├── samples
    ├── sample.col
    ├── huck.col
    ├── miles250.col
    └── anna.col
├── .gitignore
├── README.md
├── clq
    ├── johnson8-2-4.clq.txt
    ├── hamming6-4.clq.txt
    ├── MANN_a9.clq.txt
    ├── c-fat200-1.clq.txt
    ├── hamming6-2.clq.txt
    ├── johnson8-4-4.clq.txt
    └── c-fat200-2.clq.txt
└── main.py


/samples/sample.col:
--------------------------------------------------------------------------------
1 | e 2 1
2 | e 3 1
3 | e 4 2
4 | e 4 3
5 | e 3 2
6 | 


--------------------------------------------------------------------------------
/.gitignore:
--------------------------------------------------------------------------------
  1 | # Byte-compiled / optimized / DLL files
  2 | __pycache__/
  3 | *.py[cod]
  4 | *$py.class
  5 | 
  6 | # C extensions
  7 | *.so
  8 | 
  9 | # Distribution / packaging
 10 | .Python
 11 | env/
 12 | build/
 13 | develop-eggs/
 14 | dist/
 15 | downloads/
 16 | eggs/
 17 | .eggs/
 18 | lib/
 19 | lib64/
 20 | parts/
 21 | sdist/
 22 | var/
 23 | wheels/
 24 | *.egg-info/
 25 | .installed.cfg
 26 | *.egg
 27 | 
 28 | # PyInstaller
 29 | #  Usually these files are written by a python script from a template
 30 | #  before PyInstaller builds the exe, so as to inject date/other infos into it.
 31 | *.manifest
 32 | *.spec
 33 | 
 34 | # Installer logs
 35 | pip-log.txt
 36 | pip-delete-this-directory.txt
 37 | 
 38 | # Unit test / coverage reports
 39 | htmlcov/
 40 | .tox/
 41 | .coverage
 42 | .coverage.*
 43 | .cache
 44 | nosetests.xml
 45 | coverage.xml
 46 | *.cover
 47 | .hypothesis/
 48 | 
 49 | # Translations
 50 | *.mo
 51 | *.pot
 52 | 
 53 | # Django stuff:
 54 | *.log
 55 | local_settings.py
 56 | 
 57 | # Flask stuff:
 58 | instance/
 59 | .webassets-cache
 60 | 
 61 | # Scrapy stuff:
 62 | .scrapy
 63 | 
 64 | # Sphinx documentation
 65 | docs/_build/
 66 | 
 67 | # PyBuilder
 68 | target/
 69 | 
 70 | # Jupyter Notebook
 71 | .ipynb_checkpoints
 72 | 
 73 | # pyenv
 74 | .python-version
 75 | 
 76 | # celery beat schedule file
 77 | celerybeat-schedule
 78 | 
 79 | # SageMath parsed files
 80 | *.sage.py
 81 | 
 82 | # dotenv
 83 | .env
 84 | 
 85 | # virtualenv
 86 | .venv
 87 | venv/
 88 | ENV/
 89 | 
 90 | # Spyder project settings
 91 | .spyderproject
 92 | .spyproject
 93 | 
 94 | # Rope project settings
 95 | .ropeproject
 96 | 
 97 | # mkdocs documentation
 98 | /site
 99 | 
100 | # mypy
101 | .mypy_cache/
102 | 


--------------------------------------------------------------------------------
/README.md:
--------------------------------------------------------------------------------
 1 | # Description
 2 | 
 3 | Realisation of branch and bound algorithm for solving Maximum clique problem using greedy coloring heuristic to estimate upper bound and greedy clique heuristic for lower bound on each step.<br>
 4 | 
 5 | Details: http://www.m-hikari.com/ams/ams-2014/ams-1-4-2014/mamatAMS1-4-2014-3.pdf
 6 | 
 7 | ## Instructions
 8 | This is `Python 3.5.2` realization with usage of `NetworkX` library 
 9 | 
10 | To run script you should specify following parameters:
11 | - `--path` - path to DIMACS-format graph
12 | - `--time` - time limit in seconds
13 | - `--test` - path to folder with graphs, generates excel-table with results on exit. (still need to specify `--path` just for nothing)
14 | 
15 | ## Test results
16 | 
17 | Graph name|#Nodes|#Edges|Found clique length|Time (ms)
18 | ---|---|---|---|---
19 | miles250.col|128|774|8|1.001
20 | anna.col|138|986|11|355.994
21 | homer.col|561|3258|13|1198.999
22 | huck.col|74|602|11|70.997
23 | le450_5a.col|450|5714|5|11773.576
24 | le450_5b.col|450|5734|5|11867.003
25 | le450_5c.col|450|9803|5|19642.002
26 | le450_5d.col|450|9757|5|18900.578
27 | le450_15b.col|450|8169|15|7223.001
28 | le450_15c.col|450|16680|15|46407.516
29 | le450_15d.col|450|16750|15|50872.791
30 | le450_25a.col|450|8260|25|340.000
31 | le450_25c.col|450|17343|25|44315.806
32 | le450_25d.col|450|17425|25|40426.008
33 | johnson8-2-4.clq|28|210|4|114.503
34 | hamming6-4.clq|64|704|4|300.501
35 | c-fat200-1.clq|200|1534|12|1389.498
36 | c-fat200-2.clq|200|3235|24|1475.499
37 | c-fat200-5.clq|200|8473|58|7305.004
38 | c-fat500-1.clq|500|4459|14|5257.009
39 | c-fat500-2.clq|500|9139|26|20467.029
40 | c-fat500-5.clq|500|23191|64|52392.166
41 | c-fat500-10.clq|500|46627|126|65.000
42 | 
43 | All this graphs are placed in `samples` folder. <br>More of them you can find here: http://mat.gsia.cmu.edu/COLOR/instances.html <br>
44 | Huge ones: http://iridia.ulb.ac.be/~fmascia/maximum_clique/DIMACS-benchmark#detC125.9
45 | 


--------------------------------------------------------------------------------
/clq/johnson8-2-4.clq.txt:
--------------------------------------------------------------------------------
  1 | c File:  johnson8-2-4.clq
  2 | c
  3 | c Source: Panos Pardalos pardalos@math.ufl.edu
  4 | c
  5 | c Reference: Johnson graph: johnsona-b-c is generated by
  6 | c            binary vectors of length a and weight b, with
  7 | c            two vertices adjacent if the hamming distance
  8 | c            between them is at least d.
  9 | c
 10 | p edge 28 210
 11 | e 4 3
 12 | e 5 2
 13 | e 6 1
 14 | e 7 3
 15 | e 7 5
 16 | e 7 6
 17 | e 8 2
 18 | e 8 4
 19 | e 8 6
 20 | e 9 1
 21 | e 9 4
 22 | e 9 5
 23 | e 10 1
 24 | e 10 2
 25 | e 10 3
 26 | e 11 3
 27 | e 11 5
 28 | e 11 6
 29 | e 11 8
 30 | e 11 9
 31 | e 11 10
 32 | e 12 2
 33 | e 12 4
 34 | e 12 6
 35 | e 12 7
 36 | e 12 9
 37 | e 12 10
 38 | e 13 1
 39 | e 13 4
 40 | e 13 5
 41 | e 13 7
 42 | e 13 8
 43 | e 13 10
 44 | e 14 1
 45 | e 14 2
 46 | e 14 3
 47 | e 14 7
 48 | e 14 8
 49 | e 14 9
 50 | e 15 1
 51 | e 15 2
 52 | e 15 3
 53 | e 15 4
 54 | e 15 5
 55 | e 15 6
 56 | e 16 3
 57 | e 16 5
 58 | e 16 6
 59 | e 16 8
 60 | e 16 9
 61 | e 16 10
 62 | e 16 12
 63 | e 16 13
 64 | e 16 14
 65 | e 16 15
 66 | e 17 2
 67 | e 17 4
 68 | e 17 6
 69 | e 17 7
 70 | e 17 9
 71 | e 17 10
 72 | e 17 11
 73 | e 17 13
 74 | e 17 14
 75 | e 17 15
 76 | e 18 1
 77 | e 18 4
 78 | e 18 5
 79 | e 18 7
 80 | e 18 8
 81 | e 18 10
 82 | e 18 11
 83 | e 18 12
 84 | e 18 14
 85 | e 18 15
 86 | e 19 1
 87 | e 19 2
 88 | e 19 3
 89 | e 19 7
 90 | e 19 8
 91 | e 19 9
 92 | e 19 11
 93 | e 19 12
 94 | e 19 13
 95 | e 19 15
 96 | e 20 1
 97 | e 20 2
 98 | e 20 3
 99 | e 20 4
100 | e 20 5
101 | e 20 6
102 | e 20 11
103 | e 20 12
104 | e 20 13
105 | e 20 14
106 | e 21 1
107 | e 21 2
108 | e 21 3
109 | e 21 4
110 | e 21 5
111 | e 21 6
112 | e 21 7
113 | e 21 8
114 | e 21 9
115 | e 21 10
116 | e 22 3
117 | e 22 5
118 | e 22 6
119 | e 22 8
120 | e 22 9
121 | e 22 10
122 | e 22 12
123 | e 22 13
124 | e 22 14
125 | e 22 15
126 | e 22 17
127 | e 22 18
128 | e 22 19
129 | e 22 20
130 | e 22 21
131 | e 23 2
132 | e 23 4
133 | e 23 6
134 | e 23 7
135 | e 23 9
136 | e 23 10
137 | e 23 11
138 | e 23 13
139 | e 23 14
140 | e 23 15
141 | e 23 16
142 | e 23 18
143 | e 23 19
144 | e 23 20
145 | e 23 21
146 | e 24 1
147 | e 24 4
148 | e 24 5
149 | e 24 7
150 | e 24 8
151 | e 24 10
152 | e 24 11
153 | e 24 12
154 | e 24 14
155 | e 24 15
156 | e 24 16
157 | e 24 17
158 | e 24 19
159 | e 24 20
160 | e 24 21
161 | e 25 1
162 | e 25 2
163 | e 25 3
164 | e 25 7
165 | e 25 8
166 | e 25 9
167 | e 25 11
168 | e 25 12
169 | e 25 13
170 | e 25 15
171 | e 25 16
172 | e 25 17
173 | e 25 18
174 | e 25 20
175 | e 25 21
176 | e 26 1
177 | e 26 2
178 | e 26 3
179 | e 26 4
180 | e 26 5
181 | e 26 6
182 | e 26 11
183 | e 26 12
184 | e 26 13
185 | e 26 14
186 | e 26 16
187 | e 26 17
188 | e 26 18
189 | e 26 19
190 | e 26 21
191 | e 27 1
192 | e 27 2
193 | e 27 3
194 | e 27 4
195 | e 27 5
196 | e 27 6
197 | e 27 7
198 | e 27 8
199 | e 27 9
200 | e 27 10
201 | e 27 16
202 | e 27 17
203 | e 27 18
204 | e 27 19
205 | e 27 20
206 | e 28 1
207 | e 28 2
208 | e 28 3
209 | e 28 4
210 | e 28 5
211 | e 28 6
212 | e 28 7
213 | e 28 8
214 | e 28 9
215 | e 28 10
216 | e 28 11
217 | e 28 12
218 | e 28 13
219 | e 28 14
220 | e 28 15
221 | 


--------------------------------------------------------------------------------
/samples/huck.col:
--------------------------------------------------------------------------------
  1 | c FILE: huck.col
  2 | c Translated from Stanford GraphBase File: huck.gb
  3 | c Stanford GraphBase ID: book(?huck?,74,0,1,43,0,0,0)
  4 | p edge 74 602
  5 | e 1 44
  6 | e 1 4
  7 | e 1 69
  8 | e 1 59
  9 | e 1 13
 10 | e 1 29
 11 | e 1 40
 12 | e 1 11
 13 | e 1 50
 14 | e 1 5
 15 | e 1 25
 16 | e 1 10
 17 | e 1 63
 18 | e 1 22
 19 | e 1 9
 20 | e 1 55
 21 | e 1 72
 22 | e 1 49
 23 | e 2 46
 24 | e 2 55
 25 | e 2 62
 26 | e 2 4
 27 | e 2 74
 28 | e 2 43
 29 | e 2 51
 30 | e 2 57
 31 | e 2 41
 32 | e 3 53
 33 | e 3 52
 34 | e 3 55
 35 | e 3 9
 36 | e 4 69
 37 | e 4 1
 38 | e 4 9
 39 | e 4 22
 40 | e 4 49
 41 | e 4 63
 42 | e 4 68
 43 | e 4 60
 44 | e 4 19
 45 | e 4 56
 46 | e 4 27
 47 | e 4 46
 48 | e 4 55
 49 | e 4 2
 50 | e 4 73
 51 | e 4 43
 52 | e 4 62
 53 | e 4 47
 54 | e 4 67
 55 | e 4 12
 56 | e 4 57
 57 | e 4 32
 58 | e 4 71
 59 | e 4 45
 60 | e 4 41
 61 | e 5 59
 62 | e 5 13
 63 | e 5 29
 64 | e 5 40
 65 | e 5 11
 66 | e 5 50
 67 | e 5 25
 68 | e 5 49
 69 | e 5 1
 70 | e 5 55
 71 | e 6 64
 72 | e 6 23
 73 | e 6 21
 74 | e 6 17
 75 | e 6 34
 76 | e 6 39
 77 | e 6 20
 78 | e 6 55
 79 | e 7 70
 80 | e 8 14
 81 | e 8 44
 82 | e 8 9
 83 | e 8 52
 84 | e 8 38
 85 | e 8 31
 86 | e 8 18
 87 | e 9 69
 88 | e 9 4
 89 | e 9 72
 90 | e 9 10
 91 | e 9 66
 92 | e 9 1
 93 | e 9 49
 94 | e 9 8
 95 | e 9 14
 96 | e 9 44
 97 | e 9 38
 98 | e 9 31
 99 | e 9 18
100 | e 9 3
101 | e 9 53
102 | e 9 52
103 | e 9 22
104 | e 9 55
105 | e 10 72
106 | e 10 1
107 | e 10 49
108 | e 10 55
109 | e 10 9
110 | e 11 59
111 | e 11 13
112 | e 11 29
113 | e 11 40
114 | e 11 50
115 | e 11 5
116 | e 11 25
117 | e 11 49
118 | e 11 1
119 | e 11 55
120 | e 12 55
121 | e 12 73
122 | e 12 43
123 | e 12 62
124 | e 12 4
125 | e 12 47
126 | e 12 67
127 | e 12 57
128 | e 12 41
129 | e 13 59
130 | e 13 29
131 | e 13 40
132 | e 13 11
133 | e 13 50
134 | e 13 5
135 | e 13 25
136 | e 13 49
137 | e 13 1
138 | e 13 55
139 | e 14 8
140 | e 14 44
141 | e 14 9
142 | e 14 52
143 | e 14 38
144 | e 14 31
145 | e 14 18
146 | e 15 22
147 | e 15 55
148 | e 16 65
149 | e 16 55
150 | e 17 28
151 | e 17 30
152 | e 17 64
153 | e 17 23
154 | e 17 21
155 | e 17 6
156 | e 17 34
157 | e 17 39
158 | e 17 20
159 | e 17 55
160 | e 18 22
161 | e 18 8
162 | e 18 14
163 | e 18 44
164 | e 18 9
165 | e 18 52
166 | e 18 38
167 | e 18 24
168 | e 18 31
169 | e 18 55
170 | e 19 68
171 | e 19 55
172 | e 19 60
173 | e 19 73
174 | e 19 4
175 | e 19 56
176 | e 19 27
177 | e 19 57
178 | e 19 41
179 | e 20 64
180 | e 20 23
181 | e 20 21
182 | e 20 17
183 | e 20 6
184 | e 20 34
185 | e 20 39
186 | e 20 55
187 | e 21 64
188 | e 21 23
189 | e 21 17
190 | e 21 6
191 | e 21 34
192 | e 21 39
193 | e 21 20
194 | e 21 55
195 | e 22 18
196 | e 22 44
197 | e 22 69
198 | e 22 49
199 | e 22 4
200 | e 22 66
201 | e 22 63
202 | e 22 1
203 | e 22 61
204 | e 22 26
205 | e 22 57
206 | e 22 41
207 | e 22 15
208 | e 22 42
209 | e 22 55
210 | e 22 9
211 | e 23 30
212 | e 23 64
213 | e 23 21
214 | e 23 17
215 | e 23 6
216 | e 23 34
217 | e 23 39
218 | e 23 20
219 | e 23 55
220 | e 24 18
221 | e 24 31
222 | e 24 42
223 | e 24 55
224 | e 25 59
225 | e 25 13
226 | e 25 29
227 | e 25 40
228 | e 25 11
229 | e 25 50
230 | e 25 5
231 | e 25 49
232 | e 25 1
233 | e 25 55
234 | e 26 22
235 | e 27 68
236 | e 27 55
237 | e 27 60
238 | e 27 19
239 | e 27 73
240 | e 27 57
241 | e 27 41
242 | e 27 4
243 | e 27 56
244 | e 27 62
245 | e 28 17
246 | e 29 59
247 | e 29 13
248 | e 29 40
249 | e 29 11
250 | e 29 50
251 | e 29 5
252 | e 29 25
253 | e 29 49
254 | e 29 1
255 | e 29 55
256 | e 30 23
257 | e 30 55
258 | e 30 17
259 | e 31 8
260 | e 31 14
261 | e 31 44
262 | e 31 9
263 | e 31 52
264 | e 31 38
265 | e 31 24
266 | e 31 18
267 | e 31 55
268 | e 32 4
269 | e 32 71
270 | e 33 49
271 | e 34 64
272 | e 34 23
273 | e 34 21
274 | e 34 17
275 | e 34 6
276 | e 34 39
277 | e 34 20
278 | e 34 55
279 | e 35 48
280 | e 35 58
281 | e 36 60
282 | e 36 55
283 | e 36 57
284 | e 36 41
285 | e 37 72
286 | e 37 49
287 | e 38 8
288 | e 38 14
289 | e 38 44
290 | e 38 9
291 | e 38 52
292 | e 38 31
293 | e 38 18
294 | e 39 64
295 | e 39 23
296 | e 39 21
297 | e 39 17
298 | e 39 6
299 | e 39 34
300 | e 39 20
301 | e 39 55
302 | e 40 59
303 | e 40 13
304 | e 40 29
305 | e 40 11
306 | e 40 50
307 | e 40 5
308 | e 40 25
309 | e 40 49
310 | e 40 1
311 | e 40 55
312 | e 41 68
313 | e 41 60
314 | e 41 19
315 | e 41 73
316 | e 41 56
317 | e 41 27
318 | e 41 46
319 | e 41 2
320 | e 41 74
321 | e 41 43
322 | e 41 51
323 | e 41 62
324 | e 41 47
325 | e 41 67
326 | e 41 12
327 | e 41 36
328 | e 41 4
329 | e 41 57
330 | e 41 22
331 | e 41 55
332 | e 42 22
333 | e 42 55
334 | e 42 24
335 | e 43 47
336 | e 43 67
337 | e 43 12
338 | e 43 73
339 | e 43 4
340 | e 43 2
341 | e 43 74
342 | e 43 51
343 | e 43 57
344 | e 43 41
345 | e 44 22
346 | e 44 1
347 | e 44 55
348 | e 44 49
349 | e 44 8
350 | e 44 14
351 | e 44 9
352 | e 44 52
353 | e 44 38
354 | e 44 31
355 | e 44 18
356 | e 45 4
357 | e 45 71
358 | e 46 55
359 | e 46 62
360 | e 46 4
361 | e 46 57
362 | e 46 41
363 | e 46 2
364 | e 47 55
365 | e 47 73
366 | e 47 43
367 | e 47 62
368 | e 47 4
369 | e 47 67
370 | e 47 12
371 | e 47 57
372 | e 47 41
373 | e 48 35
374 | e 48 58
375 | e 49 44
376 | e 49 22
377 | e 49 69
378 | e 49 59
379 | e 49 13
380 | e 49 29
381 | e 49 40
382 | e 49 11
383 | e 49 50
384 | e 49 5
385 | e 49 25
386 | e 49 4
387 | e 49 33
388 | e 49 10
389 | e 49 9
390 | e 49 37
391 | e 49 1
392 | e 49 55
393 | e 49 72
394 | e 50 59
395 | e 50 13
396 | e 50 29
397 | e 50 40
398 | e 50 11
399 | e 50 5
400 | e 50 25
401 | e 50 49
402 | e 50 1
403 | e 50 55
404 | e 51 2
405 | e 51 74
406 | e 51 43
407 | e 51 57
408 | e 51 41
409 | e 52 8
410 | e 52 14
411 | e 52 44
412 | e 52 38
413 | e 52 31
414 | e 52 18
415 | e 52 3
416 | e 52 53
417 | e 52 55
418 | e 52 9
419 | e 53 3
420 | e 53 52
421 | e 53 55
422 | e 53 9
423 | e 54 55
424 | e 55 44
425 | e 55 59
426 | e 55 13
427 | e 55 29
428 | e 55 40
429 | e 55 11
430 | e 55 50
431 | e 55 5
432 | e 55 25
433 | e 55 69
434 | e 55 10
435 | e 55 66
436 | e 55 1
437 | e 55 72
438 | e 55 49
439 | e 55 68
440 | e 55 60
441 | e 55 19
442 | e 55 73
443 | e 55 56
444 | e 55 27
445 | e 55 46
446 | e 55 4
447 | e 55 2
448 | e 55 62
449 | e 55 47
450 | e 55 67
451 | e 55 12
452 | e 55 36
453 | e 55 57
454 | e 55 41
455 | e 55 15
456 | e 55 30
457 | e 55 64
458 | e 55 23
459 | e 55 21
460 | e 55 17
461 | e 55 6
462 | e 55 34
463 | e 55 39
464 | e 55 20
465 | e 55 65
466 | e 55 16
467 | e 55 54
468 | e 55 18
469 | e 55 31
470 | e 55 3
471 | e 55 53
472 | e 55 52
473 | e 55 22
474 | e 55 42
475 | e 55 24
476 | e 55 9
477 | e 56 68
478 | e 56 55
479 | e 56 60
480 | e 56 19
481 | e 56 73
482 | e 56 57
483 | e 56 41
484 | e 56 4
485 | e 56 27
486 | e 57 68
487 | e 57 60
488 | e 57 19
489 | e 57 73
490 | e 57 56
491 | e 57 27
492 | e 57 46
493 | e 57 2
494 | e 57 74
495 | e 57 43
496 | e 57 51
497 | e 57 62
498 | e 57 47
499 | e 57 67
500 | e 57 12
501 | e 57 36
502 | e 57 4
503 | e 57 41
504 | e 57 22
505 | e 57 55
506 | e 58 35
507 | e 58 48
508 | e 59 13
509 | e 59 29
510 | e 59 40
511 | e 59 11
512 | e 59 50
513 | e 59 5
514 | e 59 25
515 | e 59 49
516 | e 59 1
517 | e 59 55
518 | e 60 36
519 | e 60 68
520 | e 60 55
521 | e 60 19
522 | e 60 73
523 | e 60 4
524 | e 60 56
525 | e 60 27
526 | e 60 57
527 | e 60 41
528 | e 61 22
529 | e 62 46
530 | e 62 2
531 | e 62 55
532 | e 62 4
533 | e 62 47
534 | e 62 67
535 | e 62 12
536 | e 62 57
537 | e 62 41
538 | e 62 27
539 | e 63 4
540 | e 63 1
541 | e 63 22
542 | e 64 23
543 | e 64 21
544 | e 64 17
545 | e 64 6
546 | e 64 34
547 | e 64 39
548 | e 64 20
549 | e 64 55
550 | e 65 16
551 | e 65 55
552 | e 66 22
553 | e 66 55
554 | e 66 9
555 | e 67 55
556 | e 67 73
557 | e 67 43
558 | e 67 62
559 | e 67 4
560 | e 67 47
561 | e 67 12
562 | e 67 57
563 | e 67 41
564 | e 68 55
565 | e 68 60
566 | e 68 19
567 | e 68 73
568 | e 68 4
569 | e 68 56
570 | e 68 27
571 | e 68 57
572 | e 68 41
573 | e 69 4
574 | e 69 22
575 | e 69 9
576 | e 69 1
577 | e 69 49
578 | e 69 55
579 | e 70 7
580 | e 71 32
581 | e 71 4
582 | e 71 45
583 | e 72 10
584 | e 72 9
585 | e 72 37
586 | e 72 1
587 | e 72 55
588 | e 72 49
589 | e 73 68
590 | e 73 55
591 | e 73 60
592 | e 73 19
593 | e 73 56
594 | e 73 27
595 | e 73 57
596 | e 73 41
597 | e 73 47
598 | e 73 67
599 | e 73 12
600 | e 73 43
601 | e 73 4
602 | e 74 2
603 | e 74 43
604 | e 74 51
605 | e 74 57
606 | e 74 41
607 | 


--------------------------------------------------------------------------------
/main.py:
--------------------------------------------------------------------------------
  1 | #!/usr/bin/python
  2 | # -*- coding: utf-8 -*-
  3 | '''
  4 | Find maxumum clique in given dimacs-format graph
  5 | based on:
  6 | http://www.m-hikari.com/ams/ams-2014/ams-1-4-2014/mamatAMS1-4-2014-3.pdf
  7 | '''
  8 | import os
  9 | import sys
 10 | import threading
 11 | from contextlib import contextmanager
 12 | import _thread
 13 | import time
 14 | import networkx as nx
 15 | 
 16 | 
 17 | class TimeoutException(Exception):
 18 |     pass
 19 | 
 20 | 
 21 | @contextmanager
 22 | def time_limit(seconds):
 23 |     timer = threading.Timer(seconds, lambda: _thread.interrupt_main())
 24 |     timer.start()
 25 |     try:
 26 |         yield
 27 |     except KeyboardInterrupt:
 28 |         raise TimeoutException()
 29 |     finally:
 30 |         timer.cancel()
 31 | 
 32 | 
 33 | def timing(f):
 34 |     '''
 35 |     Measures time of function execution
 36 |     '''
 37 |     def wrap(*args):
 38 |         time1 = time.time()
 39 |         ret = f(*args)
 40 |         time2 = time.time()
 41 |         print('\n{0} function took {1:.3f} ms'.format(
 42 |             f.__name__, (time2 - time1) * 1000.0))
 43 |         return (ret, '{0:.3f} ms'.format((time2 - time1) * 1000.0))
 44 |     return wrap
 45 | 
 46 | 
 47 | def read_dimacs_graph(file_path):
 48 |     '''
 49 |         Parse .col file and return graph object
 50 |     '''
 51 |     edges = []
 52 |     with open(file_path, 'r') as file:
 53 |         for line in file:
 54 |             if line.startswith('c'):  # graph description
 55 |                 print(*line.split()[1:])
 56 |             # first line: p name num_of_vertices num_of_edges
 57 |             elif line.startswith('p'):
 58 |                 p, name, vertices_num, edges_num = line.split()
 59 |                 print('{0} {1} {2}'.format(name, vertices_num, edges_num))
 60 |             elif line.startswith('e'):
 61 |                 _, v1, v2 = line.split()
 62 |                 edges.append((v1, v2))
 63 |             else:
 64 |                 continue
 65 |         return nx.Graph(edges)
 66 | 
 67 | 
 68 | def arguments():
 69 |     import argparse
 70 |     parser = argparse.ArgumentParser(
 71 |         description='Compute maximum clique for a graph')
 72 |     parser.add_argument('--path', type=str, required=True,
 73 |                         help='Path to dimacs-format graph file')
 74 |     parser.add_argument('--time', type=int, default=60,
 75 |                         help='Time limit in seconds')
 76 |     parser.add_argument('--test', type=str, default=None, required=False)
 77 |     return parser.parse_args()
 78 | 
 79 | 
 80 | def bronk(graph, P, R=set(), X=set()):
 81 |     '''
 82 |     Implementation of Bron–Kerbosch algorithm for finding all maximal cliques in graph
 83 |     '''
 84 |     if not any((P, X)):
 85 |         yield R
 86 |     for node in P.copy():
 87 |         for r in bronk(graph, P.intersection(graph.neighbors(node)),
 88 |                        R=R.union(node), X=X.intersection(graph.neighbors(node))):
 89 |             yield r
 90 |         P.remove(node)
 91 |         X.add(node)
 92 | 
 93 | 
 94 | def greedy_clique_heuristic(graph):
 95 |     '''
 96 |     Greedy search for clique iterating by nodes 
 97 |     with highest degree and filter only neighbors 
 98 |     '''
 99 |     K = set()
100 |     nodes = [node[0] for node in sorted(nx.degree(graph),
101 |                                         key=lambda x: x[1], reverse=True)]
102 |     while len(nodes) != 0:
103 |         neigh = list(graph.neighbors(nodes[0]))
104 |         K.add(nodes[0])
105 |         nodes.remove(nodes[0])
106 |         nodes = list(filter(lambda x: x in neigh, nodes))
107 |     return K
108 | 
109 | 
110 | def greedy_coloring_heuristic(graph):
111 |     '''
112 |     Greedy graph coloring heuristic with degree order rule
113 |     '''
114 |     color_num = iter(range(0, len(graph)))
115 |     color_map = {}
116 |     used_colors = set()
117 |     nodes = [node[0] for node in sorted(nx.degree(graph),
118 |                                         key=lambda x: x[1], reverse=True)]
119 |     color_map[nodes.pop(0)] = next(color_num)  # color node with color code
120 |     used_colors = {i for i in color_map.values()}
121 |     while len(nodes) != 0:
122 |         node = nodes.pop(0)
123 |         neighbors_colors = {color_map[neighbor] for neighbor in
124 |                             list(filter(lambda x: x in color_map, graph.neighbors(node)))}
125 |         if len(neighbors_colors) == len(used_colors):
126 |             color = next(color_num)
127 |             used_colors.add(color)
128 |             color_map[node] = color
129 |         else:
130 |             color_map[node] = next(iter(used_colors - neighbors_colors))
131 |     return len(used_colors)
132 | 
133 | 
134 | def branching(graph, cur_max_clique_len):
135 |     '''
136 |     Branching procedure
137 |     '''
138 |     g1, g2 = graph.copy(), graph.copy()
139 |     max_node_degree = len(graph) - 1
140 |     nodes_by_degree = [node for node in sorted(nx.degree(graph),  # All graph nodes sorted by degree (node, degree)
141 |                                                key=lambda x: x[1], reverse=True)]
142 |     # Nodes with (current clique size < degree < max possible degree)
143 |     partial_connected_nodes = list(filter(
144 |         lambda x: x[1] != max_node_degree and x[1] <= max_node_degree, nodes_by_degree))
145 |     # graph without partial connected node with highest degree
146 |     g1.remove_node(partial_connected_nodes[0][0])
147 |     # graph without nodes which is not connected with partial connected node with highest degree
148 |     g2.remove_nodes_from(
149 |         graph.nodes() -
150 |         graph.neighbors(
151 |             partial_connected_nodes[0][0]) - {partial_connected_nodes[0][0]}
152 |     )
153 |     return g1, g2
154 | 
155 | 
156 | def bb_maximum_clique(graph):
157 |     max_clique = greedy_clique_heuristic(graph)
158 |     chromatic_number = greedy_coloring_heuristic(graph)
159 |     if len(max_clique) == chromatic_number:
160 |         return max_clique
161 |     else:
162 |         g1, g2 = branching(graph, len(max_clique))
163 |         return max(bb_maximum_clique(g1), bb_maximum_clique(g2), key=lambda x: len(x))
164 | 
165 | 
166 | @timing
167 | def get_max_clique(graph):
168 |     return bb_maximum_clique(graph)
169 | 
170 | 
171 | def get_files_size_ordered(dirpath):
172 |     return sorted((os.path.join(basedir, filename)
173 |                    for basedir, dirs, files in os.walk(dirpath) for filename in files),
174 |                   key=os.path.getsize)
175 | 
176 | 
177 | def run_test(args):
178 |     import pandas as pd
179 |     test_results = pd.DataFrame(
180 |         columns=['filename', 'nodes', 'edges', 'clique', 'clique length', 'time'])
181 |     files = get_files_size_ordered(args.test)
182 |     try:
183 |         for f in files:
184 |             graph = read_dimacs_graph(f)
185 |             try:
186 |                 with time_limit(args.time):
187 |                     max_clq = get_max_clique(graph)
188 |                     test_results = test_results.append({'filename': f, 'nodes': graph.number_of_nodes(),
189 |                                                         'edges': graph.number_of_edges(), 'clique': str(max_clq[0]),
190 |                                                         'clique length': len(max_clq[0]), 'time': max_clq[1]},
191 |                                                        ignore_index=True)
192 |                     test_results.to_excel('test_results.xlsx')
193 |             except TimeoutException:
194 |                 test_results = test_results.append({'filename': f, 'nodes': graph.number_of_nodes(),
195 |                                                     'edges': graph.number_of_edges(), 'clique': 0,
196 |                                                     'clique length': 0, 'time': 'TIMEOUT'},
197 |                                                    ignore_index=True)
198 |     finally:
199 |         test_results.to_excel('test_results.xlsx')
200 | 
201 | 
202 | def main():
203 |     args = arguments()
204 | 
205 |     if args.test:
206 |         run_test(args)
207 |     else:
208 |         graph = read_dimacs_graph(args.path)
209 |         try:
210 |             with time_limit(args.time):
211 |                 max_clq = get_max_clique(graph)
212 |                 print('\nMaximum clique', max_clq, '\nlen:', len(max_clq))
213 |         except TimeoutException:
214 |             print("Timed out!")
215 |             sys.exit(0)
216 | 
217 | 
218 | if __name__ == '__main__':
219 |     main()
220 | 


--------------------------------------------------------------------------------
/clq/hamming6-4.clq.txt:
--------------------------------------------------------------------------------
  1 | c File:  hamming6-4.clq
  2 | c
  3 | c Source: Panos Pardalos pardalos@math.ufl.edu
  4 | c
  5 | c Reference: hamminga-b is a Hamming graph on a-bit words with
  6 | c            an edge if and only if the two words are at least
  7 | c            hamming distance b apart
  8 | c
  9 | p edge 64 704
 10 | e 9 8
 11 | e 10 7
 12 | e 11 6
 13 | e 12 5
 14 | e 13 4
 15 | e 14 3
 16 | e 15 2
 17 | e 16 1
 18 | e 17 8
 19 | e 17 12
 20 | e 17 14
 21 | e 17 15
 22 | e 17 16
 23 | e 18 7
 24 | e 18 11
 25 | e 18 13
 26 | e 18 15
 27 | e 18 16
 28 | e 19 6
 29 | e 19 10
 30 | e 19 13
 31 | e 19 14
 32 | e 19 16
 33 | e 20 5
 34 | e 20 9
 35 | e 20 13
 36 | e 20 14
 37 | e 20 15
 38 | e 21 4
 39 | e 21 10
 40 | e 21 11
 41 | e 21 12
 42 | e 21 16
 43 | e 22 3
 44 | e 22 9
 45 | e 22 11
 46 | e 22 12
 47 | e 22 15
 48 | e 23 2
 49 | e 23 9
 50 | e 23 10
 51 | e 23 12
 52 | e 23 14
 53 | e 24 1
 54 | e 24 9
 55 | e 24 10
 56 | e 24 11
 57 | e 24 13
 58 | e 25 4
 59 | e 25 6
 60 | e 25 7
 61 | e 25 8
 62 | e 25 16
 63 | e 25 24
 64 | e 26 3
 65 | e 26 5
 66 | e 26 7
 67 | e 26 8
 68 | e 26 15
 69 | e 26 23
 70 | e 27 2
 71 | e 27 5
 72 | e 27 6
 73 | e 27 8
 74 | e 27 14
 75 | e 27 22
 76 | e 28 1
 77 | e 28 5
 78 | e 28 6
 79 | e 28 7
 80 | e 28 13
 81 | e 28 21
 82 | e 29 2
 83 | e 29 3
 84 | e 29 4
 85 | e 29 8
 86 | e 29 12
 87 | e 29 20
 88 | e 30 1
 89 | e 30 3
 90 | e 30 4
 91 | e 30 7
 92 | e 30 11
 93 | e 30 19
 94 | e 31 1
 95 | e 31 2
 96 | e 31 4
 97 | e 31 6
 98 | e 31 10
 99 | e 31 18
100 | e 32 1
101 | e 32 2
102 | e 32 3
103 | e 32 5
104 | e 32 9
105 | e 32 17
106 | e 33 8
107 | e 33 12
108 | e 33 14
109 | e 33 15
110 | e 33 16
111 | e 33 20
112 | e 33 22
113 | e 33 23
114 | e 33 24
115 | e 33 26
116 | e 33 27
117 | e 33 28
118 | e 33 29
119 | e 33 30
120 | e 33 31
121 | e 33 32
122 | e 34 7
123 | e 34 11
124 | e 34 13
125 | e 34 15
126 | e 34 16
127 | e 34 19
128 | e 34 21
129 | e 34 23
130 | e 34 24
131 | e 34 25
132 | e 34 27
133 | e 34 28
134 | e 34 29
135 | e 34 30
136 | e 34 31
137 | e 34 32
138 | e 35 6
139 | e 35 10
140 | e 35 13
141 | e 35 14
142 | e 35 16
143 | e 35 18
144 | e 35 21
145 | e 35 22
146 | e 35 24
147 | e 35 25
148 | e 35 26
149 | e 35 28
150 | e 35 29
151 | e 35 30
152 | e 35 31
153 | e 35 32
154 | e 36 5
155 | e 36 9
156 | e 36 13
157 | e 36 14
158 | e 36 15
159 | e 36 17
160 | e 36 21
161 | e 36 22
162 | e 36 23
163 | e 36 25
164 | e 36 26
165 | e 36 27
166 | e 36 29
167 | e 36 30
168 | e 36 31
169 | e 36 32
170 | e 37 4
171 | e 37 10
172 | e 37 11
173 | e 37 12
174 | e 37 16
175 | e 37 18
176 | e 37 19
177 | e 37 20
178 | e 37 24
179 | e 37 25
180 | e 37 26
181 | e 37 27
182 | e 37 28
183 | e 37 30
184 | e 37 31
185 | e 37 32
186 | e 38 3
187 | e 38 9
188 | e 38 11
189 | e 38 12
190 | e 38 15
191 | e 38 17
192 | e 38 19
193 | e 38 20
194 | e 38 23
195 | e 38 25
196 | e 38 26
197 | e 38 27
198 | e 38 28
199 | e 38 29
200 | e 38 31
201 | e 38 32
202 | e 39 2
203 | e 39 9
204 | e 39 10
205 | e 39 12
206 | e 39 14
207 | e 39 17
208 | e 39 18
209 | e 39 20
210 | e 39 22
211 | e 39 25
212 | e 39 26
213 | e 39 27
214 | e 39 28
215 | e 39 29
216 | e 39 30
217 | e 39 32
218 | e 40 1
219 | e 40 9
220 | e 40 10
221 | e 40 11
222 | e 40 13
223 | e 40 17
224 | e 40 18
225 | e 40 19
226 | e 40 21
227 | e 40 25
228 | e 40 26
229 | e 40 27
230 | e 40 28
231 | e 40 29
232 | e 40 30
233 | e 40 31
234 | e 41 4
235 | e 41 6
236 | e 41 7
237 | e 41 8
238 | e 41 16
239 | e 41 18
240 | e 41 19
241 | e 41 20
242 | e 41 21
243 | e 41 22
244 | e 41 23
245 | e 41 24
246 | e 41 28
247 | e 41 30
248 | e 41 31
249 | e 41 32
250 | e 41 40
251 | e 42 3
252 | e 42 5
253 | e 42 7
254 | e 42 8
255 | e 42 15
256 | e 42 17
257 | e 42 19
258 | e 42 20
259 | e 42 21
260 | e 42 22
261 | e 42 23
262 | e 42 24
263 | e 42 27
264 | e 42 29
265 | e 42 31
266 | e 42 32
267 | e 42 39
268 | e 43 2
269 | e 43 5
270 | e 43 6
271 | e 43 8
272 | e 43 14
273 | e 43 17
274 | e 43 18
275 | e 43 20
276 | e 43 21
277 | e 43 22
278 | e 43 23
279 | e 43 24
280 | e 43 26
281 | e 43 29
282 | e 43 30
283 | e 43 32
284 | e 43 38
285 | e 44 1
286 | e 44 5
287 | e 44 6
288 | e 44 7
289 | e 44 13
290 | e 44 17
291 | e 44 18
292 | e 44 19
293 | e 44 21
294 | e 44 22
295 | e 44 23
296 | e 44 24
297 | e 44 25
298 | e 44 29
299 | e 44 30
300 | e 44 31
301 | e 44 37
302 | e 45 2
303 | e 45 3
304 | e 45 4
305 | e 45 8
306 | e 45 12
307 | e 45 17
308 | e 45 18
309 | e 45 19
310 | e 45 20
311 | e 45 22
312 | e 45 23
313 | e 45 24
314 | e 45 26
315 | e 45 27
316 | e 45 28
317 | e 45 32
318 | e 45 36
319 | e 46 1
320 | e 46 3
321 | e 46 4
322 | e 46 7
323 | e 46 11
324 | e 46 17
325 | e 46 18
326 | e 46 19
327 | e 46 20
328 | e 46 21
329 | e 46 23
330 | e 46 24
331 | e 46 25
332 | e 46 27
333 | e 46 28
334 | e 46 31
335 | e 46 35
336 | e 47 1
337 | e 47 2
338 | e 47 4
339 | e 47 6
340 | e 47 10
341 | e 47 17
342 | e 47 18
343 | e 47 19
344 | e 47 20
345 | e 47 21
346 | e 47 22
347 | e 47 24
348 | e 47 25
349 | e 47 26
350 | e 47 28
351 | e 47 30
352 | e 47 34
353 | e 48 1
354 | e 48 2
355 | e 48 3
356 | e 48 5
357 | e 48 9
358 | e 48 17
359 | e 48 18
360 | e 48 19
361 | e 48 20
362 | e 48 21
363 | e 48 22
364 | e 48 23
365 | e 48 25
366 | e 48 26
367 | e 48 27
368 | e 48 29
369 | e 48 33
370 | e 49 4
371 | e 49 6
372 | e 49 7
373 | e 49 8
374 | e 49 10
375 | e 49 11
376 | e 49 12
377 | e 49 13
378 | e 49 14
379 | e 49 15
380 | e 49 16
381 | e 49 24
382 | e 49 28
383 | e 49 30
384 | e 49 31
385 | e 49 32
386 | e 49 40
387 | e 49 44
388 | e 49 46
389 | e 49 47
390 | e 49 48
391 | e 50 3
392 | e 50 5
393 | e 50 7
394 | e 50 8
395 | e 50 9
396 | e 50 11
397 | e 50 12
398 | e 50 13
399 | e 50 14
400 | e 50 15
401 | e 50 16
402 | e 50 23
403 | e 50 27
404 | e 50 29
405 | e 50 31
406 | e 50 32
407 | e 50 39
408 | e 50 43
409 | e 50 45
410 | e 50 47
411 | e 50 48
412 | e 51 2
413 | e 51 5
414 | e 51 6
415 | e 51 8
416 | e 51 9
417 | e 51 10
418 | e 51 12
419 | e 51 13
420 | e 51 14
421 | e 51 15
422 | e 51 16
423 | e 51 22
424 | e 51 26
425 | e 51 29
426 | e 51 30
427 | e 51 32
428 | e 51 38
429 | e 51 42
430 | e 51 45
431 | e 51 46
432 | e 51 48
433 | e 52 1
434 | e 52 5
435 | e 52 6
436 | e 52 7
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778 | e 128 8
779 | 


--------------------------------------------------------------------------------
/clq/MANN_a9.clq.txt:
--------------------------------------------------------------------------------
  1 | c FILE:  MANN_a9.clq.b
  2 | c
  3 | c By: Carlo Mannino (mannino@iasi.rm.cnr.it)
  4 | c
  5 | c DESCRIPTION: Clique formulation of the Steiner Triple Problem,
  6 | c              translated from the set covering formulation
  7 | c
  8 | c Graph Size:45, Clique Size: 16
  9 | c
 10 | c Clique Elements are:
 11 | c    3    4    5    9   10   15   16   19   24   27   
 12 | c    28   33   36   38  42   45 *
 13 | c
 14 | c  EDGE DENSITY: 0.9273
 15 | p edge 45 918
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   3 | c Source: Panos Pardalos pardalos@math.ufl.edu
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   5 | c Reference: P. Berman and A. Pelc, Distributed Fault Diagnosis for
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   7 | c            International Symposium on Fault-Tolerant Computing
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   1 | c File:  hamming6-2.clq
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   3 | c Source: Panos Pardalos pardalos@math.ufl.edu
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   5 | c Reference: hamminga-b is a Hamming graph on a-bit words with
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/clq/johnson8-4-4.clq.txt:
--------------------------------------------------------------------------------
   1 | c File:  johnson8-4-4.clq
   2 | c
   3 | c Source: Panos Pardalos pardalos@math.ufl.edu
   4 | c
   5 | c Reference: Johnson graph: johnsona-b-c is generated by
   6 | c            binary vectors of length a and weight b, with
   7 | c            two vertices adjacent if the hamming distance
   8 | c            between them is at least d.
   9 | c
  10 | p edge 70 1855
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   2 | c
   3 | c Source: Panos Pardalos pardalos@math.ufl.edu
   4 | c
   5 | c Reference: P. Berman and A. Pelc, Distributed Fault Diagnosis for
   6 | c            Multiprocessor Systems, Proceedings of the 20th Annual
   7 | c            International Symposium on Fault-Tolerant Computing
   8 | c            Newcastle, UK, 340-346 (1990)
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