main" 9 | 10 | # Allows you to run this workflow manually from the Actions tab 11 | workflow_dispatch: 12 | 13 | # Sets permissions of the GITHUB_TOKEN to allow deployment to GitHub Pages 14 | permissions: 15 | contents: read 16 | pages: write 17 | id-token: write 18 | 19 | # Allow only one concurrent deployment, skipping runs queued between the run in-progress and latest queued. 20 | # However, do NOT cancel in-progress runs as we want to allow these production deployments to complete. 21 | concurrency: 22 | group: "pages" 23 | cancel-in-progress: false 24 | 25 | jobs: 26 | # Build job 27 | build: 28 | runs-on: ubuntu-latest 29 | steps: 30 | - name: Checkout 31 | uses: actions/checkout@v4 32 | - name: Setup Ruby 33 | # https://github.com/ruby/setup-ruby/releases/tag/v1.207.0 34 | uses: ruby/setup-ruby@v1 35 | with: 36 | ruby-version: "3.3" # Not needed with a .ruby-version file 37 | - name: Setup Pages 38 | id: pages 39 | uses: actions/configure-pages@v5 40 | - name: Install dependencies 41 | working-directory: ./docs 42 | run: | 43 | sudo apt-get install -y build-essential zlib1g-dev 44 | gem install bundler 45 | bundle config path vendor/bundle 46 | bundle install 47 | - name: Build with Jekyll 48 | # Outputs to the './_site' directory within the working directory 49 | working-directory: ./docs 50 | run: bundle exec jekyll build 51 | env: 52 | JEKYLL_ENV: production 53 | PAGES_REPO_NWO: ${{ github.repository }} 54 | - name: Upload artifact 55 | uses: actions/upload-pages-artifact@v3 56 | with: 57 | path: ./docs/_site 58 | 59 | # Deployment job 60 | deploy: 61 | environment: 62 | name: github-pages 63 | url: ${{ steps.deployment.outputs.page_url }} 64 | runs-on: ubuntu-latest 65 | needs: build 66 | steps: 67 | - name: Deploy to GitHub Pages 68 | id: deployment 69 | uses: actions/deploy-pages@v4 70 | -------------------------------------------------------------------------------- /.github/workflows/test.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | name: "Build and Lint Site" 2 | 3 | on: 4 | push: 5 | branches: ["main"] 6 | pull_request: 7 | branches: ["main"] 8 | 9 | jobs: 10 | build-site: 11 | runs-on: ubuntu-latest 12 | steps: 13 | - uses: actions/checkout@v4 14 | with: 15 | fetch-depth: 1 16 | 17 | # dependencies 18 | - uses: ruby/setup-ruby@v1 19 | with: 20 | ruby-version: "3.3" 21 | - uses: actions/setup-node@v4 22 | with: 23 | node-version: "19" 24 | - name: Install dependencies 25 | working-directory: ./docs 26 | run: | 27 | sudo apt-get install -y build-essential zlib1g-dev 28 | gem install bundler 29 | bundle config path vendor/bundle 30 | bundle install 31 | 32 | - name: Build the site 33 | working-directory: ./docs 34 | run: bundle exec jekyll build --strict_front_matter 35 | 36 | - name: Validate all links, enforce alt text 37 | working-directory: ./docs 38 | run: | 39 | bundle exec htmlproofer \ 40 | --ignore-files "/.*\/ro-crate-preview\.html/","/.*\/examples\/.*\/index\.html/" \ 41 | --disable-external true \ 42 | --enforce-https false \ 43 | --swap-urls '^/ro-crate/:/' \ 44 | ./_site 45 | 46 | - name: Ensure no unexpected encoded HTML in output 47 | working-directory: ./docs 48 | run: | 49 | ! fgrep -R 'lt;blockquote' _site 50 | 51 | - name: Ensure no unexpected jekyll in output 52 | working-directory: ./docs 53 | run: | 54 | ! fgrep -R 'site.pages' _site 55 | -------------------------------------------------------------------------------- /.gitignore: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | _site/ 2 | .sass-cache/ 3 | .jekyll-cache/ 4 | .jekyll-metadata 5 | release 6 | node_modules 7 | -------------------------------------------------------------------------------- /CONTRIBUTING.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | # Contributing to RO-Crate 3 | 4 | This repository is coordinated by the [RO-Crate team](https://researchobject.github.io/ro-crate/#contribute). 5 | 6 | To suggest changes, improvements or issues, use the GitHub repository 7 | - if you are new to GitHub or Open 8 | Source you may appreciate the [GitHub guides](https://guides.github.com/) like 9 | [Hello World](https://guides.github.com/activities/hello-world/), 10 | [MarkDown](https://guides.github.com/features/mastering-markdown/) and [How to 11 | contribute to open source](https://opensource.guide/how-to-contribute/) 12 | 13 | You are welcome to [join us](https://github.com/ResearchObject/ro-crate/issues/1)! 14 | 15 | Contributors are expected to comply with our [Code of Conduct](CODE_OF_CONDUCT.md) 16 | to ensure an open and inclusive environment. 17 | 18 | Any contributions received are assumed to be [covered by the Apache License 2.0](https://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0#contributions). 19 | -------------------------------------------------------------------------------- /README.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | # Research Object Crate (RO-Crate) 2 | 3 | This is the GitHub repository for contributing to the [Research Object Crate](https://researchobject.github.io/ro-crate/) specification. 4 | 5 | The [docs/](docs/) folder has the [MarkDown](https://guides.github.com/features/mastering-markdown) content that is rendered to by [GitHub pages](https://pages.github.com/). Alias (note, no https) redirects. 6 | 7 | Feel free to use other folders for non-web content, e.g. examples, JSON-LD contexts, test scripts. 8 | 9 | ## Contribute 10 | 11 | This repository is coordinated by the [RO-Crate team](https://researchobject.github.io/ro-crate/#contribute). 12 | 13 | To suggest changes, improvements or issues, use the GitHub repository 14 | - if you are new to GitHub or Open 15 | Source you may appreciate the [GitHub guides](https://guides.github.com/) like 16 | [Hello World](https://guides.github.com/activities/hello-world/), 17 | [MarkDown](https://guides.github.com/features/mastering-markdown/) and [How to 18 | contribute to open source](https://opensource.guide/how-to-contribute/) 19 | 20 | You are welcome to [join us](https://github.com/ResearchObject/ro-crate/issues/1)! 21 | 22 | Contributors are expected to comply with our [Code of Conduct](CODE_OF_CONDUCT.md) 23 | to ensure an open and inclusive environment. 24 | 25 | ## License 26 | 27 | * © 2019-2025 Research Object Crate contributors 28 | * © 2018-2020 University of Technology Sydney, Australia 29 | * © 2018-2025 The University of Manchester, UK 30 | 31 | The specification and documentation maintained in this repository is Open Source and licensed as [Apache License, version 2.0](LICENSE), see for details. 32 | 33 | Any contributions received are assumed to be [covered by the Apache License 2.0](https://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0#contributions). 34 | 35 | The RO-Crate JSON-LD contexts `context.json` and JSON-LD examples within this specification are distributed under [CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication](https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/). 36 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/Gemfile: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | source "https://rubygems.org" 2 | 3 | gem "elixir-toolkit-theme-plugins", "~> 0.1.9" 4 | gem "webrick", "~> 1.8.2" 5 | gem "jekyll", "~> 4.3.2" 6 | gem "jemoji", "~> 0.13.0" 7 | gem "kramdown-parser-gfm", "~> 1.1" 8 | gem "html-proofer", "~> 4.4.3" 9 | gem "nokogiri", ">=1.18.8" # used by html-proofer, https://github.com/ResearchObject/ro-crate/security/dependabot/53 10 | 11 | group :jekyll_plugins do 12 | gem "jekyll-redirect-from", "~> 0.16.0" 13 | gem "jekyll-sitemap", "~> 1.4" 14 | gem "jekyll-github-metadata", "~> 2.15" 15 | gem "jekyll-relative-links", "~> 0.6" 16 | gem "jekyll-seo-tag", "~> 2.8" 17 | gem "jekyll-remote-theme", "~> 0.4.3" 18 | end 19 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_compatibility/1.1/ro-crate-metadata.jsonld: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | ro-crate-metadata.json -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_compatibility/README.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | # Compatibility pages 2 | 3 | The files in this directory exist to maintain old permalinks which are not currently (June 2024) able to be redirected with the `jekyll-redirect-from` plugin. 4 | 5 | Do not add new website content here. 6 | 7 | For specification files, see `_specification` folder. 8 | 9 | For tool files, see [`_pages/resources/tools.md`](../pages/resources/tools.md) and [`_data/tools_list.yml`](../_data/tools_list.yml). 10 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_compatibility/tools/index.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | permalink: /tools/index.html 3 | redirect_to: 4 | - /tools.html 5 | --- 6 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_config.docker.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | url: "http://localhost:4000" -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_data/domains.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | - Name: Biomedical Science 2 | Description: Topic concerning biological science that is (typically) performed in the context of medicine. 3 | Icon: fa-flask-vial 4 | Background: Topic concerning biological science that is (typically) performed in the context of medicine. 5 | 6 | - Name: Chemistry 7 | Description: The composition and properties of matter, reactions, and the use of reactions to create new substances. 8 | Icon: fa-flask 9 | Background: The composition and properties of matter, reactions, and the use of reactions to create new substances. 10 | 11 | - Name: Informatics 12 | Description: The study and practice of information processing and use of computer information systems. 13 | Icon: fa-lightbulb 14 | Background: The study and practice of information processing and use of computer information systems. 15 | 16 | - Name: Medicine 17 | Description: Research in support of healing by diagnosis, treatment, and prevention of disease. 18 | Icon: fa-stethoscope 19 | Background: Research in support of healing by diagnosis, treatment, and prevention of disease. 20 | 21 | - Name: Omics 22 | Description: The collective characterisation and quantification of pools of biological molecules that translate into the structure, function, and dynamics of an organism or organisms. 23 | Icon: fa-dna 24 | Background: The collective characterisation and quantification of pools of biological molecules that translate into the structure, function, and dynamics of an organism or organisms. 25 | 26 | - Name: Language and Text Analytics 27 | Description: The scientific literature, language processing, reference information, and documentation. 28 | Icon: fa- 29 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_data/featured.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | - page_id: life-monitor 2 | - page_id: tlcmap 3 | - page_id: ldaca 4 | - page_id: autosubmit 5 | - page_id: workflowhub 6 | - page_id: rohub 7 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_data/footer.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | copyright: © Copyright 2021-2024. University of Technology Sydney, The University of Manchester UK and RO-Crate contributors 2 | columns: [] # if anything is added to this list later, unhide the link container in the CSS (footer .container) 3 | extra_line: 4 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_data/sidebars/about.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | title: About 2 | title_url: about_ro_crate 3 | subitems: 4 | - title: About RO-Crate 5 | url: /about_ro_crate 6 | 7 | - title: Technical Overview 8 | url: /technical_overview 9 | 10 | - title: Background 11 | url: /background 12 | 13 | - title: FAQ 14 | url: /faq 15 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_data/sidebars/community.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | title: Community 2 | title_url: community 3 | subitems: 4 | - title: Community 5 | url: /community 6 | - 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Name: Software Development 2 | Description: Develop code 3 | Icon: fa-code 4 | Background: Software Development background 5 | 6 | - Name: Data Handling 7 | Description: Archive data, data wrangling, data packaging, moving data from one service to another 8 | Icon: fa-laptop-file 9 | Background: Data Handling background 10 | 11 | - Name: Managing Research Data 12 | Description: Procedural compliance depending on data/source and intent, archive data 13 | Icon: fa-database 14 | Background: Manging Research Data background 15 | 16 | - Name: Compliance 17 | Description: Ensure compliance to standards or SOPs 18 | Icon: fa-list-check 19 | Background: Compliance background 20 | 21 | - Name: Conduct Research 22 | Description: Reproducibility, generate novel information 23 | Icon: fa-microscope 24 | Background: IT Operations background 25 | 26 | - Name: Data Curation 27 | Description: Reproducibility, data examination in depth, data QC 28 | Icon: fa-file-circle-check 29 | Background: Data Curation background 30 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_data/topnav.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | subitems: 2 | - title: "Home" 3 | url: / 4 | - title: "About" 5 | url: /about_ro_crate 6 | - title: "Use Cases" 7 | url: /use_cases 8 | - title: "Community" 9 | url: /community 10 | - title: "Resources" 11 | url: /tutorials 12 | - title: "Specification" 13 | url: /specification 14 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_data/tutorials.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | - Name: FAIR data and provenance with RO-Crate and Galaxy 2 | Description: "" 3 | URL: https://gallantries.github.io/video-library/modules/ro-crate 4 | Tags: 5 | - Biomedical Science 6 | - Chemistry 7 | - Software Development 8 | - Sofware Developer 9 | 10 | - Name: An overview of the RO-Crate concept and its implementations 11 | Description: "" 12 | URL: https://gallantries.github.io/video-library/videos/ro-crates/intro/slides/ 13 | Tags: 14 | - Biomedical Science 15 | - Chemistry 16 | - Software Development 17 | - Sofware Developer 18 | 19 | - Name: RO-Crate - Introduction 20 | Description: "" 21 | URL: https://training.galaxyproject.org/topics/fair/tutorials/ro-crate-intro/tutorial.html 22 | Tags: 23 | - Biomedical Science 24 | - Chemistry 25 | - Software Development 26 | - Sofware Developer 27 | 28 | - Name: RO-Crate in Python 29 | Description: "" 30 | URL: https://training.galaxyproject.org/topics/fair/tutorials/ro-crate-in-python/tutorial.html 31 | Tags: 32 | - Biomedical Science 33 | - Chemistry 34 | - Software Development 35 | - Sofware Developer 36 | 37 | - Name: Workflow Run RO-Crate Introduction 38 | Description: "" 39 | URL: https://training.galaxyproject.org/topics/fair/tutorials/ro-crate-workflow-run-ro-crate/tutorial.html 40 | Tags: 41 | - Biomedical Science 42 | - Chemistry 43 | - Software Development 44 | - Sofware Developer 45 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_includes/image.html: -------------------------------------------------------------------------------- 1 |
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Related use cases

2 | 3 | 4 | {% assign all_use_cases = site.pages | where:"type", "use_cases" %} 5 | {% assign matched_cases = "" | split: "," %} 6 | {% for case in all_use_cases %} 7 | {% if page.type == "domains" %} 8 | {% assign metadata = case.domains %} 9 | {% elsif page.type == "tasks" %} 10 | {% assign metadata = case.tasks %} 11 | {% elsif page.type == "roles" %} 12 | {% assign metadata = case.roles %} 13 | {% endif %} 14 | {% if metadata contains page.page_id %} 15 | {% assign matched_cases = matched_cases | push: case.page_id %} 16 | {% endif %} 17 | {% endfor %} 18 | 19 | {% if matched_cases.size == 0 %} 20 |

No use cases found.

21 | {% else %} 22 | {% assign matched_cases_joined = matched_cases | join: ", " %} 23 | {% include section-navigation-tiles.html type="use_cases" custom=matched_cases_joined %} 24 | {% endif %} 25 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_includes/section-navigation-tiles-simple.html: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | {%- assign except = include.except | split: ", " %} 2 |
3 | {%- for current_page in site.pages | sorted %} 4 | {%- if current_page.type == include.type %} 5 |
6 | {{current_page.title}} 7 |
8 | {%- endif %} 9 | {%- endfor %} 10 |
-------------------------------------------------------------------------------- /docs/_includes/tools-table.html: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | {%- assign tools = site.data.tools_list | sort_natural: "name" %} 2 |
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ToolDescriptionStatus
{{tool.name}}{{tool.name}} 25 | {{tool.description}} 26 | {%- if tool.subitems %} 27 |
    28 | {%- for item in tool.subitems %} 29 |
  • 30 | {{item.name}} 31 | {%- if item.url %} 32 | : {{ item.url }} 33 | {%- endif %} 34 |
    • 35 | {%- endfor %} 36 |
37 | {%- endif %} 38 | 		{{tool.status}}
44 |
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8 | 9 |
10 | {%- assign content_col_size = "col-lg-12" %}{% unless page.hide_sidebar 11 | %} 12 | 13 |
{% include sidebar.html %}
14 | {%- assign content_col_size = "col-lg-9" %}{% endunless %} 15 | 16 |
17 | {{content}}
18 |
19 |
20 |
21 | {%- if site.theme_variables.back_to_top or site.theme_variables.back_to_top 22 | == nil %} 23 | 32 | {%- endif %} {% include footer.html %} {% include cookie-popup.html %} 33 | 34 | 35 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_sass/_bootstrap_variables.scss: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | @import "bootstrap/functions"; 2 | 3 | /*-----Theme colors-----*/ 4 | $white: #fff; 5 | $primary: #39989F; 6 | $blue: #0c5fdc; 7 | $blue-x: #c2e5e6ff; 8 | $red: #d13431; 9 | $light: #f5f5f5; 10 | $dark: #175a5f; 11 | 12 | /*-----Custom values for Bootstrap variables-----*/ 13 | // General 14 | $component-active-bg: $primary; 15 | $box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.19) 0px 3px 8px; 16 | $body-bg: $white; 17 | $border-radius: 0.5rem; 18 | $alert-border-width: 0; 19 | $btn-disabled-opacity: 1; 20 | 21 | // Navbar 22 | $navbar-light-color: $dark; 23 | $navbar-light-toggler-border-color: transparent; 24 | $navbar-light-hover-color: $primary; 25 | $navbar-brand-font-size: 1.7rem; 26 | $nav-link-hover-color: $primary; 27 | 28 | // Cards 29 | $card-cap-bg: transparent; 30 | $card-border-width: 0; 31 | 32 | // Buttons and inputs 33 | $input-group-addon-bg: $blue-x; 34 | $input-bg: $light; 35 | $input-border-width: 0; 36 | $btn-padding-y: 0.25rem; 37 | $btn-border-radius-sm: $border-radius; 38 | 39 | // Links 40 | $link-color: $blue; 41 | $link-decoration: underline; 42 | 43 | // Code 44 | $code-color: $red; 45 | 46 | // Font changes 47 | $body-color: $dark; 48 | $font-size-base: 1.05rem; 49 | $font-family-sans-serif: "PT Sans", sans-serif; 50 | $h1-font-size: 4rem !default; 51 | 52 | @import "bootstrap/variables"; 53 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_sass/_custom_variables.scss: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | /*-----General styling-----*/ 2 | $font-family-theme: 'PT Sans', sans-serif; 3 | $h2-color: $primary; 4 | 5 | /*-----Top navigation-----*/ 6 | $topnav-title-color: $black; 7 | $topnav-brand-height: 50px; 8 | $topnav-bg: $white; 9 | 10 | /*-----Sidebar-----*/ 11 | $sidebar-bg: $white; 12 | $sidebar-color: $dark; 13 | $sidebar-lvl2-bg: transparent; 14 | $sidebar-lvl2-color: $dark; 15 | $sidebar-lvl3-bg: transparent; 16 | $sidebar-lvl3-color: $dark; 17 | $sidebar-bg-active: $light; 18 | $sidebar-color-active: $dark; 19 | 20 | /*-----TOC-----*/ 21 | $toc-bg: $light; 22 | 23 | /*-----Section navigation tiles-----*/ 24 | $nav-card-bg: $light; 25 | $nav-card-header-bg: $light; 26 | $nav-card-header-color: $dark; 27 | 28 | /*-----More information tiles-----*/ 29 | $info-card-bg: $light; 30 | $info-card-header-bg: $light; 31 | $info-card-header-color: $dark; 32 | 33 | /*-----Contributors-cards-----*/ 34 | $contr-card-bg: $light; 35 | 36 | /*-----Events & news-----*/ 37 | $news-border-color: $dark; 38 | 39 | /*-----Footer-----*/ 40 | $footer-bg: $dark; 41 | $footer-color: $white; 42 | $footer-link-color: $white; 43 | $footer-link-color-hover: $primary; 44 | $footer-copyright-bg: $dark; 45 | 46 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_specification/1.1-DRAFT/context.jsonld: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | ../1.1/context.jsonld -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_specification/1.1/appendix/index.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Appendix 3 | redirect_from: 4 | - /1.1-DRAFT/appendix 5 | - /1.1/appendix 6 | nav_order: 10 7 | parent: RO-Crate 1.1 8 | has_children: true 9 | --- 10 | 27 | 28 | # Appendixes 29 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/_specification/1.1/index.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: RO-Crate 1.1 3 | has_children: true 4 | nav_order: 1 5 | redirect_from: 6 | - /specification/1.1/about 7 | - /1.1/about 8 | - /1.1/index 9 | excerpt: | 10 | This document specifies a method, known as RO-Crate (Research Object Crate), of organizing file-based data with associated metadata, using Linked Data principles, in both human and machine readable formats, with the ability to include additional domain-specific metadata. 11 | 12 | The core of RO-Crate is a JSON-LD file, the RO-Crate Metadata File. This file contains structured metadata about the dataset as a whole and, optionally, about some or all of its files. This provides a simple way to, for example, assert the authors (e.g. people, organizations) of the RO-Crate or one its files, or to capture more complex provenance for files, such as how they were created using software and equipment. 13 | 14 | While providing the formal specification for RO-Crate, this document also aims to be a practical guide for software authors to create tools for generating and consuming research data packages, with explanation by examples. 15 | --- 16 | 33 | 34 | 35 | 36 | {% include_relative _metadata.liquid %} 37 | 38 | ## Contents 39 | 40 | {%- assign sidebar = site.data.sidebars[page.sidebar] %} 41 |
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    • {{subitem.title}}
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    • 54 | {% endfor %} 55 | {% endif %} 56 | {% endfor %} 57 |
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-------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/about/faq.html: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Frequently Asked Questions 3 | 4 | --- 5 | {%- assign allfaqs = site.data.faqs %} 6 |

Frequently Asked Questions

7 | 8 |
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{{ faq.question }}

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| {% include item_details.html %} 12 | 13 | {% include related_use_cases.html %} 14 | 15 | {% include related_pages.html %} 16 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/domains/biomedical_science.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Biomedical Science 3 | description: Topic concerning biological science that is (typically) performed in the context of medicine. 4 | icon: fa-flask-vial 5 | page_id: biomedical_science 6 | edam_url: http://edamontology.org/topic_3344 7 | related_pages: 8 | tasks: [compliance, curation, conduct_research] 9 | roles: [data_analyst, researcher] 10 | --- 11 | {% include item_details.html %} 12 | 13 | {% include related_use_cases.html %} 14 | 15 | {% include related_pages.html %} 16 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/domains/chemistry.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Chemistry 3 | description: The composition and properties of matter, reactions, and the use of reactions to create new substances. 4 | icon: fa-flask-vial 5 | page_id: chemistry 6 | edam_url: http://edamontology.org/topic_3314 7 | related_pages: 8 | tasks: [compliance, manage_data, conduct_research] 9 | roles: [compliance_officer, data_analyst, researcher] 10 | --- 11 | {% include item_details.html %} 12 | 13 | {% include related_use_cases.html %} 14 | 15 | {% include related_pages.html %} 16 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/domains/climate_science.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Climate Science & Earth sciences 3 | description: The study of climate and weather. 4 | icon: fa-cloud-sun 5 | page_id: climate_science 6 | related_pages: 7 | tasks: [curation, data_handling, manage_data] 8 | roles: [data_analyst, researcher] 9 | --- 10 | {% include item_details.html %} 11 | 12 | {% include related_use_cases.html %} 13 | 14 | {% include related_pages.html %} 15 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/domains/ecology.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: "Ecology and Biodiversity" 3 | description: The ecological and environmental sciences and especially the application of information technology (ecoinformatics). 4 | icon: fa-seedling 5 | page_id: ecology 6 | edam_url: http://edamontology.org/topic_0610 7 | related_pages: 8 | tasks: [curation, data_handling, manage_data] 9 | roles: [data_analyst, researcher] 10 | --- 11 | {% include item_details.html %} 12 | 13 | {% include related_use_cases.html %} 14 | 15 | {% include related_pages.html %} 16 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/domains/humanities.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: History 3 | description: The study of the human past. 4 | icon: fa-scroll 5 | page_id: history 6 | related_pages: 7 | tasks: [conduct_research, curation, manage_data] 8 | roles: [data_steward, repository_manager, researcher] 9 | --- 10 | {% include item_details.html %} 11 | 12 | {% include related_use_cases.html %} 13 | 14 | {% include related_pages.html %} 15 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/domains/informatics.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Informatics 3 | description: The study and practice of information processing and use of computer information systems. 4 | icon: fa-lightbulb 5 | page_id: informatics 6 | edam_url: http://edamontology.org/topic_0605 7 | related_pages: 8 | tasks: [data_handling, manage_data, software_development] 9 | roles: [compliance_officer, data_analyst, software_developer] 10 | --- 11 | {% include item_details.html %} 12 | 13 | {% include related_use_cases.html %} 14 | 15 | {% include related_pages.html %} 16 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/domains/language_text.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Language and Text Analytics 3 | description: The scientific literature, language processing, reference information, and documentation. 4 | icon: fa-book 5 | page_id: language_text 6 | edam_url: http://edamontology.org/topic_3068 7 | related_pages: 8 | tasks: [curation, data_handling, manage_data, software_development] 9 | roles: [data_analyst, researcher, software_developer] 10 | --- 11 | {% include item_details.html %} 12 | 13 | {% include related_use_cases.html %} 14 | 15 | {% include related_pages.html %} 16 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/domains/medicine.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Medicine and Health 3 | description: Research in support of healing by diagnosis, treatment, and prevention of disease. 4 | icon: fa-stethoscope 5 | page_id: medicine 6 | edam_url: http://edamontology.org/topic_3303 7 | related_pages: 8 | tasks: [conduct_research] 9 | roles: [researcher] 10 | --- 11 | {% include item_details.html %} 12 | 13 | {% include related_use_cases.html %} 14 | 15 | {% include related_pages.html %} 16 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/domains/omics.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Omics and Bioinformatics 3 | description: The collective characterisation and quantification of pools of biological molecules that translate into the structure, function, and dynamics of an organism or organisms. 4 | icon: fa-dna 5 | page_id: omics 6 | edam_url: http://edamontology.org/topic_3391 7 | related_pages: 8 | tasks: [data_handling, manage_data, conduct_research] 9 | roles: [data_analyst, researcher] 10 | --- 11 | {% include item_details.html %} 12 | 13 | {% include related_use_cases.html %} 14 | 15 | {% include related_pages.html %} 16 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/domains/social_science.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Social science 3 | description: The study of society and human behaviour. 4 | icon: fa-people-group 5 | page_id: social_science 6 | related_pages: 7 | tasks: [compliance, conduct_research, curation] 8 | roles: [compliance_officer, data_analyst, researcher] 9 | --- 10 | {% include item_details.html %} 11 | 12 | {% include related_use_cases.html %} 13 | 14 | {% include related_pages.html %} 15 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/resources/tools.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Tools and resources list 3 | datatable: true 4 | sidebar: resources 5 | --- 6 | ## RO-Crate Tools 7 | 8 | {% include callout.html type="tip" content="RO-Crate [tutorials](https://www.researchobject.org/ro-crate/tutorials) provide step-by step introduction to RO-Crate. The [Crate-O](https://language-research-technology.github.io/crate-o/) and [RO-Crate playground](https://ro-crate.ldaca.edu.au/) provide graphical ways to create and explore RO-Crate." %} 9 | 10 | {% include tools-table.html %} 11 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/roles.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Roles 3 | layout: default 4 | sidebar: main 5 | --- 6 | 7 | {% include section-navigation-tiles.html type="roles" search=true %} -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/roles/compliance_officer.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Compliance Officer 3 | description: A compliance officer ensures that various research outputs conform to either policy or legal requirements in research, and here may either be judging the suitability of RO-crates for use in their research/development context, or else ensuring outputs conform to those regulations. And profiles or schemas for consistency. 4 | icon: fa-list-check 5 | page_id: compliance_officer 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/roles/data_analyst.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Data Analyst 3 | description: A data analyst will, on a routine basis, be charged with data wrangling, checking consistency of data, and for the analytic process by which is it appraised or evaluated, including using the data with various tools, applying specific algorithms, etc. In this context, an analyst may consider packing inputs or outputs from their routine work as RO-crates, perhaps for archiving or for sharing. 4 | icon: fa-chart-column 5 | page_id: data_analyst 6 | related_pages: 7 | domains: [biomedical_science] 8 | --- 9 | {% include item_details.html %} 10 | 11 | {% include related_use_cases.html %} 12 | 13 | {% include related_pages.html %} 14 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/roles/data_steward.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Data Steward 3 | description: A data steward is responsible for all data in the various data life cycle stages. In this context, RO-crate may be a solution at various stages of the data life cycle. 4 | icon: fa-file-shield 5 | page_id: data_steward 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/roles/information_architect.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Information Architect 3 | description: An information architect is responsible for designing and possibly implementing new infrastructure and information solutions that fit with existing infrastructure and initiatives. 4 | icon: fa-file-contract 5 | page_id: information_architect 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/roles/managerial.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Managerial 3 | description: A manager will operate at a higher strategic level, and may not necessarily want the deep technical / implementation details around RO-crates. A higher level view of RO-crates in a wider context is required. 4 | icon: fa-paperclip 5 | page_id: managerial 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/roles/repository_manager.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Repository Manager 3 | description: Besides managing a repository and associated services, systems and support, a repository manager will promote the discoverability, visibility and accessibility of the repository content, and ensure they are accurate, up-to-date and comply with institutional/community standards. 4 | icon: fa-database 5 | page_id: repository_manager 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/roles/researcher.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Researcher 3 | description: A researcher is concerned with their own research interests, which may use a wide variety of tools, software, data, etc. In this context, a researcher may also partly have a developer role, and may be looking into whether RO-crates can fill any need in their work. 4 | icon: fa-microscope 5 | page_id: researcher 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/roles/software_developer.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Sofware Developer 3 | description: Software developers develop software systems, and this is their day-to-day work. They may not necessarily be involved in the design, nor in ongoing maintenance. Software engineers will also be involved in the design, and possibly less in the implementation. Research software engineers would be involved in all stages, and likely subsequent maintenance. RO-crates may provide a solution for integration/archiving/distribution in various development steps. 4 | icon: fa-code 5 | page_id: software_developer 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/tasks.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Tasks 3 | layout: default 4 | sidebar: main 5 | --- 6 | 7 | {% include section-navigation-tiles.html type="tasks" search=true %} -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/tasks/compliance.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Compliance 3 | description: Ensure compliance to standards or SOPs 4 | icon: fa-list-check 5 | page_id: compliance 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/tasks/conduct_research.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Conduct Research 3 | description: Reproducibility, generate novel information 4 | icon: fa-microscope 5 | page_id: conduct_research 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/tasks/curation.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Data Curation 3 | description: Reproducibility, data examination in depth, data QC 4 | icon: fa-file-circle-check 5 | page_id: curation 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/tasks/data_handling.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Data Handling 3 | description: Archive data, data wrangling, data packaging, moving data from one service to another 4 | icon: fa-laptop-file 5 | page_id: data_handling 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/tasks/manage_data.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Managing Research Data 3 | description: Procedural compliance depending on data/source and intent, archive data 4 | icon: fa-database 5 | page_id: manage_data 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/tasks/software_development.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Software Development 3 | sescription: Develop code 4 | icon: fa-code 5 | page_id: software_development 6 | --- 7 | {% include item_details.html %} 8 | 9 | {% include related_use_cases.html %} 10 | 11 | {% include related_pages.html %} 12 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | title: Use Cases 3 | layout: default 4 | sidebar: main 5 | redirect_from: 6 | - /implementations 7 | - /in-use 8 | - /in-use/index.html 9 | --- 10 | # RO-Crate in use 11 | 12 | These applications are known to use or expose RO-Crates to describe Data, Datasets or Workflows. 13 | 14 | This page shows all use cases. You can also browse the use cases by the [domains](domains), [tasks](tasks), or [roles](roles) that interest you most. 15 | 16 | Want to see your own use case here? Submit it through [Google Forms](https://forms.gle/zD7ojwP9TCuYswEV7) or [GitHub](https://github.com/ResearchObject/ro-crate/blob/main/docs/pages/use_cases/README.md). 17 | 18 | {% include section-navigation-tiles.html type="use_cases" search=true %} 19 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/.template.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: example 3 | title: Example Use Case Title 4 | description: This is a short description of the project, how it uses RO-Crate, and what it does. 5 | url: https://example.org/ 6 | image: example.svg 7 | domains: [page_id1, page_id2] # should match item(s) in pages/domains 8 | tasks: [page_id] # should match item(s) in pages/tasks 9 | roles: [page_id] # should match item(s) in pages/roles 10 | --- 11 | 27 | 28 | # Example 29 | 30 | [![Example logo](../../assets/img/example.svg)](https://example.org/) 31 | 32 | [Example](https://reliance.rohub.org/) (EXAMPLE-ACRONYM), is a... 33 | 34 | Example uses RO-Crate for ... as .... 35 | 36 | Example works with Project X, ..... 37 | 38 | ![Example screenshot with RO-Crate](../../assets/img/example-screenshot.png) 39 | 40 | 41 | ## RO-Crate in Example 42 | 43 | (Show practically how RO-Crate is used, link to profile of RO-Crate, etc.) 44 | 45 | The Example API supports [RO-Crate export](http://example.org/docs/ro-crate) as... 46 | 47 | Example also plans to do... 48 | 49 | Example: 50 | ``` 51 | curl -H "Accept: application/ld+json" https://example.com/ro-crate/a72f314d 52 | 53 | { 54 | "@context": { … }, 55 | "@graph": [ 56 | … 57 | { 58 | "@id": "./", 59 | "hasPart": […], 60 | "@type": "Dataset", 61 | } 62 | … 63 | } 64 | ``` 65 | 66 | 67 | ## Resources 68 | 69 | * [Example Homepage](https://example.org/) 70 | * [Example documentation](https://example.org/docs/) 71 | * [RO-Crate profile for Example](https://example.org/crate-profile) 72 | * [Example Tutorials](https://example.org/docs/tutorial) 73 | * [Example presentation](http://example.org/) 74 | 75 | ## Publications 76 | 77 | Alice Land, Bob Bunny (2020): 78 | **Example and RO-Crate**. 79 | _Example Journal_ **0**(1) 80 | 81 | [[preprint](http://example.com/preprint.pdf)] 82 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/README.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | # Add your use case 2 | 3 | If you are using RO-Crate in your project, we welcome you to add your use case here. The use case should be written in [Markdown](https://www.markdownguide.org/), include a description of the project, how it uses RO-Crate, and any relevant links. You may also include a logo and screenshots. 4 | 5 | See example: 6 | 7 | ## How to add a new use case 8 | First upload logo in SVG or PNG format to [assets.img](../assets/img), naming it same as the new page, e.g. `example.svg` to match `example.md` - you may also add a `example-screenshot.png` to illustrate how RO-Crate is used. 9 | 10 | Then in this folder, create a new Markdown file using the [template](.template.md), e.g. `example.md`. 11 | 12 | ## Template 13 | The template [here](.template.md) provides a structure for your use case to get started. Your use case should contain the following page data values: 14 | 15 | - **page_id**: example 16 | - **title**: Example Use Case Title 17 | - **description**: This is a short description of the project, how it uses RO-Crate, and what it does. 18 | - **url**: https://example.org/ 19 | - **image**: example.svg 20 | 21 | Replace _Example_ and _example.org_ in the template with the name/link for your project. 22 | 23 | 24 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/appdb.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: appdb 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/appdb 5 | title: EGI AppDB 6 | description: EGI’s Application Database (AppDB) has support for RO-Crate download, either as a JSON-LD metadata file or a ZIP archive. 7 | url: https://appdb.egi.eu/ 8 | domains: [] 9 | tasks: [software_development] 10 | roles: [repository_manager, software_developer] 11 | --- 12 | 13 | # EGI's Application Database 14 | 15 | EGI's Application Database ([AppDB](https://appdb.egi.eu/)) has [support for RO-Crate](https://wiki.appdb.egi.eu/docs/integration/ro-crate/) download, either as a JSON-LD metadata file or a ZIP archive. 16 | 17 | The AppDB RO-Crates describe the software as `SoftwareApplication` entities, similar to [CodeMeta](https://codemeta.github.io/), including link to virtual machine iamges etc. 18 | 19 | * [RO-Crate integration in AppDB](https://wiki.appdb.egi.eu/docs/integration/ro-crate/) 20 | * [Example RO-Crate](https://appdb.egi.eu/store/vappliance/egi.ubuntu.20.04#) for appliance [EGI Ubuntu 20.04](https://appdb.egi.eu/store/vappliance/egi.ubuntu.20.04) 21 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/arkisto.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: arkisto 3 | title: Arkisto 4 | description: Arkisto was a project website that aimed to outline a principled approach to research data management. 5 | url: https://arkisto-platform.github.io/ 6 | image: arkisto.png 7 | domains: [] 8 | tasks: [data_handling] 9 | roles: [data_steward, information_architect, repository_manager] 10 | --- 11 | 12 | # Arkisto 13 | 14 | Arkisto was a project website that aimed to outline a principled approach to research data management. The site is no longer being maintained. 15 | 16 | The work done on Arkisto has been developed into a set of protocols: Protocols for Implementing Long-term Archival Repositories Services (PILARS) . See the [RRKive](rrkive) and [PILARS](pilars) pages for more information. 17 | 18 | Arkisto was built on top of Research Object Crate (RO-Crate) and the Oxford Common File System Layout (OCFL). 19 | 20 | Arkisto logo 21 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/aroma.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: aroma 3 | title: AROMA ARP RO-Crate Manager 4 | description: AROMA (ARP RO-Crate Manager) is part of Hungarian initiative ELKH ARP, extending Harvard Dataverse to allow dynamic metadata editing of data deposit metadata. 5 | url: https://researchdata.hu/en/service-map 6 | domains: [] 7 | tasks: [data_handling, software_development, data_curation] 8 | roles: [data_steward, repository_manager,software_developer, information_architect] 9 | --- 10 | 11 | # AROMA ARP RO-Crate Manager 12 | 13 | AROMA (ARP RO-Crate Manager) is part of Hungarian initiative [ELKH ARP](https://science-research-data.hu/en), extending [Harvard Dataverse](https://dataverse.harvard.edu/) to allow dynamic metadata editing of data deposit metadata using multiple schemas, mapped using and presented using the [Describo Crate Builder Web](https://github.com/describo/crate-builder-component-react) component. Different [Metadata blocks](https://guides.dataverse.org/en/latest/admin/metadatacustomization.html) in Dataverse are supported. 14 | 15 | 16 | This forms part of the [Data Repository Platform (ARP)](https://researchdata.hu/en/service-map) of a data repository, RO-Crate manager, schema registry and federated search. 17 | 18 | ## Resources 19 | 20 | * [Data Repository Platform (ARP)](https://researchdata.hu/en/service-map) 21 | * [Developing ELKH ARP AROMA](https://sztaki.hun-ren.hu/en/innovation/news/developing-elkh-arp-aroma-published-describo-newsletter-australia) 22 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/autosubmit.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: autosubmit 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/autosubmit 5 | title: Autosubmit 6 | description: Autosubmit is an open source Python experiment and workflow manager used to manage complex workflows on Cloud and HPC platforms. Autosubmit uses RO-Crate to package the configuration, traces (logs, metrics, databases, etc.), and data of experiments and workflows. 7 | url: https://autosubmit.readthedocs.io/ 8 | image: autosubmit.svg 9 | domains: [climate_science] 10 | tasks: [conduct_research, data_handling] 11 | roles: [data_analyst, information_architect, managerial, researcher] 12 | --- 13 | 14 | # Autosubmit 15 | 16 | [Autosubmit](https://autosubmit.readthedocs.io/en/master/) is an 17 | experiment and workflow manager that is able to produce Workflow 18 | Run RO-Crate files. Before Autosubmit adopted RO-Crate, the 19 | provenance of workflow runs was available but was it was not 20 | standardized, consisting of configuration and trace files 21 | compressed into a single archive file. 22 | 23 | Now, Autosubmit produces a ZIP file with the same content as before, 24 | but it also includes the top level RO-Crate JSON-LD file. In this file 25 | users can find data annotated with persistent identifiers (PID), 26 | and following a pre-defined schema, which makes it not only human- 27 | but also machine-actionable. 28 | 29 | The most common use cases for Autosubmit are climate and weather 30 | workflows executed in HPC environments, like 31 | [BSC's MareNostrum](https://www.bsc.es/marenostrum/marenostrum). 32 | The execution logs include metrics from models, Slurm jobs, energy usage, 33 | dependency versions, and more. Now more accessible through RO-Crate. 34 | 35 | ## Publications 36 | 37 | Bruno de Paula Kinoshita, Edgar Garriga Nogales, Manuel Giménez de Castro Marciani, Miguel Castrillo Melguizo (2025): 38 | **FAIR Digital Objects in Autosubmit Workflows** 39 | _International FAIR Digital Objects Implementation Summit 2024_, Berlin, Germany, 2024-03-20/--21. 40 | _Open Conference Proceedings_ **5** 41 | 42 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/datalake.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: datalake 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/datalake 5 | title: KEDO Data Lake 6 | description: Knowledge Enhanced Digital Objects (KEDO) is an experimental approach of building a data lake using a combination of knowledge graphs, RO-Crate and PID records. 7 | url: https://github.com/luoyu357/KEDODataLake 8 | domains: [] 9 | tasks: [curation] 10 | roles: [information_architect] 11 | --- 12 | 13 | # KEDO Data Lake 14 | 15 | 16 | Knowledge Enhanced Digital Objects ([KEDO](https://github.com/luoyu357/KEDODataLake)) is an experimental approach of building a data lake using a combination of knowledge graphs, RO-Crate and PID records. 17 | 18 | A KEDO PID is a Handle that identifies a KEDO Object, described using a KEDO RO-Crate. This crate again has _internal RO-Crate_s as parts, which records a combination of _Features_ and _Insights_. The distinction is that features are mainly fixed at digital object creation and considered directly describing the object's nature, while insights can be discovered later from further processing and linkage. 19 | 20 | Files in a KEDO RO-Crate are stored locally, and each recorded with a Handle PID within the crate. In this KEOD setup of multiple graphs then form a single knowledge unit. 21 | 22 | ## Resources 23 | 24 | * Yu Luo (2022): [Knowledge enhanced digital objects](https://www.proquest.com/docview/2763290077) (Doctoral dissertation, Indiana University) 25 | * Conference paper: 26 | * Source: 27 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/dataplant.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: dataplant 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/dataplant 5 | title: Data Plant 6 | description: DataPLANT`s mission is to provide a sustainable and well annotated data management platform for plant sciences. 7 | url: https://nfdi4plants.org/content/learn-more/annotated-research-context.html 8 | domains: [biology, omics] 9 | tasks: [manage_data] 10 | roles: [information_architect] 11 | --- 12 | 13 | # DataPlant 14 | 15 | [DataPlant](https://nfdi4plants.org/) is implementing [Annotated Research Context (ARC)](https://nfdi4plants.org/content/learn-more/annotated-research-context.html), an RO-Crate profile that combines the Investigation Study Assay model ([ISA](https://isa-specs.readthedocs.io/en/latest/isamodel.html)) and the Common Workflow Language ([CWL](https://www.commonwl.org/)) to capture a range from single experimental setups to complex experimental designs. 16 | 17 | In ARC, files are managed in a git repository with a fixed structure following the ISA model, in addition to metadata in an Excel spreadsheet. The [arcCommander](https://github.com/nfdi4plants/arcCommander) tool can help with managing this structure, while the tool [arc--to-roc](https://github.com/nfdi4plants/arc-to-roc) can inspect the structure to generate an RO-Crate metadata file. 18 | The [ARC specification](https://github.com/nfdi4plants/ARC-specification/blob/main/ARC%20specification.md#appendix-conversion-of-arcs-to-ro-crates) allows augmentation by adding an explicit `ro-crate-metadata.json` to the ARC. 19 | 20 | DataPlant has provided [detailed guides to creating ARCs](https://www.nfdi4plants.de/nfdi4plants.knowledgebase/docs/guides/index.html) and introduce further tooling. 21 | 22 | ## Publications 23 | 24 | Sebastian Beier, Daniel Arend, Daniel Bauer, Marco Brandizi, Dominik Brilhaus, Eli Chadwick, Vera Clemens, Michael R. Crusoe, Manuel Feser, Jonas Grieb, Xiaoming Hu, Abigail Miller, Timo Mühlhaus, Stuart Owen, Maja Rey, Gabriel Schneider, Julian Schneider, Kevin Schneider, Heinrich Lukas Weil, Florian Wetzels (2025): 25 | **BioHackEU24 report: Creating user benefit from ARC-ISA RO-Crate machine-actionability & Increasing FAIRness of digital agrosystem resources by extending Bioschemas** 26 | _BioHackrXiv_ 27 | 28 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/datastewardship.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: datastewardship 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/datastewardship 5 | title: Data Stewardship Wizard 6 | description: The Data Stewardship Wizard (DSW) is an interactive platform for making data management plans 7 | url: https://ds-wizard.org/ 8 | image: dsw-logo.svg 9 | domains: [] 10 | tasks: [conduct_research, manage_data] 11 | roles: [data_steward, researcher] 12 | --- 13 | 29 | 30 | # Data Stewardship Wizard 31 | 32 | The [Data Stewardship Wizard](https://ds-wizard.org/) (DSW) is an interactive platform for making data management plans. By using the [ro-crate-template](https://github.com/ds-wizard/ro-crate-template) it is possible to export RO-Crate from DSW. 33 | 34 | 35 | ## Resources 36 | 37 | * Preprint: 38 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/desci.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: desci 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/desci 5 | title: DeSci Nodes 6 | description: The DeSci Nodes system has been developed by the DeSci foundation, where dPID (distibuted Persistent Identifier) act as an overlay of the Interplanetary File System (IPFS) 7 | url: https://docs.desci.com/ 8 | domains: [] 9 | tasks: [compliance, data_handling, manage_data] 10 | roles: [compliance_officer, repository_manager, researcher] 11 | --- 12 | 13 | 14 | # DeSci Nodes 15 | 16 | The [DeSci Nodes](https://docs.desci.com/) system has been developed by the [DeSci foundation](https://www.descifoundation.org/), where [dPID](https://www.dpid.org/) (distibuted Persistent Identifier) act as an overlay of the Interplanetary File System (IPFS). 17 | 18 | Users can interact with the DeSci platform for building and publishing Research Objects, and the [DeSci metadata](https://docs.desci.com/learn/open-state-repository/metadata) are exposed as a [detached RO-Crate](https://www.researchobject.org/ro-crate/1.2/structure.html#detached-ro-crate) with IPFS references (see [example dPID](https://beta.dpid.org/46?jsonld)). 19 | 20 | DeSci Nodes have documented a [FAIR Implementation Profile](https://docs.desci.com/learn/fair-data/fair-compliance/desci-nodes-fip) (FIP) documenting compliance with FAIR principles. 21 | 22 | ## Publications 23 | 24 | Andrey Vukolov, Erik van Winkle, Vyacheslav Tykhonov, Roberto Pugliese (2024): 25 | **Decentralised Persistent Identification** - an Emerging Technology for Sustainability Maintenance and Knowledge-driven Processes. 26 | _IFAC-PapersOnLine_ **58**(8) 27 | 28 | 29 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/eln.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: eln 3 | title: Electronic Lab Notebook 4 | description: 5 | url: https://guides.dataverse.org/en/6.4/installation/advanced.html#inventory-of-external-exporters 6 | domains: [chemistry, biomedical_science] 7 | tasks: [data_handling, manage_data] 8 | roles: [data_steward, repository_manager, researcher] 9 | --- 10 | 11 | # Electronic Lab Notebook 12 | 13 | The [ELN file format](https://github.com/TheELNConsortium/TheELNFileFormat) has been defined as an archive format to capture Electronic Laboratory Notebooks (ELN). 14 | 15 | An ELN archive is a ZIP file with the `.eln` extension, containing a single root folder which is an RO-Crate. 16 | 17 | The [ELN specification](https://github.com/TheELNConsortium/TheELNFileFormat/blob/master/SPECIFICATION.md) is based on the RO-Crate specification and is exported by Lab notebook software including [eLabFTW](https://www.elabftw.net/) 18 | 19 | ELN archives can be [previewed in Dataverse](https://github.com/gdcc/dataverse-previewers/pull/21). 20 | 21 | 22 | 23 | ## ELN implementations and examples 24 | 25 | | Implementation | .eln import | .eln export | Example | 26 | | ------------------------------------------------- | ----------- | ------------ | ------------ | 27 | | [eLabFTW](https://www.elabftw.net) | ✅ | ✅ | [elabftw](https://github.com/TheELNConsortium/TheELNFileFormat/tree/master/examples/elabftw) | 28 | | [Kadi4Mat](https://kadi.iam.kit.edu/) | ✅ | ✅ | [kadi4mat](https://github.com/TheELNConsortium/TheELNFileFormat/tree/master/examples/kadi4mat) | 29 | | [Pasta](https://github.com/PASTA-ELN/pasta-eln) | ✅ | ✅ | [PASTA](https://github.com/TheELNConsortium/TheELNFileFormat/tree/master/examples/PASTA) | 30 | | [SampleDB](https://github.com/sciapp/sampledb) | ✅ | ✅ | [SampleDB](https://github.com/TheELNConsortium/TheELNFileFormat/tree/master/examples/SampleDB) | 31 | | [Rspace](https://www.researchspace.com/) | ✅ | ✅ | [RSpace](https://github.com/TheELNConsortium/TheELNFileFormat/tree/master/examples/RSpace) | 32 | | [NOMAD](https://nomad-lab.eu) | ✅ | | | 33 | 34 | _Table adapted from [TheELNConsortium/TheELNFileFormat](https://github.com/TheELNConsortium/TheELNFileFormat/tree/master?tab=readme-ov-file#known-implementations)_ 35 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/fairscape.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: fairscape 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/fairscape 5 | title: FAIRSCAPE 6 | description: FAIRSCAPE is a framework for reusable cloud-based computations using ARK identifiers with rich provenance in an evidence graph and the Evidence Graph Ontology (EVI) 7 | url: https://fairscape.github.io/ 8 | domains: [biology] 9 | tasks: [conduct_research, data_handling] 10 | roles: [information_architect, researcher] 11 | --- 12 | 13 | # FAIRSCAPE 14 | 15 | [FAIRSCAPE](https://fairscape.github.io/) is a framework for reusable cloud-based computations using [ARK identifiers](https://arks.org/) with rich provenance in an [evidence graph](https://doi.org/10.1007/978-3-030-80960-7_3) and the [Evidence Graph Ontology](https://w3id.org/EVI) (EVI). The command line [fairscape-cli](https://fairscape.github.io/fairscape-cli/) uses RO-Crate and BagIt for data validation and packaging in FAIRSCAPE. This approach is used for [Cell Maps for AI (CM4AI)](https://cm4ai.org/), a part of NIH's [Bridge2AI](https://commonfund.nih.gov/bridge2ai) program. 16 | 17 | 18 | ## Resources 19 | 20 | * Example: 21 | * Publication: 22 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/life-monitor.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: life-monitor 3 | redirect_from: 4 | - life_monitor 5 | - /in-use/life_monitor 6 | title: Life Monitor 7 | description: Life Monitor is a testing and monitoring service for computational workflows being developed as part of the EOSC-Life project. It aims to facilitate the execution, monitoring and sharing of workflow tests over time, allowing to detect deviations from expected workflow operation and provide useful feedback to the workflow authors 8 | image: life_monitor.png 9 | domains: [biology, biomedical_science, medicine, omics] 10 | tasks: [conduct_research, software_development] 11 | roles: [researcher, software_developer] 12 | --- 13 | 29 | # Life Monitor 30 | [Life Monitor](https://crs4.github.io/life_monitor/) is a testing and monitoring service for computational workflows being developed as part of the [EOSC-Life](https://www.eosc-life.eu) project. It aims to facilitate the execution, monitoring and sharing of workflow tests over time, allowing to detect deviations from expected workflow operation and provide useful feedback to the workflow authors for maintaining and improving their work. 31 | 32 | Life Monitor uses RO-Crate as an exchange format for the description of test suites associated with workflows. To this end, the Life Monitor team is developing [an extension to the Workflow RO-Crate specification](https://github.com/crs4/life_monitor/wiki/Workflow-Testing-RO-Crate) to support the inclusion of metadata related to the testing of computational workflows stored in the crate. 33 | 34 | ![](https://www.researchobject.org/ro-crate/assets/img/ro-crate-exchange.png) 35 | 36 | As shown in the above picture, Life Monitor gets metadata about the workflow, including test suites, from the workflow's RO-Crate, and uses them to communicate with the relevant CI services. Test outcomes are then collected and exposed via a REST API. 37 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/livepublication.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: livepublication 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/livepublication 5 | title: LivePublication 6 | description: LivePublication is a proof of concept of an executable paper, which interactive visualization and statistical calculations can be regenerated on the fly taking into consideration data sources updated after the paper’s publication date. 7 | url: https://livepublication.github.io/LP_Pub_LID/ 8 | domains: [language_text] 9 | tasks: [conduct_research, software_development] 10 | roles: [data_analyst, managerial, researcher, software_developer] 11 | --- 12 | 13 | 14 | # LivePublication: Executable Paper 15 | 16 | [LivePublication](https://livepublication.github.io/LP_Pub_LID/) is a proof of concept of an _executable paper_, which interactive visualization and statistical calculations can be regenerated on the fly taking into consideration data sources updated after the paper's publication date. 17 | 18 | A [corresponding RO-Crate](https://livepublication.github.io/LP_Pub_OrchestrationCrate/) is the mechanism to enable this execution on the Globus infrastructure through an innovative use of individual RO-Crates and containers for each computable element of the paper, nested within a top-level Crate for the paper. 19 | 20 | This novel approach shows how it is possible to use RO-Crate as an machine-actionable object, which do not rely on bundling an underlying workflow representation in an existing workflow language. 21 | 22 | 23 | ## Resources 24 | 25 | * Conference paper: (not open access) 26 | * Example LivePublication: 27 | * Example crate: 28 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/madmp.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: madmp 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/madmp 5 | title: Machine-actionable data management plans 6 | description: RDA maDMP Mapper and Ro-Crate_2ma-DMP can convert between machine-actionable data management plans (maDMP) and RO-Crate. 7 | url: https://github.com/GhaithArf/ro-crate-rda-madmp-mapper 8 | domains: [] 9 | tasks: [manage_data] 10 | roles: [data_steward] 11 | --- 12 | 13 | 14 | # Machine-actionable data management plans 15 | 16 | [RDA maDMP Mapper](https://github.com/GhaithArf/ro-crate-rda-madmp-mapper) and [Ro-Crate\_2\_ma-DMP](https://github.com/BrennerG/Ro-Crate_2_ma-DMP/tree/r2d_) can convert between machine-actionable data management plans (maDMP) and RO-Crate. See for details. 17 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/pilars.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: pilars 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/arkisto 5 | title: "PILARS" 6 | description: PILARS is a set of Protocols for Implementing Long-term Archival Repository Services 7 | url: https://w3id.org/ldac/pilars/ 8 | image: 9 | domains: [] 10 | tasks: [data_handling] 11 | roles: [data_steward, information_architect, repository_manager] 12 | --- 13 | 14 | # PILARS 15 | 16 | The Protocols for Implementing Long-term Archival Repository Services (PILARS, ) are inspired by the continuing success of the technical approach taken over two decades by [PARADISEC](paradisec). PARADISEC houses cultural heritage material from more than 1360 languages with standard metadata, with data stored in commodity services (initially files on disk, now objects in a cloud storage service), and metadata adjacent to the data. PILARS was developed through work with the Language Data Commons of Australia to generalise the PARADISEC approach to other disciplines. 17 | 18 | PILARS is aimed at IT practitioners, archivists, librarians, researchers and infrastructure managers involved in long-term data management. The protocols are intended to be complementary to the existing practices and principles of those disciplines. 19 | 20 | ## Rationale 21 | 22 | In a research context it is important to be able to support the FAIR principles, ensuring that data is well described by metadata, is identified with persistent identifiers, and that shared services with good governance are in place to store interoperable data, to make it findable and provide appropriate access controls. 23 | 24 | These protocols could form the basis for design, evaluation or procurement of archival repository-services, but also allow for data custodians to begin organising data in a format ready for archiving and digital preservation as long as they have access to some kind of commodity storage, by using a range of tools. 25 | 26 | The PILARS Protocols call for the implementation of a linked-data metadata standard for describing data; RO-Crate represents one option for this. 27 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/ro-compose.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: ro-compose 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/ro-compose 5 | title: Research Object Composer 6 | description: Research Object Composer is a REST API for gradually building and depositing Research Objects according to a pre-defined profile. 7 | url: https://github.com/researchobject/research-object-composer 8 | domains: [] 9 | tasks: [conduct_research, software_development] 10 | roles: [researcher, software_developer] 11 | --- 12 | 13 | # Research Object Composer 14 | 15 | [Research Object Composer](https://github.com/researchobject/research-object-composer) is a REST API for gradually building and depositing Research Objects according to a pre-defined profile. It uses JSON as an intermediate format and modified JSON schemas to define a Profile (RO-Crate support _alpha_) 16 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/rrkive.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: rrkive 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/arkisto 5 | title: RRkive 6 | description: RRKive is a website aimed to outline a principled approach to research data management with guidance on data storage and metadata 7 | url: https://rrkive.org/ 8 | image: rrkive.png 9 | domains: [] 10 | tasks: [data_handling] 11 | roles: [data_steward, information_architect, repository_manager] 12 | --- 13 | 14 | # RRKive 15 | 16 | 17 | The RRKive site, managed by the Language Data Commons of Australia collects resources related to implementing Archival Repository ([RRKive](https://rkive.org/)) solutions based on a set of Protocols know as the PILARS: Principles for Implementing Long-term Archival Repository Services. https://w3id.org/ldac/pilars. RRkive is built on RO-Crate as a way to describe data objects for long term archiving. 18 | 19 | RRKive is a replacement for [Arkisto](arkisto). 20 | 21 | 22 | 23 | ![RRKive logo is the word RRKive with a parrot sitting on it](assets/img/rrkive.png) 24 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/sciebo.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: sciebo 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/sciebo 5 | title: Sciebo RDS 6 | description: Sciebo RDS (Research Data Services) is a self-hosted interface between data repositories and file storage solutions, assisting the research data deposition process with annotations made using Describo Online and stored as an RO-Crate 7 | url: https://cs3mesh4eosc.eu/ 8 | domains: [language_text] 9 | tasks: [data_handling] 10 | roles: [data_steward, information_architect] 11 | --- 12 | 13 | # Sciebo RDS 14 | 15 | Sciebo RDS (Research Data Services) is a self-hosted interface between data repositories and file storage solutions, assisting the research data deposition process with annotations made using [Describo Online](https://arkisto-platform.github.io/tools/description/describo-online/) and stored as an RO-Crate, which is then mapped to the chosen repository's metadata scheme. Supported repositories include OSF, InvenioRDM, Harvard Dataverse. This is developed as a [CS3MESH4EOSC](https://cs3mesh4eosc.eu/) with cultural heritage studies archive PARADISEC as use case. 16 | 17 | 18 | ## Resources 19 | 20 | * [Conference abstract from CS3](https://indico.cern.ch/event/1210538/contributions/5207925/), [slides](https://indico.cern.ch/event/1210538/contributions/5207925/attachments/2603775/4500547/CS3_2023_ScieboRDS_final.pdf) [video](https://cds.cern.ch/record/2855346) 21 | * [CS3MESH4EOSC Webinar](https://cs3mesh4eosc.eu/data-services/open-data-systems) 22 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/survey-ontology-example.png: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/ResearchObject/ro-crate/eb2c6b8f85438d94b7931e3eac6987da0fc43380/docs/pages/use_cases/survey-ontology-example.png -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/uts-cultural.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: uts-cultural 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/uts-cultural 5 | title: UTS Cultural Datasets 6 | description: The UTS Cultural Datasets project is collaborating with Humanities and Social Science (HASS) researchers and is re-using existing UTS Data infrastructure to build interactive services that allow people to use the data. 7 | url: https://arkisto-platform.github.io/case-studies/uts-cultural/ 8 | domains: [history, social_science] 9 | tasks: [data_handling, manage_data] 10 | roles: [data_steward, information_architect,managerial] 11 | --- 12 | 13 | 14 | # UTS Cultural Datasets 15 | 16 | The [UTS Cultural Datasets](https://arkisto-platform.github.io/case-studies/uts-cultural/) project is collaborating with Humanities and Social Science (HASS) researchers and is re-using existing UTS Data infrastructure to build interactive services that allow people to use the data. They make use of RO-Crate to be able to directly transfer data and mappings to the [Expert Nation database](https://expertnation.org/). 17 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/uts-research-data.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: uts-research-data 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/uts-research-data 5 | title: UTS Research Data Repository 6 | description: The UTS Research Data Repository is a searchable portal for discovering and accessing public datasets by UTS researchers. 7 | url: https://arkisto-platform.github.io/case-studies/uts-repo/ 8 | domains: [] 9 | tasks: [conduct_research, data_handling] 10 | roles: [repository_manager] 11 | --- 12 | 13 | 14 | # UTS Research Data Repository 15 | 16 | The [UTS Research Data Repository](https://arkisto-platform.github.io/case-studies/uts-repo/) is a searchable portal for discovering and accessing public datasets by UTS researchers. Datasets are described with RO-Crates and published either through the University’s institutional research data management system or direct import from research storage devices for very large datasets. 17 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/wildlive.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: wildlive 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/wildlive 5 | title: Wildlive portal 6 | description: Senckenberg’s Wildlive data portal, is a repository and analysis platform for biodiversity monitoring. 7 | url: "https://wildlive.senckenberg.de/" 8 | domains: [ecology] 9 | tasks: [conduct_research, manage_data] 10 | roles: [data_analyst, repository_manager, researcher] 11 | --- 12 | 13 | # Senckenberg Wildlive data portal 14 | 15 | Senckenberg's [Wildlive data portal](https://wildlive.senckenberg.de/) is a repository and analysis platform for biodiversity monitoring. 16 | 17 | Using [FAIR Signposting](https://signposting.org/FAIR/), the images from cameras monitoring wildlife are also navigatable as FAIR Digital Objects using RO-Crate to expose the metadata. 18 | 19 | The portal uses [detached RO-Crate](https://www.researchobject.org/ro-crate/1.2-DRAFT/structure.html#detached-ro-crate) as the images are served over separate API calls for seaprate digital objects. At the same time, the use of Handles for persistent identifiers have been explored, as a demonstrator of a hybrid Web/Handle FDO based on the . 20 | 21 | ![Screenshot of Wildlive with Signposting navigation](../../assets/img/wildlive/signposting.png) 22 | _Screenshot of Wildlive with Signposting navigation to RO-Crate from a [capture event](https://wildlive.senckenberg.de/captureevent/wildlive/7df91e6d148a386cc674) (using [signposting-chrome-extension](https://github.com/SandyRogers/signposting-chrome-extension))_ 23 | 24 | ![HTML preview of Wildlive RO-Crate](../../assets/img/wildlive/ro-crate-preview.png) 25 | _HTML preview of Wildlive RO-Crate (from [the event's crate](https://wildlive.senckenberg.de/api/call?objectId=wildlive/7df91e6d148a386cc674&method=getAsROCrate))_ 26 | 27 | ## Resources 28 | 29 | * Slides: 30 | * Biohackathon preprint: 31 | * Wildlive oublication: 32 | * Example handle: 33 | * Example detached RO-Crate: 34 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/workflowhub.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: workflowhub 3 | redirect_from: 4 | - /in-use/workflowhub 5 | title: WorkflowHub 6 | description: WorkflowHub imports and exports Workflow RO-Crates, using it as an exchange format. They are a specialization of RO-Crate for packaging an executable workflow with all necessary documentation. It is aligned with, and intends to strictly extend, the more general Bioschemas ComputationalWorkflow profile. 7 | url: https://workflowhub.eu/ 8 | image: workflow_hub.svg 9 | domains: [biomedical_science, omics] 10 | tasks: [conduct_research, data_handling, manage_data] 11 | roles: [information_architect, managerial, repository_manager, researcher] 12 | --- 13 | # WorkflowHub 14 | [WorkflowHub](https://about.workflowhub.eu/) is a registry for describing, sharing and publishing scientific computational workflows. 15 | 16 | WorkflowHub aims to facilitate discovery and re-use of workflows in an accessible and interoperable way. This is achieved through extensive use of open standards and tools, including CWL, RO-Crate, Bioschemas and GA4GH's TRS API, in accordance with the FAIR principles. 17 | 18 | WorkflowHub supports workflows of any type in its native repository. 19 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/pages/use_cases/zbmed.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | --- 2 | page_id: zbmed 3 | title: ZBMed SemTec web pages 4 | description: The Semantic Technologies (SemTec) team in ZB MED uses GitHub pages to share research projects and corresponding research artefacts/outcomes. 5 | url: https://www.zbmed.de/en/ 6 | image: ZBMED.svg 7 | domains: [biomedical_science, medicine, informatics] 8 | tasks: [conduct_research, manage_data] 9 | roles: [data_steward, researcher] 10 | --- 11 | 12 | # ZBMed 13 | 14 | The [Semantic Technologies](https://zbmed-semtec.github.io/) (SemTec) team in [ZB MED](https://www.zbmed.de/en/) uses GitHub pages to share research projects and corresponding research artefacts/outcomes. 15 | 16 | Using [FAIR Signposting](https://signposting.org/FAIR/), Bioschemas and RO-Crate this is an example of a lightweight deployment of FAIR Digital Objects (FDOs). 17 | 18 | This work was supported by a [FAIR-IMPACT support action](https://fair-impact.eu/1st-open-call-support-closed) and developed further at the ELIXIR Biohackathon 2023. 19 | 20 | 21 | ## Resources 22 | 23 | * Slides: 24 | * Biohackathon preprint: 25 | * Example page w/ RO-Crate: 26 | * Example RO-Crate: 27 | * Example RO-Crate preview: 28 | -------------------------------------------------------------------------------- /environment.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | name: ro-crate 2 | channels: 3 | - conda-forge 4 | - bioconda 5 | - defaults 6 | dependencies: 7 | - make=4.3 8 | - coreutils=8 9 | - tar=1 10 | - curl=7 11 | - sed=4.8 12 | - python=3.8 13 | - requests=2.24 14 | - panflute=2.1.3 15 | - rb-jekyll=4.0 # for binary deps, use "bundle exec jekyll serve" for jekyll 5 16 | - pandoc=2.11 17 | - nodejs=14.8 # for makehtml 18 | # - gxx_linux-64=12.2 19 | # - weasyprint=v51 20 | # - xelatex 3.14159265-2.6-0.999991 21 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/simple-dataset-0.1.0/data/repository-sizes-chart.png: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/ResearchObject/ro-crate/eb2c6b8f85438d94b7931e3eac6987da0fc43380/examples/simple-dataset-0.1.0/data/repository-sizes-chart.png -------------------------------------------------------------------------------- /examples/simple-dataset-0.1.0/data/repository-sizes.ods: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/ResearchObject/ro-crate/eb2c6b8f85438d94b7931e3eac6987da0fc43380/examples/simple-dataset-0.1.0/data/repository-sizes.ods -------------------------------------------------------------------------------- /examples/simple-dataset-0.1.0/data/repository-sizes.tsv: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 776 058e572d251d42263f86faa6ec1ca6c549d2e8e6 2 | 446568 070ef020a834da7ec7523f2947eeb60e4bb63eda 3 | 282984 0809ac51520731190dfd611d7beac67cfd0e2e87 4 | 1044 0c51a9461c898962026f07418a42e4eedc91de99 5 | 4228 0f5af0a0d2e2568781d0dca9bc64d1bf26c8d485 6 | 288 18c699fd2f3da2b5f1b58f6d4767291fe1ef1416 7 | 446640 1a2b5d62cde8555e5932907b28189585a2bf99d2 8 | 836 202a2346ae8fb5e1b31483ac74950b9bf80c9d24 9 | 27656 2e39b07921b628dc125fcfed631f18f8f33c2b33 10 | 11580 32d1a9d0d0bd2e3d19d4bd9185b6e32eb049e227 11 | 28396 3648a54b68d10a6470e7b7d5db6a7a29f0b5ab33 12 | 25868 3dc5caef478bdd334886acaa399928f2a6e322ff 13 | 304 3e6fb12279bf43906990cdfa7f548afdb26fc38c 14 | 11512 3ec0d19076841a1140e71cc3a1b330a56099aac2 15 | 1582464 4821a0cc9ddf47ce0bf463e21fe16a5ba7087861 16 | 200 48a8830bcfcea9791ddcc77912c56b6d5cb08cdf 17 | 48360 4bd92f98342b13d532a3fabf765c8303e52fad2e 18 | 172 4e913fc5d8b778527987b6efc461e20e766daa51 19 | 1056 522a4b0fac95d626d8abbe10c4cf9908beb0a03d 20 | 104648 564202a08cb4c3397d26cbcc51510103d0f287d3 21 | 4 5b7c5d19cde5d0833b7dd71c493bb2187c4654d7 22 | 496 6b88931bbf6960e60080fe415143724c95186af9 23 | 50952 7aea8224895fc71bef81d1fc9fb76e4e2e4740c0 24 | 965248 7b9990b6ccd66bda315501527b2767831cbc65a2 25 | 356 819d86dcdbd9b6e97667f1a0e659aca22853fff2 26 | 9172 847072963d0ce9777a844a563df4723b177dc5f8 27 | 204584 8afd415368dd5f94c3f50604b45070e476183f50 28 | 12932 a39971474fe6c77626f533d2a4ed4a6f7ac07477 29 | 1152 aafd1894a2c225b76f1a3500daba78f8937764b8 30 | 176 ba578221d346dcfe41294161c88b58f533a0d89f 31 | 184 bcf62484af78b9303de0d12bbaa71c3ed95b3b55 32 | 148 c6e1595ea61e8c93ce30f464fd4589cf907c20cb 33 | 572 c9ad79d523b67c3aa85d7774dac0979f54a69323 34 | 696128 d596cbbfad41b259da541c1e3dfc03f1c68897fa 35 | 31192 de2f27c62300a77b4008a602a72413d78024a23b 36 | 452 e5c7c578b5085261997f9a3263a7aad71a1340d3 37 | 168 e604a8422868bae09bad9e7523da77a1f744d7a0 38 | 71860 e900d135c30d76f541a88d7fedf1c932944b062f 39 | 1448 e9cccbaa54f2e73180bf13e2ae02cf2af4df51f7 40 | 4 ef6882fa7ee1ce52310a874de596096278c21457 41 | 140 f5167b97c9ff19c042684f131a6912a48c5357e6 42 | 196 f8e818fa436ea3a551e53c15bf3526e6f36a2263 43 | 996 fe65d56e3cc59fe4aacb04c7fc8181f8f5ecdb85 44 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/simple-dataset-0.1.0/manifest.jsonld: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | { 2 | "@context": ["http://schema.org", "https://w3id.org/bundle/context"], 3 | "@type": ["ro:ResearchObject", "Dataset"], 4 | 5 | "@id": ".", 6 | "identifier": "976287d8886dbc477272976658598b1764493a3e", 7 | 8 | "name": "Dataset of repository sizes in CWL Viewer", 9 | "description": "This is a simple dataset showing the size in bytes of the repositories examined by https://view.commonwl.org/ sinze September 2018", 10 | "keywords": "CWL, repository, example", 11 | "temporalCoverage": "2018-09/2019-01", 12 | "contentLocation": { 13 | "@id": "http://sws.geonames.org/9884115/", 14 | "name": "Kilburn Building, Manchester, UK" 15 | }, 16 | 17 | "datePublished": "2019-02-13", 18 | "publisher": { 19 | "@id": "http://researchobject.org/", 20 | "name": "Research Object community" 21 | }, 22 | "creator": { 23 | "@id": "https://orcid.org/0000-0001-9842-9718", 24 | "name": "Stian Soiland-Reyes", 25 | "email": "soiland-reyes@manchester.ac.uk" 26 | }, 27 | 28 | "distribution": [ 29 | { 30 | "@id": "data/repository-sizes.tsv", 31 | "name": "Repository Sizes TSV", 32 | "description": "Tab-separated file. Executed du -s * on heater.cs.man.ac.uk:/data/git" 33 | }, 34 | { 35 | "@id": "data/repository-sizes.ods", 36 | "name": "Repository Sizes spreadsheet", 37 | "description": "OpenOffice spreadsheet that generates a chart. Imported from TSV." 38 | } 39 | ], 40 | 41 | "aggregates": [ 42 | { 43 | "@id": "data/repository-sizes-chart.png", 44 | "@type": ["ImageObject", "roterms:Result"], 45 | "description": "Line chart of repository sizes. Exported from spreadsheet." 46 | }, 47 | { 48 | "@id": "data/logs/", 49 | "@type": "ro:Folder", 50 | "description": "Some log files from the server, not further categorized" 51 | } 52 | ] 53 | 54 | } 55 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/simple-workflow-0.1.0/fastqc_workflow/repository_dependencies.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/.gitignore: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | # macOS 2 | .DS_Store 3 | .AppleDouble 4 | .LSOverride 5 | 6 | # KNIME files 7 | .knimeLock 8 | .project 9 | .savedWithData 10 | 11 | # KNIME directories containing node data 12 | internal/ 13 | port_*/ 14 | .metadata/ 15 | internalTables/ 16 | .artifacts/ 17 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/.travis.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | sudo: required 2 | 3 | language: python 4 | 5 | python: 6 | - "3.6" 7 | 8 | # command to install dependencies 9 | install: 10 | - pip install -U pip 11 | - pip install -U setuptools wheel 12 | - pip install cwltool 13 | - pip install cwlref-runner 14 | # - pip install html5lib 15 | 16 | services: 17 | - docker 18 | 19 | script: 20 | - test/test.sh 21 | - docker build -t ibisba/retropath2 . 22 | 23 | notifications: 24 | email: false 25 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/Dockerfile: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | FROM ibisba/knime-workflow-base:3.6.2-1 2 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/README.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | # RetroPath2-cwl -- RetroPath2.0 IBISBA Node 2 | 3 | [![Build Status](https://travis-ci.org/ibisba/RetroPath2-cwl.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/ibisba/RetroPath2-cwl) 4 | [![](https://images.microbadger.com/badges/version/ibisba/retropath2.svg)](https://hub.docker.com/r/ibisba/retropath2 "ibisba/retropath2") 5 | [![](https://images.microbadger.com/badges/image/ibisba/retropath2.svg)](https://microbadger.com/images/ibisba/retropath2 "Get your own image badge on microbadger.com") 6 | 7 | * Docker image: [ibisba/retropath2](https://hub.docker.com/r/ibisba/retropath2) 8 | * Base images: [ibsiba/knime-workflow-base](https://hub.docker.com/r/ibisba/knime-workflow-base/) 9 | * License: tbd 10 | 11 | RetroPath2.0 builds a reaction network from a set of source compounds to a set of sink compounds. 12 | 13 | ## Quick start 14 | 15 | `TODO` 16 | 17 | ## Contributing 18 | 19 | To build the docker image yourself, use 20 | 21 | ``` 22 | docker build -t ibisba/RetroPath2 . 23 | ``` 24 | 25 | ### How to cite RetroPath2? 26 | Please cite: 27 | 28 | Delépine B, Duigou T, Carbonell P, Faulon JL. RetroPath2.0: A retrosynthesis workflow for metabolic engineers. Metabolic Engineering, 45: 158-170, 2018. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ymben.2017.12.002 29 | 30 | ### Licence 31 | 32 | `TODO` 33 | 34 | The Docker image contains software dependencies under other open source licenses. 35 | 36 | `TODO` -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/test/test.sh: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | #!/usr/bin/env bash 2 | set -e 3 | 4 | # run a conformance test for all files in the tools/ 5 | o_pwd=$(pwd) 6 | cd test/ 7 | mkdir -p test-files/dm3 8 | chmod 777 test-files/dm3 9 | 10 | for i in ../tools/*.cwl; do 11 | bn=$(basename ${i} .cwl) 12 | 13 | echo "Testing: ${bn}" 14 | 15 | #if [ -f ${bn}-test.yaml ]; then 16 | cwltool --validate ${i} 17 | #./cwltest.py --tool "cwltool" --conformance-test --test ${bn}-test.yaml --force-test-tool ${i} 18 | #else 19 | # echo "fail" 20 | #fi 21 | 22 | done 23 | 24 | #PUSH_DOCKER="" 25 | # 26 | #if [ "${TRAVIS_PULL_REQUEST}" = "false" ]; then 27 | # PUSH_DOCKER="--push-image" 28 | #fi 29 | # 30 | # 31 | #echo "STAR real run indexing genome/ reads alignment" 32 | #./cwltest.py ${PUSH_DOCKER} --tool "cwltool" --test STAR-test.yaml 33 | # 34 | #echo "samtools-index indexing BAM" 35 | #./cwltest.py ${PUSH_DOCKER} --tool "cwltool" --test samtools-index-test.yaml 36 | # 37 | #echo "bedtools-genomecov genomecov bedGraph" 38 | #./cwltest.py ${PUSH_DOCKER} --tool "cwltool" --test bedtools-genomecov-test.yaml 39 | 40 | 41 | cd ${o_pwd} 42 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/tools/RetroPath2.cwl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | #!/usr/bin/env cwl-runner 2 | 3 | cwlVersion: v1.0 4 | class: CommandLineTool 5 | baseCommand: 6 | arguments: ["output.dir=$(runtime.outdir)"] 7 | hints: 8 | DockerRequirement: 9 | dockerPull: ibisba/retropath2:latest 10 | inputs: 11 | input.rulesfile: 12 | type: File 13 | inputBinding: 14 | prefix: input.rulesfile= 15 | separate: false 16 | input.sourcefile: 17 | type: File 18 | inputBinding: 19 | prefix: input.sourcefile= 20 | separate: false 21 | input.sinkfile: 22 | type: File? 23 | inputBinding: 24 | prefix: input.sinkfile= 25 | separate: false 26 | input.cofsfile: 27 | type: File? 28 | inputBinding: 29 | prefix: input.cofsfile= 30 | separate: false 31 | 32 | input.topx: 33 | type: int? 34 | inputBinding: 35 | prefix: input.topx= 36 | separate: false 37 | input.max-steps: 38 | type: int? 39 | inputBinding: 40 | prefix: input.max-steps= 41 | separate: false 42 | input.dmin: 43 | type: int? 44 | inputBinding: 45 | prefix: input.dmin= 46 | separate: false 47 | input.dmax: 48 | type: int? 49 | inputBinding: 50 | prefix: input.dmax= 51 | separate: false 52 | input.mwmax-source: 53 | type: int? 54 | inputBinding: 55 | prefix: input.mwmax-source= 56 | separate: false 57 | input.mwmax-cof: 58 | type: int? 59 | inputBinding: 60 | prefix: input.mwmax-cof= 61 | separate: false 62 | input.stereo_mode: 63 | type: string? 64 | inputBinding: 65 | prefix: input.stereo_mode= 66 | separate: false 67 | input.std_mode: 68 | type: string? 69 | inputBinding: 70 | prefix: input.std_mode= 71 | separate: false 72 | #dev.prefilter-rm-brakets int 73 | #dev.use-py-fire int 74 | #dev.py-fire-timeout int 75 | #dev.source-chunk-size int 76 | #dev.py-fire-procs int 77 | #dev.scope-filter-bootstraps int 78 | #dev.scope-filter-stepback int 79 | #dev.scope-filter-samestep int 80 | 81 | outputs: 82 | solutionfile: 83 | type: File 84 | outputBinding: 85 | glob: results.csv 86 | sourceinsinkfile: 87 | type: File? 88 | outputBinding: 89 | glob: source-in-sink.csv 90 | stdout: 91 | type: stdout 92 | 93 | stdout: output.txt 94 | 95 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/BUILD (#936)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Compute scop (#1080)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/FIRE (#782)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/PARSE (#914)/Sanitize (#945)/StandardizeC (#750)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/PARSE (#914)/Sanitize (#946)/StandardizeC (#750)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Remove globa (#1083)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Rules (#940)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Source_ Sink (#938)/Read Sources (#741)/Parse Cofact (#775)/Sanitize (#766)/Standardize (#750)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Source_ Sink (#938)/Read Sources (#741)/Parse Sinks (#766)/Sanitize (#764)/Standardize (#750)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Source_ Sink (#938)/Read Sources (#741)/Parse Source (#767)/Sanitize (#766)/Standardize (#750)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Source_ Sink (#938)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Write Source (#1085)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Write global (#963)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Write per so (#1079)/Write csv_ j (#1077)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/Write per so (#1079)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Core (#1081)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Input config (#740)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/Output confi (#959)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.1.0/workflow/workflowset.meta: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | T. Duigou, B. Delépine & J.-L. Faulon 3 | 9/1/2017 4 | release: r20180730 5 | 6 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.2.0/.gitignore: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | # macOS 2 | .DS_Store 3 | .AppleDouble 4 | .LSOverride 5 | 6 | # KNIME files 7 | .knimeLock 8 | .project 9 | .savedWithData 10 | 11 | # KNIME directories containing node data 12 | internal/ 13 | port_*/ 14 | .metadata/ 15 | internalTables/ 16 | .artifacts/ 17 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.2.0/.travis.yml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | sudo: required 2 | 3 | language: python 4 | 5 | python: 6 | - "3.6" 7 | 8 | # command to install dependencies 9 | install: 10 | - pip install -U pip 11 | - pip install -U setuptools wheel 12 | - pip install cwltool 13 | - pip install cwlref-runner 14 | # - pip install html5lib 15 | 16 | services: 17 | - docker 18 | 19 | script: 20 | - test/test.sh 21 | - docker build -t ibisba/retropath2 . 22 | 23 | notifications: 24 | email: false 25 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.2.0/Dockerfile: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | FROM ibisba/knime-workflow-base:3.6.2-1 2 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.2.0/README.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | # RetroPath2-cwl -- RetroPath2.0 IBISBA Node 2 | 3 | [![Build Status](https://travis-ci.org/ibisba/RetroPath2-cwl.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/ibisba/RetroPath2-cwl) 4 | [![](https://images.microbadger.com/badges/version/ibisba/retropath2.svg)](https://hub.docker.com/r/ibisba/retropath2 "ibisba/retropath2") 5 | [![](https://images.microbadger.com/badges/image/ibisba/retropath2.svg)](https://microbadger.com/images/ibisba/retropath2 "Get your own image badge on microbadger.com") 6 | 7 | * Docker image: [ibisba/retropath2](https://hub.docker.com/r/ibisba/retropath2) 8 | * Base images: [ibsiba/knime-workflow-base](https://hub.docker.com/r/ibisba/knime-workflow-base/) 9 | * License: tbd 10 | 11 | RetroPath2.0 builds a reaction network from a set of source compounds to a set of sink compounds. 12 | 13 | ## Quick start 14 | 15 | `TODO` 16 | 17 | ## Contributing 18 | 19 | To build the docker image yourself, use 20 | 21 | ``` 22 | docker build -t ibisba/RetroPath2 . 23 | ``` 24 | 25 | ### How to cite RetroPath2? 26 | Please cite: 27 | 28 | Delépine B, Duigou T, Carbonell P, Faulon JL. RetroPath2.0: A retrosynthesis workflow for metabolic engineers. Metabolic Engineering, 45: 158-170, 2018. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ymben.2017.12.002 29 | 30 | ### Licence 31 | 32 | `TODO` 33 | 34 | The Docker image contains software dependencies under other open source licenses. 35 | 36 | `TODO` -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.2.0/test/test.sh: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | #!/usr/bin/env bash 2 | set -e 3 | 4 | # run a conformance test for all files in the tools/ 5 | o_pwd=$(pwd) 6 | cd test/ 7 | mkdir -p test-files/dm3 8 | chmod 777 test-files/dm3 9 | 10 | for i in ../tools/*.cwl; do 11 | bn=$(basename ${i} .cwl) 12 | 13 | echo "Testing: ${bn}" 14 | 15 | #if [ -f ${bn}-test.yaml ]; then 16 | cwltool --validate ${i} 17 | #./cwltest.py --tool "cwltool" --conformance-test --test ${bn}-test.yaml --force-test-tool ${i} 18 | #else 19 | # echo "fail" 20 | #fi 21 | 22 | done 23 | 24 | #PUSH_DOCKER="" 25 | # 26 | #if [ "${TRAVIS_PULL_REQUEST}" = "false" ]; then 27 | # PUSH_DOCKER="--push-image" 28 | #fi 29 | # 30 | # 31 | #echo "STAR real run indexing genome/ reads alignment" 32 | #./cwltest.py ${PUSH_DOCKER} --tool "cwltool" --test STAR-test.yaml 33 | # 34 | #echo "samtools-index indexing BAM" 35 | #./cwltest.py ${PUSH_DOCKER} --tool "cwltool" --test samtools-index-test.yaml 36 | # 37 | #echo "bedtools-genomecov genomecov bedGraph" 38 | #./cwltest.py ${PUSH_DOCKER} --tool "cwltool" --test bedtools-genomecov-test.yaml 39 | 40 | 41 | cd ${o_pwd} 42 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.2.0/tools/RetroPath2.cwl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | #!/usr/bin/env cwl-runner 2 | 3 | cwlVersion: v1.0 4 | class: CommandLineTool 5 | baseCommand: 6 | arguments: ["output.dir=$(runtime.outdir)"] 7 | hints: 8 | DockerRequirement: 9 | dockerPull: ibisba/retropath2:latest 10 | inputs: 11 | input.rulesfile: 12 | type: File 13 | inputBinding: 14 | prefix: input.rulesfile= 15 | separate: false 16 | input.sourcefile: 17 | type: File 18 | inputBinding: 19 | prefix: input.sourcefile= 20 | separate: false 21 | input.sinkfile: 22 | type: File? 23 | inputBinding: 24 | prefix: input.sinkfile= 25 | separate: false 26 | input.cofsfile: 27 | type: File? 28 | inputBinding: 29 | prefix: input.cofsfile= 30 | separate: false 31 | 32 | input.topx: 33 | type: int? 34 | inputBinding: 35 | prefix: input.topx= 36 | separate: false 37 | input.max-steps: 38 | type: int? 39 | inputBinding: 40 | prefix: input.max-steps= 41 | separate: false 42 | input.dmin: 43 | type: int? 44 | inputBinding: 45 | prefix: input.dmin= 46 | separate: false 47 | input.dmax: 48 | type: int? 49 | inputBinding: 50 | prefix: input.dmax= 51 | separate: false 52 | input.mwmax-source: 53 | type: int? 54 | inputBinding: 55 | prefix: input.mwmax-source= 56 | separate: false 57 | input.mwmax-cof: 58 | type: int? 59 | inputBinding: 60 | prefix: input.mwmax-cof= 61 | separate: false 62 | input.stereo_mode: 63 | type: string? 64 | inputBinding: 65 | prefix: input.stereo_mode= 66 | separate: false 67 | input.std_mode: 68 | type: string? 69 | inputBinding: 70 | prefix: input.std_mode= 71 | separate: false 72 | #dev.prefilter-rm-brakets int 73 | #dev.use-py-fire int 74 | #dev.py-fire-timeout int 75 | #dev.source-chunk-size int 76 | #dev.py-fire-procs int 77 | #dev.scope-filter-bootstraps int 78 | #dev.scope-filter-stepback int 79 | #dev.scope-filter-samestep int 80 | 81 | outputs: 82 | solutionfile: 83 | type: File 84 | outputBinding: 85 | glob: results.csv 86 | sourceinsinkfile: 87 | type: File? 88 | outputBinding: 89 | glob: source-in-sink.csv 90 | stdout: 91 | type: stdout 92 | 93 | stdout: output.txt 94 | 95 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.2.0/workflow/Core (#1081)/BUILD (#936)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 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confi (#959)/settings.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | -------------------------------------------------------------------------------- /examples/workflow-0.2.0/workflow/workflowset.meta: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | T. Duigou, B. Delépine & J.-L. Faulon 3 | 9/1/2017 4 | release: r20180730 5 | 6 | -------------------------------------------------------------------------------- /package.json: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | { 2 | "dependencies": { 3 | "ro-crate-html": "^0.1.4" 4 | } 5 | } 6 | --------------------------------------------------------------------------------