├── .gitignore
├── LICENSE
├── Makefile
├── README.md
├── bin
├── gtb_install_extlibs
└── rename_dbd_files
├── config
├── .gitignore
├── configMainDT.txt
├── configMainRT.txt
├── configTemplate.txt
├── deploymentDT.txt
└── deploymentRT.txt
├── documentation
├── Manual_v1.3.1.pdf
├── glider_data_processing_outline_delayed_time.png
└── glider_data_processing_outline_real_time.pdf
├── ext_lib
├── .gitignore
├── bin
│ └── .gitignore
├── lib
│ └── .gitignore
└── matlab
│ └── .gitignore
├── glider_data
├── .gitignore
├── ascii
│ └── .gitignore
├── binary
│ └── .gitignore
├── figures
│ └── .gitignore
├── log
│ └── .gitignore
└── netcdf
│ └── .gitignore
├── jerico-ri-metadata.json
├── m
├── common_tools
│ ├── @sftp
│ │ ├── cd.m
│ │ ├── close.m
│ │ ├── delete.m
│ │ ├── dir.m
│ │ ├── disp.m
│ │ ├── display.m
│ │ ├── mget.m
│ │ ├── mkdir.m
│ │ ├── mput.m
│ │ ├── private
│ │ │ ├── mexsftp.c
│ │ │ └── mexsftp.m
│ │ ├── rename.m
│ │ ├── rmdir.m
│ │ └── sftp.m
│ ├── getfiles.m
│ ├── loadjson.m
│ ├── loadnc.m
│ ├── posixtime2utc.m
│ ├── printfigure.m
│ ├── readConfigFile.m
│ ├── savejson.m
│ ├── savenc.m
│ ├── startLogging.m
│ ├── strc.m
│ ├── strfstruct.m
│ └── utc2posixtime.m
├── configBasestations.m
├── configDTDeploymentInfoQueryDB.m
├── configDTFileOptionsSeaExplorer.m
├── configDTFileOptionsSeaglider.m
├── configDTFileOptionsSlocum.m
├── configDTOutputNetCDFL0SeaExplorer.m
├── configDTOutputNetCDFL0Seaglider.m
├── configDTOutputNetCDFL0Slocum.m
├── configDTOutputNetCDFL1.m
├── configDTOutputNetCDFL2.m
├── configDataGridding.m
├── configDataPreprocessingSeaExplorer.m
├── configDataPreprocessingSeaglider.m
├── configDataPreprocessingSlocum.m
├── configDataProcessingSeaExplorer.m
├── configDataProcessingSeaglider.m
├── configDataProcessingSlocumG1.m
├── configDataProcessingSlocumG2.m
├── configFigures.m
├── configGliderToolboxPath.m
├── configGliderToolboxVersion.m
├── configRTDeploymentInfoQueryDB.m
├── configRTFileOptionsSeaExplorer.m
├── configRTFileOptionsSeaglider.m
├── configRTFileOptionsSlocum.m
├── configRTOutputNetCDFL0SeaExplorer.m
├── configRTOutputNetCDFL0Seaglider.m
├── configRTOutputNetCDFL0Slocum.m
├── configRTOutputNetCDFL1.m
├── configRTOutputNetCDFL2.m
├── config_tools
│ ├── Dictionary_EGONetCDFL1Parameters.m
│ ├── Dictionary_SOCIBNetCDFL1Parameters.m
│ ├── completeQCDictionary.m
│ ├── completeUncertaintyDictionary.m
│ ├── configDBAccess.m
│ ├── configDTOutputNetCDFEGOL1.m
│ ├── configDTOutputNetCDFEngSeaExplorer.m
│ ├── configDTOutputNetCDFEngSeaglider.m
│ ├── configDTOutputNetCDFEngSlocum.m
│ ├── configDockservers.m
│ ├── configPathsLocal.m
│ ├── configPathsPublic.m
│ ├── configRTOutputNetCDFEGOL1.m
│ ├── configRTOutputNetCDFEngSeaExplorer.m
│ ├── configRTOutputNetCDFEngSeaglider.m
│ ├── configRTOutputNetCDFEngSlocum.m
│ ├── configWRCPrograms.m
│ ├── createFStruct.m
│ ├── extractDeploymentConfig.m
│ ├── listNetCDFL1Parameters.m
│ └── setupConfiguration.m
├── database_tools
│ └── getDeploymentInfoDB.m
├── dm_tools
│ └── organizePublicData.m
├── gliderDataProcessing.m
├── main_glider_data_processing_dt.m
├── main_glider_data_processing_rt.m
├── mex_tools
│ ├── poly2tri.c
│ ├── poly2tri.m
│ ├── posixtime.c
│ └── posixtime.m
├── modules
│ ├── module_ascii_to_l0.m
│ ├── module_figures.m
│ ├── module_figures.m~
│ ├── module_l0_to_EGOl1.m
│ ├── module_l0_to_l1.m
│ └── module_l1_to_l2.m
├── netcdf_tools
│ ├── convert2NetCDFEGO.m
│ ├── generateOutputNetCDF.m
│ └── loadNetCDF.m
├── plotting_tools
│ ├── generateGliderFigures.m
│ ├── plotProfileStatistics.m
│ ├── plotTSDiagram.m
│ ├── plotTransectCurrentMap.m
│ └── plotTransectVerticalSection.m
├── private
│ └── test
│ │ ├── ctd_pumped.dat
│ │ ├── ctd_sharp_pumped.dat
│ │ ├── ctd_sharp_unpumped.dat
│ │ └── ctd_unpumped.dat
├── processing_tools
│ ├── alignSGDiveParams.m
│ ├── applySeabirdPressureFilter.m
│ ├── bar2dbar.m
│ ├── calibrateSBECT.m
│ ├── calibrateWLECOBbFl2.m
│ ├── cm2m.m
│ ├── computeCTDFlowSpeed.m
│ ├── computeCumulativeDistance.m
│ ├── convertBinaryData.m
│ ├── correctSensorLag.m
│ ├── correctThermalLag.m
│ ├── deploymentDataProcessing.m
│ ├── deploymentDataProcessing.m~
│ ├── fillInvalidValues.m
│ ├── fillSGMissingGPSDate.m
│ ├── findProfiles.m
│ ├── findSensorLagParams.m
│ ├── findThermalLagParams.m
│ ├── findTransects.m
│ ├── getBinaryData.m
│ ├── gridGliderData.m
│ ├── nmea2deg.m
│ ├── postProcessGliderData.m
│ ├── preprocessGliderData.m
│ ├── processGliderData.m
│ ├── profileArea.m
│ ├── seabirdFilter.m
│ ├── sgcur2cart.m
│ ├── sgdepth2pres.m
│ ├── sxgoodfix.m
│ └── validateProfile.m
├── qc_tools
│ ├── postProcessQCGliderData.m
│ └── processQCGliderData.m
├── reading_tools
│ ├── dba2mat.m
│ ├── dbacat.m
│ ├── dbamerge.m
│ ├── getBasestationFiles.m
│ ├── getDockserverFiles.m
│ ├── loadAsciiData.m
│ ├── loadSeaExplorerData.m
│ ├── loadSeagliderData.m
│ ├── loadSlocumData.m
│ ├── sgeng2mat.m
│ ├── sgengcat.m
│ ├── sglog2mat.m
│ ├── sglogcat.m
│ ├── sglogengmerge.m
│ ├── sx2mat.m
│ ├── sxcat.m
│ ├── sxmerge.m
│ └── xbd2dba.m
├── setupMexPoly2tri.m
├── setupMexPosixtime.m
└── setupMexSFTP.m
└── startup.m
/.gitignore:
--------------------------------------------------------------------------------
1 | m/private/
2 | m/mex_tools/*.mex*
3 | m/mex_tools/gpcl/
4 | m/common_tools/@sftp/private/*.mex*
5 | m/common_tools/@sftp/private/libssh
6 | doc/
7 |
--------------------------------------------------------------------------------
/Makefile:
--------------------------------------------------------------------------------
1 | DOCDIR := doc
2 | #MFILES := $(wildcard m/*.m m/*_tools)
3 | MFILES := m
4 | IGNORE := private @sftp
5 | M := matlab
6 |
7 | ifeq ($(M), matlab)
8 | MFLAGS := -nodisplay -r
9 | else ifeq ($(M), octave)
10 | MFLAGS := --eval
11 | else
12 | $(error unknown interpreter '$(M)' (should be 'matlab' or 'octave'))
13 | endif
14 |
15 | all: doc
16 |
17 | doc:
18 | -mkdir -p doc
19 | rm -rf doc/*
20 | $(M) $(MFLAGS) \
21 | "m2html('mfiles', {$(addprefix ',$(addsuffix ',$(MFILES)))}, \
22 | 'ignore', {$(addprefix ',$(addsuffix ',$(IGNORE)))}, \
23 | 'recursive', 'on', 'global', 'on', \
24 | 'graph', 'on', 'search', 'on', 'download', 'on', \
25 | 'template', 'frame', 'index', 'menu', 'htmldir', '$(DOCDIR)')" \
26 | < /dev/null
27 |
28 | graph:
29 | echo "Generating graph from notes/graph.dot (be sure that it is up to date)."
30 | dot -Tsvg -o notes/graph.svg -T cmap -o notes/graph.map -Gsize="8,8" notes/graph.dot
31 | sed -i -n '1h;1!H;$${g;s###g;p;}' notes/graph.html
32 | sed -i '/