├── .gitattributes ├── DB-search.pl ├── DeepCpf1_Code ├── Analysis of indel frequency │ ├── analyser_v3.exe │ ├── analyser_v3.py │ ├── extractor_v3.exe │ └── extractor_v3.py ├── DeepCpf1.py ├── input_example.txt ├── output_example.txt └── weights │ ├── DeepCpf1_weights.h5 │ └── Seq_deepCpf1_weights.h5 ├── PL-search.pl ├── RD-build.pl ├── README.md ├── Rule_Set_2_scoring_v1 ├── PaxHeader │ ├── README_v1.pdf │ ├── analysis │ └── saved_models ├── README_v1.pdf ├── analysis │ ├── PaxHeader │ │ ├── features │ │ ├── load_data.py │ │ ├── load_data.pyc │ │ ├── local_multiprocessing.py │ │ ├── local_multiprocessing.pyc │ │ ├── metrics.py │ │ ├── metrics.pyc │ │ ├── model_comparison.py │ │ ├── model_comparison.pyc │ │ ├── models │ │ ├── predict.py │ │ ├── predict.pyc │ │ ├── rs2_score_calculator.py │ │ ├── util.py │ │ └── util.pyc │ ├── features │ │ ├── PaxHeader │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── __init__.pyc │ │ │ ├── featurization.py │ │ │ ├── featurization.pyc │ │ │ ├── microhomology.py │ │ │ └── microhomology.pyc │ │ ├── __init__.pyc │ │ ├── featurization.py │ │ ├── featurization.pyc │ │ ├── microhomology.py │ │ └── microhomology.pyc │ ├── load_data.py │ ├── load_data.pyc │ ├── local_multiprocessing.py │ ├── local_multiprocessing.pyc │ ├── metrics.py │ ├── metrics.pyc │ ├── model_comparison.py │ ├── model_comparison.pyc │ ├── models │ │ ├── DNN.py │ │ ├── DNN.pyc │ │ ├── GP.py │ │ ├── PaxHeader │ │ │ ├── DNN.py │ │ │ ├── DNN.pyc │ │ │ ├── GP.py │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── __init__.pyc │ │ │ ├── baselines.py │ │ │ ├── ensembles.py │ │ │ ├── ensembles.pyc │ │ │ ├── gpy_ssk.py │ │ │ ├── regression.py │ │ │ ├── regression.pyc │ │ │ └── ssk.py │ │ ├── __init__.pyc │ │ ├── baselines.py │ │ ├── ensembles.py │ │ ├── ensembles.pyc │ │ ├── gpy_ssk.py │ │ ├── regression.py │ │ ├── regression.pyc │ │ └── ssk.py │ ├── predict.py │ ├── predict.pyc │ ├── rs2_score_calculator.py │ ├── util.py │ └── util.pyc └── saved_models │ ├── PaxHeader │ ├── V3_model_full.pickle │ └── V3_model_nopos.pickle │ ├── V3_model_full.pickle │ └── V3_model_nopos.pickle ├── UD-build.pl ├── cfd-score-calculator.py ├── mismatch_score.pkl ├── pam_scores.pkl ├── seqmap-1.0.12-linux-64 └── sgRNA_reformatting.pl /.gitattributes: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | *.py linguist-language=perl 2 | *.pl linguist-language=perl 3 | *.pyc linguist-language=perl 4 | *.pkl linguist-language=perl 5 | *.pickle linguist-language=perl 6 | -------------------------------------------------------------------------------- /DB-search.pl: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | #!/usr/bin/perl 2 | use strict; 3 | use warnings; 4 | use Getopt::Long; 5 | use File::Find; 6 | use File::Path; 7 | use Cwd; 8 | 9 | local $SIG{__WARN__} = sub { 10 | my $message = shift; 11 | die $message; 12 | }; 13 | 14 | my ($List, $RefDB, $UserDB, $Path, $opt_help,$label); 15 | my $time = time(); 16 | 17 | GetOptions( 18 | 'g=s' => \$List, 19 | 'i=s' => \$RefDB, 20 | 'u:s' => \$UserDB, 21 | 'o=s' => \$Path, 22 | 'h!' => \$opt_help, #Help message 23 | 'l:s' => \$label, 24 | ); 25 | 26 | my $dir_default = getcwd; #default output 27 | $Path ||= $dir_default; 28 | my $dir =$Path; 29 | my $errmsg = "Use '$0 -h' for quick help; for more information, please see README."; 30 | $label ||= "DB_search"; 31 | my $helpmsg = qq{ 32 | =============== CRISPR-Local =============== 33 | 34 | --- Usage --- 35 | e.g., 36 | perl $0 -g ZmB73_query_gene.list -i ZmB73.reference.database.txt -o /your_dir/ 37 | 38 | or 39 | 40 | perl $0 -g ZmB73_query_gene.list -i ZmB73.reference.database.txt -u ZmC01.gene.sgRNA.db.alignment.txt -o /your_dir/ 41 | 42 | --- Options --- 43 | 44 | -g :Query gene list file 45 | -i :Reference sgRNA database (RD) 46 | -u :User's sgRNA database (UD) 47 | -o :Output path (defualt: $dir_default) 48 | -l