├── .gitignore ├── .idea └── workspace.xml ├── .readthedocs.yml ├── .travis.yml ├── LICENSE.txt ├── README.rst ├── docs ├── INSTALL.rst ├── Makefile ├── api │ ├── index.rst │ ├── index_LipidInteraction.rst │ ├── index_func.rst │ ├── index_plot.rst │ └── index_util.rst ├── conf.py ├── demo.rst ├── environment.yml ├── gallery.rst ├── index.rst ├── make.bat ├── static │ ├── CorrCoef.png │ ├── pylipid_logo.png │ ├── pylipid_logo_smallsize.png │ └── top_ranked_poses.png ├── tutorial.rst └── tutorials │ ├── 0-application-walk-through.ipynb │ ├── 1-Distance_cutoff_determination.ipynb │ ├── statics │ ├── A2aR_system_overview.png │ ├── BSid3_top1.png │ ├── Duration.png │ ├── Lipid_Count.png │ ├── Occupancy.png │ ├── Pose_RMSD_violinplot.png │ ├── Residence_Time.png │ ├── Residence_Time_logo.png │ ├── Surface_Area_timeseries.png │ ├── Surface_Area_violinplot.png │ ├── binding_site_comparisons_cutoffs.png │ ├── directory_overview.gif │ ├── dist_10VAL_CHOL6.png │ ├── dist_120LYS_POP211.png │ ├── dist_197ARG_POP218.png │ ├── dist_203ARG_POP229.png │ ├── dist_27TRP_CHOL166.png │ ├── dist_9THR_CHOL224.png │ ├── koff_figure.png │ └── surface_hotspots.png │ └── traj_data │ ├── A2a │ ├── A2a_atomistic.pdb │ ├── run1 │ │ ├── protein_lipids.gro │ │ └── protein_lipids.xtc │ └── run2 │ │ ├── protein_lipids.gro │ │ └── protein_lipids.xtc │ └── GABAA │ ├── GABAA_atomistic.pdb │ ├── run1 │ ├── protein_lipids.gro │ └── protein_lipids.xtc │ └── run2 │ ├── protein_lipids.gro │ └── protein_lipids.xtc ├── legacy ├── README.md ├── env_linux.yml ├── env_macos.yml └── pylipid.py ├── pylipid ├── __init__.py ├── _version.py ├── api │ ├── __init__.py │ └── api.py ├── func │ ├── __init__.py │ ├── binding_site.py │ ├── clusterer.py │ ├── interactions.py │ └── kinetics.py ├── plot │ ├── __init__.py │ ├── koff.py │ ├── plot1d.py │ └── plot2d.py └── util │ ├── __init__.py │ ├── coordinate.py │ ├── corrcoef.py │ ├── directory.py │ ├── pymol_script.py │ ├── rmsd.py │ └── trajectory.py ├── requirements.txt ├── setup.py └── tests ├── api └── test_LipidInteraction.py ├── data ├── .DS_Store ├── Interactions_CHOL.csv ├── receptor.pdb ├── run1 │ ├── protein_lipids.gro │ └── protein_lipids.xtc └── run2 │ ├── protein_lipids.gro │ └── protein_lipids.xtc ├── funcs ├── test_binding_site.py ├── test_clusterer.py ├── test_interactions.py └── test_kinetics.py ├── plots ├── .DS_Store ├── test_koff.py ├── test_plot_1d.py └── test_plot_2d.py └── util ├── .DS_Store └── test_utils.py /.gitignore: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | dist 2 | pylipid.egg-info 3 | .DS_Store 4 | .gitignore 5 | build 6 | .idea 7 | docs/_build 8 | docs/tutorials/.ipynb_checkpoints 9 | -------------------------------------------------------------------------------- /.idea/workspace.xml: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 13 | 14 | 20 | 21 | 22 | 23 | bi_expo 24 | curve_fitting 25 | sigma_sampled_set 26 | r_squared_sampled_set 27 | delta 28 | sampled 29 | hist_values_boot 30 | hist_values 31 | 32 | 33 | _bi_expo 34 | curve_fitting 35 | compute_survival_func 36 | compute_restime_koff 37 | n_fitted_sampled_set 38 | _curve_fitting 39 | timestep 40 | n_fitted_boot_set 41 | sigma_boot_set 42 | r_squared_boot_set 43 | boot 44 | survival_rates_boot 45 | survival_rates 46 | 47 | 48 | 49 | 51 | 52 | 72 | 73 | 74 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 |