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├── modules.xml
├── modules
│ ├── scalaml_2nd_edition-build.iml
│ └── scalaml_2nd_edition.iml
├── scala_compiler.xml
└── vcs.xml
├── README.md
├── SourceCodeGuide.html
├── build.sbt
├── configs
└── README.html
├── lib
├── CRF-1.1.jar
├── LBFGS.jar
├── Trove-3.0.2.jar
├── colt.jar
└── libsvm_sml-3.18.jar
├── log4j.properties
├── models
└── README.html
├── output
├── README.html
└── filtering
│ ├── simulated.csv
│ └── smoothed.csv
├── pom.xml
├── root-doc.txt
├── scalastyle-config.xml
└── src
├── main
└── scala
│ └── org
│ └── scalaml
│ ├── Predef.scala
│ ├── core
│ ├── ETransform.scala
│ ├── ITransform.scala
│ ├── design.scala
│ ├── functional
│ │ ├── Functor.scala
│ │ ├── Monad.scala
│ │ └── TensorFunctor.scala
│ └── package.scala
│ ├── filtering
│ ├── dft
│ │ ├── DFT.scala
│ │ └── DFTFilter.scala
│ ├── kalman
│ │ └── DKalman.scala
│ ├── movaverage
│ │ └── MovingAverage.scala
│ └── package.scala
│ ├── ga
│ ├── Chromosome.scala
│ ├── GAConfig.scala
│ ├── GASolver.scala
│ ├── Gene.scala
│ ├── Population.scala
│ ├── Reproduction.scala
│ ├── package.scala
│ └── state
│ │ ├── GAMonitor.scala
│ │ ├── GAState.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── libraries
│ ├── commonsmath
│ │ ├── CommonsMath.scala
│ │ ├── LogisticRAdapter.scala
│ │ ├── LogisticRegressionOptimizer.scala
│ │ ├── MultiLinearRAdapter.scala
│ │ └── RidgeRAdapter.scala
│ ├── crf
│ │ └── CrfAdapter.scala
│ └── libsvm
│ │ └── SVMAdapter.scala
│ ├── plots
│ ├── LinePlot.scala
│ ├── Plot.scala
│ ├── PlotTheme.scala
│ ├── ScatterPlot.scala
│ └── package.scala
│ ├── reinforcement
│ ├── armedbandit
│ │ ├── Arm.scala
│ │ ├── ArmedBandit.scala
│ │ ├── CFThompsonSampling.scala
│ │ ├── EGreedy.scala
│ │ └── UCB1.scala
│ ├── package.scala
│ ├── qlearning
│ │ ├── QLAction.scala
│ │ ├── QLConfig.scala
│ │ ├── QLPolicy.scala
│ │ ├── QLSpace.scala
│ │ ├── QLState.scala
│ │ ├── QLearning.scala
│ │ └── package.scala
│ └── xcs
│ │ ├── Xcs.scala
│ │ ├── XcsConfig.scala
│ │ ├── XcsCover.scala
│ │ ├── XcsRule.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── sampling
│ ├── Bootstrap.scala
│ ├── BoxMuller.scala
│ ├── MetropolisHastings.scala
│ └── MonteCarloApproximation.scala
│ ├── scalability
│ ├── akka
│ │ ├── Controller.scala
│ │ ├── Master.scala
│ │ ├── MasterWithRouter.scala
│ │ ├── TFutures.scala
│ │ ├── TFuturesCallback.scala
│ │ ├── Worker.scala
│ │ ├── message
│ │ │ └── Messages.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── package.scala
│ └── scala
│ │ ├── Parallelism.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── spark
│ ├── SessionLifecycle.scala
│ ├── extensibility
│ │ └── KullbackLeibler.scala
│ ├── mllib
│ │ ├── Kmeans.scala
│ │ ├── KmeansConfig.scala
│ │ ├── RDDSource.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── mlpipeline
│ │ ├── CrossValidation.scala
│ │ ├── DataEncoding.scala
│ │ ├── ModelEstimator.scala
│ │ ├── Predictor.scala
│ │ ├── SimplePredictor.scala
│ │ ├── ValidatedPredictor.scala
│ │ ├── data
│ │ │ └── DataGenerator.scala
│ │ └── package.scala
│ └── streaming
│ │ ├── StreamingExtractor.scala
│ │ └── StreamingLifeCycle.scala
│ ├── stats
│ ├── BiasVariance.scala
│ ├── Differential.scala
│ ├── Loss.scala
│ ├── MinMax.scala
│ ├── Stats.scala
│ ├── TSeries.scala
│ ├── Transpose.scala
│ └── package.scala
│ ├── supervised
│ ├── Supervised.scala
│ ├── bayes
│ │ ├── BinNaiveBayesModel.scala
│ │ ├── Likelihood.scala
│ │ ├── MultiNaiveBayesModel.scala
│ │ ├── NaiveBayes.scala
│ │ ├── NaiveBayesModel.scala
│ │ ├── package.scala
│ │ └── text
│ │ │ ├── TextAnalyzer.scala
│ │ │ └── package.scala
│ ├── crf
│ │ ├── Crf.scala
│ │ ├── CrfConfig.scala
│ │ ├── CrfModel.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── hmm
│ │ ├── HMM.scala
│ │ ├── HMMConfig.scala
│ │ ├── HMMModel.scala
│ │ ├── HMMTreillis.scala
│ │ ├── decode
│ │ │ ├── QStar.scala
│ │ │ └── ViterbiPath.scala
│ │ ├── eval
│ │ │ ├── Alpha.scala
│ │ │ └── Beta.scala
│ │ ├── package.scala
│ │ └── train
│ │ │ ├── BaumWelchEM.scala
│ │ │ ├── DiGamma.scala
│ │ │ └── Gamma.scala
│ ├── mlp
│ │ ├── Delta.scala
│ │ ├── MLP.scala
│ │ ├── MLPConfig.scala
│ │ ├── MLPConnection.scala
│ │ ├── MLPLayer.scala
│ │ ├── MLPModel.scala
│ │ ├── MLPNetwork.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── package.scala
│ ├── regression
│ │ ├── Regression.scala
│ │ ├── RegressionModel.scala
│ │ ├── linear
│ │ │ ├── MultiLinearRegression.scala
│ │ │ ├── RidgeRegression.scala
│ │ │ ├── SingleLinearRegression.scala
│ │ │ └── package.scala
│ │ ├── logistic
│ │ │ ├── LogisticBinRegression.scala
│ │ │ ├── LogisticRegression.scala
│ │ │ └── package.scala
│ │ └── package.scala
│ └── svm
│ │ ├── SVM.scala
│ │ ├── SVMConfig.scala
│ │ ├── SVMExecution.scala
│ │ ├── SVMModel.scala
│ │ ├── formulation
│ │ ├── SVMFormulation.scala
│ │ └── package.scala
│ │ ├── kernel
│ │ ├── KernelMonad.scala
│ │ ├── SVMKernel.scala
│ │ └── package.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── trading
│ ├── OptionModel.scala
│ ├── Signal.scala
│ ├── TradingSource.scala
│ ├── TradingStrategy.scala
│ ├── operator
│ │ └── SOperator.scala
│ └── package.scala
│ ├── unsupervised
│ ├── Distance.scala
│ ├── divergence
│ │ ├── Divergence.scala
│ │ └── KullbackLeibler.scala
│ ├── dl
│ │ ├── autoencoder
│ │ │ ├── AE.scala
│ │ │ ├── AEConfig.scala
│ │ │ ├── AEConnection.scala
│ │ │ ├── AENetwork.scala
│ │ │ └── Sparsity.scala
│ │ └── restrictedBoltzmann
│ │ │ ├── ContrastiveDivergence.scala
│ │ │ ├── RBM.scala
│ │ │ ├── RBMConfig.scala
│ │ │ └── SCondProb.scala
│ ├── em
│ │ ├── MultiVariateEM.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── functionapprox
│ │ ├── Bin.scala
│ │ ├── DataGenerator.scala
│ │ ├── FunctionApprox.scala
│ │ └── HistogramApprox.scala
│ ├── kmeans
│ │ ├── Cluster.scala
│ │ ├── KMeans.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── package.scala
│ └── pca
│ │ ├── PCA.scala
│ │ └── package.scala
│ ├── util
│ ├── Assertable.scala
│ ├── DisplayUtils.scala
│ ├── FileUtils.scala
│ ├── FormatUtils.scala
│ ├── LoggingUtils.scala
│ ├── MapUtils.scala
│ ├── MathUtils.scala
│ └── package.scala
│ ├── validation
│ ├── BinaryValidation.scala
│ ├── MulticlassValidation.scala
│ ├── OneFoldValidation.scala
│ └── Validation.scala
│ └── workflow
│ ├── Workflow.scala
│ ├── data
│ ├── DataSink.scala
│ ├── DataSource.scala
│ ├── DocumentsSource.scala
│ └── package.scala
│ ├── module
│ ├── ClusteringModule.scala
│ ├── PreprocessingModule.scala
│ └── package.scala
│ └── package.scala
└── test
├── resources
├── data
│ ├── filtering
│ │ ├── AU.csv
│ │ ├── BAC.csv
│ │ ├── BASFY.csv
│ │ ├── BBT.csv
│ │ ├── BMO.csv
│ │ ├── CSCO.csv
│ │ ├── SPY10.csv
│ │ └── SPY5.csv
│ ├── reinforcement
│ │ └── qlearning
│ │ │ ├── IBM.csv
│ │ │ ├── IBM_O.csv
│ │ │ ├── ICF.csv
│ │ │ ├── IWC.csv
│ │ │ ├── price_o.csv
│ │ │ └── rewards.csv
│ ├── spark
│ │ ├── CSCO.csv
│ │ ├── mlpipeline_test.csv
│ │ ├── mlpipeline_training.csv
│ │ ├── mlpipeline_training_1.csv
│ │ ├── streaming_input.csv
│ │ ├── streaming_input2.csv
│ │ └── validation.csv
│ ├── supervised
│ │ ├── bayes
│ │ │ ├── AA.csv
│ │ │ ├── ADM.csv
│ │ │ ├── AU.csv
│ │ │ ├── BAC.csv
│ │ │ ├── BAC_W.csv
│ │ │ ├── CSCO.csv
│ │ │ ├── CSCO_W.csv
│ │ │ ├── GE.csv
│ │ │ ├── GE_W.csv
│ │ │ ├── IBM.csv
│ │ │ ├── IBM_W.csv
│ │ │ ├── NEM.csv
│ │ │ └── NEM_W.csv
│ │ ├── crf
│ │ │ ├── rating
│ │ │ ├── rating.raw
│ │ │ ├── rating.tagged
│ │ │ ├── rating2
│ │ │ ├── rating2.raw
│ │ │ └── rating2.tagged
│ │ ├── hmm
│ │ │ ├── obsprob.csv
│ │ │ └── statesprob.csv
│ │ ├── mlp
│ │ │ ├── CYB.csv
│ │ │ ├── FXA.csv
│ │ │ ├── FXB.csv
│ │ │ ├── FXC.csv
│ │ │ ├── FXE.csv
│ │ │ ├── FXF.csv
│ │ │ ├── FXY.csv
│ │ │ ├── GLD.csv
│ │ │ └── SPY.csv
│ │ ├── regression
│ │ │ ├── CNY.csv
│ │ │ ├── CSCO.csv
│ │ │ ├── CSCO2.csv
│ │ │ ├── CU.csv
│ │ │ ├── CU_2.csv
│ │ │ ├── GLD.csv
│ │ │ ├── SPY.csv
│ │ │ └── TLT.csv
│ │ └── svm
│ │ │ ├── SPY.csv
│ │ │ ├── dividends.csv
│ │ │ └── dividends2.csv
│ └── unsupervised
│ │ ├── ae
│ │ ├── CYB.csv
│ │ ├── FXA.csv
│ │ ├── FXB.csv
│ │ ├── FXC.csv
│ │ ├── FXE.csv
│ │ ├── FXF.csv
│ │ ├── FXY.csv
│ │ ├── GLD.csv
│ │ └── SPY.csv
│ │ ├── em
│ │ ├── AA.csv
│ │ ├── AAPL.csv
│ │ ├── ADBE.csv
│ │ ├── ADM.csv
│ │ ├── ADP.csv
│ │ ├── ADSK.csv
│ │ ├── AET.csv
│ │ ├── AFAM.csv
│ │ ├── AHS.csv
│ │ ├── AMZN.csv
│ │ ├── AU.csv
│ │ ├── AXP.csv
│ │ ├── BA.csv
│ │ ├── BBBY.csv
│ │ ├── BBT.csv
│ │ ├── BEN.csv
│ │ ├── BHI.csv
│ │ ├── BK.csv
│ │ ├── BRCM.csv
│ │ ├── BSX.csv
│ │ ├── BTU.csv
│ │ ├── C.csv
│ │ ├── CA.csv
│ │ ├── CAT.csv
│ │ ├── CB.csv
│ │ ├── CBS.csv
│ │ ├── CCE.csv
│ │ ├── CCL.csv
│ │ ├── CCMP.csv
│ │ ├── CELG.csv
│ │ ├── CHK.csv
│ │ ├── CI.csv
│ │ ├── CL.csv
│ │ ├── CLX.csv
│ │ ├── CME.csv
│ │ ├── CMG.csv
│ │ ├── COH.csv
│ │ ├── COP.csv
│ │ ├── CSC.csv
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└── text
│ └── supervised
│ └── bayes
│ ├── input
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│ └── lexicon.txt
└── scala
└── org
└── scalaml
├── Logging.scala
├── Resource.scala
├── core
└── ITransformTest.scala
├── filtering
├── dft
│ └── DFTTest.scala
├── kalman
│ └── DKalmanTest.scala
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│ └── MovingAverageTest.scala
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└── GATest.scala
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│ ├── CFThompsonSamplingTest.scala
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│ └── QLearningTest.scala
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├── BootstrapTest.scala
├── BoxMullerTest.scala
├── MetropolisHastingsTest.scala
└── MonteCarloApproximationTest.scala
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│ ├── ActorManagerTest.scala
│ └── TFuturesTest.scala
└── scala
│ ├── ParallelismTest.scala
│ └── StreamsTest.scala
├── spark
├── ResourcesLoader.scala
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│ └── KullbackLeiblerTest.scala
├── mllib
│ └── KmeansTest.scala
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│ └── MLPipelineTest.scala
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│ └── StreamingTest.scala
├── stats
├── BiasVarianceTest.scala
├── LossTest.scala
├── MinMaxTest.scala
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├── supervised
├── bayes
│ └── NaiveBayesTest.scala
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│ └── CrfTest.scala
├── hmm
│ └── HmmTest.scala
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│ └── MLPTest.scala
├── regression
│ ├── linear
│ │ ├── MultiLinearRegressionTest.scala
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│ │ └── SingleLinearRegressionTest.scala
│ └── logistic
│ │ ├── LogBinRegressionTest.scala
│ │ └── LogisticRegressionTest.scala
└── svm
│ └── SVMTest.scala
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├── divergence
│ └── KullbackLeiblerTest.scala
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│ └── autoencoder
│ │ └── AETest.scala
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│ └── EmTest.scala
├── env
│ └── TestEnv.scala
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│ └── FunctionApproxTest.scala
├── kmeans
│ └── KMeansTest.scala
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│ └── PCATest.scala
├── validation
├── BinaryValidationTest.scala
└── OneFoldValidationTest.scala
└── workflow
└── WorkflowTest.scala
/.idea/libraries/SBT__aopalliance_aopalliance_1_0_jar.xml:
--------------------------------------------------------------------------------
1 |
9 | This directory is to be used to store (resp. load) configuration of machine algorithm, inheriting from the trait, Config into (resp. from) a file.
10 | For instance the configuration for the Multi-layer perceptron is defined by the class org.scalaml.supervised.nnet.MLPModel and can be stored into the configs/MLPModel.
11 | The persistency design is presented only for the sake of illustrating the concept and is not currently implemented for any of the machine learning algorithms.
12 | The reader is invited to create a robust, generic implementation for all the models presented in the book.
13 |
16 | trait Config { 17 | protected def write(content: String): Boolean = 18 | FileUtils.write(content, Config.RELATIVE_PATH, getClass.getSimpleName) 19 | 20 | // Save these configuration parameters into a file configs/getClass.getSimpleName 21 | def >> : Boolean = false 22 | } 23 | 24 | object Config { 25 | private val RELATIVE_PATH = "configs/" 26 | def read(className: String): Option[String] = FileUtils.read(RELATIVE_PATH, className) 27 | }28 | 29 | 30 | -------------------------------------------------------------------------------- /lib/CRF-1.1.jar: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/prnicolas/ScalaML_2nd_Edition/169c199e8298fadc27650dd2fca85dfd14466dc7/lib/CRF-1.1.jar -------------------------------------------------------------------------------- /lib/LBFGS.jar: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/prnicolas/ScalaML_2nd_Edition/169c199e8298fadc27650dd2fca85dfd14466dc7/lib/LBFGS.jar -------------------------------------------------------------------------------- /lib/Trove-3.0.2.jar: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/prnicolas/ScalaML_2nd_Edition/169c199e8298fadc27650dd2fca85dfd14466dc7/lib/Trove-3.0.2.jar -------------------------------------------------------------------------------- /lib/colt.jar: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/prnicolas/ScalaML_2nd_Edition/169c199e8298fadc27650dd2fca85dfd14466dc7/lib/colt.jar -------------------------------------------------------------------------------- /lib/libsvm_sml-3.18.jar: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/prnicolas/ScalaML_2nd_Edition/169c199e8298fadc27650dd2fca85dfd14466dc7/lib/libsvm_sml-3.18.jar -------------------------------------------------------------------------------- /log4j.properties: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | log4j.rootCategory=ERROR, console, file 2 | 3 | # Console logging 4 | log4j.appender.console=org.apache.log4j.ConsoleAppender 5 | log4j.appender.console.layout=org.apache.log4j.PatternLayout 6 | log4j.appender.console.layout.ConversionPattern=%d{yy/MM/dd HH:mm:ss} %p %c{1}: %m%n 7 | 8 | # File logging 9 | log4j.appender.file=org.apache.log4j.FileAppender 10 | log4j.appender.file.layout=org.apache.log4j.PatternLayout 11 | log4j.appender.file.layout.ConversionPattern=%d{yy/MM/dd HH:mm:ss} %p %c{1}: %m%n 12 | log4j.appender.file=org.apache.log4j.RollingFileAppender 13 | log4j.appender.file.File=/tmp/logs/scalaml.log 14 | log4j.appender.file.MaxFileSize=5MB 15 | log4j.appender.file.MaxBackupIndex=5 16 | 17 | # Spark and Akka settings 18 | log4j.logger.org.apache.spark=ERROR 19 | log4j.logger.Remoting=WARN 20 | -------------------------------------------------------------------------------- /output/README.html: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 |
12 | class DataSink[T <% String](sinkName: String) { 13 | def write(content: String): Boolean 14 | override def |> : PartialFunction[List[XTSeries[T]], Int] 15 | } 16 |17 |
19 | // Store a list of time series into a file output 20 | val output = s"output/chap3/kalman_${alpha.toString}.csv" 21 | DataSink[Double](output) |> input.foldLeft(List[XTSeries[Double]]())((sk, v) => v :: sk) 22 | 23 | // Store a frequencies spectrum into a file OUTPUT2 24 | private val OUTPUT2 = "output/chap3/smoothed.csv" 25 | val frequencies = DFT[Double] |> XTSeries[Double](values) 26 | DataSink[Double](OUTPUT2) write frequencies 27 |28 | 29 |