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ASTNodeCodeGen.rst │ │ ├── ASTNodeFactory.rst │ │ ├── AssignmentRuleEvaluator.rst │ │ ├── CodeGen.rst │ │ ├── CodeGenBase.rst │ │ ├── EvalConversionFactorCodeGen.rst │ │ ├── EvalInitialConditionsCodeGen.rst │ │ ├── EvalRateRuleRatesCodeGen.rst │ │ ├── EvalReactionRatesCodeGen.rst │ │ ├── EvalVolatileStoichCodeGen.rst │ │ ├── EventAssignCodeGen.rst │ │ ├── EventCodeGenBase.rst │ │ ├── EventQueue.rst │ │ ├── EventTriggerCodeGen.rst │ │ ├── FunctionResolver.rst │ │ ├── KineticLawParameterResolver.rst │ │ ├── LLVMCompiler.rst │ │ ├── LLVMException.rst │ │ ├── LLVMExecutableModel.rst │ │ ├── LLVMModelData.rst │ │ ├── LLVMModelDataSymbols.rst │ │ ├── LLVMModelGenerator.rst │ │ ├── LLVMModelSymbols.rst │ │ ├── LoadSymbolResolverBase.rst │ │ ├── ModelDataIRBuilder.rst │ │ ├── ModelDataSymbolResolver.rst │ │ ├── ModelGeneratorContext.rst │ │ ├── ModelInitialValueSymbolResolver.rst │ │ ├── ModelResources.rst │ │ ├── Random.rst │ │ ├── SBMLInitialValueSymbolResolver.rst │ │ ├── SetInitialValueCodeGenBase.rst │ │ ├── SetInitialValuesCodeGen.rst │ │ ├── SetValueCodeGenBase.rst │ │ ├── SetValuesCodeGen.rst │ │ ├── SymbolForest.rst │ │ └── index.rst │ ├── rrCompiler.rst │ ├── rrConfig.rst │ ├── rrException.rst │ ├── rrExecutableModel.rst │ ├── rrFileName.rst │ ├── rrIniFile.rst │ ├── rrIniKey.rst │ ├── rrIniSection.rst │ ├── rrLogger.rst │ ├── rrNLEQ1Interface.rst │ ├── rrNLEQ2Interface.rst │ ├── rrRoadRunner.rst │ ├── rrRoadRunnerData.rst │ ├── rrRoadRunnerOptions.rst │ ├── rrSBMLModelSimulation.rst │ ├── rrSBMLReader.rst │ ├── rrSelectionRecord.rst │ └── rrSparse.rst │ ├── Installation │ ├── installation.rst │ ├── llvm_dependency.rst │ ├── troubleshooting_the_build.rst │ └── windows_warning.rst │ ├── Makefile │ ├── PythonAPIReference │ ├── ReadMe.txt │ ├── api_reference.rst │ ├── cls_Compiler.rst │ ├── cls_Config.rst │ ├── cls_ExecutableModel.rst │ ├── cls_Integrator.rst │ ├── cls_LoadSBMLOptions.rst │ ├── cls_Logger.rst │ ├── cls_Misc.rst │ ├── cls_PyConservedMoietyConverter.rst │ ├── cls_RoadRunner.rst │ ├── cls_SelectionRecord.rst │ ├── cls_Solver.rst │ ├── cls_SteadyStateSolver.rst │ ├── logging.png │ └── logging2.png │ ├── UsingRoadRunnerFromCxx │ ├── CMakeLists.txt │ ├── main.cpp │ └── using_roadrunner_from_cxx.rst │ ├── accessing_model.rst │ ├── bifurcation.rst │ ├── conf.old.py │ ├── conf.py │ ├── developers_docs │ ├── build_with_python_debug.rst │ ├── building_documentation.rst │ ├── git_workflow.rst │ ├── index.rst │ └── making_releases.rst │ ├── index.rst │ ├── libroadrunner_logo_blue_200.png │ ├── libroadrunner_logo_green_200.png │ ├── libroadrunner_logo_tan_200.png │ ├── make.bat │ ├── metabolic.rst │ ├── parallel │ ├── multiprocessing │ │ ├── Brown2004To1e3.png │ │ ├── Brown2004To1e5.png │ │ ├── SimpleFluxTo1e3.png │ │ ├── SimpleFluxTo1e5.png │ │ ├── _brown2004_multiprocessing_plot.py │ │ ├── _brown2004_multiprocessing_pool.py │ │ ├── brown2004_multiprocessing_plot.py │ │ ├── brown2004_multiprocessing_pool.py │ │ ├── brown2004_ray_library.py │ │ ├── gillespie_simulations_mpi4py.py │ │ ├── gillespie_simulations_multiprocessing_pool.py │ │ ├── gillespie_simulations_ray_library.py │ │ ├── gillespie_simulations_serial.py │ │ ├── gillespie_simulations_threading.py │ │ └── multiprocessing_index.rst │ ├── parallel_index.rst │ └── roadrunner_map │ │ ├── __init__.py │ │ ├── get_biomodels.py │ │ ├── roadrunner_map_3_threads.py │ │ ├── roadrunner_map_index.rst │ │ ├── roadrunner_map_insertion.py │ │ ├── roadrunner_map_interface.py │ │ └── roadrunner_map_serial.py │ ├── read_write_functions.rst │ ├── rrplugins │ ├── AddNoise.png │ ├── AddNoise2.png │ ├── AutoOutput.png │ ├── Minimization.png │ ├── MonteCarloOutput.png │ ├── NelderMeadOutput.png │ ├── introduction.rst │ ├── rrplugins_LM_plugin.rst │ ├── rrplugins_NM_plugin.rst │ ├── rrplugins_add_noise_plugin.rst │ ├── rrplugins_architecture.rst │ ├── rrplugins_auto_plugin.rst │ ├── rrplugins_block_diagram.png │ ├── rrplugins_chisquare_plugin.rst │ ├── rrplugins_monte_carlo_plugin.rst │ └── rrplugins_testmodel_plugin.rst │ ├── selecting_values.rst │ ├── sensitivities │ ├── sensitivities.py │ ├── sensitivities_dq_method.py │ ├── sensitivities_index.rst │ ├── sensitivities_method.py │ ├── sensitivities_selective_parameters.py │ ├── sensitivities_selective_species.py │ ├── sensitivities_solver_type.py │ └── timeseries_sensitivity_analysis.py │ ├── simulation_and_integration.rst │ ├── stability.rst │ ├── steady_state.rst │ ├── stochastic.rst │ ├── stoichiometric.rst │ ├── swigdoc.py │ ├── tutorial │ ├── changing_initial_conditions.rst │ ├── changing_parameters.rst │ ├── import_roadrunner.rst │ ├── jit_engines.rst │ ├── loading_models.rst │ ├── plotting_data.rst │ ├── running_simulations.rst │ ├── selecting_output.rst │ ├── solvers.rst │ ├── tutorial.rst │ ├── what_is_rr.rst │ └── what_is_sbml.rst │ └── utility_functions.rst ├── examples ├── CMakeLists.txt ├── Readme.txt ├── brusselator │ ├── brusselator.py │ ├── brusselator.xml │ └── stinkbug.png ├── create_uuid │ ├── CMakeLists.txt │ └── main.cpp ├── events │ ├── 00026-sbml-l3v1.xml │ ├── 00041-sbml-l3v1.xml │ ├── 00074-sbml-l3v1.xml │ ├── 00172-sbml-l3v1.xml │ ├── 00348-sbml-l3v1.xml │ ├── 00363-sbml-l3v1.xml │ ├── 00952-sbml-l3v1.xml │ ├── 00964-sbml-l3v1.xml │ ├── 00966-sbml-l3v1.xml │ ├── 00978-sbml-l3v1.xml │ ├── events.py │ └── feedback.xml ├── logging.py ├── one_rr │ ├── CMakeLists.txt │ ├── Readme.txt │ └── main.cpp └── two_rrs │ ├── CMakeLists.txt │ ├── Readme.txt │ └── main.cpp ├── installer ├── CMakeLists.txt └── windows │ ├── CMakeLists.txt │ ├── libRoadRunner-python-2.7-win32-full-setup.iss │ ├── libRoadRunner-win32-minimal-setup.iss │ ├── libroadrunner_logo_tan.ico │ └── trash.ico ├── models ├── BorisEJB.xml ├── CMakeLists.txt ├── MinimizationTest_A.xml ├── README.txt ├── bistable.xml ├── bug.xml ├── feedback.xml ├── functest.xml ├── sbml_test_0001.xml ├── settings_override.txt ├── simple.xml ├── squareWaveModel.xml ├── ss_SimpleConservedCycle.xml ├── ss_TurnOnConservationAnalysis.xml ├── ss_threeSpecies.xml ├── ss_threestep.xml └── test_models │ ├── CMakeLists.txt │ ├── TestModel_1.xml │ └── reference_data │ ├── CMakeLists.txt │ └── TestModel_1.dat ├── packaging └── CMakeLists.txt ├── requirements.txt ├── roadrunner-64x64-red.png ├── rrplugins ├── .gitattributes ├── .gitignore ├── CMakeLists.txt ├── Models │ ├── BIOMD0000000203.xml │ └── sbml_test_0001.xml ├── examples │ ├── CMakeLists.txt │ ├── README.txt │ ├── cpp │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── cpp_plugin_demo_1 │ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ │ ├── cpp_plugin_demo.cpp │ │ │ └── cpp_plugin_demo.h │ │ ├── one_rr │ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ │ ├── Readme.txt │ │ │ └── main.cpp │ │ ├── property_container │ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ │ └── main.cpp │ │ └── property_meta_data │ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ │ ├── main.cpp │ │ │ ├── property_meta_data.cpp │ │ │ └── property_meta_data.h │ └── python │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.txt │ │ ├── basic │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.txt │ │ ├── telCreateNoisyData.py │ │ ├── telCreateNoisyDataDoxyPage.py │ │ ├── telMakeDataSeries.py │ │ ├── telPluginDocumentation.py │ │ ├── telReadDataFromFile.py │ │ ├── telWriteDataToFile.py │ │ └── testData.dat │ │ ├── bifurcation │ │ ├── BIOMD0000000203.xml │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.txt │ │ ├── bistable.xml │ │ └── telBifurcation.py │ │ ├── bistable.xml │ │ ├── images │ │ ├── createNoisyData_output.jpg │ │ └── lmFit1_output.jpg │ │ ├── irreversible_bistability.xml │ │ ├── parameter_minimization │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.txt │ │ ├── TwoParametersData.dat │ │ ├── hard_model │ │ │ ├── HenrichWilbertFit.xml │ │ │ ├── telLevenbergMarquardt.py │ │ │ └── wilbertData.dat │ │ ├── monte_carlo │ │ │ ├── telCreateExperimentalData.py │ │ │ ├── telMonteCarlo.py │ │ │ ├── telMonteCarloStatistics.py │ │ │ ├── telReadDataFromFile.py │ │ │ └── testData.dat │ │ ├── obsolete │ │ │ ├── telLMFit2.py │ │ │ ├── telLevenbergMarquardt.py │ │ │ └── telNelderMead.py │ │ ├── one_parameter │ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ │ ├── ExperimentalData.dat │ │ │ ├── README.txt │ │ │ ├── telChiSquare.py │ │ │ ├── telChiSquareAsFunctionOfParameter.py │ │ │ ├── telChiSquareDerivatives.py │ │ │ ├── telCreateExperimentalData.py │ │ │ └── telModelAndExpData.py │ │ ├── telChiSquareAsFunctionOfOneParameter.py │ │ ├── telChiSquareAsFunctionOfTwoParameters.py │ │ ├── telFittingStatistics.py │ │ ├── testData.dat │ │ ├── two_parameters.xml │ │ └── two_parameters │ │ │ ├── TwoParametersData.dat │ │ │ ├── telCalculateHessian.py │ │ │ ├── telChiSquare.py │ │ │ ├── telChiSquareAsFunctionOfParameter.py │ │ │ ├── telChiSquareAsFunctionOfTwoParameter.py │ │ │ ├── telChiSquareDerivatives.py │ │ │ ├── telCreateExperimentalData.py │ │ │ ├── telLevenbergMarquardt.py │ │ │ ├── telMinimizationProperties.py │ │ │ ├── telModelAndExpData.py │ │ │ └── two_parameters.xml │ │ ├── raw_api │ │ ├── telEvents.py │ │ ├── telGetPluginInformation.py │ │ ├── telMatrix.py │ │ ├── telPluginDocumentation.py │ │ ├── telPluginProperties.py │ │ └── testData.dat │ │ ├── statistics │ │ ├── telGetNoiseDistribution.py │ │ ├── telQQPlot.py │ │ ├── telQQPlot2.py │ │ └── telSigmaTest.py │ │ ├── telAddNoise.py │ │ ├── telAuto2000.py │ │ ├── telAuto_irreversible.py │ │ ├── telChiSquare.py │ │ ├── telLevenbergMarquardt.py │ │ ├── telMonteCarlo.py │ │ ├── telNelderMead.py │ │ └── telTestModel.py ├── plugins │ ├── CMakeLists.txt │ ├── README.txt │ ├── add_noise │ │ ├── CHANGELOG.txt │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── add_noise.cpp │ │ ├── add_noise.h │ │ ├── add_noise_doc.cpp │ │ ├── add_noise_doc.h │ │ ├── add_noise_pch.h │ │ ├── add_noise_worker.cpp │ │ ├── add_noise_worker.h │ │ ├── docs │ │ │ └── add_noise_example.py │ │ ├── libmain.cpp │ │ ├── noise.cpp │ │ └── noise.h │ ├── auto2000 │ │ ├── CHANGELOG.txt │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── ap_exporter.h │ │ ├── auto2000_doc.cpp │ │ ├── auto2000_doc.h │ │ ├── auto_pch.h │ │ ├── auto_utils.cpp │ │ ├── auto_utils.h │ │ ├── docs │ │ │ ├── BIOMD0000000203.xml │ │ │ ├── auto2000_example1.py │ │ │ ├── auto2000_example2.py │ │ │ └── telAuto2000.py │ │ ├── libAuto │ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ │ ├── autlab.cpp │ │ │ ├── autlib1.cpp │ │ │ ├── autlib2.cpp │ │ │ ├── autlib3.cpp │ │ │ ├── autlib4.cpp │ │ │ ├── autlib5.cpp │ │ │ ├── auto_api.cpp │ │ │ ├── auto_api.h │ │ │ ├── auto_c.h │ │ │ ├── auto_exporter.h │ │ │ ├── auto_mpi.h │ │ │ ├── auto_types.h │ │ │ ├── conpar.cpp │ │ │ ├── dmatrix.cpp │ │ │ ├── eispack.cpp │ │ │ ├── fcon.h │ │ │ ├── getopt.cpp │ │ │ ├── libAutoMain.cpp │ │ │ ├── libAuto_pch.h │ │ │ ├── libf2c │ │ │ │ ├── auto_f2c.h │ │ │ │ ├── cabs.cpp │ │ │ │ ├── d_imag.cpp │ │ │ │ ├── d_lg10.cpp │ │ │ │ ├── d_sign.cpp │ │ │ │ ├── i_dnnt.cpp │ │ │ │ ├── i_nint.cpp │ │ │ │ ├── pow_dd.cpp │ │ │ │ ├── pow_di.cpp │ │ │ │ ├── pow_ii.cpp │ │ │ │ ├── r_lg10.cpp │ │ │ │ ├── z_abs.cpp │ │ │ │ ├── z_exp.cpp │ │ │ │ └── z_log.cpp │ │ │ ├── reduce.cpp │ │ │ ├── setubv.cpp │ │ │ ├── theMain.cpp │ │ │ ├── vsAuto.cpp │ │ │ ├── vsAuto.h │ │ │ └── worker.cpp │ │ ├── libAutoTelluriumInterface │ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ │ ├── example │ │ │ │ └── main.cpp │ │ │ ├── tai_exporter.h │ │ │ ├── tai_pch.h │ │ │ ├── telAutoConstants.cpp │ │ │ ├── telAutoConstants.h │ │ │ ├── telAutoData.cpp │ │ │ ├── telAutoData.h │ │ │ ├── telAutoTelluriumInterface.cpp │ │ │ ├── telAutoTelluriumInterface.h │ │ │ ├── telAutoUtils.cpp │ │ │ └── telAutoUtils.h │ │ ├── models │ │ │ ├── BIOMD0000000203.xml │ │ │ └── bistable.xml │ │ ├── telAutoDataParser.cpp │ │ ├── telAutoDataParser.h │ │ ├── telAutoPlugin.cpp │ │ ├── telAutoPlugin.h │ │ ├── telAutoWorker.cpp │ │ └── telAutoWorker.h │ ├── chisquare │ │ ├── CHANGELOG.txt │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.txt │ │ ├── chisquare_doc.cpp │ │ ├── chisquare_doc.h │ │ ├── csChiSquare.cpp │ │ ├── csChiSquare.h │ │ ├── csChiWorker.cpp │ │ ├── csChiWorker.h │ │ └── docs │ │ │ └── chi_squared_example.py │ ├── hello_roadrunner │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── docs │ │ │ └── hello_roadrunner_example.py │ │ ├── hello.cpp │ │ └── hello.h │ ├── levenberg_marquardt │ │ ├── CHANGELOG.txt │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.txt │ │ ├── docs │ │ │ ├── Examples │ │ │ │ └── telLevenbergMarquardt.py │ │ │ ├── Figures │ │ │ │ ├── Minimization.PNG │ │ │ │ └── Minimization.jpg │ │ │ ├── html │ │ │ │ ├── Figures │ │ │ │ │ ├── Minimization.PNG │ │ │ │ │ └── Minimization.jpg │ │ │ │ ├── index.html │ │ │ │ ├── mainDoc.css │ │ │ │ └── mainDoc2.html │ │ │ ├── levenberg_marquardt.tex │ │ │ ├── mainDoc.tex │ │ │ ├── makeDocs.sh │ │ │ └── pdf │ │ │ │ └── levenberg_marquardt.pdf │ │ ├── levenberg_marquardt_doc.cpp │ │ ├── levenberg_marquardt_doc.h │ │ ├── lib │ │ │ ├── CHANGELOG │ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ │ ├── COPYING │ │ │ ├── README.txt │ │ │ ├── lmmin.c │ │ │ ├── lmmin.h │ │ │ ├── lmstruct.h │ │ │ └── versions │ │ │ │ ├── lmfit-3.5.tgz │ │ │ │ └── lmfit-5.1.tgz │ │ ├── lm.cpp │ │ ├── lm.h │ │ ├── lmObjectiveFunction.cpp │ │ ├── lmObjectiveFunction.h │ │ ├── lmUtils.cpp │ │ ├── lmUtils.h │ │ ├── lmWorker.cpp │ │ ├── lmWorker.h │ │ └── lm_pch.h │ ├── monte_carlo_bs │ │ ├── CHANGELOG.txt │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.txt │ │ ├── bsMonteCarlo.cpp │ │ ├── bsMonteCarlo.h │ │ ├── bsUtils.cpp │ │ ├── bsUtils.h │ │ ├── bsWorker.cpp │ │ ├── bsWorker.h │ │ ├── docs │ │ │ ├── Examples │ │ │ │ ├── MCDataSets.dat │ │ │ │ └── telMonteCarlo.py │ │ │ ├── Figures │ │ │ │ ├── MonteCarloOutput.png │ │ │ │ └── MonteCarloOutput_2.png │ │ │ ├── html │ │ │ │ ├── Figures │ │ │ │ │ ├── MonteCarloOutput.png │ │ │ │ │ └── MonteCarloOutput_2.png │ │ │ │ ├── index.html │ │ │ │ └── mainDoc.css │ │ │ ├── mainDoc.tex │ │ │ ├── makeDocs.sh │ │ │ ├── monte_carlo_bs.tex │ │ │ └── pdf │ │ │ │ └── monte_carlo_bs.pdf │ │ ├── monte_carlo_bs_doc.cpp │ │ ├── monte_carlo_bs_doc.h │ │ └── monte_carlo_bs_pch.h │ ├── nelder_mead │ │ ├── CHANGELOG.txt │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── Examples │ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ │ └── plugin_example │ │ │ │ └── main.cpp │ │ ├── README.txt │ │ ├── docs │ │ │ ├── Examples │ │ │ │ └── telNelderMead.py │ │ │ ├── Figures │ │ │ │ └── NelderMeadOutput.png │ │ │ ├── html │ │ │ │ ├── Figures │ │ │ │ │ └── NelderMeadOutput.png │ │ │ │ ├── index.html │ │ │ │ ├── mainDoc.css │ │ │ │ └── mainDoc2.html │ │ │ ├── mainDoc.tex │ │ │ ├── makeDocs.sh │ │ │ ├── nelder_mead.tex │ │ │ └── pdf │ │ │ │ └── nelder_mead.pdf │ │ ├── lib │ │ │ ├── Makefile │ │ │ ├── maxPowerExample │ │ │ │ └── maxPowerExample.cpp │ │ │ ├── maxpower.c │ │ │ ├── nmsimplex.cpp │ │ │ ├── nmsimplex.h │ │ │ ├── nmsimplex2.cpp │ │ │ ├── nmsimplex_original.c │ │ │ ├── rr_example │ │ │ │ ├── ExperimentalData.dat │ │ │ │ └── sbml_model_one_para.cpp │ │ │ ├── sbml_model_one_para.cpp │ │ │ └── testfun.c │ │ ├── nelder_mead_doc.cpp │ │ ├── nelder_mead_doc.h │ │ ├── nmNelderMead.cpp │ │ ├── nmNelderMead.h │ │ ├── nmObjectiveFunction.cpp │ │ ├── nmObjectiveFunction.h │ │ ├── nmWorker.cpp │ │ └── nmWorker.h │ └── test_model │ │ ├── CHANGELOG.txt │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── TestModel.cpp │ │ ├── TestModel.h │ │ ├── docs │ │ └── test_model_example.py │ │ ├── test_model_doc.cpp │ │ └── test_model_doc.h ├── rrplugins │ ├── CMakeLists.txt │ ├── README.txt │ ├── common │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── telArrayList.cpp │ │ ├── telArrayList.h │ │ ├── telArrayedParameter.cpp │ │ ├── telArrayedParameter.h │ │ ├── telBuildSettings.h │ │ ├── telCommonExporter.h │ │ ├── telCommon_pch.h │ │ ├── telConstants.cpp │ │ ├── telConstants.h │ │ ├── telException.cpp │ │ ├── telException.h │ │ ├── telFileName.cpp │ │ ├── telFileName.h │ │ ├── telIniFile.cpp │ │ ├── telIniFile.h │ │ ├── telIniKey.cpp │ │ ├── telIniKey.h │ │ ├── telIniSection.cpp │ │ ├── telIniSection.h │ │ ├── telLogger.cpp │ │ ├── telLogger.h │ │ ├── telOSSpecifics.h │ │ ├── telProperties.cpp │ │ ├── telProperties.h │ │ ├── telProperty.h │ │ ├── telPropertyBase.cpp │ │ ├── telPropertyBase.h │ │ ├── telStringBuilder.cpp │ │ ├── telStringBuilder.h │ │ ├── telStringList.cpp │ │ ├── telStringList.h │ │ ├── telStringListContainer.cpp │ │ ├── telStringListContainer.h │ │ ├── telStringUtils.cpp │ │ ├── telStringUtils.h │ │ ├── telTelluriumData.cpp │ │ ├── telTelluriumData.h │ │ ├── telUnresolvedSTDExternals.cpp │ │ ├── telUtils.cpp │ │ └── telUtils.h │ ├── core │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── telAPIHandleManager.cpp │ │ ├── telAPIHandleManager.h │ │ ├── telCoreExporter.h │ │ ├── telPluginManager.cpp │ │ ├── telPluginManager.h │ │ ├── telVersionInfo.cpp │ │ ├── telVersionInfo.h │ │ ├── tel_api.h │ │ ├── telplugins_cpp_support.cpp │ │ └── telplugins_cpp_support.h │ ├── docs.doxy │ ├── math │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── telMathExporter.h │ │ ├── telMathUtils.cpp │ │ ├── telMathUtils.h │ │ ├── telMatrix.cpp │ │ ├── telMatrix.h │ │ ├── telRandom.cpp │ │ ├── telRandom.h │ │ └── third_party │ │ │ ├── mtrand.cpp │ │ │ ├── mtrand.h │ │ │ ├── mtreadme.txt │ │ │ └── mttest.cpp │ └── pluginBaseClass │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── telCPPPlugin.cpp │ │ ├── telCPPPlugin.h │ │ ├── telCPlugin.cpp │ │ ├── telCPlugin.h │ │ ├── telCoreExporter.h │ │ ├── telManager_pch.h │ │ ├── telPlugin.cpp │ │ ├── telPlugin.h │ │ ├── telPluginsManagerSettings.h │ │ ├── telVersionInfo.cpp │ │ └── telVersionInfo.h └── wrappers │ ├── C │ ├── CMakeLists.txt │ ├── docs.doxy │ ├── tel_macros.h │ ├── teljobs_api.cpp │ ├── teljobs_api.h │ ├── telplugins_c_api.cpp │ ├── telplugins_c_api.dsk │ ├── telplugins_c_api.h │ ├── telplugins_c_api.res │ ├── telplugins_exporter.h │ ├── telplugins_logging_api.cpp │ ├── telplugins_logging_api.h │ ├── telplugins_matrix_api.cpp │ ├── telplugins_matrix_api.h │ ├── telplugins_pch.h │ ├── telplugins_properties_api.cpp │ ├── telplugins_properties_api.h │ ├── telplugins_settings.h │ ├── telplugins_telluriumdata_api.cpp │ ├── telplugins_telluriumdata_api.h │ ├── telplugins_types.h │ ├── telplugins_utilities.cpp │ └── telplugins_utilities.h │ ├── CMakeLists.txt │ └── python │ ├── CHANGELOG.txt │ ├── CMakeLists.txt │ ├── README.txt │ ├── __init__.py.in │ ├── docs.doxy │ ├── docs_ctypes.doxy │ ├── setup_rrplugins.py │ ├── telplugins.py │ └── telplugins_c_api.py ├── source ├── ApproxSteadyStateDecorator.cpp ├── ApproxSteadyStateDecorator.h ├── BasicNewtonIteration.cpp ├── BasicNewtonIteration.h ├── CMakeLists.txt ├── CVODEIntegrator.cpp ├── CVODEIntegrator.h ├── Dictionary.cpp ├── Dictionary.h ├── DoxygenDocs.h ├── EulerIntegrator.h ├── ExecutableModelFactory.cpp ├── ExecutableModelFactory.h ├── FixedPointIteration.cpp ├── FixedPointIteration.h ├── ForwardSensitivitySolver.cpp ├── ForwardSensitivitySolver.h ├── GillespieIntegrator.cpp ├── GillespieIntegrator.h ├── GitInfo.h ├── GitInfo.h.in ├── Integrator.cpp ├── Integrator.h ├── IntegratorFactory.cpp ├── IntegratorFactory.h ├── KinsolErrHandler.cpp ├── KinsolErrHandler.h ├── KinsolSteadyStateSolver.cpp ├── KinsolSteadyStateSolver.h ├── LinesearchNewtonIteration.cpp ├── LinesearchNewtonIteration.h ├── Matrix.h ├── Matrix3D.h ├── NLEQ1Solver.cpp ├── NLEQ1Solver.h ├── NLEQ2Solver.cpp ├── NLEQ2Solver.h ├── NLEQSolver.cpp ├── NLEQSolver.h ├── NewtonIteration.cpp ├── NewtonIteration.h ├── PresimulationDecorator.cpp ├── PresimulationDecorator.h ├── PresimulationProgramDecorator.cpp ├── PresimulationProgramDecorator.h ├── RK45Integrator.cpp ├── RK45Integrator.h ├── RK4Integrator.cpp ├── RK4Integrator.h ├── Registrable.h ├── RegistrationFactory.cpp ├── RegistrationFactory.h ├── SBMLValidator.cpp ├── SBMLValidator.h ├── SVD.cpp ├── SVD.h ├── SensitivitySolver.h ├── SensitivitySolverFactory.cpp ├── SensitivitySolverFactory.h ├── Setting.cpp ├── Setting.h ├── Solver.cpp ├── Solver.h ├── SteadyStateSolver.cpp ├── SteadyStateSolver.h ├── SteadyStateSolverDecorator.cpp ├── SteadyStateSolverDecorator.h ├── SteadyStateSolverFactory.cpp ├── SteadyStateSolverFactory.h ├── _Variant.cpp ├── _Variant.h ├── c │ ├── mtrand.cpp │ ├── mtrand.h │ ├── mtreadme.txt │ ├── mttest.cpp │ ├── rrCCompiler.cpp │ ├── rrCCompiler.h │ ├── rrCModelDataUtil.cpp │ ├── rrCModelDataUtil.h │ ├── rrCModelGenerator.cpp │ ├── rrCModelGenerator.h │ ├── rrCodeBuilder.cpp │ ├── rrCodeBuilder.h │ ├── rrCodeTypes.h │ ├── rrCompiledExecutableModel.cpp │ ├── rrCompiledExecutableModel.h │ ├── rrCompiledModelGenerator.cpp │ ├── rrCompiledModelGenerator.h │ ├── rrCompiledModelState.cpp │ ├── rrCompiledModelState.h │ ├── rrEvent.cpp │ ├── rrEvent.h │ ├── rrHashTable.cpp │ ├── rrHashTable.h │ ├── rrModelData.h │ ├── rrModelSharedLibrary.cpp │ ├── rrModelSharedLibrary.h │ ├── rrModelSymbols.cpp │ ├── rrModelSymbols.h │ ├── rrNOMSupport.cpp │ ├── rrNOMSupport.h │ ├── rrPendingAssignment.cpp │ ├── rrPendingAssignment.h │ ├── rrRandom.cpp │ ├── rrRandom.h │ ├── rrRule.cpp │ ├── rrRule.h │ ├── rrSBMLSymbol.cpp │ ├── rrSBMLSymbol.h │ ├── rrSBMLSymbolDependencies.cpp │ ├── rrSBMLSymbolDependencies.h │ ├── rrScanner.cpp │ ├── rrScanner.h │ ├── rrStringBuilder.cpp │ ├── rrStringBuilder.h │ ├── rrStringList.cpp │ ├── rrStringList.h │ ├── rrStringListContainer.cpp │ ├── rrStringListContainer.h │ ├── rrSymbol.cpp │ ├── rrSymbol.h │ ├── rrSymbolList.cpp │ ├── rrSymbolList.h │ ├── rrToken.cpp │ └── rrToken.h ├── conservation │ ├── ConservationDocumentPlugin.cpp │ ├── ConservationDocumentPlugin.h │ ├── ConservationExtension.cpp │ ├── ConservationExtension.h │ ├── ConservedMoietyConverter.cpp │ ├── ConservedMoietyConverter.h │ ├── ConservedMoietyPlugin.cpp │ └── ConservedMoietyPlugin.h ├── doxygen.conf ├── llvm │ ├── ASTNodeCodeGen.cpp │ ├── ASTNodeCodeGen.h │ ├── ASTNodeFactory.cpp │ ├── ASTNodeFactory.h │ ├── AssignmentRuleEvaluator.cpp │ ├── AssignmentRuleEvaluator.h │ ├── CodeGen.h │ ├── CodeGenBase.cpp │ ├── CodeGenBase.h │ ├── EvalConversionFactorCodeGen.cpp │ ├── EvalConversionFactorCodeGen.h │ ├── EvalInitialConditionsCodeGen.cpp │ ├── EvalInitialConditionsCodeGen.h │ ├── EvalRateRuleRatesCodeGen.cpp │ ├── EvalRateRuleRatesCodeGen.h │ ├── EvalReactionRatesCodeGen.cpp │ ├── EvalReactionRatesCodeGen.h │ ├── EvalVolatileStoichCodeGen.cpp │ ├── EvalVolatileStoichCodeGen.h │ ├── EventAssignCodeGen.cpp │ ├── EventAssignCodeGen.h │ ├── EventCodeGenBase.h │ ├── EventQueue.cpp │ ├── EventQueue.h │ ├── EventTriggerCodeGen.cpp │ ├── EventTriggerCodeGen.h │ ├── FunctionResolver.cpp │ ├── FunctionResolver.h │ ├── GetEventValuesCodeGen.cpp │ ├── GetEventValuesCodeGen.h │ ├── GetInitialValueCodeGenBase.h │ ├── GetInitialValuesCodeGen.cpp │ ├── GetInitialValuesCodeGen.h │ ├── GetPiecewiseTriggerCodeGen.cpp │ ├── GetPiecewiseTriggerCodeGen.h │ ├── GetValueCodeGenBase.h │ ├── GetValuesCodeGen.cpp │ ├── GetValuesCodeGen.h │ ├── Jit.cpp │ ├── Jit.h │ ├── JitFactory.cpp │ ├── JitFactory.h │ ├── KineticLawParameterResolver.cpp │ ├── KineticLawParameterResolver.h │ ├── LLJit.cpp │ ├── LLJit.h │ ├── LLVMCompiler.cpp │ ├── LLVMCompiler.h │ ├── LLVMException.h │ ├── LLVMExecutableModel.cpp │ ├── LLVMExecutableModel.h │ ├── LLVMIncludes.h │ ├── LLVMModelData.cpp │ ├── LLVMModelData.h │ ├── LLVMModelDataSymbols.cpp │ ├── LLVMModelDataSymbols.h │ ├── LLVMModelGenerator.cpp │ ├── LLVMModelGenerator.h │ ├── LLVMModelSymbols.cpp │ ├── LLVMModelSymbols.h │ ├── LoadSymbolResolverBase.cpp │ ├── LoadSymbolResolverBase.h │ ├── MCJit.cpp │ ├── MCJit.h │ ├── ModelDataIRBuilder.cpp │ ├── ModelDataIRBuilder.h │ ├── ModelDataSymbolResolver.cpp │ ├── ModelDataSymbolResolver.h │ ├── ModelGeneratorContext.cpp │ ├── ModelGeneratorContext.h │ ├── ModelInitialValueSymbolResolver.cpp │ ├── ModelInitialValueSymbolResolver.h │ ├── ModelResourceProvider.h │ ├── ModelResources.cpp │ ├── ModelResources.h │ ├── Random.cpp │ ├── Random.h │ ├── SBMLInitialValueSymbolResolver.cpp │ ├── SBMLInitialValueSymbolResolver.h │ ├── SBMLModelObjectCache.cpp │ ├── SBMLModelObjectCache.h │ ├── SBMLSupportFunctions.cpp │ ├── SBMLSupportFunctions.h │ ├── SetInitialValueCodeGenBase.h │ ├── SetInitialValuesCodeGen.cpp │ ├── SetInitialValuesCodeGen.h │ ├── SetValueCodeGenBase.h │ ├── SetValuesCodeGen.cpp │ ├── SetValuesCodeGen.h │ └── SymbolForest.h ├── msc_stdint.h ├── parallel-hashmap │ ├── .gitattributes │ ├── .gitignore │ ├── CITATION.cff │ ├── CMakeLists.txt │ ├── LICENSE │ ├── README.md │ ├── benchmark │ │ ├── BENCHMARK.md │ │ ├── Makefile │ │ ├── bench.cc │ │ ├── bench.py │ │ ├── charts-template.html │ │ ├── js │ │ │ ├── examples.css │ │ │ ├── jquery.canvaswrapper.js │ │ │ ├── jquery.colorhelpers.js │ │ │ ├── jquery.flot.axislabels.js │ │ │ ├── jquery.flot.browser.js │ │ │ ├── jquery.flot.categories.js │ │ │ ├── jquery.flot.composeImages.js │ │ │ ├── jquery.flot.crosshair.js │ │ │ ├── jquery.flot.drawSeries.js │ │ │ ├── jquery.flot.errorbars.js │ │ │ ├── jquery.flot.fillbetween.js │ │ │ ├── jquery.flot.flatdata.js │ │ │ ├── jquery.flot.hover.js │ │ │ ├── jquery.flot.image.js │ │ │ ├── jquery.flot.js │ │ │ ├── jquery.flot.legend.js │ │ │ ├── jquery.flot.logaxis.js │ │ │ ├── jquery.flot.navigate.js │ │ │ ├── jquery.flot.pie.js │ │ │ ├── jquery.flot.resize.js │ │ │ ├── jquery.flot.saturated.js │ │ │ ├── jquery.flot.selection.js │ │ │ ├── jquery.flot.stack.js │ │ │ ├── jquery.flot.symbol.js │ │ │ ├── jquery.flot.threshold.js │ 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rrConfig.h ├── rrConfigure.h ├── rrConfigure.h.in ├── rrConstants.cpp ├── rrConstants.h ├── rrException.cpp ├── rrException.h ├── rrExecutableModel.cpp ├── rrExecutableModel.h ├── rrExporter.h ├── rrFileName.cpp ├── rrFileName.h ├── rrGetOptions.cpp ├── rrGetOptions.h ├── rrIniFile.cpp ├── rrIniFile.h ├── rrIniKey.cpp ├── rrIniKey.h ├── rrIniSection.cpp ├── rrIniSection.h ├── rrLibMain.cpp ├── rrLogger.cpp ├── rrLogger.h ├── rrNLEQ1Interface.cpp ├── rrNLEQ1Interface.h ├── rrNLEQ2Interface.cpp ├── rrNLEQ2Interface.h ├── rrOSSpecifics.h ├── rrRoadRunner.cpp ├── rrRoadRunner.h ├── rrRoadRunnerData.cpp ├── rrRoadRunnerData.h ├── rrRoadRunnerMap.cpp ├── rrRoadRunnerMap.h ├── rrRoadRunnerOptions.cpp ├── rrRoadRunnerOptions.h ├── rrSBMLModelSimulation.cpp ├── rrSBMLModelSimulation.h ├── rrSBMLReader.cpp ├── rrSBMLReader.h ├── rrSelectionRecord.cpp ├── rrSelectionRecord.h ├── rrSparse.cpp ├── rrSparse.h ├── rrStringUtils.cpp ├── rrStringUtils.h ├── rrTestSuiteModelSimulation.cpp ├── rrTestSuiteModelSimulation.h ├── rrUnresolvedSTDExternals.cpp ├── rrUtils.cpp ├── rrUtils.h ├── rrVersionInfo.cpp ├── rrVersionInfo.h.in ├── rr_pch.h ├── rr_support │ ├── CMakeLists.txt │ ├── bcc.cfg │ ├── gurgle.dat │ ├── rrCExporter.h │ ├── rrModelData.h │ ├── rrSupport.c │ ├── rrSupport.h │ └── stdbool.h ├── rr_unordered_map ├── setting_t.h ├── thread-pool │ ├── CHANGELOG.md │ ├── LICENSE.txt │ ├── README.md │ ├── thread_pool.hpp │ └── thread_pool_test.cpp └── tr1proxy │ ├── cxx11_ns.h │ ├── rr_memory.h │ ├── rr_random.h │ └── rr_unordered_map.h ├── test-requirements.txt ├── test ├── CMakeLists.txt ├── Example.i ├── PerformanceTests.zip ├── PerformanceTests │ ├── CMakeLists.txt │ ├── PlotRoadRunnerMapPerformanceTestsWithVTune.py │ ├── RoadRunnerMapHotspotsLoad100ModelsDbgMode.png │ ├── RoadRunnerMapHotspotsLoad100ModelsRelMode.png │ ├── RoadRunnerMapLoad100ModelsDbgMode.png │ ├── RoadRunnerMapPerformanceTests.cpp │ ├── RoadRunnerMapPerformanceTestsWithVTuneThreadingAnalysisResults.csv │ ├── RunRoadRunnerMapPerformanceTestsWithVTune.py │ └── __init__.py ├── RoadRunnerTest.cpp ├── RoadRunnerTest.h ├── RoadRunnerTestDirectory.cpp.in ├── RoadRunnerTestDirectory.h.in ├── TestModelFactory.cpp ├── TestModelFactory.h ├── TestModelFactory.i ├── c_api_core │ ├── CAPICoreTest.cpp │ ├── CAPICoreTest.h │ ├── CMakeLists.txt │ ├── exceptions.cpp │ ├── libstruct.cpp │ ├── model_editing.cpp │ ├── rrSBMLTestSuiteSimulation_CAPI.cpp │ └── rrSBMLTestSuiteSimulation_CAPI.h ├── c_api_rrtests │ ├── CMakeLists.txt │ ├── NomTests.cpp │ ├── OtherRRTestFileTests.cpp │ ├── RRTestFileTests.cpp │ └── RRTestFileTests.h ├── cxx_api_tests │ ├── BasicDictionaryTests.cpp │ ├── CMakeLists.txt │ ├── ConfigTests.cpp │ ├── GillespieTests.cpp │ ├── JacobianTests.cpp │ ├── LoadSBMLOptionsTests.cpp │ ├── LoggerTests.cpp │ ├── MCATests.cpp │ ├── Matrix3DTests.cpp │ ├── MatrixTests.cpp │ ├── RoadRunnerAPITests.h │ ├── RoadRunnerAPITestsWithLLJit.cpp │ ├── RoadRunnerAPITestsWithMCJit.cpp │ ├── RoadRunnerMapTests.cpp │ ├── SelectionRecordTests.cpp │ ├── SettingTests.cpp │ ├── SettingTestsSwigAPI.cpp │ ├── SettingTestsSwigAPI.h │ ├── SettingTestsSwigAPI.i │ └── StructuralAnalysisTests.cpp ├── googletest-master │ ├── .clang-format │ ├── .github │ │ └── ISSUE_TEMPLATE │ │ │ ├── 00-bug_report.md │ │ │ ├── 10-feature_request.md │ │ │ └── config.yml │ ├── .gitignore │ ├── BUILD.bazel │ ├── CMakeLists.txt │ ├── CONTRIBUTING.md │ ├── CONTRIBUTORS │ ├── LICENSE │ ├── MODULE.bazel │ ├── README.md │ ├── WORKSPACE │ ├── WORKSPACE.bzlmod │ ├── ci │ │ ├── linux-presubmit.sh │ │ ├── macos-presubmit.sh │ │ └── windows-presubmit.bat │ ├── docs │ │ ├── _config.yml │ │ ├── _data │ │ │ └── navigation.yml │ │ ├── _layouts │ │ │ └── default.html │ │ ├── _sass │ │ │ └── main.scss │ │ ├── advanced.md │ │ ├── assets │ │ │ └── css │ │ │ │ └── style.scss │ │ ├── community_created_documentation.md │ │ ├── faq.md │ │ ├── gmock_cheat_sheet.md │ │ ├── gmock_cook_book.md │ │ ├── gmock_faq.md │ │ ├── gmock_for_dummies.md │ │ ├── index.md │ │ ├── pkgconfig.md │ │ ├── platforms.md │ │ ├── primer.md │ │ ├── quickstart-bazel.md │ │ ├── quickstart-cmake.md │ │ ├── reference │ │ │ ├── actions.md │ │ │ ├── assertions.md │ │ │ ├── matchers.md │ │ │ ├── mocking.md │ │ │ └── testing.md │ │ └── samples.md │ ├── fake_fuchsia_sdk.bzl │ ├── googlemock │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.md │ │ ├── cmake │ │ │ ├── gmock.pc.in │ │ │ └── gmock_main.pc.in │ │ ├── docs │ │ │ └── README.md │ │ ├── include │ │ │ └── gmock │ │ │ │ ├── gmock-actions.h │ │ │ │ ├── gmock-cardinalities.h │ │ │ │ ├── gmock-function-mocker.h │ │ │ │ ├── gmock-matchers.h │ │ │ │ ├── gmock-more-actions.h │ │ │ │ ├── gmock-more-matchers.h │ │ │ │ ├── gmock-nice-strict.h │ │ │ │ ├── gmock-spec-builders.h │ │ │ │ ├── gmock.h │ │ │ │ └── internal │ │ │ │ ├── custom │ │ │ │ ├── README.md │ │ │ │ ├── gmock-generated-actions.h │ │ │ │ ├── gmock-matchers.h │ │ │ │ └── gmock-port.h │ │ │ │ ├── gmock-internal-utils.h │ │ │ │ ├── gmock-port.h │ │ │ │ └── gmock-pp.h │ │ ├── src │ │ │ ├── gmock-all.cc │ │ │ ├── gmock-cardinalities.cc │ │ │ ├── gmock-internal-utils.cc │ │ │ ├── gmock-matchers.cc │ │ │ ├── gmock-spec-builders.cc │ │ │ ├── gmock.cc │ │ │ └── gmock_main.cc │ │ └── test │ │ │ ├── BUILD.bazel │ │ │ ├── gmock-actions_test.cc │ │ │ ├── gmock-cardinalities_test.cc │ │ │ ├── gmock-function-mocker_test.cc │ │ │ ├── gmock-internal-utils_test.cc │ │ │ ├── gmock-matchers-arithmetic_test.cc │ │ │ ├── gmock-matchers-comparisons_test.cc │ │ │ ├── gmock-matchers-containers_test.cc │ │ │ ├── gmock-matchers-misc_test.cc │ │ │ ├── gmock-matchers_test.h │ │ │ ├── gmock-more-actions_test.cc │ │ │ ├── gmock-nice-strict_test.cc │ │ │ ├── gmock-port_test.cc │ │ │ ├── gmock-pp-string_test.cc │ │ │ ├── gmock-pp_test.cc │ │ │ ├── gmock-spec-builders_test.cc │ │ │ ├── gmock_all_test.cc │ │ │ ├── gmock_ex_test.cc │ │ │ ├── gmock_leak_test.py │ │ │ ├── gmock_leak_test_.cc │ │ │ ├── gmock_link2_test.cc │ │ │ ├── gmock_link_test.cc │ │ │ ├── gmock_link_test.h │ │ │ ├── gmock_output_test.py │ │ │ ├── gmock_output_test_.cc │ │ │ ├── gmock_output_test_golden.txt │ │ │ ├── gmock_stress_test.cc │ │ │ ├── gmock_test.cc │ │ │ └── gmock_test_utils.py │ ├── googletest │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.md │ │ ├── cmake │ │ │ ├── Config.cmake.in │ │ │ ├── gtest.pc.in │ │ │ ├── gtest_main.pc.in │ │ │ ├── internal_utils.cmake │ │ │ └── libgtest.la.in │ │ ├── docs │ │ │ └── README.md │ │ ├── include │ │ │ └── gtest │ │ │ │ ├── gtest-assertion-result.h │ │ │ │ ├── gtest-death-test.h │ │ │ │ ├── gtest-matchers.h │ │ │ │ ├── gtest-message.h │ │ │ │ ├── gtest-param-test.h │ │ │ │ ├── gtest-printers.h │ │ │ │ ├── gtest-spi.h │ │ │ │ ├── gtest-test-part.h │ │ │ │ ├── gtest-typed-test.h │ │ │ │ ├── gtest.h │ │ │ │ ├── gtest_pred_impl.h │ │ │ │ ├── gtest_prod.h │ │ │ │ └── internal │ │ │ │ ├── custom │ │ │ │ ├── README.md │ │ │ │ ├── gtest-port.h │ │ │ │ ├── gtest-printers.h │ │ │ │ └── gtest.h │ │ │ │ ├── gtest-death-test-internal.h │ │ │ │ ├── gtest-filepath.h │ │ │ │ ├── gtest-internal.h │ │ │ │ ├── gtest-param-util.h │ │ │ │ ├── gtest-port-arch.h │ │ │ │ ├── gtest-port.h │ │ │ │ ├── gtest-string.h │ │ │ │ └── gtest-type-util.h │ │ ├── samples │ │ │ ├── prime_tables.h │ │ │ ├── sample1.cc │ │ │ ├── sample1.h │ │ │ ├── sample10_unittest.cc │ │ │ ├── sample1_unittest.cc │ │ │ ├── sample2.cc │ │ │ ├── sample2.h │ │ │ ├── sample2_unittest.cc │ │ │ ├── sample3-inl.h │ │ │ ├── sample3_unittest.cc │ │ │ ├── sample4.cc │ │ │ ├── sample4.h │ │ │ ├── sample4_unittest.cc │ │ │ ├── sample5_unittest.cc │ │ │ ├── sample6_unittest.cc │ │ │ ├── sample7_unittest.cc │ │ │ ├── sample8_unittest.cc │ │ │ └── sample9_unittest.cc │ │ ├── src │ │ │ ├── gtest-all.cc │ │ │ ├── gtest-assertion-result.cc │ │ │ ├── gtest-death-test.cc │ │ │ ├── gtest-filepath.cc │ │ │ ├── gtest-internal-inl.h │ │ │ ├── gtest-matchers.cc │ │ │ ├── gtest-port.cc │ │ │ ├── gtest-printers.cc │ │ │ ├── gtest-test-part.cc │ │ │ ├── gtest-typed-test.cc │ │ │ ├── gtest.cc │ │ │ └── gtest_main.cc │ │ └── test │ │ │ ├── BUILD.bazel │ │ │ ├── googletest-break-on-failure-unittest.py │ │ │ ├── googletest-break-on-failure-unittest_.cc │ │ │ ├── googletest-catch-exceptions-test.py │ │ │ ├── googletest-catch-exceptions-test_.cc │ │ │ ├── googletest-color-test.py │ │ │ ├── googletest-color-test_.cc │ │ │ ├── googletest-death-test-test.cc │ │ │ ├── googletest-death-test_ex_test.cc │ │ │ ├── googletest-env-var-test.py │ │ │ ├── googletest-env-var-test_.cc │ │ │ ├── googletest-failfast-unittest.py │ │ │ ├── googletest-failfast-unittest_.cc │ │ │ ├── googletest-filepath-test.cc │ │ │ ├── googletest-filter-unittest.py │ │ │ ├── googletest-filter-unittest_.cc │ │ │ ├── googletest-global-environment-unittest.py │ │ │ ├── googletest-global-environment-unittest_.cc │ │ │ ├── googletest-json-outfiles-test.py │ │ │ ├── googletest-json-output-unittest.py │ │ │ ├── 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├── gtest_stress_test.cc │ │ │ ├── gtest_test_macro_stack_footprint_test.cc │ │ │ ├── gtest_test_utils.py │ │ │ ├── gtest_testbridge_test.py │ │ │ ├── gtest_testbridge_test_.cc │ │ │ ├── gtest_throw_on_failure_ex_test.cc │ │ │ ├── gtest_unittest.cc │ │ │ ├── gtest_xml_outfile1_test_.cc │ │ │ ├── gtest_xml_outfile2_test_.cc │ │ │ ├── gtest_xml_outfiles_test.py │ │ │ ├── gtest_xml_output_unittest.py │ │ │ ├── gtest_xml_output_unittest_.cc │ │ │ ├── gtest_xml_test_utils.py │ │ │ ├── production.cc │ │ │ └── production.h │ └── googletest_deps.bzl ├── llvm_tests │ ├── CMakeLists.txt │ ├── EvalInitialConditionsTests.cpp │ ├── FunctionMapping │ │ ├── LLJitMapFunctionsToJitSymbolsTests.cpp │ │ ├── MCJitMapFunctionsToJitSymbolsTests.cpp │ │ └── MapFunctionsToJitSymbolsTests.h │ ├── JitFactoryTests.cpp │ ├── JitTests.h │ ├── LLJitTests.cpp │ ├── LLVMGeneratedFunctionTests.cpp │ ├── LLVMGeneratedFunctionTests.h │ ├── LLVMModelDataSymbolsTests.cpp │ ├── MCJitTests.cpp │ └── RandomTests.cpp ├── main.cpp ├── mockups │ ├── CMakeLists.txt │ ├── MockExecutableModel.h │ ├── MockSBase.h │ └── MockSolver.h ├── model_analysis │ ├── CMakeLists.txt │ └── model_analysis.cpp ├── model_editing │ ├── CMakeLists.txt │ └── model_editing.cpp ├── models │ ├── CAPICore │ │ ├── LibStructTest.dat │ │ ├── TestModel_1.dat │ │ ├── Test_1.xml │ │ ├── decay.xml │ │ ├── feedback.xml │ │ └── steadystate.xml │ ├── ModelAnalysis │ │ ├── BIOMD0000000021.xml │ │ ├── BIOMD0000000035_url.xml │ │ ├── Jarrah2014.xml │ │ ├── Jarrah2014_timevar.xml │ │ ├── ansatz.xml │ │ ├── apap_liver_core_9.xml │ │ ├── apap_liver_core_simplified.xml │ │ ├── apap_liver_core_volchange.xml │ │ ├── boundary_change_event.xml │ │ ├── boundary_change_rate.xml │ │ ├── compartment_change_event.xml │ │ ├── compartment_change_rate.xml │ │ ├── conserved_cycle.xml │ │ ├── event.xml │ │ ├── floating_change_event.xml │ │ ├── floating_change_rate.xml │ │ ├── get_set_stoichiometry.xml │ │ ├── gillespie_random_seed.xml │ │ ├── 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/docs/source/bifurcation.rst: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/sys-bio/roadrunner/HEAD/docs/source/bifurcation.rst -------------------------------------------------------------------------------- /docs/source/conf.old.py: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/sys-bio/roadrunner/HEAD/docs/source/conf.old.py -------------------------------------------------------------------------------- /docs/source/conf.py: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/sys-bio/roadrunner/HEAD/docs/source/conf.py -------------------------------------------------------------------------------- /docs/source/developers_docs/index.rst: -------------------------------------------------------------------------------- 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/docs/source/parallel/roadrunner_map/__init__.py: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | -------------------------------------------------------------------------------- /docs/source/read_write_functions.rst: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/sys-bio/roadrunner/HEAD/docs/source/read_write_functions.rst -------------------------------------------------------------------------------- /docs/source/rrplugins/AddNoise.png: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/sys-bio/roadrunner/HEAD/docs/source/rrplugins/AddNoise.png -------------------------------------------------------------------------------- /docs/source/rrplugins/AddNoise2.png: -------------------------------------------------------------------------------- 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