├── DESCRIPTION ├── LICENSE ├── NAMESPACE ├── PathwaysSetResult ├── GESTIAKeggPvalue.csv ├── GESTIAKeggScore.csv └── ReadMe.txt ├── R └── source_GESTIA.R ├── README.md ├── build └── partial.rdb ├── data └── g.dl.rda └── man ├── GESTIA-package.Rd ├── adjustImpactScore.Rd ├── calculateMa.Rd ├── core_rImp.Rd ├── gestia.Rd ├── giop.Rd ├── log2Transform.Rd ├── mergePw.Rd ├── pValueCal.Rd ├── perturb_pwPos.Rd ├── prepareMaPlot.Rd ├── relativeImpact2.Rd ├── relativePosition.Rd ├── set_splitPwColor.Rd ├── split_intersected_pathways.Rd └── visual2pw.Rd /DESCRIPTION: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | Package: GESTIA 2 | Type: Package 3 | Title: Calculation of GESTIA score 4 | Depends: R (>= 3.5.3) 5 | Imports: igraph 6 | Version: 1.0 7 | Date: 2020-02-06 8 | Author: Xu Chi 9 | Maintainer: Xu Chi 10 | Description: GEne Set Impact Analysis is a measurement of the upstream/downstream correlations of two pathways. 11 | License: afl-3.0 12 | RoxygenNote: 6.1.1 13 | NeedsCompilation: no 14 | Packaged: 2020-02-06 15:54:40 UTC; XuChi 15 | -------------------------------------------------------------------------------- /LICENSE: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | Academic Free License ("AFL") v. 3.0 2 | 3 | This Academic Free License (the "License") applies to any original work of authorship (the "Original Work") whose owner (the "Licensor") has placed the following licensing notice adjacent to the copyright notice for the Original Work: 4 | 5 | Licensed under the Academic Free License version 3.0 6 | 7 | 1) Grant of Copyright License. Licensor grants You a worldwide, royalty-free, non-exclusive, sublicensable license, for the duration of the copyright, to do the following: 8 | a) to reproduce the Original Work in copies, either alone or as part of a collective work; 9 | b) to translate, adapt, alter, transform, modify, or arrange the Original Work, thereby creating derivative works ("Derivative Works") based upon the Original Work; 10 | c) to distribute or communicate copies of the Original Work and Derivative Works to the public, under any license of your choice that does not contradict the terms and conditions, including Licensor's reserved rights and remedies, in this Academic Free License; 11 | d) to perform the Original Work publicly; and 12 | e) to display the Original Work publicly. 13 | 2) Grant of Patent License. Licensor grants You a worldwide, royalty-free, non-exclusive, sublicensable license, under patent claims owned or controlled by the Licensor that are embodied in the Original Work as furnished by the Licensor, for the duration of the patents, to make, use, sell, offer for sale, have made, and import the Original Work and Derivative Works. 14 | 3) Grant of Source Code License. The term "Source Code" means the preferred form of the Original Work for making modifications to it and all available documentation describing how to modify the Original Work. Licensor agrees to provide a machine-readable copy of the Source Code of the Original Work along with each copy of the Original Work that Licensor distributes. Licensor reserves the right to satisfy this obligation by placing a machine-readable copy of the Source Code in an information repository reasonably calculated to permit inexpensive and convenient access by You for as long as Licensor continues to distribute the Original Work. 15 | 4) Exclusions From License Grant. Neither the names of Licensor, nor the names of any contributors to the Original Work, nor any of their trademarks or service marks, may be used to endorse or promote products derived from this Original Work without express prior permission of the Licensor. Except as expressly stated herein, nothing in this License grants any license to Licensor's trademarks, copyrights, patents, trade secrets or any other intellectual property. No patent license is granted to make, use, sell, offer for sale, have made, or import embodiments of any patent claims other than the licensed claims defined in Section 2. No license is granted to the trademarks of Licensor even if such marks are included in the Original Work. Nothing in this License shall be interpreted to prohibit Licensor from licensing under terms different from this License any Original Work that Licensor otherwise would have a right to license. 16 | 5) External Deployment. The term "External Deployment" means the use, distribution, or communication of the Original Work or Derivative Works in any way such that the Original Work or Derivative Works may be used by anyone other than You, whether those works are distributed or communicated to those persons or made available as an application intended for use over a network. As an express condition for the grants of license hereunder, You must treat any External Deployment by You of the Original Work or a Derivative Work as a distribution under section 1(c). 17 | 6) Attribution Rights. You must retain, in the Source Code of any Derivative Works that You create, all copyright, patent, or trademark notices from the Source Code of the Original Work, as well as any notices of licensing and any descriptive text identified therein as an "Attribution Notice." You must cause the Source Code for any Derivative Works that You create to carry a prominent Attribution Notice reasonably calculated to inform recipients that You have modified the Original Work. 18 | 7) Warranty of Provenance and Disclaimer of Warranty. Licensor warrants that the copyright in and to the Original Work and the patent rights granted herein by Licensor are owned by the Licensor or are sublicensed to You under the terms of this License with the permission of the contributor(s) of those copyrights and patent rights. Except as expressly stated in the immediately preceding sentence, the Original Work is provided under this License on an "AS IS" BASIS and WITHOUT WARRANTY, either express or implied, including, without limitation, the warranties of non-infringement, merchantability or fitness for a particular purpose. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY OF THE ORIGINAL WORK IS WITH YOU. This DISCLAIMER OF WARRANTY constitutes an essential part of this License. No license to the Original Work is granted by this License except under this disclaimer. 19 | 8) Limitation of Liability. Under no circumstances and under no legal theory, whether in tort (including negligence), contract, or otherwise, shall the Licensor be liable to anyone for any indirect, special, incidental, or consequential damages of any character arising as a result of this License or the use of the Original Work including, without limitation, damages for loss of goodwill, work stoppage, computer failure or malfunction, or any and all other commercial damages or losses. This limitation of liability shall not apply to the extent applicable law prohibits such limitation. 20 | 9) Acceptance and Termination. If, at any time, You expressly assented to this License, that assent indicates your clear and irrevocable acceptance of this License and all of its terms and conditions. If You distribute or communicate copies of the Original Work or a Derivative Work, You must make a reasonable effort under the circumstances to obtain the express assent of recipients to the terms of this License. This License conditions your rights to undertake the activities listed in Section 1, including your right to create Derivative Works based upon the Original Work, and doing so without honoring these terms and conditions is prohibited by copyright law and international treaty. Nothing in this License is intended to affect copyright exceptions and limitations (including "fair use" or "fair dealing"). This License shall terminate immediately and You may no longer exercise any of the rights granted to You by this License upon your failure to honor the conditions in Section 1(c). 21 | 10) Termination for Patent Action. This License shall terminate automatically and You may no longer exercise any of the rights granted to You by this License as of the date You commence an action, including a cross-claim or counterclaim, against Licensor or any licensee alleging that the Original Work infringes a patent. This termination provision shall not apply for an action alleging patent infringement by combinations of the Original Work with other software or hardware. 22 | 11) Jurisdiction, Venue and Governing Law. Any action or suit relating to this License may be brought only in the courts of a jurisdiction wherein the Licensor resides or in which Licensor conducts its primary business, and under the laws of that jurisdiction excluding its conflict-of-law provisions. The application of the United Nations Convention on Contracts for the International Sale of Goods is expressly excluded. Any use of the Original Work outside the scope of this License or after its termination shall be subject to the requirements and penalties of copyright or patent law in the appropriate jurisdiction. This section shall survive the termination of this License. 23 | 12) Attorneys' Fees. In any action to enforce the terms of this License or seeking damages relating thereto, the prevailing party shall be entitled to recover its costs and expenses, including, without limitation, reasonable attorneys' fees and costs incurred in connection with such action, including any appeal of such action. This section shall survive the termination of this License. 24 | 13) Miscellaneous. If any provision of this License is held to be unenforceable, such provision shall be reformed only to the extent necessary to make it enforceable. 25 | 14) Definition of "You" in This License. "You" throughout this License, whether in upper or lower case, means an individual or a legal entity exercising rights under, and complying with all of the terms of, this License. For legal entities, "You" includes any entity that controls, is controlled by, or is under common control with you. For purposes of this definition, "control" means (i) the power, direct or indirect, to cause the direction or management of such entity, whether by contract or otherwise, or (ii) ownership of fifty percent (50%) or more of the outstanding shares, or (iii) beneficial ownership of such entity. 26 | 15) Right to Use. You may use the Original Work in all ways not otherwise restricted or conditioned by this License or by law, and Licensor promises not to interfere with or be responsible for such uses by You. 27 | 16) Modification of This License. This License is Copyright © 2005 Lawrence Rosen. Permission is granted to copy, distribute, or communicate this License without modification. Nothing in this License permits You to modify this License as applied to the Original Work or to Derivative Works. However, You may modify the text of this License and copy, distribute or communicate your modified version (the "Modified License") and apply it to other original works of authorship subject to the following conditions: (i) You may not indicate in any way that your Modified License is the "Academic Free License" or "AFL" and you may not use those names in the name of your Modified License; (ii) You must replace the notice specified in the first paragraph above with the notice "Licensed under " or with a notice of your own that is not confusingly similar to the notice in this License; and (iii) You may not claim that your original works are open source software unless your Modified License has been approved by Open Source Initiative (OSI) and You comply with its license review and certification process. 28 | -------------------------------------------------------------------------------- /NAMESPACE: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | # Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | 3 | importFrom("graphics", "plot") 4 | import("igraph") 5 | export(adjustImpactScore) 6 | export(calculateMa) 7 | export(gestia) 8 | export(giop) 9 | export(mergePw) 10 | export(pValueCal) 11 | export(perturb_pwPos) 12 | export(prepareMaPlot) 13 | export(relativeImpact2) 14 | export(set_splitPwColor) 15 | export(split_intersected_pathways) 16 | export(visual2pw) 17 | -------------------------------------------------------------------------------- /PathwaysSetResult/GESTIAKeggPvalue.csv: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | "","KEGG_GLYCOLYSIS_GLUCONEOGENESIS","KEGG_CITRATE_CYCLE_TCA_CYCLE","KEGG_PENTOSE_PHOSPHATE_PATHWAY","KEGG_PENTOSE_AND_GLUCURONATE_INTERCONVERSIONS","KEGG_FRUCTOSE_AND_MANNOSE_METABOLISM","KEGG_GALACTOSE_METABOLISM","KEGG_ASCORBATE_AND_ALDARATE_METABOLISM","KEGG_FATTY_ACID_METABOLISM","KEGG_STEROID_BIOSYNTHESIS","KEGG_PRIMARY_BILE_ACID_BIOSYNTHESIS","KEGG_STEROID_HORMONE_BIOSYNTHESIS","KEGG_OXIDATIVE_PHOSPHORYLATION","KEGG_PURINE_METABOLISM","KEGG_PYRIMIDINE_METABOLISM","KEGG_ALANINE_ASPARTATE_AND_GLUTAMATE_METABOLISM","KEGG_GLYCINE_SERINE_AND_THREONINE_METABOLISM","KEGG_CYSTEINE_AND_METHIONINE_METABOLISM","KEGG_VALINE_LEUCINE_AND_ISOLEUCINE_DEGRADATION","KEGG_LYSINE_DEGRADATION","KEGG_ARGININE_AND_PROLINE_METABOLISM","KEGG_HISTIDINE_METABOLISM","KEGG_TYROSINE_METABOLISM","KEGG_PHENYLALANINE_METABOLISM","KEGG_TRYPTOPHAN_METABOLISM","KEGG_BETA_ALANINE_METABOLISM","KEGG_TAURINE_AND_HYPOTAURINE_METABOLISM","KEGG_SELENOAMINO_ACID_METABOLISM","KEGG_GLUTATHIONE_METABOLISM","KEGG_STARCH_AND_SUCROSE_METABOLISM","KEGG_N_GLYCAN_BIOSYNTHESIS","KEGG_OTHER_GLYCAN_DEGRADATION","KEGG_O_GLYCAN_BIOSYNTHESIS","KEGG_AMINO_SUGAR_AND_NUCLEOTIDE_SUGAR_METABOLISM","KEGG_GLYCOSAMINOGLYCAN_DEGRADATION","KEGG_GLYCOSAMINOGLYCAN_BIOSYNTHESIS_CHONDROITIN_SULFATE","KEGG_GLYCOSAMINOGLYCAN_BIOSYNTHESIS_KERATAN_SULFATE","KEGG_GLYCEROLIPID_METABOLISM","KEGG_INOSITOL_PHOSPHATE_METABOLISM","KEGG_GLYCOSYLPHOSPHATIDYLINOSITOL_GPI_ANCHOR_BIOSYNTHESIS","KEGG_GLYCEROPHOSPHOLIPID_METABOLISM","KEGG_ETHER_LIPID_METABOLISM","KEGG_ARACHIDONIC_ACID_METABOLISM","KEGG_LINOLEIC_ACID_METABOLISM","KEGG_ALPHA_LINOLENIC_ACID_METABOLISM","KEGG_SPHINGOLIPID_METABOLISM","KEGG_GLYCOSPHINGOLIPID_BIOSYNTHESIS_LACTO_AND_NEOLACTO_SERIES","KEGG_GLYCOSPHINGOLIPID_BIOSYNTHESIS_GLOBO_SERIES","KEGG_GLYCOSPHINGOLIPID_BIOSYNTHESIS_GANGLIO_SERIES","KEGG_PYRUVATE_METABOLISM","KEGG_GLYOXYLATE_AND_DICARBOXYLATE_METABOLISM","KEGG_PROPANOATE_METABOLISM","KEGG_BUTANOATE_METABOLISM","KEGG_ONE_CARBON_POOL_BY_FOLATE","KEGG_RIBOFLAVIN_METABOLISM","KEGG_NICOTINATE_AND_NICOTINAMIDE_METABOLISM","KEGG_PANTOTHENATE_AND_COA_BIOSYNTHESIS","KEGG_FOLATE_BIOSYNTHESIS","KEGG_RETINOL_METABOLISM","KEGG_PORPHYRIN_AND_CHLOROPHYLL_METABOLISM","KEGG_TERPENOID_BACKBONE_BIOSYNTHESIS","KEGG_LIMONENE_AND_PINENE_DEGRADATION","KEGG_NITROGEN_METABOLISM","KEGG_SULFUR_METABOLISM","KEGG_AMINOACYL_TRNA_BIOSYNTHESIS","KEGG_METABOLISM_OF_XENOBIOTICS_BY_CYTOCHROME_P450","KEGG_DRUG_METABOLISM_CYTOCHROME_P450","KEGG_DRUG_METABOLISM_OTHER_ENZYMES","KEGG_BIOSYNTHESIS_OF_UNSATURATED_FATTY_ACIDS","KEGG_ABC_TRANSPORTERS","KEGG_RNA_DEGRADATION","KEGG_DNA_REPLICATION","KEGG_SPLICEOSOME","KEGG_PROTEASOME","KEGG_PPAR_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_BASE_EXCISION_REPAIR","KEGG_NUCLEOTIDE_EXCISION_REPAIR","KEGG_MISMATCH_REPAIR","KEGG_HOMOLOGOUS_RECOMBINATION","KEGG_MAPK_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_ERBB_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_CALCIUM_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_CYTOKINE_CYTOKINE_RECEPTOR_INTERACTION","KEGG_CHEMOKINE_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_PHOSPHATIDYLINOSITOL_SIGNALING_SYSTEM","KEGG_NEUROACTIVE_LIGAND_RECEPTOR_INTERACTION","KEGG_CELL_CYCLE","KEGG_OOCYTE_MEIOSIS","KEGG_P53_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_UBIQUITIN_MEDIATED_PROTEOLYSIS","KEGG_SNARE_INTERACTIONS_IN_VESICULAR_TRANSPORT","KEGG_REGULATION_OF_AUTOPHAGY","KEGG_LYSOSOME","KEGG_ENDOCYTOSIS","KEGG_PEROXISOME","KEGG_MTOR_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_APOPTOSIS","KEGG_CARDIAC_MUSCLE_CONTRACTION","KEGG_VASCULAR_SMOOTH_MUSCLE_CONTRACTION","KEGG_WNT_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_DORSO_VENTRAL_AXIS_FORMATION","KEGG_NOTCH_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_HEDGEHOG_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_TGF_BETA_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_AXON_GUIDANCE","KEGG_VEGF_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_FOCAL_ADHESION","KEGG_ECM_RECEPTOR_INTERACTION","KEGG_CELL_ADHESION_MOLECULES_CAMS","KEGG_ADHERENS_JUNCTION","KEGG_TIGHT_JUNCTION","KEGG_GAP_JUNCTION","KEGG_COMPLEMENT_AND_COAGULATION_CASCADES","KEGG_ANTIGEN_PROCESSING_AND_PRESENTATION","KEGG_RENIN_ANGIOTENSIN_SYSTEM","KEGG_TOLL_LIKE_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_NOD_LIKE_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_RIG_I_LIKE_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_CYTOSOLIC_DNA_SENSING_PATHWAY","KEGG_JAK_STAT_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_HEMATOPOIETIC_CELL_LINEAGE","KEGG_NATURAL_KILLER_CELL_MEDIATED_CYTOTOXICITY","KEGG_T_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_B_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_FC_EPSILON_RI_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_FC_GAMMA_R_MEDIATED_PHAGOCYTOSIS","KEGG_LEUKOCYTE_TRANSENDOTHELIAL_MIGRATION","KEGG_INTESTINAL_IMMUNE_NETWORK_FOR_IGA_PRODUCTION","KEGG_CIRCADIAN_RHYTHM_MAMMAL","KEGG_LONG_TERM_POTENTIATION","KEGG_NEUROTROPHIN_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_LONG_TERM_DEPRESSION","KEGG_OLFACTORY_TRANSDUCTION","KEGG_TASTE_TRANSDUCTION","KEGG_REGULATION_OF_ACTIN_CYTOSKELETON","KEGG_INSULIN_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_GNRH_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_PROGESTERONE_MEDIATED_OOCYTE_MATURATION","KEGG_MELANOGENESIS","KEGG_ADIPOCYTOKINE_SIGNALING_PATHWAY","KEGG_TYPE_II_DIABETES_MELLITUS","KEGG_TYPE_I_DIABETES_MELLITUS","KEGG_MATURITY_ONSET_DIABETES_OF_THE_YOUNG","KEGG_ALDOSTERONE_REGULATED_SODIUM_REABSORPTION","KEGG_VASOPRESSIN_REGULATED_WATER_REABSORPTION","KEGG_PROXIMAL_TUBULE_BICARBONATE_RECLAMATION","KEGG_ALZHEIMERS_DISEASE","KEGG_PARKINSONS_DISEASE","KEGG_AMYOTROPHIC_LATERAL_SCLEROSIS_ALS","KEGG_HUNTINGTONS_DISEASE","KEGG_PRION_DISEASES","KEGG_VIBRIO_CHOLERAE_INFECTION","KEGG_EPITHELIAL_CELL_SIGNALING_IN_HELICOBACTER_PYLORI_INFECTION","KEGG_PATHOGENIC_ESCHERICHIA_COLI_INFECTION","KEGG_LEISHMANIA_INFECTION","KEGG_PATHWAYS_IN_CANCER","KEGG_COLORECTAL_CANCER","KEGG_RENAL_CELL_CARCINOMA","KEGG_PANCREATIC_CANCER","KEGG_ENDOMETRIAL_CANCER","KEGG_GLIOMA","KEGG_PROSTATE_CANCER","KEGG_THYROID_CANCER","KEGG_BASAL_CELL_CARCINOMA","KEGG_MELANOMA","KEGG_BLADDER_CANCER","KEGG_CHRONIC_MYELOID_LEUKEMIA","KEGG_ACUTE_MYELOID_LEUKEMIA","KEGG_SMALL_CELL_LUNG_CANCER","KEGG_NON_SMALL_CELL_LUNG_CANCER","KEGG_ASTHMA","KEGG_AUTOIMMUNE_THYROID_DISEASE","KEGG_SYSTEMIC_LUPUS_ERYTHEMATOSUS","KEGG_ALLOGRAFT_REJECTION","KEGG_GRAFT_VERSUS_HOST_DISEASE","KEGG_PRIMARY_IMMUNODEFICIENCY","KEGG_HYPERTROPHIC_CARDIOMYOPATHY_HCM","KEGG_ARRHYTHMOGENIC_RIGHT_VENTRICULAR_CARDIOMYOPATHY_ARVC","KEGG_DILATED_CARDIOMYOPATHY","KEGG_VIRAL_MYOCARDITIS" 2 | "KEGG_GLYCOLYSIS_GLUCONEOGENESIS",0,0.0666666666666667,0,0,0.533333333333333,0,0,0,1,1,1,1,0.7,0.366666666666667,0.4,0,0.166666666666667,0,0,0,0,0,1,0,0,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,0.666666666666667,0.966666666666667,1,1,0,0.2,1,1,1,0.966666666666667,0.733333333333333,1,1,1,0.466666666666667,1,0,0,0,0,0.933333333333333,0,0,0,1,0,0,0,0,1,1,1,0,0,0,1,1,0,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,0,0.4,1,1,1,1,1,0,0.3,1,1,0.633333333333333,0,1,0.233333333333333,0.866666666666667,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.466666666666667,1,1,1,0.4,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.633333333333333,1,0.366666666666667,1,0,0.633333333333333,0.0666666666666667,0,0,0.933333333333333,1,0,1,0,0,0.433333333333333,1,1,0,1,0.266666666666667,1,1,0.366666666666667,0,1,0,0.1,0.0333333333333333,1,0,0.633333333333333,1,1,1,0.766666666666667,0.633333333333333,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1 3 | "KEGG_CITRATE_CYCLE_TCA_CYCLE",0.1,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.266666666666667,0.1,1,0.433333333333333,0.166666666666667,0,0,0,0,1,0,0,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,0.3,0,0.6,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,1,1,0.333333333333333,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,0,0.7,1,0,1,1,0.533333333333333,0.4,0.566666666666667,1,0.466666666666667,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,0.466666666666667,1,0.5,1,0,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 4 | "KEGG_PENTOSE_PHOSPHATE_PATHWAY",0,1,0,0.4,0.566666666666667,0,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,0,1,1,1,0,1,1,1,0.4,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,0.266666666666667,0,0,1,0.2,1,1,1,0.266666666666667,1,1,0.1,1,1,1,1,1,0,1,0.166666666666667,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 5 | "KEGG_PENTOSE_AND_GLUCURONATE_INTERCONVERSIONS",0,1,0.5,0,0.166666666666667,0.0666666666666667,0.266666666666667,0,0,0.0333333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,0.5,0.633333333333333,0.433333333333333,0,0.833333333333333,0,0.566666666666667,1,1,1,0,1,1,1,0,0,1,1,0.466666666666667,1,1,1,1,0,1,1,0.333333333333333,1,0.333333333333333,1,0.433333333333333,1,0.5,0.366666666666667,1,1,0,1,0.633333333333333,0.733333333333333,0,1,0.533333333333333,1,0.766666666666667,1,1,1,0.966666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 6 | "KEGG_FRUCTOSE_AND_MANNOSE_METABOLISM",0.6,1,0.6,0.133333333333333,0,0,0.3,0,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,0.3,0.533333333333333,0,0,0.766666666666667,0.8,0,0.366666666666667,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,0.266666666666667,0.9,1,1,0,1,1,1,1,0,0.166666666666667,1,0.0666666666666667,1,0.0333333333333333,1,0,1,0,0.233333333333333,1,1,1,1,0.4,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,0,1,1,1,0.9,1,1,1,0.7,0,0.733333333333333,1,0.866666666666667,0.233333333333333,1,1,0,1,1,1,1,1,0.166666666666667,0.333333333333333,1,1,0,0.4,1,1,1,1,0.266666666666667,1,0,1,0.866666666666667,1,0.9,0.133333333333333,0.266666666666667,0.1,0.0666666666666667,0.866666666666667,1,1,0,0.0666666666666667,1,1,1,0.933333333333333,0.4,1,0.366666666666667,0,0,0.9,1,1,0.4,1,1,0.933333333333333,0.9,1,0,1,0.933333333333333,0.966666666666667,1,1,0,0.533333333333333,0,0.233333333333333,0.533333333333333,0,0.1,1,1,0.0333333333333333,1,0.333333333333333,0.4,0.233333333333333,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 7 | "KEGG_GALACTOSE_METABOLISM",0,1,0,0.1,0,0,0.266666666666667,0.4,1,1,0.933333333333333,1,0,1,1,1,1,0,0,0.4,0.3,0.166666666666667,0.266666666666667,0.1,0.1,1,1,1,0,0,0,1,0,0.366666666666667,1,0.333333333333333,0.1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.8,1,0,0.0333333333333333,0.366666666666667,0,0.766666666666667,1,0.266666666666667,0,1,1,0.5,0,0.533333333333333,1,1,1,0.3,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,0.1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,0.133333333333333,1,1,1,1,0,1,1,0.3,0,1,1,0,1,1,1,1,0.9,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0.633333333333333,0.0333333333333333,1,0.466666666666667,0.5,0.266666666666667,1,0.2,1,1,1,1,0.766666666666667,0.933333333333333,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1 8 | "KEGG_ASCORBATE_AND_ALDARATE_METABOLISM",0,1,1,0.333333333333333,0.466666666666667,0.3,0,0,0,0.1,0,1,1,1,0.966666666666667,0.0333333333333333,0.733333333333333,1,0.966666666666667,0.966666666666667,0.966666666666667,0,1,0,0.833333333333333,1,1,1,0,1,1,1,0,0,1,1,0.9,1,1,1,1,0,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,0.9,1,1,0,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,0.8,1,1,1,0.933333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 9 | "KEGG_FATTY_ACID_METABOLISM",0,0,1,0,0,0.466666666666667,0,0,1,1,1,1,1,0.566666666666667,0.0666666666666667,1,0.366666666666667,0.533333333333333,0,0.566666666666667,0.666666666666667,0,0,0.433333333333333,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0.0333333333333333,0,0.166666666666667,1,1,1,1,0,0,0,0.466666666666667,1,1,1,0.866666666666667,1,0.733333333333333,1,0,0,1,1,1,0,0,0,0.166666666666667,1,1,1,1,1,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 10 | "KEGG_STEROID_BIOSYNTHESIS",1,1,1,0,1,1,0,1,0,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0,0,1,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,0,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 11 | "KEGG_PRIMARY_BILE_ACID_BIOSYNTHESIS",1,1,1,0.0333333333333333,1,1,0.1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.633333333333333,1,1,1,1,1,0.1,0.866666666666667,0,0.766666666666667,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0.766666666666667,0.933333333333333,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 12 | "KEGG_STEROID_HORMONE_BIOSYNTHESIS",1,1,1,0,0.1,0.833333333333333,0,1,0.866666666666667,0,0,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,0.166666666666667,0.0333333333333333,1,0.633333333333333,0.3,1,1,1,0,1,1,1,1,0.666666666666667,0.1,1,1,0.633333333333333,1,1,0,0,0.0333333333333333,0,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,0.3,1,1,1,1,0.5,0,0.633333333333333,1,1,1,0.933333333333333,1,0,0.0666666666666667,0,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,0,1,0,1,0,1,0.1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,0,1,0.8,1,1,1,0,0.0666666666666667,1,1,0,1,1,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,0,1,0,0,0,1,1,0,0.9,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1 13 | "KEGG_OXIDATIVE_PHOSPHORYLATION",1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,1,1,1,1,1,1,1,0.4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.533333333333333,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.966666666666667,1,1,0,1,1,0.1,0.733333333333333,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,0.5,0.666666666666667,0.266666666666667,0.466666666666667,1,1,0.4,1,0.7,0.0333333333333333,0,1,1,0.0333333333333333,1,0,1,1,1,1,0.166666666666667,0,1,1,1,1,1,1,0,1,0.333333333333333,0.633333333333333,0.533333333333333,1,0.733333333333333,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1 14 | "KEGG_PURINE_METABOLISM",0.8,0.133333333333333,0,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0.1,0,1,1,0,0.0666666666666667,0.933333333333333,0.933333333333333,0.2,0.766666666666667,1,0.533333333333333,0.9,0,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,0.266666666666667,1,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,1,1,0,0,0,0,0.133333333333333,0.6,1,1,1,0.7,0.933333333333333,1,0.633333333333333,0.333333333333333,0.666666666666667,1,1,0.8,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,1,0,0,0,1,0,0,1,0.866666666666667,1,0,1,1,1,0.533333333333333,1,0.833333333333333,0.7,0,1,0.233333333333333,1,1,1,0,1,1,0.233333333333333,0,1,1,0.2,1,1,1,1,1,0.2,0.0333333333333333,0.1,0.266666666666667,0,0.733333333333333,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,1,1,0.733333333333333,0,0.0333333333333333,1,0,1,0.1,0.866666666666667,0,0,0.9,1,1,0,0.0333333333333333,0,0.0333333333333333,0,1,0.533333333333333,0.1,0,0,0,1,0.133333333333333,0,0.133333333333333,0.233333333333333,0.1,0.5,0,0.0666666666666667,0.0333333333333333,1,0,0,0,0,0.1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,0,1 15 | "KEGG_PYRIMIDINE_METABOLISM",0.3,1,1,1,1,1,1,0.633333333333333,1,1,1,1,0,0,0,0.4,0.166666666666667,1,1,0.1,0.6,0.233333333333333,0.366666666666667,0.166666666666667,0.1,0.933333333333333,1,0.966666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,0.5,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.233333333333333,0.166666666666667,0.966666666666667,0.0666666666666667,0,0,0,0.166666666666667,0.0333333333333333,1,1,0.966666666666667,0.733333333333333,1,1,1,0.733333333333333,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.933333333333333,1,0.133333333333333,1,1,0.7,0,0,1,1,1,0.266666666666667,1,0.833333333333333,1,0.266666666666667,1,0,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,0.466666666666667,1,1,1,1,0,1,1,1,0.266666666666667,0.0666666666666667,0.0333333333333333,0.2,1,0.7,1,0.0333333333333333,0,1,1,1,1,1,0.333333333333333,0.0666666666666667,0,0,0.133333333333333,1,0,0,0,0.233333333333333,0.966666666666667,0.833333333333333,0.9,0,1,0,1,1,1,0.266666666666667,0.0666666666666667,1,0,0,1,0.1,0,0.0333333333333333,0.5,0.0666666666666667,0.766666666666667,0.766666666666667,0.0666666666666667,0,1,0.3,0.166666666666667,0,0,0.0666666666666667,0.3,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,0,1 16 | "KEGG_ALANINE_ASPARTATE_AND_GLUTAMATE_METABOLISM",0.566666666666667,0.266666666666667,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,0,0.0333333333333333,0.866666666666667,0,0.1,0,1,0,0.0333333333333333,0.2,0.1,0.166666666666667,0.966666666666667,0,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,0.866666666666667,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.333333333333333,0.4,0.1,0.0333333333333333,0.266666666666667,0,0.633333333333333,1,1,0,1,0,0,1,1,0.833333333333333,0.766666666666667,0.166666666666667,0.766666666666667,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,0.0666666666666667,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.633333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1 17 | "KEGG_GLYCINE_SERINE_AND_THREONINE_METABOLISM",0,0.1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.133333333333333,0.533333333333333,0,0,0,0.7,0.533333333333333,1,0.0666666666666667,0.466666666666667,0.2,0.0666666666666667,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0.2,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,0.666666666666667,0.566666666666667,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0.466666666666667,0.933333333333333,0,0.6,1,1,0.466666666666667,0.166666666666667,0.8,0,1,0,0.6,1,0.0333333333333333,0.7,0.633333333333333,0.9,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 18 | "KEGG_CYSTEINE_AND_METHIONINE_METABOLISM",0.1,0,1,1,1,1,0.766666666666667,0.366666666666667,1,1,1,1,0,0,0.9,0.0333333333333333,0,0,0.2,0.8,0.566666666666667,0,0,0.266666666666667,0.4,0,0.133333333333333,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.1,0,1,0.0333333333333333,0.533333333333333,1,0.5,0.166666666666667,1,1,1,0.566666666666667,0.466666666666667,0.133333333333333,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.633333333333333,0.5,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,1,1,1,0.0333333333333333,1,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1 19 | "KEGG_VALINE_LEUCINE_AND_ISOLEUCINE_DEGRADATION",0,0,1,1,0.466666666666667,0,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,0,0.7,0,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0,0.833333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.766666666666667,1,1,1,1,0,0,0,0,0.166666666666667,1,0.9,0.233333333333333,1,0,1,0,0,0.5,1,1,0,0,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,0.9,1,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,0.1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,0.9,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 20 | "KEGG_LYSINE_DEGRADATION",0,0,1,0.466666666666667,0.7,0.0333333333333333,0.933333333333333,0,1,1,1,1,1,1,0.1,0.566666666666667,0.166666666666667,0,0,0.1,0.2,0,0,0.3,0.233333333333333,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.233333333333333,0.233333333333333,1,1,1,1,0,0,0,0,0.666666666666667,1,1,0.0666666666666667,1,0.633333333333333,0.4,0,0,1,1,1,0.333333333333333,0.166666666666667,0.966666666666667,0,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,0.766666666666667,1,0.733333333333333,0.433333333333333,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 21 | "KEGG_ARGININE_AND_PROLINE_METABOLISM",0,0,1,0.533333333333333,0,0.3,1,0.6,1,1,0.133333333333333,1,0.1,0.1,0,0.833333333333333,0.866666666666667,0,0.0333333333333333,0,0.133333333333333,0,0,0.2,0,0.0333333333333333,0.466666666666667,0,1,1,1,1,0.466666666666667,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,0.166666666666667,0.2,0.2,0,0.8,0.233333333333333,1,0.566666666666667,1,0,1,1,0.766666666666667,0.8,1,1,0,0,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0.0333333333333333,0,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,0,1,1,0,1,0.0666666666666667,1,1,0,0,0,0,1,1,0.166666666666667,0,0,1,1,1,0,0,1,1,0.0666666666666667,0.266666666666667,0.0333333333333333,0,0,0,0,1,1,1,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,1,0,0.933333333333333,1,0,1,0.966666666666667,0,0.4,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,1,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1 22 | "KEGG_HISTIDINE_METABOLISM",0,1,1,0.566666666666667,0,0.4,1,0.6,1,1,0.133333333333333,1,0.3,0.6,1,0.0666666666666667,0.566666666666667,0.0333333333333333,0.233333333333333,0.2,0,0,0,0.533333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.2,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,0,0.6,0,0,0,0.2,1,0.9,0.166666666666667,0,1,1,0.9,0.466666666666667,1,1,0,0,0.6,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 23 | "KEGG_TYROSINE_METABOLISM",0,0,1,0,0.733333333333333,0.3,0,0,1,1,1,1,0.966666666666667,0.3,0,0.733333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0,0.433333333333333,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.8,0,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0.166666666666667,0.2,1,0.366666666666667,0.0333333333333333,0,0,1,0,0.233333333333333,1,1,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.166666666666667,0.7,0.0666666666666667,0.966666666666667,0.666666666666667,0.2,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,0.0333333333333333,0.4,1,1,1,1,1,0.333333333333333,0.2,1,1,1,0.566666666666667,0.633333333333333,1,1,1,0.5,1,1,1,0.4,0.9,0.1,1,0.1,0.1,0.133333333333333,0.1,1,1,0.333333333333333,1,0.133333333333333,1,1,1,1,0.2,1,0,0.7,1,1,1,0.133333333333333,1,0,1,0.0666666666666667,1,1,1,0.2,1,1,0.4,0.4,1,1,0.666666666666667,1,0.266666666666667,1,1,1,0.433333333333333,1,0.933333333333333,0.9,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 24 | "KEGG_PHENYLALANINE_METABOLISM",1,0,1,0.766666666666667,0.766666666666667,0.366666666666667,1,0,1,1,0.8,1,0.966666666666667,0.266666666666667,0.0666666666666667,0.266666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.466666666666667,0.1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,0,0,0,0.4,0.633333333333333,1,0.433333333333333,0,0,1,1,0.533333333333333,0.433333333333333,1,1,0,0,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 25 | "KEGG_TRYPTOPHAN_METABOLISM",0,1,1,0,0,0.166666666666667,0,0.533333333333333,1,0.133333333333333,0.433333333333333,1,0.266666666666667,0.0333333333333333,0.233333333333333,0.0666666666666667,0.166666666666667,0.233333333333333,0.533333333333333,0.333333333333333,0.7,0,0,0,0.0333333333333333,1,1,0,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0.166666666666667,0.9,1,1,1,0.533333333333333,0.166666666666667,0.433333333333333,1,1,1,1,0,0.1,0.1,0.0666666666666667,0,0.533333333333333,0.1,0.533333333333333,0,0,0,0.2,0.8,0.8,0.333333333333333,1,0,0,0,0.266666666666667,1,1,1,1,1,0.2,1,1,1,1,1,0,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.5,1,1,1,0,1,0.0333333333333333,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,0.0333333333333333,0.566666666666667,1,0.633333333333333,1,1,1,1,0.933333333333333,0.466666666666667,0.766666666666667,1,1,1,1,1,0.1,0.0333333333333333,1,1,0.133333333333333,1,1,0.866666666666667,0.8,1,1,1,0.666666666666667,0.433333333333333,0.9,1,1,1,0.333333333333333,0.633333333333333,0.6,1,1,1,1,1 26 | "KEGG_BETA_ALANINE_METABOLISM",0,1,1,0.566666666666667,0.366666666666667,0.0666666666666667,0.833333333333333,0.166666666666667,1,1,1,1,0.833333333333333,0.266666666666667,0.133333333333333,0,0.333333333333333,0,0.2,0,0,0,0,0,0,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.433333333333333,1,1,1,1,0.5,0.333333333333333,1,1,1,1,0,1,0,0.366666666666667,1,1,0.933333333333333,0.6,1,0.166666666666667,1,0,0,0,1,1,0.833333333333333,0.333333333333333,0.166666666666667,0.166666666666667,1,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,0.0666666666666667,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,0.233333333333333,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 27 | "KEGG_TAURINE_AND_HYPOTAURINE_METABOLISM",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,0.166666666666667,0.1,0,0.9,1,0,1,0.133333333333333,0.1,1,0.166666666666667,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.466666666666667,0.0666666666666667,1,1,1,0.8,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.733333333333333,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 28 | "KEGG_SELENOAMINO_ACID_METABOLISM",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,0.166666666666667,0.266666666666667,0,1,0.533333333333333,1,0,0,0.933333333333333,1,0,0,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,0.466666666666667,0.6,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.633333333333333,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 29 | "KEGG_GLUTATHIONE_METABOLISM",0.6,0.866666666666667,0.9,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0.866666666666667,0,0.0666666666666667,0.333333333333333,1,1,0,1,0.533333333333333,1,0,1,0,0.866666666666667,0,0.866666666666667,1,1,1,0.6,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,0.4,0.466666666666667,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,0,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,0.3,1,0.866666666666667,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,0.433333333333333,1,0.366666666666667,1,1,1,1,1,0.433333333333333,0.266666666666667,1,1,1,1,1,0.7,0.9,1,0.9,0.9,0.8,0.666666666666667,0.766666666666667,1,0.8,0.9,0.833333333333333,1,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 30 | "KEGG_STARCH_AND_SUCROSE_METABOLISM",1,1,0,0,0.3,0,0,1,0.433333333333333,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,0.966666666666667,1,1,1,0.766666666666667,0,1,1,1,0.2,0.566666666666667,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,0.2,1,1,1,1,0.1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,0,0,1,1,0,1,1,1,1,1,0,1,0,0.766666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.133333333333333,1,0,0,1,1,0.866666666666667,1,1,1,0.8,0.0333333333333333,1,1,0.833333333333333,1,1,0,0,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,0,1,1,0,1,1,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,0.466666666666667,1,1,0.3,0.133333333333333,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,0,0,0,1,0,0,1,1,0,1,1,1,0,1,1,0,1,1,1,1,0.5,0,0,0,0.266666666666667,0,0,0,1,0.0333333333333333,1,1,0.7,0.7,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1 31 | "KEGG_N_GLYCAN_BIOSYNTHESIS",1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0.9,0.2,1,0,1,1,0.633333333333333,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 32 | "KEGG_OTHER_GLYCAN_DEGRADATION",1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0.933333333333333,1,1,0,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,0.633333333333333,0,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 33 | "KEGG_O_GLYCAN_BIOSYNTHESIS",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 34 | "KEGG_AMINO_SUGAR_AND_NUCLEOTIDE_SUGAR_METABOLISM",0.466666666666667,1,0,0,0.166666666666667,0,0,1,1,1,0.733333333333333,1,0.0666666666666667,1,0.766666666666667,1,1,1,1,0.4,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,0.233333333333333,0.766666666666667,1,1,0,0.566666666666667,1,0.4,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,0.633333333333333,0,0.933333333333333,0.2,1,1,1,1,1,0,0,1,0.366666666666667,0,1,1,0.4,1,1,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0.3,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.1,1,1,1,1,0,1,1,0,0,0,1,0,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.233333333333333,0,1,0,0.1,0.0666666666666667,1,0,1,1,1,1,0.733333333333333,0.5,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 35 | "KEGG_GLYCOSAMINOGLYCAN_DEGRADATION",0.933333333333333,1,1,0,1,0.333333333333333,0,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,0.166666666666667,1,1,0.5,0,1,0.266666666666667,0,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,0,0,0,0,0.766666666666667,1,1,0.633333333333333,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0,1,1,1,1,1,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 36 | "KEGG_GLYCOSAMINOGLYCAN_BIOSYNTHESIS_CHONDROITIN_SULFATE",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 37 | "KEGG_GLYCOSAMINOGLYCAN_BIOSYNTHESIS_KERATAN_SULFATE",1,1,1,1,1,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.3,0.3,0.366666666666667,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,0,0.0666666666666667,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 38 | "KEGG_GLYCEROLIPID_METABOLISM",0,1,0.433333333333333,0.533333333333333,0,0.133333333333333,0.866666666666667,0.0666666666666667,0,1,0.666666666666667,1,1,0.566666666666667,0.666666666666667,0.0333333333333333,0.3,0,0.1,0.3,0.3,0,0,0.333333333333333,0,1,1,1,0.266666666666667,1,0.133333333333333,1,0.233333333333333,0,1,1,0,0,1,1,0.4,0,0.333333333333333,1,0,1,0.3,0,0,1,0.233333333333333,0,1,1,1,0.633333333333333,0.433333333333333,0,0.233333333333333,1,0.9,1,1,1,0,0,0.8,1,1,1,1,1,1,0.2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0.2,1,1,0,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,0.2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 39 | "KEGG_INOSITOL_PHOSPHATE_METABOLISM",0.1,1,0.8,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,0.966666666666667,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0,0.533333333333333,0,0,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,0.9,1,1,1,1,0,0.166666666666667,0,0,0,0.133333333333333,0.0333333333333333,0.266666666666667,0,0,0.833333333333333,1,0.0333333333333333,1,0,1,0,0.866666666666667,0.8,0,0.633333333333333,0.0333333333333333,1,1,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.966666666666667,1,0,0,0,1,1,0.133333333333333,0.433333333333333,0.1,0.6,0,0.466666666666667,1,0.1,0,0,0,0.5,0.866666666666667,1,0,0.133333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0.9,0.266666666666667,0,0.633333333333333,1,0,0.8,0.966666666666667,0,0.533333333333333,0.0666666666666667,0,0.7,0,0,0.366666666666667,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0.433333333333333,0.2,0,0,0.2,0,0,0.1,0,0.966666666666667,0.733333333333333,0.966666666666667,0.866666666666667,0.9,0,0,0.0333333333333333,0,0.533333333333333 40 | "KEGG_GLYCOSYLPHOSPHATIDYLINOSITOL_GPI_ANCHOR_BIOSYNTHESIS",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 41 | "KEGG_GLYCEROPHOSPHOLIPID_METABOLISM",1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0.9,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0.7,0.4,1,0.4,0,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,0.8,0.0333333333333333,0.933333333333333,0,0,1,0.166666666666667,0,0,1,1,0,0,0.966666666666667,0,1,1,0,0,1,1,1,1,0,0,1,1,0.8,1,0,0,0.6,0.1,0,0.6,1,1,1,0.266666666666667,0.7,1,1,0,0,0.933333333333333,0.266666666666667,0,1,0,1,1,0.666666666666667,0.9,1,0.166666666666667,1,1,1,0,0,0.633333333333333,0,0,0,0.7,0,0,0.166666666666667,0.466666666666667,0,0,1,0,0,0,0,0.966666666666667,0.633333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 42 | "KEGG_ETHER_LIPID_METABOLISM",1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,0.5,1,0,0,1,0.966666666666667,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,1,0,0,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,0,0.766666666666667,0,1,1,0,0,1,0,1,1,0,0,0.933333333333333,1,1,1,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0.333333333333333,0,0,1,1,0.0333333333333333,0,1,1,1,0,0,1,0.6,0,1,0,1,1,0.3,0.933333333333333,1,0,1,1,0.933333333333333,0,0,0,0,0,0,0.9,0,0,0.233333333333333,0,0,0,1,0,0,0.0333333333333333,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 43 | "KEGG_ARACHIDONIC_ACID_METABOLISM",0.966666666666667,1,1,0,0,0.133333333333333,0,0,1,0.1,0,1,0.433333333333333,1,1,0.733333333333333,1,1,1,0,0,0.766666666666667,0.566666666666667,0.466666666666667,1,1,0.2,0,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0,1,0,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0,0.2,1,0.833333333333333,1,0.0666666666666667,0,0.0333333333333333,1,1,1,0.6,1,0.466666666666667,0.466666666666667,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,1,0,0,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0.3,1,0.566666666666667,1,0.133333333333333,0,0,1,1,0,0,0.966666666666667,0,1,0.3,0,0.133333333333333,0,0.0333333333333333,1,0.233333333333333,0,0,0.333333333333333,0.3,1,0.433333333333333,0,0,0,0.666666666666667,0,0,1,1,0,0,0.366666666666667,1,1,0,0,1,0,0,1,0,1,1,0,0.8,1,0,1,0.9,0.266666666666667,0,0,0,0.5,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0.3,0,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,0,0.266666666666667 44 | "KEGG_LINOLEIC_ACID_METABOLISM",0.766666666666667,1,1,1,0.3,0.666666666666667,1,0.0333333333333333,0.366666666666667,0,0,1,0.133333333333333,1,1,0.6,1,0.0333333333333333,0.366666666666667,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0.0333333333333333,0.2,0.266666666666667,1,1,0,1,1,1,1,1,0.7,1,1,0.5,0,1,0,1,1,0,1,0.2,1,0.233333333333333,1,0.633333333333333,1,0.466666666666667,0.466666666666667,1,1,1,1,0.866666666666667,0,1,1,0.533333333333333,1,0.3,1,0.6,0.2,0.133333333333333,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,0,0,1,0,0,1,1,0,1,1,1,1,0.1,1,0.166666666666667,1,1,1,0.866666666666667,0.0333333333333333,0,1,1,0,0,1,0,1,1,0,0.533333333333333,0,1,1,1,0,0,1,1,1,1,0,0,0,1,0,0,1,1,0,0,1,1,1,0,0,1,0,0,1,0,1,1,0,0.833333333333333,1,0,0.5,0.166666666666667,0.533333333333333,0,0.0666666666666667,0,0.566666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1 45 | "KEGG_ALPHA_LINOLENIC_ACID_METABOLISM",1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,0.2,1,1,1,1,0.566666666666667,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,0,0.1,1,1,0,1,1,1,1,0.7,1,0.133333333333333,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,1,1,0.6,1,1,1,1,0.0333333333333333,0,0,1,0,0,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,0.466666666666667,0.466666666666667,0,1,1,0,0,0.533333333333333,0,1,1,0,0.933333333333333,0.533333333333333,1,1,1,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0.366666666666667,0,0,1,1,0,0,0.966666666666667,1,1,0,0,1,0.433333333333333,0,1,0,1,1,0,0.933333333333333,1,0,1,1,0.833333333333333,0,0.233333333333333,0,0.733333333333333,0,0,0.533333333333333,0,0,0.1,0,0,0,1,0,0,0,0,0.566666666666667,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 46 | "KEGG_SPHINGOLIPID_METABOLISM",1,1,1,0.266666666666667,0.0666666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.133333333333333,1,0.866666666666667,0.0666666666666667,1,0.1,0,1,1,0.1,1,1,0.233333333333333,1,0,0.733333333333333,0.0333333333333333,0.5,0.0666666666666667,1,1,0.2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.0333333333333333,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,0,0,0,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0.1,1,1,1,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,0.866666666666667,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 47 | "KEGG_GLYCOSPHINGOLIPID_BIOSYNTHESIS_LACTO_AND_NEOLACTO_SERIES",1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.6,0,0.466666666666667,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,0,0.6,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 48 | "KEGG_GLYCOSPHINGOLIPID_BIOSYNTHESIS_GLOBO_SERIES",0.6,1,1,0.333333333333333,0,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.2,0,0,0,0.1,0,1,0,0.433333333333333,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,0.0666666666666667,0.7,0,0,0.166666666666667,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 49 | "KEGG_GLYCOSPHINGOLIPID_BIOSYNTHESIS_GANGLIO_SERIES",1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.166666666666667,0.0666666666666667,1,0,1,0.866666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,0.5,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 50 | "KEGG_PYRUVATE_METABOLISM",0,0.833333333333333,1,0.433333333333333,0,0.766666666666667,1,0,1,1,0.9,1,0,1,0,0.966666666666667,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.933333333333333,0.9,0,0,1,1,0.5,0.3,1,1,1,0.0666666666666667,0.666666666666667,1,1,0,1,1,1,1,0,0.5,0.7,0.0666666666666667,1,0.166666666666667,1,0,0,0,0,0.766666666666667,0.1,0.566666666666667,0.933333333333333,0.566666666666667,0,1,0,0.166666666666667,0.933333333333333,1,1,0,0,0.366666666666667,0,1,0.0333333333333333,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,1,0.966666666666667,1,1,1,0.0333333333333333,0.1,1,1,0.866666666666667,0.4,1,0,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.2,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,0.166666666666667,0.5,0.933333333333333,0.333333333333333,1,0.0666666666666667,0.566666666666667,0.0333333333333333,1,0.0666666666666667,1,1,0,1,0,0,1,0.566666666666667,1,0.233333333333333,1,0.333333333333333,1,1,1,0,1,0.2,1,0.3,1,0,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1 51 | "KEGG_GLYOXYLATE_AND_DICARBOXYLATE_METABOLISM",0,0.3,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.166666666666667,0.333333333333333,0.366666666666667,0.0333333333333333,0,0.0333333333333333,0.233333333333333,0.5,0,0,0.233333333333333,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,0,1,0.633333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 52 | "KEGG_PROPANOATE_METABOLISM",0,0,1,0.533333333333333,0,0.333333333333333,0.966666666666667,0,1,1,1,0.5,1,0.266666666666667,0.466666666666667,0.866666666666667,0,0,0,0.166666666666667,0,0,0,0,0,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,0.433333333333333,0.133333333333333,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,0.6,1,0,1,0,0.0333333333333333,1,1,1,0,0,0.4,0.1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,1,0.0333333333333333,0.933333333333333,1,1,1,0.766666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,0.666666666666667,1,0.566666666666667,0.9,1,1,1,0.533333333333333,0.266666666666667,1,0.5,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,0.933333333333333,1,1,1,0.833333333333333,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 53 | "KEGG_BUTANOATE_METABOLISM",0,0.433333333333333,1,0.233333333333333,0.166666666666667,0,0.966666666666667,0.566666666666667,1,1,0.366666666666667,1,1,0.966666666666667,0.233333333333333,0.0333333333333333,1,0,0,0,0,0,0,0.1,0.2,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,1,1,0,0.9,1,1,1,0,0.266666666666667,0.566666666666667,0.233333333333333,1,0.3,1,0,0,0,0,1,1,1,0.933333333333333,0.5,0.133333333333333,1,0,0,0,1,1,0.133333333333333,0.3,0.766666666666667,0,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,0.7,1,0.8,0.866666666666667,1,1,0.266666666666667,0.666666666666667,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 54 | "KEGG_ONE_CARBON_POOL_BY_FOLATE",0.933333333333333,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.233333333333333,0,0.533333333333333,0,0.2,0.733333333333333,0.6,0,0.2,0.4,0,1,1,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,0.9,0.0666666666666667,1,1,0,1,0.1,1,0.0333333333333333,1,0,1,1,0.633333333333333,1,0,1,1,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 55 | "KEGG_RIBOFLAVIN_METABOLISM",0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.4,1,0.5,1,1,0.333333333333333,0.3,0.233333333333333,0.733333333333333,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,0,0.0333333333333333,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,0.6,0.466666666666667,1,0.7,0.833333333333333,1,1,0.433333333333333,1,1,1,0.133333333333333,1,0.833333333333333,1,0,0.466666666666667,1,0.566666666666667,0.2,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.466666666666667,1,1,0.566666666666667,0.233333333333333,0.4,1,1,1,0.5,1,1,1,0,1,0.7,0.566666666666667,0.133333333333333,0.433333333333333,0.666666666666667,0.433333333333333,1,1,0.866666666666667,0.633333333333333,0.8,1,0.9,0.833333333333333,0.4,0.4,0.533333333333333,0.766666666666667,1,0.133333333333333,1,0,0.266666666666667,1,1,0,1,1,0.966666666666667,1,0,0.266666666666667,0.533333333333333,0.966666666666667,0.733333333333333,0.2,0.566666666666667,0.366666666666667,0.433333333333333,0.666666666666667,0.2,0.1,0.366666666666667,0.1,1,0.633333333333333,0.266666666666667,0.3,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1 56 | "KEGG_NICOTINATE_AND_NICOTINAMIDE_METABOLISM",0,1,0.866666666666667,0,1,0.266666666666667,0,1,1,1,1,1,0,0,0,1,1,0.9,1,1,1,1,1,0.133333333333333,0.8,1,1,1,0,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,0.1,0,0,0,1,0.933333333333333,0.233333333333333,1,1,1,1,1,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,0.9,0,1,1,0.2,0.766666666666667,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,0.966666666666667,1,1,0.866666666666667,0.2,0.5,1,1,1,1,1,0.666666666666667,0.333333333333333,1,1,0.233333333333333,0.866666666666667,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,0.0666666666666667,1,0.833333333333333,0.6,0.466666666666667,0.0333333333333333,1,1,0.7,1,0.166666666666667,0.966666666666667,0,1,0.933333333333333,0.6,0.866666666666667,0.0666666666666667,1,0.9,1,0,0.4,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,0.466666666666667,1,0.433333333333333,0.9,0.766666666666667,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,0.233333333333333,0.966666666666667,0.966666666666667,1,1 57 | "KEGG_PANTOTHENATE_AND_COA_BIOSYNTHESIS",0,1,0,1,1,0,1,0.8,1,1,1,1,0,0,0.533333333333333,0.566666666666667,0.566666666666667,0.133333333333333,0,0.566666666666667,0.933333333333333,0.366666666666667,0.566666666666667,0.5,0.666666666666667,0.733333333333333,0.133333333333333,0.9,0,1,1,1,0,1,1,1,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,0.566666666666667,0.9,1,0.0666666666666667,0,0,1,0.5,1,1,0.933333333333333,0.433333333333333,1,1,1,0.933333333333333,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,1,1,0.966666666666667,0.9,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 58 | "KEGG_FOLATE_BIOSYNTHESIS",1,1,1,0.566666666666667,0.233333333333333,0.566666666666667,1,1,1,1,0.3,1,0.133333333333333,0.333333333333333,1,0.233333333333333,0.1,1,1,1,0.1,0.0333333333333333,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,0.0666666666666667,0.733333333333333,1,1,1,1,1,0.366666666666667,0.0666666666666667,1,0.433333333333333,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0.533333333333333,1,0.133333333333333,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 59 | "KEGG_RETINOL_METABOLISM",0,1,1,0.633333333333333,1,1,0.966666666666667,0.6,1,0,0,1,0.466666666666667,0,1,0.833333333333333,1,0.0333333333333333,0.7,0,0,0,0,0,0.3,1,1,0,1,1,1,1,0.4,0,1,1,0,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,0,1,0,0.166666666666667,1,1,1,0.5,1,0,0.966666666666667,1,0,1,0,1,0,0.866666666666667,0.5,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 60 | "KEGG_PORPHYRIN_AND_CHLOROPHYLL_METABOLISM",0,1,1,0,1,1,0,1,0,0.7,0.8,0.433333333333333,1,1,0,0,1,1,0.4,1,1,0,1,0,1,1,1,1,0,1,1,1,0,0.0333333333333333,1,1,0.3,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.0666666666666667,0.133333333333333,1,1,1,0,1,1,1,0.9,1,0,1,0,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0.366666666666667,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,0.0333333333333333,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 61 | "KEGG_TERPENOID_BACKBONE_BIOSYNTHESIS",0,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,0.2,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0.133333333333333,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,0,0.7,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,0.166666666666667,0,0.133333333333333,1,1,1,0.0333333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0,0,0,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,1,1,0,0,0.0333333333333333,0.266666666666667,0.0333333333333333,0,1,1,1,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,0.1,0,0.266666666666667,0,0,0.0333333333333333,0.1,1,0,0.0333333333333333,0,0,0.933333333333333,0,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,1,1,1 62 | "KEGG_LIMONENE_AND_PINENE_DEGRADATION",0,1,1,0.433333333333333,0.0333333333333333,0.266666666666667,1,0,1,1,1,1,1,0.933333333333333,0,0,0.466666666666667,0,0,0.766666666666667,0.933333333333333,0.0666666666666667,0.866666666666667,0.766666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,1,1,1,0.5,0.3,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,0.0333333333333333,0,1,1,1,0.933333333333333,1,0,1,0,0,1,1,1,0,0,0.866666666666667,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0.633333333333333,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 63 | "KEGG_NITROGEN_METABOLISM",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.5,0.633333333333333,0,0.533333333333333,0.266666666666667,0.7,1,0.633333333333333,0.566666666666667,0.3,0.466666666666667,0.966666666666667,0.0333333333333333,0,0.266666666666667,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,0.933333333333333,1,0.0333333333333333,0.5,1,1,0.5,0.366666666666667,1,1,1,1,0,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 64 | "KEGG_SULFUR_METABOLISM",1,1,1,0.733333333333333,1,1,0.6,1,1,1,0.866666666666667,1,0.933333333333333,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,1,1,0.5,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.5,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.966666666666667,1,1,1,0,1,0.566666666666667,0.833333333333333,0.433333333333333,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 65 | "KEGG_AMINOACYL_TRNA_BIOSYNTHESIS",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 66 | "KEGG_METABOLISM_OF_XENOBIOTICS_BY_CYTOCHROME_P450",0,1,1,1,0,0.0666666666666667,1,0,0,0.166666666666667,0,1,0.666666666666667,1,0.933333333333333,0.866666666666667,1,0,0.433333333333333,0,0,0,0,0,0.733333333333333,1,0,0,0,1,1,1,0,0,1,1,0,1,1,0,0,0.333333333333333,0.6,1,1,1,1,1,0,1,0,0.1,1,1,0,1,0.8,0,0,1,0,1,0.5,1,0,0,0.533333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.0666666666666667,1,0.1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,0,1,0.366666666666667,1,1,1,0,0.533333333333333,1,1,0.166666666666667,1,1,0,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,0.2,1,0,0.366666666666667,0,1,1,0,0.9,0.133333333333333,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1 67 | "KEGG_DRUG_METABOLISM_CYTOCHROME_P450",0,1,1,0.966666666666667,1,1,1,0,0,0.9,0,1,0.333333333333333,0.533333333333333,0.833333333333333,0.766666666666667,1,0,0.233333333333333,0,0,0,0,0,0.133333333333333,1,0,0,1,1,1,1,0,0,1,1,0,1,1,0,0,0.5,0.2,1,1,1,1,1,0,1,0,0.4,1,1,0.1,0.933333333333333,1,0.833333333333333,1,1,0,1,0.866666666666667,1,0,0,0,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.2,1,0.133333333333333,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,1,1,0.133333333333333,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.233333333333333,0.1,1,1,0.0333333333333333,1,1,0.833333333333333,1,1,1,0.933333333333333,0.7,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 68 | "KEGG_DRUG_METABOLISM_OTHER_ENZYMES",0,1,1,1,1,1,0.9,0,0,0,0,1,0.4,0.4,0.133333333333333,0.966666666666667,1,1,0.933333333333333,0.166666666666667,0.233333333333333,0,0.0666666666666667,0,0.433333333333333,0.733333333333333,1,1,0,1,1,1,0,0,1,1,0.8,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,0.333333333333333,0.933333333333333,0.5,1,0,0.266666666666667,1,0.3,0,1,0.9,1,0.666666666666667,1,0.4,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,0.466666666666667,1,0.8,1,0.833333333333333,1,1,0.7,0.766666666666667,0.3,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 69 | "KEGG_BIOSYNTHESIS_OF_UNSATURATED_FATTY_ACIDS",1,1,1,0,1,1,0,0.1,1,0.7,0.966666666666667,1,1,1,0.933333333333333,1,1,0,0,1,1,1,1,0.3,0.133333333333333,1,1,1,0.766666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,0.9,0.7,1,1,1,1,0,1,0.0666666666666667,0,1,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,0,0,1,0.4,1,0,0.3,0,0,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.633333333333333,1,1,1,0.933333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,1,1,1,0.9,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 70 | "KEGG_ABC_TRANSPORTERS",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,0,1,0.133333333333333,1,1,1,0.7,1,1,1,0.766666666666667,1,1,1,0.666666666666667,1,1,0.0666666666666667,0.733333333333333,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,0.733333333333333,0,1,1,0.666666666666667,1,0.0333333333333333,0.133333333333333,0,1,1,1,0.166666666666667,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,0.233333333333333,1 71 | "KEGG_RNA_DEGRADATION",0,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0,1,1,0.0666666666666667,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0.0333333333333333,0,1,0.0666666666666667,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 72 | "KEGG_DNA_REPLICATION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.966666666666667,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,0,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,0.933333333333333,1,1,0.0666666666666667,1,1,0.966666666666667,0.933333333333333,0.9,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667 73 | "KEGG_SPLICEOSOME",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0.466666666666667,0.2,1,0.266666666666667,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,0.1,1,1,1,1,0.6,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,0,0.233333333333333,1,1,1,1,0.533333333333333,1,0.2,1,1,1,1,1,0.466666666666667,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.266666666666667,0.133333333333333,1,0,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.0666666666666667,0.666666666666667,0.733333333333333,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 74 | "KEGG_PROTEASOME",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,0,0,1,1,0,1,1,0.6,0.0333333333333333,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,0.7,0.1,1,0,0,0,1,1,0.1,0,0,0,1,1,0,1,0,1,1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0.0666666666666667,0.0333333333333333,1,1,1,0.0666666666666667,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0.433333333333333,0.0666666666666667,1,1,0,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,0,1,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 75 | "KEGG_PPAR_SIGNALING_PATHWAY",0.0333333333333333,0.233333333333333,1,1,1,1,1,0.533333333333333,0.233333333333333,0.833333333333333,0.466666666666667,1,0.566666666666667,1,0.3,0.233333333333333,1,0,0.366666666666667,1,1,1,1,0.1,0.2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,0.866666666666667,1,0,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,0.0333333333333333,0,0,0.1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,0.866666666666667,1,1,0.0333333333333333,0,1,1,1,1,0.6,0.633333333333333,0,0.0333333333333333,0.133333333333333,0,0,0.2,0.0666666666666667,0.833333333333333,1,1,1,1,1,0.233333333333333,0.166666666666667,0,1,0.633333333333333,0,1,1,0,0.4,1,0,0.166666666666667,1,1,0,0.733333333333333,0,1,0.2,1,0.0666666666666667,0.166666666666667,0.233333333333333,0.0666666666666667,0.466666666666667,0.833333333333333,0.0333333333333333,0.333333333333333,0.1,0,0,0,1,1,0,0.166666666666667,0,0,0,0,0.766666666666667,0.966666666666667,0.766666666666667,0,1,0.2,1,1,0,0,0.0333333333333333,0.933333333333333,1,1,0,1,0,0.1,0.266666666666667,0.3,0,0.366666666666667,0.0333333333333333,0.1,0.566666666666667,0.266666666666667,0,1,0,0.166666666666667,0.833333333333333,0.266666666666667,0.9,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0.1,0.0666666666666667,1 76 | "KEGG_BASE_EXCISION_REPAIR",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,0,1,0,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,1,1,1,0,0.966666666666667,1,1,1,1,1,0.233333333333333,1,0,1,1,0.966666666666667,1,1,0,1,0,0,0,0,1,1,0.133333333333333,1,1,0,0,1,0,0.0666666666666667,1,0.0333333333333333,1,1,1,0.866666666666667,0.933333333333333,1,0,0.0333333333333333,1,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0.7 77 | "KEGG_NUCLEOTIDE_EXCISION_REPAIR",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0.2,1,1,1,1,1,1,0,0.9,0,0.3,1,1,1,1,1,0.1,0.8,1,1,0,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,0,0.866666666666667,0.833333333333333,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0,0,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,0.1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.233333333333333,0.733333333333333,1,1,1,1,1,0.766666666666667,0.966666666666667,0.766666666666667,0,0.1,0,0,0.0666666666666667,1,0,0.0333333333333333,1,1,0.966666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333 78 | "KEGG_MISMATCH_REPAIR",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,1,0.633333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.966666666666667,1,1,1,1,1,0.233333333333333,1,0,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,0.9,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,0.9,0.966666666666667,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 79 | "KEGG_HOMOLOGOUS_RECOMBINATION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 80 | "KEGG_MAPK_SIGNALING_PATHWAY",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,1,0,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0.0333333333333333,0.933333333333333,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0.233333333333333,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,0,0,1,0.933333333333333,0.1,1,0.0333333333333333,0.366666666666667,0,0.6,0,0.0666666666666667,0.1,1,0,0,0,0,0.166666666666667,0,0,0,1,0.466666666666667,0.1,0.0333333333333333,0.133333333333333,0.733333333333333,0,0.633333333333333,0,0,0.166666666666667,0,1,0,0.0666666666666667,1,0,0.1,0,1,0,0.466666666666667,0,0,1,0.866666666666667,0,0.166666666666667,0,0,0.833333333333333,0,0,0,0.766666666666667,0.2,0,0,0,0.133333333333333,0.966666666666667,0,0.5,0,0.966666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0.933333333333333,1,0,0,0,0.233333333333333,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.666666666666667,0,0.6,0,0,0,0,0,0.833333333333333,0.433333333333333,0.2,1,1,0,0.0333333333333333,0,0,0.633333333333333 81 | "KEGG_ERBB_SIGNALING_PATHWAY",0,1,1,1,0.0333333333333333,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0.733333333333333,0,0,1,1,1,0.966666666666667,1,0,1,0.666666666666667,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0.1,1,0.633333333333333,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.366666666666667,0,0.666666666666667,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0.866666666666667,0,0,0,0.8,1,1,0.766666666666667,0.433333333333333,0,0.866666666666667,0,0,1,0.5,0.766666666666667,0,0.8,0.866666666666667,0,0.933333333333333,0,0,0,0.833333333333333,0.133333333333333,0,0.733333333333333,0.2,0,1,0,0,0.666666666666667,0,0,0.733333333333333,0,0,0,0,0,0,0.9,0,1,0,0.0333333333333333,0,0,0.133333333333333,0,0,0,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0.7,1,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0.833333333333333,0,0,0,0.933333333333333,0,0,0,0,0.4,0.333333333333333,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.9,0.9,0.333333333333333,0,0.966666666666667,0,0,0,0,0.733333333333333 82 | "KEGG_CALCIUM_SIGNALING_PATHWAY",0.4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.566666666666667,0,0,0,0,0.0333333333333333,1,1,1,0.2,1,1,1,1,0.5,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,0.4,1,0,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,0,1,0,0,0.366666666666667,0,0,0,0,0.0333333333333333,0.2,0.9,0,0.3,0,0,0.833333333333333,0,0,0,0,0,0.1,0,0,0.0666666666666667,0,0.9,0,0,0,0,0,0.333333333333333,0,0,0.533333333333333,0,1,1,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0.9,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.466666666666667,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0,0,0,0,0.833333333333333,0,1,1,0.8,1,1,0.266666666666667,0,0,0,0.933333333333333 83 | "KEGG_CYTOKINE_CYTOKINE_RECEPTOR_INTERACTION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,1,0.866666666666667,1,1,0.133333333333333,1,0.9,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,0,1,1,1,1,0,0,1,0,0,0,1,0.5,0.133333333333333,0.1,0.0666666666666667,1,1,0.4,1,0.8,0,0.566666666666667,1,0,0,0.2,1,1,0.966666666666667,0,0,0,1,0.266666666666667,0,0,0,1,0,1,1,0,1,1,0,0.966666666666667,0,1,0,0,0,0,0.966666666666667,1,0,0,0,1,0.766666666666667,0,0,0.166666666666667,0,0,0,0,1,1,0,0.0333333333333333,1,0,1,0,0.7,0.966666666666667,0,0,0.133333333333333,0,0.633333333333333,0,0,0,0,0,0,0.333333333333333,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,1,1,1,1,1,0,0.0666666666666667,0.0333333333333333,0.833333333333333,0.366666666666667 84 | "KEGG_CHEMOKINE_SIGNALING_PATHWAY",1,0,1,1,0,0.0666666666666667,1,0.766666666666667,1,1,0,0,0,0.0666666666666667,1,1,1,0.933333333333333,1,0,1,0.733333333333333,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0,1,0.533333333333333,0,0,0,0,0,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.1,0,1,1,0.2,1,1,0.866666666666667,0,0.266666666666667,1,1,1,1,0.133333333333333,0,0,0,0,0,1,0,0,0.866666666666667,0.966666666666667,0,0.533333333333333,1,0,0.6,0,0,1,0,0,0,0,0,0.9,0,0,0.166666666666667,0,1,1,0,0,0.3,0,1,0,0,0,0.966666666666667,0,0.433333333333333,0,0,0,0,0,0,1,0.0333333333333333,0,0,0,1,0.166666666666667,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0.666666666666667,0,0,0,0.8,0,1,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.133333333333333,0.7,0,0,0,0,0,0,0,0,0.533333333333333,0.1,0,0,0,0,0.0333333333333333 85 | "KEGG_PHOSPHATIDYLINOSITOL_SIGNALING_SYSTEM",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0,0.0666666666666667,1,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.0666666666666667,0.8,0,0,0,0,0,0.166666666666667,0,0,0.966666666666667,1,0.0333333333333333,1,0,0.9,0,0.133333333333333,0.9,0,0.3,0,1,0.133333333333333,0.0333333333333333,0.333333333333333,0,0,0,0.966666666666667,1,0.366666666666667,0,0.333333333333333,0.0666666666666667,1,0.3,0.0333333333333333,0,0.733333333333333,0,0.333333333333333,0,0.2,0,0,0.0666666666666667,0.0333333333333333,1,1,0,0.233333333333333,0,0,0,0,0.166666666666667,0,0,1,0.8,0,0.933333333333333,1,0,0,1,0,1,0,0.1,0,0,0.466666666666667,0.3,0,0,0,0,0,0,0.733333333333333,0.566666666666667,0.433333333333333,0,0,0.133333333333333,0,0,0,0,1,0.933333333333333,0.266666666666667,0.966666666666667,0.966666666666667,0,0,0.166666666666667,0,0.333333333333333 86 | "KEGG_NEUROACTIVE_LIGAND_RECEPTOR_INTERACTION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,0.4,0.966666666666667,1,0,0,0,0,1,1,1,0,1,0.966666666666667,1,0,0,0.966666666666667,0,0,0.0333333333333333,0.2,0,0.366666666666667,0.3,0.666666666666667,0.133333333333333,1,1,0.266666666666667,0,0,0.2,1,1,0,0.333333333333333,1,1,0.9,0.9,0.133333333333333,0,0,0,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0.2,1,0.266666666666667,0,0,0,0.166666666666667,0.666666666666667,0,0,0,0.866666666666667,0,0,1,1,0,0,1,0,0.866666666666667,0.1,0.0666666666666667,1,0.3,0.0666666666666667,0.366666666666667,0.0333333333333333,0.5,0.2,0.0666666666666667,0,0.366666666666667,0,0.466666666666667,0.0666666666666667,0.0333333333333333,0.366666666666667,0.166666666666667,0,0,0,0,0,0,0.2,0,1,1,0.966666666666667,1,0,0.7 87 | "KEGG_CELL_CYCLE",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,0.5,0.2,0.0333333333333333,0,0,1,0,0,0,0.4,0,0.166666666666667,0,0,0,0,0,1,1,1,0.0333333333333333,1,0.8,1,1,0,0,0,0.333333333333333,0,0,1,0,0,0.366666666666667,1,0,0,0,0.866666666666667,0.466666666666667,1,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.133333333333333,0,0,0,0,0,0,0.7,1,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0.433333333333333,0,1,1,0.0666666666666667,0,1,0,0.333333333333333,1,0.0666666666666667,0.166666666666667,0,0,0.933333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,0.633333333333333,0,0.566666666666667,0.866666666666667 88 | "KEGG_OOCYTE_MEIOSIS",0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.2,1,1,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.0666666666666667,0,0,0,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,0.0333333333333333,0.0333333333333333,1,0.933333333333333,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.166666666666667,0.8,1,0,0.0666666666666667,0.133333333333333,0,1,0,0,0.933333333333333,0.9,0.933333333333333,0,0.466666666666667,0,0,0,0.366666666666667,0,0.133333333333333,0,0.7,0.166666666666667,1,1,0.766666666666667,0,0.433333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0.866666666666667,1,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0.933333333333333,1,0,1,1,0.966666666666667,0,1,0.0333333333333333,1,0,0,0,0.133333333333333,0.133333333333333,0,0.966666666666667,1,0.966666666666667,1,0,1,1,0.933333333333333,0,1,1,1,0,0,0.833333333333333,1,0.1,1,1,0.0333333333333333,1,0,1,0.433333333333333 89 | "KEGG_P53_SIGNALING_PATHWAY",0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,0.733333333333333,0,0,0.166666666666667,1,0.433333333333333,0.8,0,0.0666666666666667,0.9,0.0333333333333333,1,0,0.0333333333333333,0,0,1,1,0.866666666666667,0.233333333333333,1,0.0666666666666667,1,1,0.433333333333333,0.133333333333333,0.2,1,1,0.633333333333333,0.0666666666666667,0.333333333333333,0.233333333333333,1,1,0.333333333333333,0.666666666666667,0.7,0.2,1,1,0.0666666666666667,0.0666666666666667,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0.633333333333333,0.966666666666667,0.833333333333333,0.1,0.7,0,0.633333333333333,0.366666666666667,1,1,0.433333333333333,0.2,0.466666666666667,1,0.7,0.1,0.366666666666667,0.0666666666666667,0.5,0.666666666666667,1,0,0.566666666666667,1,0.133333333333333,1,1,0.166666666666667,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0.3,0.0333333333333333,0,0.0666666666666667,0.166666666666667,0.833333333333333,0.533333333333333,0.3,0.7,0.966666666666667,0.466666666666667,0.666666666666667,0.3,1,0.0666666666666667,0.566666666666667,0.466666666666667,0.8,0.0666666666666667,0.533333333333333,1,0.733333333333333,1,0.733333333333333,0.666666666666667,0.233333333333333,0.133333333333333,0,0.866666666666667,0.5 90 | "KEGG_UBIQUITIN_MEDIATED_PROTEOLYSIS",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,1,1,0.233333333333333,1,0.466666666666667,0.1,1,0,0.166666666666667,1,0.766666666666667,1,0,0,0,0,1,1,1,1,1,0.766666666666667,0,1,0.433333333333333,0,0.7,1,0.166666666666667,0.6,0,0,1,0.4,0.333333333333333,0.833333333333333,0.166666666666667,0.7,1,1,1,0.966666666666667,0.766666666666667,0.733333333333333,0.2,1,0.233333333333333,0,0,0,0.933333333333333,0.566666666666667,0.933333333333333,0.1,0.766666666666667,0,0.866666666666667,0.833333333333333,1,0.966666666666667,1,0.666666666666667,0.933333333333333,0,0.266666666666667,0.5,1,1,1,0.833333333333333,1,1,0,0.866666666666667,1,0.0666666666666667,0.633333333333333,1,0.8,0.733333333333333,0.6,0,0.9,0.866666666666667,0.966666666666667,0.866666666666667,1,0,0.533333333333333,0.266666666666667,1,0.933333333333333,1,0.866666666666667,0,0.9,0.666666666666667,0.5,0.3,0.666666666666667,1,0.0333333333333333,1,0.233333333333333,1,0.7 91 | "KEGG_SNARE_INTERACTIONS_IN_VESICULAR_TRANSPORT",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,0,1,0,1,1,1,0.266666666666667,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,0.166666666666667,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0.0333333333333333,0,1,1,0,0.566666666666667,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,0.166666666666667,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1 92 | "KEGG_REGULATION_OF_AUTOPHAGY",0.633333333333333,0.766666666666667,1,1,0.6,0.6,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,0.833333333333333,1,1,0.1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,0.1,0.833333333333333,0.166666666666667,1,0.566666666666667,0.0333333333333333,0.1,1,0.833333333333333,1,1,1,0,1,0.933333333333333,0.566666666666667,0,1,0.766666666666667,0.766666666666667,1,0.3,1,0.833333333333333,0,0.333333333333333,0.233333333333333,0.933333333333333,1,0.366666666666667,0.833333333333333,0.2,0.8,1,0.6,1,0.966666666666667,0.833333333333333,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0.833333333333333,0.366666666666667,0.0666666666666667,0.533333333333333,1,0.6,0.966666666666667,1,0.0333333333333333,1,0.333333333333333,1,0.166666666666667,0.766666666666667,1,0.733333333333333,0.433333333333333,0.466666666666667,1,0.8,0.366666666666667,0.666666666666667,0.6,0.233333333333333,1,0.533333333333333,0.4,1,0,0.366666666666667,1,0.166666666666667,1,0.433333333333333,0.7,0.766666666666667,0.366666666666667,0.9,0.5,0.566666666666667,1,0.866666666666667,0.433333333333333,0.733333333333333,0.6,0.666666666666667,0.733333333333333,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0.866666666666667,0.966666666666667,0.666666666666667,0.566666666666667 93 | "KEGG_LYSOSOME",0,1,1,0,0,0.1,0,1,0.633333333333333,1,0,1,0.566666666666667,0.533333333333333,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.1,1,0,0,1,0.1,0.0666666666666667,1,1,0.833333333333333,1,1,0,1,0,0.333333333333333,0,0,0.6,1,1,0,0.9,1,0.7,0.366666666666667,1,0,0,1,1,1,1,1,0,0.133333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,0.666666666666667,0.833333333333333,0.3,0.966666666666667,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.766666666666667,0.366666666666667,0.6,1,1,1,0.566666666666667,0,0,1,1,0.333333333333333,0.3,0.466666666666667,1,0.566666666666667,1,0.7,0.833333333333333,1,1,0.0666666666666667,1,1,0.8,0.766666666666667,1,0.733333333333333,0.633333333333333,1,1,0.866666666666667,0,0.866666666666667,1,1,0.433333333333333,0.0333333333333333,0.8,1,0.833333333333333,1,0.666666666666667,1,0.0666666666666667,0.5,0.366666666666667,1,0.966666666666667,1,1,0.733333333333333,1,0.166666666666667,0.3,0.333333333333333,0.766666666666667,1,0,0.5,0,0.866666666666667,0.8,0,1,1,0.466666666666667,0.766666666666667,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333 94 | "KEGG_ENDOCYTOSIS",1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.2,0,1,0.0666666666666667,0.1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,1,0,0,0.933333333333333,0.0666666666666667,0,0.266666666666667,1,1,0.833333333333333,1,0,1,0,0,1,0,0,0,1,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0.466666666666667,0,0,0,0.4,0.133333333333333,0.933333333333333,0,0,0.166666666666667,0,0.0333333333333333,0.933333333333333,0,0,0,0,0,0,0.9,1,0,0,0,1,0.9,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.933333333333333,0,0,0.2,1,0,1,0,0.133333333333333,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.633333333333333,0,0,0,0,0,0,1,1,0.433333333333333,0.9,0.633333333333333,0.266666666666667,0.133333333333333,0,1,0.166666666666667 95 | "KEGG_PEROXISOME",0.166666666666667,0.433333333333333,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,0.0333333333333333,0.9,1,0.7,0.833333333333333,0.233333333333333,0,0.6,0,0,0.633333333333333,1,0.5,0.466666666666667,0.0666666666666667,0.0333333333333333,1,0.466666666666667,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,0.5,0,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,0.466666666666667,0.1,0,0.0333333333333333,1,0.833333333333333,1,1,0.733333333333333,0.0666666666666667,0,0,0.5,1,1,0.2,0.2,0.933333333333333,0.5,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,0.666666666666667,0.733333333333333,0.3,0.766666666666667,0.633333333333333,0.933333333333333,1,1,0.166666666666667,1,1,1,0.666666666666667,1,1,0,1,0.2,1,0.766666666666667,0,0.2,1,1,0.533333333333333,0.0666666666666667,0.4,0.6,1,1,0.733333333333333,1,0.7,1,1,1,0.933333333333333,0.533333333333333,0.566666666666667,0.466666666666667,0.833333333333333,1,0.133333333333333,0.5,0.133333333333333,0.9,0.666666666666667,0.433333333333333,1,1,0.766666666666667,0.866666666666667,0.333333333333333,1,1,0.633333333333333,1,1,0.833333333333333,0.6,0.966666666666667,0.4,1,1,0.6,1,1,0.4,1,0.1,0.566666666666667,0.266666666666667,1,0.433333333333333,0.466666666666667,0.966666666666667,0,0.9,0.8,0.966666666666667,0.866666666666667,0.733333333333333,0.6,0.833333333333333,1,0.433333333333333,0.466666666666667,0.833333333333333,0.366666666666667,1,1,0.9,0.833333333333333,0.866666666666667,1,0.933333333333333,1,1,1,0.966666666666667,1 96 | "KEGG_MTOR_SIGNALING_PATHWAY",0.9,0.8,0.766666666666667,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,1,1,0.466666666666667,1,1,1,1,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,0,1,1,1,1,0.266666666666667,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,0.8,1,1,0.5,0.266666666666667,1,0.166666666666667,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0.666666666666667,0.2,0.0333333333333333,0.833333333333333,1,0,1,0,0.866666666666667,0,0,1,0,0.266666666666667,0,0.366666666666667,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.166666666666667,1,0,0,0,0.3,0,0,0,0,0,0,0,0,0.2,0.833333333333333,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0.966666666666667,0,0,1,0,1,0.0333333333333333,0.266666666666667,0.233333333333333,0,0,0.5,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.766666666666667,0.466666666666667,0.166666666666667,0.266666666666667,0.133333333333333,0,0.3,0,0.733333333333333,0.0333333333333333 97 | "KEGG_APOPTOSIS",1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,0,1,0.5,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,0,0,0.666666666666667,1,1,0,0,0,0.533333333333333,0,0.166666666666667,0,1,0,1,0,1,0.966666666666667,1,0,0.166666666666667,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.1,0.166666666666667,0.2,0,0.1,0.2,1,0.1,0,0,0,0,0.733333333333333,0,0,0,0.533333333333333,0.333333333333333,0,0.566666666666667,1,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0.666666666666667,0,0,0,1,0,1,0.4,0.933333333333333,0,0,0.233333333333333,0,0.8,0,0.2,0,0.633333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0.9,0,0.9,0.566666666666667,0.233333333333333,0.633333333333333,0.866666666666667,0,1,0,0,0.266666666666667 98 | "KEGG_CARDIAC_MUSCLE_CONTRACTION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,0.933333333333333,1,1,0.8,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,0,1,1,0.4,1,1,0.233333333333333,0.566666666666667,1,1,1,1,0.733333333333333,0,1,1,1,1,0.8,0.3,1,1,0.0666666666666667,0.633333333333333,0.2,0.333333333333333,0.866666666666667,0.966666666666667,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,0.7,1,1,0.933333333333333,1,0.333333333333333,1,0.9,0.8,1,0,1,0.166666666666667,0.666666666666667,0.166666666666667,1,0.933333333333333,0.766666666666667,0.966666666666667,1,0.9,0.733333333333333,1,0.133333333333333,0.933333333333333,0.466666666666667,0.733333333333333,0.2,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,0,0.233333333333333,0.0666666666666667,0.133333333333333 99 | "KEGG_VASCULAR_SMOOTH_MUSCLE_CONTRACTION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.2,0,1,1,1,1,1,0,1,0.1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.0666666666666667,0,0.133333333333333,0.966666666666667,0.6,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,0.4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0.933333333333333,0.2,1,1,1,0.0333333333333333,0.833333333333333,1,1,1,1,0,0.533333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0.333333333333333,0,0.666666666666667,0.766666666666667,0,0.666666666666667,0,0,1,0,1,0.133333333333333,0.166666666666667,0,0,0.966666666666667,0,0.0333333333333333,0,0.566666666666667,0.633333333333333,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.0666666666666667,0.3,0.2,0.0666666666666667,0.266666666666667,0.333333333333333,0,0.8,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0.933333333333333,0,0.866666666666667,0,0,0,0,0.166666666666667,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.9,0.533333333333333,1,0.666666666666667,0.7,1,1,0.5,0,0,0,0.466666666666667 100 | "KEGG_WNT_SIGNALING_PATHWAY",0,1,0.1,1,0,0.0666666666666667,1,0,1,0.533333333333333,0.0333333333333333,0.966666666666667,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,0.766666666666667,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0.5,1,0,0.666666666666667,0,0,0.4,0.966666666666667,1,1,1,0,1,0.633333333333333,1,1,0.1,0.633333333333333,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0.633333333333333,1,1,0.0333333333333333,0.633333333333333,0,1,0.766666666666667,0,0,1,0,1,1,1,0.866666666666667,0,0,0,0.2,0,0,0,0.2,0,0.2,1,0.4,0,0,0.133333333333333,0,1,1,0,1,0,0,0.366666666666667,0.1,0.133333333333333,0.966666666666667,0,0.766666666666667,0,0.0333333333333333,0.966666666666667,0.166666666666667,0,1,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.9,0.1,0,0.0333333333333333,0.8,0.133333333333333,0.633333333333333,0,1,0,1,1,0,0,0,0.333333333333333,0,1,0,0.966666666666667,1,0.133333333333333,0.3,1,0.966666666666667,0,1,0,0,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0,0.4,0,1,1,0.466666666666667,0.633333333333333,0,0,0.0333333333333333,0.633333333333333,1,0.7,1,0.933333333333333,0.966666666666667,0.866666666666667,1,1,0.3,0,1,1,0.9 101 | "KEGG_DORSO_VENTRAL_AXIS_FORMATION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0,0,0,0.3,0,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0,0.966666666666667,0.0666666666666667,0.7,1,0.2,0.533333333333333,0,0.3,0,0,0.433333333333333,0.1,1,0,0.0333333333333333,0.133333333333333,0,0.233333333333333,0,0,0.0666666666666667,0.666666666666667,0.0666666666666667,0,0,0.466666666666667,0,1,0.266666666666667,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0.366666666666667,0,0.0333333333333333,0.933333333333333,1,0.5,0.166666666666667,0,1,0,0.566666666666667,0.2,0,0,0,0.0333333333333333,0.1,0.833333333333333,0,0,0.0333333333333333,0.2,0.7,1,0,0,0.0333333333333333,0.3,0.0666666666666667,0.2,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0.566666666666667,0.7,0,0.366666666666667,0.0333333333333333,0,0.466666666666667,0.766666666666667,0.833333333333333,0.933333333333333,0.2,0.366666666666667,0.933333333333333,0.133333333333333,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0.133333333333333,0.333333333333333 102 | "KEGG_NOTCH_SIGNALING_PATHWAY",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.7,0.0333333333333333,1,0,1,0.133333333333333,0.366666666666667,0.9,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,1,0.266666666666667,0,0,0,0.166666666666667,0.433333333333333,1,1,0.833333333333333,1,1,1,0.0333333333333333,0.233333333333333,0.533333333333333,0.666666666666667,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0.466666666666667,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,0.566666666666667,0.0666666666666667,0.366666666666667,1,0,1,1,0.533333333333333,1,0,1,1,1,0,1,0.0666666666666667,1,0.933333333333333,1,1,0.966666666666667,0.6,0,1,0.433333333333333,1,0,0,0.0333333333333333,0.933333333333333,0,0,0.0666666666666667,1,0,1,0.1,0.366666666666667,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0,0.4,1 103 | "KEGG_HEDGEHOG_SIGNALING_PATHWAY",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.8,0,1,0,0.133333333333333,0,0,0.966666666666667,1,0.1,0.0333333333333333,0.666666666666667,1,0,1,0.0666666666666667,0,1,0,0,0.133333333333333,0.133333333333333,0,1,0.0666666666666667,0,1,0,0.0666666666666667,0.9,0,0,1,0.1,1,0,0,0,0,0.666666666666667,0.5,0,0,0.8,0,0.3,1,1,0.133333333333333,0,0,0.4,0,0,0.5,0,0,0,1,0,0,1,0.233333333333333,0,0,0.933333333333333,0.4,1,0.366666666666667,0.0666666666666667,0,0,0,0.4,0,0,0.233333333333333,0,0,0.633333333333333,0.133333333333333,0,0.8,0,0.166666666666667,0.0666666666666667,0.1,0.0333333333333333,0.1,0.2,1,0.7,0.833333333333333,1,1,1,0.933333333333333,0,0,1 104 | "KEGG_TGF_BETA_SIGNALING_PATHWAY",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,0.4,1,0.0333333333333333,1,1,0,0,0.2,1,0.966666666666667,0,0.366666666666667,0,0,0.566666666666667,0.5,1,0,1,0,0.533333333333333,0,0,0.3,0,0.333333333333333,0,0.4,1,0,0.0666666666666667,0,0,0,1,0,0,0,0.3,0.533333333333333,1,0,0.0666666666666667,0,0.733333333333333,0,1,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,0,1,0.166666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0.866666666666667,1,0,0.866666666666667,0.1,0.0666666666666667,1,0,0,0,0,0.2,0.0666666666666667,0,0.433333333333333,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.366666666666667,0.166666666666667,0.1,0,0,0,0.933333333333333,0,0.433333333333333,1,0.266666666666667,0.7,0.7,0.0333333333333333,1,1,1,0.433333333333333 105 | "KEGG_AXON_GUIDANCE",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.1,0.9,0,0,0,0.3,0.3,1,0.4,0.133333333333333,0,1,0.333333333333333,0.5,0,0.0666666666666667,0,0,0.633333333333333,0.9,0,0.3,1,0.266666666666667,0.1,0,0,0.0666666666666667,1,0.966666666666667,0,0,0.1,0.333333333333333,0.0666666666666667,1,0,0,0,0.1,0,0,0,0.933333333333333,0.0666666666666667,0,0.566666666666667,0,0.2,1,0.566666666666667,0.233333333333333,0.466666666666667,1,0,0.566666666666667,0,0.2,0.1,0,0,0,1,0,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.866666666666667,0,0,0.2,0,0,0,0,0,0,0,0.433333333333333,0.0666666666666667,0.966666666666667,1,0.666666666666667,1,0.966666666666667,0.566666666666667,0.0333333333333333,0.366666666666667,0.166666666666667,0.4 106 | "KEGG_VEGF_SIGNALING_PATHWAY",1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,0,0.2,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,0,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0.966666666666667,0.933333333333333,0.966666666666667,1,0.433333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.733333333333333,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,0,0,0.3,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0.766666666666667,0,0,0.566666666666667,0,1,0.3,0,0,0.5,0,0.0333333333333333,1,0,0.0333333333333333,0,1,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.933333333333333,0,0.1,0.0333333333333333,1,0,0.0333333333333333,1,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,0.166666666666667,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0,1,0,0,0,1,0,0.866666666666667,0,0,0,0,0.466666666666667,0.4,0,0,0,0,0,0.533333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0.0333333333333333,0.233333333333333,1,1,0,0,0,0,0 107 | "KEGG_FOCAL_ADHESION",1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,0,0.233333333333333,1,1,1,1,1,0,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,0.2,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,0,0.133333333333333,1,1,1,1,1,0,0.133333333333333,0,0.2,0,0.0333333333333333,0,0,0.366666666666667,1,1,0.966666666666667,0,0,0.433333333333333,0,0,1,0.0333333333333333,0.9,0,0.933333333333333,1,0,0.2,0,0,0,0,0.2,0,0,0.966666666666667,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.966666666666667,0.766666666666667,0,0,0.533333333333333,0.733333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0.966666666666667,1,0.9,0.333333333333333,0.966666666666667,0,1,1,1,0 108 | "KEGG_ECM_RECEPTOR_INTERACTION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,1,0,0,1,0.3,0,1,0.533333333333333,1,1,1,0,1,0,0,1,0,0,0.0333333333333333,1,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0,0.0666666666666667,1,1,0,0.0666666666666667,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,1,1,0,0,1,0,1,0.0666666666666667,0.533333333333333,0,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667 109 | "KEGG_CELL_ADHESION_MOLECULES_CAMS",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.466666666666667,0.9,0.666666666666667,0.0666666666666667,1,0.966666666666667,1,1,0.333333333333333,1,0.666666666666667,1,0.566666666666667,1,0.366666666666667,1,0,0,1,0.633333333333333,0.666666666666667,0.733333333333333,1,0.1,1,0.966666666666667,0.0333333333333333,0,1,0,0.833333333333333,0.466666666666667,0.833333333333333,0.633333333333333,0,1,0.5,0.733333333333333,0.466666666666667,0.966666666666667,0,0.566666666666667,0,0,0,0.366666666666667,0.2,0.233333333333333,0.533333333333333,1,0.766666666666667,0.8,0.8,0.433333333333333,0.366666666666667,0.333333333333333,0.266666666666667,0.733333333333333,0.366666666666667,0,0.9,0.7,0.766666666666667,1,0.133333333333333,0,1,0.266666666666667,1,0.433333333333333,0.1,0.2,0.266666666666667,0.333333333333333,0.8,0,0,0.1,0.733333333333333,0.6,0.333333333333333,0.866666666666667,0.866666666666667,0.966666666666667,0.966666666666667,0.733333333333333,0.1,0.0333333333333333,0,0,0.433333333333333,0.666666666666667,0.7,0.566666666666667,0.5,0.4,1,0.5,0.1,0.433333333333333,0.8 110 | "KEGG_ADHERENS_JUNCTION",0,1,0.166666666666667,1,0,0.2,1,1,1,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,0.633333333333333,1,1,0.6,0.233333333333333,0.0333333333333333,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,0,0,1,0.0333333333333333,1,1,0,0.233333333333333,0,0,0.966666666666667,1,0.233333333333333,0,0,0.5,0.966666666666667,1,0.833333333333333,0.133333333333333,0,0.6,0,0.1,0.7,0.666666666666667,0,0.0333333333333333,1,0.966666666666667,0,0,0,0.133333333333333,0,0.833333333333333,0,0,0,0.333333333333333,1,1,0.133333333333333,0,0.266666666666667,0.366666666666667,0.933333333333333,0,0.933333333333333,0.433333333333333,0.133333333333333,0,0,0.0333333333333333,0.766666666666667,1,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0.233333333333333,1,0.433333333333333,0,0,0,0,0,0,1,0.5,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0.3,0.7,0,0,0,0,0.3,0,0,0,0.566666666666667,0.266666666666667,0.166666666666667,0,0.9,0.0666666666666667,0,0.8,0,0,0,0,0.333333333333333,0.633333333333333,0,0.8,1,0.6,0.3,0.1,0.966666666666667,0,0,0.133333333333333,0 111 | "KEGG_TIGHT_JUNCTION",1,1,1,1,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,0,0,0.0666666666666667,0.633333333333333,0.8,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.233333333333333,0.866666666666667,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,0.6,1,0.933333333333333,0.866666666666667,1,0,0,0,0,0,0.4,0,0,0,0.633333333333333,0.0666666666666667,1,0.3,0.3,0,1,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.1,0,0,0,0.866666666666667,0,0,0.566666666666667,0,0,0,0,0.2,0.566666666666667,0,0,0,0.8,0,0.533333333333333,0,0,0.0333333333333333,0,0,0.166666666666667,0.0666666666666667,1,0,0,0,0.9,0,0,0.966666666666667,0,1,0,1,0,0.466666666666667,0,0.0666666666666667,0,1,0,0,0.0333333333333333,0,0.766666666666667,0,0,0.0333333333333333,0,0,0.266666666666667,1,0.933333333333333,0.433333333333333,0,1,0.966666666666667,0,0,1,1,1,0.133333333333333,0,1,0.633333333333333,0.433333333333333,1,1,0.9,0,0.9,1,0.166666666666667 112 | "KEGG_GAP_JUNCTION",0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0,1,1,1,1,1,0,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0,0,0.433333333333333,0,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,0.366666666666667,0.9,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,0,0,1,0.966666666666667,1,1,1,0.6,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0.5,0.5,0.0333333333333333,0.766666666666667,0.6,0,0.433333333333333,0,0,1,1,1,0,0.233333333333333,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0.933333333333333,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0.966666666666667,0,0,0.266666666666667,0.933333333333333,0.4,0,0,0.1,0,1,0,0,0.133333333333333,0,0,0,0,0,0.733333333333333,0,0,0,0.766666666666667,0.9,0,0,0,1,0.4,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.4,0,0,0.0333333333333333,0.133333333333333,0.0333333333333333,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,1,1,0.933333333333333,0.833333333333333,0.966666666666667,0,0,0,0,0.533333333333333 113 | "KEGG_COMPLEMENT_AND_COAGULATION_CASCADES",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,0.3,0,1,0.0666666666666667,0.3,0.266666666666667,0.866666666666667,0.6,0.366666666666667,1,1,1,1,0.466666666666667,1,0.0333333333333333,0.133333333333333,1,0,0.0666666666666667,0.566666666666667,0.6,1,0.3,0.4,0.0666666666666667,0.933333333333333,0.0666666666666667,0.366666666666667,0.3,0,0,0,0.7,0.9,0.0666666666666667,0.466666666666667,0.333333333333333,0.166666666666667,0.5,0.533333333333333,0.0333333333333333,0.666666666666667,0.0666666666666667,0.0666666666666667,0.0666666666666667,0,1,1,0.0333333333333333,0.766666666666667,0,1,0,0.166666666666667,0.0333333333333333,0,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0.633333333333333,0.3,1,1,0.0666666666666667,0.0333333333333333,1,0.0666666666666667,1,0.0333333333333333,0.466666666666667,0.766666666666667,0.0333333333333333,0.166666666666667,0.9,0.233333333333333,0,0.966666666666667,0.733333333333333,0.666666666666667,0,0.1,0.866666666666667,0.333333333333333,0.633333333333333,0.633333333333333,0.566666666666667,0.8,0.0333333333333333,0.633333333333333,0.133333333333333,1,1,0.666666666666667,1,1,1,0.2,0.0333333333333333,0.766666666666667,0.5 114 | "KEGG_ANTIGEN_PROCESSING_AND_PRESENTATION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.633333333333333,1,1,0.2,0.533333333333333,0.433333333333333,0.666666666666667,1,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,1,0.566666666666667,0.166666666666667,1,1,1,0.666666666666667,0.633333333333333,0.3,1,0.233333333333333,0.2,1,0,0,0,0.733333333333333,0.1,0.566666666666667,0.0666666666666667,0,0,1,0,0.966666666666667,0.266666666666667,0,0.633333333333333,0,1,0.366666666666667,0.4,1,1,1,0.1,0,0,0,0,0.0333333333333333,0.133333333333333,0,0.7,0,0.233333333333333,0.0666666666666667,0.866666666666667,0.1,0,0,0,0,0,0.933333333333333,0,0,1,0.0333333333333333,0,1,0.0333333333333333,1,0.9,0.166666666666667,0.266666666666667,0,0.833333333333333,0.366666666666667,0,0,0,0.9,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0.0333333333333333,0.933333333333333,0.466666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0.333333333333333,0.4,0.4,0 115 | "KEGG_RENIN_ANGIOTENSIN_SYSTEM",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,0.366666666666667,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,0.0666666666666667,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,1,1,0.466666666666667,1,0,1,0.4,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1 116 | "KEGG_TOLL_LIKE_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY",0.366666666666667,1,1,1,0.466666666666667,0.7,1,1,0.866666666666667,1,1,1,0.133333333333333,0.166666666666667,1,1,1,0.9,1,0,1,0.5,1,0.566666666666667,1,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,0.2,1,1,1,1,0.266666666666667,1,0,0.0333333333333333,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,0,1,0.3,0,0.2,1,1,1,1,0,0,0,1,0,0.2,0,0,1,0.266666666666667,0.966666666666667,1,0.9,0.6,0,1,0,0.0333333333333333,0.866666666666667,0,0,0.233333333333333,1,0,0,0,0,0,0,0.633333333333333,0.133333333333333,0,0,0.166666666666667,0.266666666666667,1,0,0,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0,0.733333333333333,0.833333333333333,0,0.966666666666667,1,0,0,0,1,0,0,0,0.233333333333333,1,0,0,0,1,0.8,0.966666666666667,0,0.966666666666667,0,0.833333333333333,0,0,0.6,0,0,0.2,0,0,0.0666666666666667,0,0.0333333333333333,0.266666666666667,0,0,0,0,0,0.766666666666667,0,0,0,0,0.1,0.833333333333333,0,1,1,0,1,0,0,0.0333333333333333 117 | "KEGG_NOD_LIKE_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.1,1,1,1,1,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.0666666666666667,0.566666666666667,0,0.766666666666667,0,0.9,1,0.8,0.9,0,0.7,0,0,0.4,0,0,0.0333333333333333,1,0,0.233333333333333,0,0.0333333333333333,0,0.0333333333333333,0.633333333333333,0,0,0,0.2,0.566666666666667,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0.866666666666667,0,1,0,0,0.1,1,1,0,0,0.333333333333333,0,0.733333333333333,0,0,0.466666666666667,0,0.0666666666666667,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.1,0,0,0,0,0,0,0.1,0,0,0,0,1,1,0.6,1,1,0,0.966666666666667,0,0.0333333333333333,0.366666666666667 118 | "KEGG_RIG_I_LIKE_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY",0,1,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,0.1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.233333333333333,0,0.266666666666667,1,1,1,1,0.9,0.733333333333333,0.566666666666667,1,0,0,1,0,0,0.0666666666666667,0.633333333333333,1,1,1,0.2,0.633333333333333,0,0,1,0,0,0,1,0.0666666666666667,0,0,0.966666666666667,0.0333333333333333,1,0.6,0.4,0,1,0.333333333333333,1,1,0,0,0,0,0,1,0,0.6,0,0.8,1,0,0,1,0,0.966666666666667,0.1,0.0666666666666667,0,0.366666666666667,0,1,1,0,0,0.633333333333333,1,1,0,0,1,0,0,0,0.1,0.1,0,0,0.0333333333333333,0,1,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0.866666666666667,0,0.966666666666667,1,0.733333333333333,1,1,0.933333333333333,0.933333333333333,1,0,0.5 119 | "KEGG_CYTOSOLIC_DNA_SENSING_PATHWAY",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.166666666666667,1,1,1,1,0,0,0,1,1,0.766666666666667,1,0,0.5,0,0.266666666666667,1,1,1,0,0.633333333333333,0.166666666666667,0,1,0,0,0,1,0.1,0.6,0,0,0,1,0.9,0.433333333333333,0.733333333333333,0,0.233333333333333,1,1,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0.133333333333333,0,1,0,0,0.3,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0.3,0,1,0,1,0.1,1,0.4,0,0.0333333333333333,0.633333333333333,0,0,0.0333333333333333,0,0.133333333333333,0.0333333333333333,0.9,0,0.1,1,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0.966666666666667,1,0.766666666666667,1,1,0.933333333333333,0.833333333333333,1,0.0333333333333333,0.233333333333333 120 | "KEGG_JAK_STAT_SIGNALING_PATHWAY",1,1,1,1,0.9,0.933333333333333,1,0.4,1,1,1,1,0,1,1,1,0.533333333333333,1,1,0,1,0.366666666666667,1,0,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,0,1,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,0,0,1,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0.5,1,1,1,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0.866666666666667,0,0,0.0666666666666667,0,0.1,0.166666666666667,0.966666666666667,0.566666666666667,0,0,0,0,1,0,0.866666666666667,0,0,0.466666666666667,1,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,1,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0.0666666666666667,0.166666666666667,0.1,0,0,0,0,0.366666666666667,0,0.966666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0.933333333333333,0.966666666666667,1,0 121 | "KEGG_HEMATOPOIETIC_CELL_LINEAGE",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,0.666666666666667,0.333333333333333,1,0.8,1,1,0.3,1,0.9,0.966666666666667,1,1,0.566666666666667,0.766666666666667,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,1,1,1,1,0,0.833333333333333,1,1,0.266666666666667,0.233333333333333,0.933333333333333,0.166666666666667,0.0666666666666667,0.9,0.133333333333333,1,1,1,0.966666666666667,1,0,0.733333333333333,0.8,0.0333333333333333,0,0,0.466666666666667,0.433333333333333,0.9,0,0.0333333333333333,0,1,0.566666666666667,0,0.566666666666667,0.133333333333333,0.7,0.266666666666667,1,1,0,1,1,0,0,0,0,1,0,0.3,0.3,0.966666666666667,1,0.5,0.966666666666667,0.666666666666667,0.433333333333333,0.666666666666667,0.1,0,0,0.8,0,0,1,0.9,1,0,0.0333333333333333,1,0,1,0.0666666666666667,0.133333333333333,0.233333333333333,0.866666666666667,0,0.966666666666667,0,0.766666666666667,0.166666666666667,0.433333333333333,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0.666666666666667,0,1,0.0666666666666667,0.8,0.2,0.166666666666667,0,0.0333333333333333,0.966666666666667,1,0.766666666666667,0,0.1,0,0.533333333333333,0.633333333333333,0.6,0.133333333333333 122 | "KEGG_NATURAL_KILLER_CELL_MEDIATED_CYTOTOXICITY",1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,0,1,1,1,1,1,1,0,1,0.0666666666666667,1,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,0.0666666666666667,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.6,1,1,1,0.833333333333333,0,0,0,0,0,0.2,0,0,0.766666666666667,0,1,1,0.866666666666667,0,0.333333333333333,0,0,0.1,0,0.833333333333333,0,1,0.2,0,0,0,0,0,0,0.933333333333333,0,0.933333333333333,0.0666666666666667,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0.7,1,0,0,1,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0.266666666666667,0.4,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0 123 | "KEGG_T_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY",1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,0,0.233333333333333,1,1,1,1,0.2,0,0,1,0,0.2,0,0,0,0.166666666666667,0,1,1,0.733333333333333,0,0.733333333333333,0,0,0.533333333333333,0.233333333333333,0.0666666666666667,0,1,0,0,0.9,0,0,0,0,0.233333333333333,0,0.266666666666667,0.666666666666667,0,1,0,0,0.466666666666667,0,1,0,0,0,0.5,0,0.833333333333333,0,0,0,1,0.8,0.133333333333333,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0,0.7,0.166666666666667,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.633333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0.8,0.0666666666666667,0,0,0,0.7,0.633333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.133333333333333,0,0 124 | "KEGG_B_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY",1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,0.5,0,0,1,1,1,1,1,0,1,0.1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.266666666666667,0.0333333333333333,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,0.8,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0.7,0,1,0.866666666666667,0.566666666666667,0,0.233333333333333,0,0,0.933333333333333,0.233333333333333,0,0.0333333333333333,1,0.733333333333333,0,0,0,0,0,0,0.3,0,0,0.133333333333333,0,1,0,0,0,0,0,0.966666666666667,0,0.6,0,0.166666666666667,0,0,0.933333333333333,0,0.366666666666667,0.1,0,0,0,0,0.133333333333333,0,0,0,0,0,1,0,0,0.2,0.9,0,0.866666666666667,0,0,0,0.866666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.166666666666667,0,0,0.133333333333333,0.3,0,0,1,1,0.966666666666667,1,0,0,0,0,0.2,0.1 125 | "KEGG_FC_EPSILON_RI_SIGNALING_PATHWAY",1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,0,0.533333333333333,0,1,1,1,1,1,1,0,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.166666666666667,0.3,0.6,1,0.266666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,0.6,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,0.1,0.266666666666667,0,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.933333333333333,1,0.466666666666667,0.833333333333333,0,0.9,0,0.233333333333333,0.933333333333333,0.1,0.0333333333333333,0.466666666666667,1,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0.0333333333333333,0,0,0.0666666666666667,0,1,0.8,0,0.9,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.0333333333333333,0,0.133333333333333,1,0.0333333333333333,0,0,1,0,0,0.4,0.166666666666667,0,0,0,0,1,0,0.166666666666667,0,0.933333333333333,0.0333333333333333,1,0,0,0,0.633333333333333,0,0.266666666666667,0,0,0,0,0.4,0,0,0,0,0,0,0.1,0.0666666666666667,0.1,0,0,0.266666666666667,0.6,0.5,0,1,0,0,0,0,0.433333333333333 126 | "KEGG_FC_GAMMA_R_MEDIATED_PHAGOCYTOSIS",1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,0.0333333333333333,1,0,0.433333333333333,0,1,1,1,1,1,1,0,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,1,0.0666666666666667,0,0,0,0,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0.966666666666667,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.466666666666667,0.766666666666667,1,0.0666666666666667,0.633333333333333,0,0.633333333333333,0,0.1,0.833333333333333,0.1,0.766666666666667,0.0666666666666667,1,0.233333333333333,0,0.733333333333333,0,0,0,0.1,0,0,0.1,0,0,1,0.866666666666667,0,0.833333333333333,0,0,0.233333333333333,0,0.766666666666667,0,0,0,0,0.633333333333333,1,0.233333333333333,1,0,0,0,0,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,1,0.233333333333333,0.233333333333333,0.9,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.3,0,0,0,0,0,0.166666666666667,0,0,0.933333333333333,0,0,0,0.233333333333333,0.4,0.133333333333333,0,0.733333333333333,0.7,0.666666666666667,0.166666666666667,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0 127 | "KEGG_LEUKOCYTE_TRANSENDOTHELIAL_MIGRATION",1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,0.4,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,0.5,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.233333333333333,0,0,0,0,0.0666666666666667,0.1,0,0,0.333333333333333,0.966666666666667,1,0.733333333333333,0.533333333333333,0,0.6,0,0,1,0.3,0.0666666666666667,0,0.0666666666666667,1,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0.0333333333333333,0.1,0,0,0.2,1,0,0,0,0.2,0,0.433333333333333,0.2,0,0,0,0,0,0.266666666666667,1,0,0,0,0,0.633333333333333,0,0,0,0,0.133333333333333,0,1,1,0.566666666666667,0,0,0.666666666666667,0,0,0,0,0,0.2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.833333333333333,0.7,0.533333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0 128 | "KEGG_INTESTINAL_IMMUNE_NETWORK_FOR_IGA_PRODUCTION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0.833333333333333,1,1,1,0.966666666666667,0.133333333333333,0.7,0.7,1,0.2,1,1,1,0.7,0.9,0.366666666666667,0.6,1,0.233333333333333,0.7,0.9,1,1,1,0.166666666666667,0.166666666666667,0,1,0.466666666666667,1,0.1,1,1,0,1,1,0,0,0,0,0.933333333333333,0.566666666666667,0,0.9,0.333333333333333,0.566666666666667,0.266666666666667,0,1,0.333333333333333,0.0333333333333333,0.366666666666667,1,1,0.933333333333333,0.5,0.533333333333333,0.333333333333333,0,0.0333333333333333,0.866666666666667,0.4,1,0.566666666666667,0,1,0.0333333333333333,1,0.766666666666667,0,0.966666666666667,0.566666666666667,0.8,0.8,0,0.0666666666666667,0.333333333333333,0.533333333333333,0.0333333333333333,0.966666666666667,1,0,0.5,1,1,0.633333333333333,0.3,0.533333333333333,0,0.9,0.333333333333333,0.366666666666667,0.366666666666667,0.433333333333333,0.333333333333333,0,0.833333333333333,0.166666666666667,0.633333333333333,0.633333333333333 129 | "KEGG_CIRCADIAN_RHYTHM_MAMMAL",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,0,0,0,1,0,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,0.566666666666667,1,1,1,0.9,1,1,0,0,1,1,0.166666666666667,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,1,0.633333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,0,0.933333333333333,1,0.2,0,1,1,0,0.933333333333333,0,0,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,1,0.966666666666667,1,0,0,1,1,0,1,0,1,0,1,1,1,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,1,0,1 130 | "KEGG_LONG_TERM_POTENTIATION",0,1,0,1,0,0.7,1,1,1,1,0,0.266666666666667,0.9,0.266666666666667,1,1,1,1,1,0,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0,1,0.966666666666667,0,0,0,0,0,1,1,1,0.8,1,0.8,1,1,0.733333333333333,0.733333333333333,1,1,1,0.133333333333333,0.133333333333333,1,1,1,1,0.3,1,1,1,0.966666666666667,0,0.0666666666666667,1,0.0666666666666667,0,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0,1,0.7,0.933333333333333,0,0,0,0.0333333333333333,0.133333333333333,0,0,0.266666666666667,0,0.0666666666666667,1,0.8,0,0.666666666666667,0,0,1,0.966666666666667,1,0.433333333333333,0.566666666666667,0,0,0.8,0,0,0,0.8,0.0666666666666667,0,0,0.0666666666666667,0,0.0333333333333333,0,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0.133333333333333,0,1,0.433333333333333,0,0.366666666666667,0,0.5,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0.433333333333333,1,0,0,0.1,1,0,1,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0.533333333333333,0,0,0.366666666666667,0,0.466666666666667,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.8,0.166666666666667,0.933333333333333,0.333333333333333,0.933333333333333,1,1,1,0,0,0,0.933333333333333 131 | "KEGG_NEUROTROPHIN_SIGNALING_PATHWAY",0,0.0333333333333333,1,1,0,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,0,0.133333333333333,1,1,1,1,0.666666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,0.9,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0.133333333333333,1,0.3,0,0,0,0,0,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,0.533333333333333,0,0.0333333333333333,0.933333333333333,0.0333333333333333,0.966666666666667,1,0,0,0,0,0,0.366666666666667,0,0,0,0.2,0.933333333333333,1,0.933333333333333,0,0,0.933333333333333,0,0,1,0,0,0.166666666666667,0.133333333333333,0,0,0.166666666666667,0,0,0,0.8,0,0,0.333333333333333,0.8,0.233333333333333,1,0,0,0.966666666666667,0,0,1,0,0.766666666666667,0.0333333333333333,0,1,0,0,0.933333333333333,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0.966666666666667,0.1,0.833333333333333,0,0,0,0,0,0.666666666666667,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0.4,0,0,0,0.433333333333333,0,0,0.966666666666667,0.766666666666667,0.966666666666667,1,0.633333333333333,1,0,0,0,0,0,0.433333333333333 132 | "KEGG_LONG_TERM_DEPRESSION",0.566666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.466666666666667,0.0333333333333333,0,1,0.0333333333333333,1,1,1,0,1,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.633333333333333,1,0.533333333333333,1,1,0,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,0.6,0.1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,0.933333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0.4,0.7,1,0.0333333333333333,0.8,0,0.5,0,0,1,0,1,0.0333333333333333,0.6,0.5,0,0.566666666666667,0,0,0,0.766666666666667,0.266666666666667,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.0333333333333333,0.333333333333333,0,0.766666666666667,0.933333333333333,0.233333333333333,0,0,0,0,0.333333333333333,1,0.1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0.266666666666667,0.7,0,1,0,0,0,0.9,0.1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.966666666666667,0.5,1,1,1,0.0666666666666667,0,0,0,0.166666666666667 133 | "KEGG_OLFACTORY_TRANSDUCTION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,0.6,1,0.733333333333333,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,0,1,1,0,0,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.966666666666667,1,1,1,0.966666666666667,0,1,0,1,1,1,0,1,0.966666666666667,0,0,0,0.333333333333333,1,0.833333333333333,0,1,0.833333333333333,1,1,0.0333333333333333,0.1,0,1,0.366666666666667,0,1,0,1,0,0,1,0.333333333333333,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,0.0333333333333333,0.433333333333333,1,0.3,0,0,1,0,1,0.566666666666667,1,0,0,0.866666666666667,0.133333333333333,0.733333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,0,1,1,1,1,0.166666666666667,0,1,1,0.7,1,1,1,1,0,0,1 134 | "KEGG_TASTE_TRANSDUCTION",0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,1,1,1,0.933333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,0.366666666666667,1,0,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,0,0.8,0.1,0,0.0666666666666667,0,0,0.7,0.966666666666667,0.0666666666666667,0.3,1,0.866666666666667,1,0,0,0.866666666666667,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.366666666666667,0,0,0,0,0.266666666666667,0.466666666666667,0,0,0.0666666666666667,0.0666666666666667,1,0,0,0,0,1,0.833333333333333,0.0666666666666667,0,0,0,0,0.533333333333333,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.133333333333333,0,0,0.666666666666667,0,0,0,0.366666666666667,0,0.833333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0.366666666666667,0.466666666666667,1,1,1,1,0,0,1 135 | "KEGG_REGULATION_OF_ACTIN_CYTOSKELETON",1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,0,0.4,0,0,0,0,0.766666666666667,0,0,0.233333333333333,1,1,1,0.566666666666667,0,0.766666666666667,0,0,1,0,0,0.666666666666667,1,0.433333333333333,0,0.566666666666667,0,1,1,0.3,0,0.0333333333333333,0,0.0333333333333333,0,0.466666666666667,0,0,0.366666666666667,0.0333333333333333,0,0.166666666666667,0,0,0,0,0,0,0.966666666666667,1,0,0.0666666666666667,0.966666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0.5,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0.933333333333333,0,0,0.8,1,0.8,0,1,0.933333333333333,0,0,0,0,1,1,0.7,1,0.733333333333333,0,0,0.466666666666667,0,0 136 | "KEGG_INSULIN_SIGNALING_PATHWAY",0,0.133333333333333,0,0,0.733333333333333,0,1,0.8,1,1,1,1,0.133333333333333,0,1,1,1,0.966666666666667,0.866666666666667,0,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,0.433333333333333,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,1,1,1,0.0333333333333333,0,0.966666666666667,0.333333333333333,1,0.266666666666667,0.9,0.8,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,0.766666666666667,1,0,1,0.0333333333333333,0,0.9,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0.2,0,0,0,0.7,0.633333333333333,1,0.1,0.0333333333333333,0,1,0,1,1,0,0,0.2,1,0,0,0,0,0,0,0.466666666666667,0,1,0,0.0333333333333333,0,1,0,0.866666666666667,0,0,0,0,0,0,0.166666666666667,0.4,0,0,0.6,1,0,0,0,1,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0.7,0,0.133333333333333,0,0.6,0,1,0.0333333333333333,1,0,0.2,0.0333333333333333,0,0,0.533333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0.233333333333333,0,0,0.933333333333333,0.6,0.233333333333333,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0.166666666666667,0.866666666666667 137 | "KEGG_GNRH_SIGNALING_PATHWAY",0.7,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.866666666666667,0,1,1,1,1,1,0,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.933333333333333,1,1,1,1,0,1,1,1,0.366666666666667,1,1,1,1,0.633333333333333,0.733333333333333,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,0,0,1,1,0.633333333333333,1,0.133333333333333,0.233333333333333,0,1,0.133333333333333,0.0666666666666667,0.166666666666667,1,0,0,0,0.333333333333333,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,1,0.0333333333333333,0.766666666666667,0.966666666666667,0,0.966666666666667,0,0,1,0,0.433333333333333,0.0333333333333333,0.733333333333333,0,0,0.466666666666667,0,0,0,0.866666666666667,0,0,0.7,0,0,0,0.366666666666667,0,1,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0.266666666666667,0,0,0.4,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,1,0.666666666666667,1,0,0,0,0,0.166666666666667,0.566666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0.266666666666667,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,1,0.133333333333333,0.866666666666667,0.8,0.566666666666667,1,1,0,0,0,0,0.133333333333333 138 | "KEGG_PROGESTERONE_MEDIATED_OOCYTE_MATURATION",0.0333333333333333,1,1,1,0.5,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,0,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.1,0.6,0,0,0.466666666666667,0.0333333333333333,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,0.4,0.7,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,0.966666666666667,1,0.7,1,1,1,1,0.233333333333333,0,0.766666666666667,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0.4,0,0.433333333333333,1,1,0,0.833333333333333,0,0,1,0,0,0,0.9,0,0,0,1,0,0,0.233333333333333,0,1,0,0,0,1,1,0.933333333333333,1,0.0333333333333333,0,0.766666666666667,0,0,0,0,0,0,0.2,0.9,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,1,0,1,0,0.366666666666667,0,0,0.533333333333333,0.7,0.0333333333333333,0,1,0,1,1,0,0,0,1,0,0,1,1,0,0,0.433333333333333,0.666666666666667,0.466666666666667,0,1,0,0,0,0,0.533333333333333 139 | "KEGG_MELANOGENESIS",0,1,0.133333333333333,1,0,0.333333333333333,1,1,1,1,0,0,0,0.233333333333333,1,1,1,1,1,0,0,0.0666666666666667,0,0.1,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0.9,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,0.733333333333333,0.333333333333333,1,1,1,0.133333333333333,0.0333333333333333,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,0.0666666666666667,0.0666666666666667,0.1,1,0,0,0.1,0.0666666666666667,0.0666666666666667,1,0,0,0,0,0,1,0.833333333333333,0,0,0.7,0.233333333333333,0,0.566666666666667,0.633333333333333,0,0.533333333333333,0,0,1,0,1,0,0,1,0,0,0,0.133333333333333,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.333333333333333,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.133333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.266666666666667,0,0.733333333333333,0,0,0,0.133333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0.633333333333333,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,1,0,0,0,0 140 | "KEGG_ADIPOCYTOKINE_SIGNALING_PATHWAY",0,0,0,1,0,0,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,0.866666666666667,1,1,1,1,0.566666666666667,1,1,0.733333333333333,1,0.766666666666667,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0,0.566666666666667,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0,0.566666666666667,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,0.166666666666667,0,1,0,0.333333333333333,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0.633333333333333,0,0.333333333333333,0,1,0.4,1,0.5,1,0.1,1,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0,0,0,1,0.866666666666667,0,0.9,0,0.466666666666667,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.1,0,0,0.9,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.466666666666667,0,0,0,0,1,0,0.133333333333333,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,1,0,0,0,0,0,0,0.6,0.233333333333333,0.233333333333333,0.0333333333333333,0.4,0,0.0333333333333333,1,0,0 141 | "KEGG_TYPE_II_DIABETES_MELLITUS",0.933333333333333,0.733333333333333,0,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.4,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,0.933333333333333,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,1,0.0333333333333333,1,1,0.266666666666667,0.0333333333333333,0.233333333333333,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0.933333333333333,0,1,1,0.3,0.666666666666667,0,0.233333333333333,0,0,0,0,1,0.166666666666667,1,0,0,0,0,0.966666666666667,0.0333333333333333,0.733333333333333,1,0,0.7,0.166666666666667,0,1,0,0,0.633333333333333,0,0,0.966666666666667,0.0333333333333333,0,0,0,0,1,0.766666666666667,1,0.3,0,0.0333333333333333,0.5,0,1,0,0,0,0,0,0,0.966666666666667,0.1,0,0.0333333333333333,0,0,0.8,0,0,0.966666666666667,0.0666666666666667,0,0.633333333333333,0,0.2,0,0,0,0,0,0,0.6,0.866666666666667,0.766666666666667,0,0,0,0,0,0.9,0.866666666666667,0.6,0.133333333333333,0.866666666666667,0,0.866666666666667,0,0,0.0333333333333333 142 | "KEGG_TYPE_I_DIABETES_MELLITUS",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,0.866666666666667,1,0.733333333333333,0.866666666666667,1,0.966666666666667,1,1,1,0.666666666666667,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,0.9,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,0.966666666666667,1,0.566666666666667,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,0.933333333333333,1,0,0.733333333333333,0.833333333333333,1,1,0.8,1,1,0.966666666666667,1,1,0.566666666666667,1,0.466666666666667,0.433333333333333,0.366666666666667,0.866666666666667,1,0,1,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,0,0,1,1,0.0666666666666667,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,0.633333333333333,1,0.0666666666666667,1,1,0.0333333333333333,0,0.933333333333333,0,0.966666666666667,0.266666666666667,0,1,0.533333333333333,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,0.833333333333333,0,0.0666666666666667,1,0.966666666666667,0.8,0.466666666666667,0.9,0.166666666666667,0.866666666666667,1,0.966666666666667,0.766666666666667,1,0.966666666666667,0.8,0.4,0.566666666666667,0.5,0.333333333333333,0.366666666666667,0.733333333333333,0.766666666666667,0.7,0.833333333333333,0.566666666666667,0.666666666666667 143 | "KEGG_MATURITY_ONSET_DIABETES_OF_THE_YOUNG",0,0,0.0333333333333333,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,0,1,1,1,0,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.866666666666667,0.833333333333333,1,0,0,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,1,0,1,1,1,0,1,1,1,0.933333333333333,0.266666666666667,0,1,1,0,1,0,0.0666666666666667,0,0,0.266666666666667,1,0.0666666666666667,0,0,1,1,0.1,0.0333333333333333,0,1,1,1,0.866666666666667,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,0.633333333333333,1,1,0,0,0,0.433333333333333,0,0,0,0,0,0,0.5,0.133333333333333,0.933333333333333,0,0,0,0,1,1,1,1,0.666666666666667,0.266666666666667,0.133333333333333,0.366666666666667,0.933333333333333,0,0.266666666666667,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,0,1 144 | "KEGG_ALDOSTERONE_REGULATED_SODIUM_REABSORPTION",1,1,1,1,0.633333333333333,1,1,1,1,0.833333333333333,1,0.2,0,1,1,1,1,1,1,0,1,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.6,0.166666666666667,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,0.433333333333333,1,1,1,1,0.2,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,0,0.1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0.133333333333333,0.866666666666667,1,0.366666666666667,0.433333333333333,0,0.566666666666667,0,0,1,0,0.366666666666667,0,1,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.0666666666666667,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,1,0.966666666666667,0,0,0.233333333333333,0,0,0,0.466666666666667,0,0.4,0.166666666666667,0,0.4,1,0,0,0,0,0,0,0.633333333333333,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0,0,0.0666666666666667,1,0,0.966666666666667,0.6,0,0.0333333333333333,0,0,0.133333333333333,0.9,0,0,0,0.9,0,0,0,0,0.866666666666667,0,0,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0.5,0.266666666666667,0.766666666666667,0.5,0.166666666666667,0.0333333333333333,0.133333333333333,0,0.0333333333333333,0,0,0.0666666666666667 145 | "KEGG_VASOPRESSIN_REGULATED_WATER_REABSORPTION",0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,0.8,1,0.8,0.733333333333333,0.966666666666667,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,0.1,1,0,1,1,0,0.0666666666666667,0,0,1,0,0.566666666666667,0,0,0,0,0,0,1,1,1,0,0.533333333333333,0.266666666666667,0.3,1,0,0,0.9,0,0.933333333333333,0,0.2,0,0.8,0,0,0.4,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,1,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0.0666666666666667,0,0.266666666666667,0,0,0,0.2,0.0333333333333333,0.3,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.566666666666667,1,0.866666666666667,0.0333333333333333,0,0,0,0,1,0,0.233333333333333,0,0,0,0,0,0,0.1,0,0.2,0.0333333333333333,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0.366666666666667,0,0,0,0,0,1,0.933333333333333,0,0.233333333333333,0 146 | "KEGG_PROXIMAL_TUBULE_BICARBONATE_RECLAMATION",0,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.1,1,0.0333333333333333,1,1,0.733333333333333,1,0,0.0333333333333333,1,0.233333333333333,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.0666666666666667,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0.3,1,0,1,0.8,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,1,1,1,1,1,0.8,0.966666666666667,0.233333333333333,1,0.966666666666667,0.2,0,1,0.633333333333333,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,0.933333333333333,0.166666666666667,1,1,0,1,0.0333333333333333,0.466666666666667,1,0.933333333333333,0.9,0.6,1,1,1,1,0.533333333333333,1,0.4,0.266666666666667,1,0.966666666666667,1,0.266666666666667,0,0,1,0,1,0.4,0,0,1,1,1,1,0,1,1,0.833333333333333,0,1,0.933333333333333,0.933333333333333,1,1,0.9,0.233333333333333,1,0.1,0.866666666666667,0.566666666666667,0.266666666666667,0.466666666666667,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,0.3,1 147 | "KEGG_ALZHEIMERS_DISEASE",0.466666666666667,0.433333333333333,0.366666666666667,1,0.933333333333333,1,1,0.4,1,1,1,1,0,1,1,0.233333333333333,1,0.333333333333333,0.5,0,1,1,1,0.9,0.633333333333333,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.2,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,0.7,0.6,1,0,0.2,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,0.466666666666667,0.0666666666666667,1,1,1,0.0333333333333333,0.966666666666667,0,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.1,0,1,0.233333333333333,1,0,0.3,0,0,0.233333333333333,0,0,0.666666666666667,0.966666666666667,0.433333333333333,0,0,0,0,0,0.266666666666667,0.7,0,0.4,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0.166666666666667,0.0666666666666667,0,0.4,0,0.0666666666666667,0,0,0.2,1,0,0.1,0,0,0,0,0.0666666666666667,0.566666666666667,0,0,0,0,0.466666666666667,1,0,1,0,0,0,0,0.166666666666667,1,0,0,0.0666666666666667,0,0,0.866666666666667,0,0,0.0333333333333333,0,0.433333333333333,0,0,0,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0.7,0,0.3,0.633333333333333,0.533333333333333,0.5,0.466666666666667,0.166666666666667,0,0.0666666666666667,0,0.0666666666666667 148 | "KEGG_PARKINSONS_DISEASE",1,0.7,1,0.966666666666667,0.866666666666667,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,0.7,1,1,0.366666666666667,0.133333333333333,0.133333333333333,0.9,0.5,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,0.366666666666667,1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,0.466666666666667,1,0.533333333333333,0.566666666666667,0.933333333333333,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0.433333333333333,1,0.966666666666667,1,0.9,0.566666666666667,1,0,0.866666666666667,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,0.933333333333333,0,1,1,0,0,1,1,1,1,0.733333333333333,0.533333333333333,0,1,0.233333333333333,1,0,0,0.733333333333333,1,0,0,1,1,1,0.866666666666667,1,1,0.833333333333333,0,1,1,1,0.933333333333333,1,0.733333333333333,1,1,0.833333333333333,0.866666666666667,1,0,0,0,0,1,0,0,0.0666666666666667,0.966666666666667,1,0.0666666666666667,0,0.3,0.433333333333333,0.966666666666667,0.233333333333333,0,0.933333333333333,0.2,0.4,0.2,0.366666666666667,0,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0,1,0.133333333333333 149 | "KEGG_AMYOTROPHIC_LATERAL_SCLEROSIS_ALS",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.2,0.133333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,0.866666666666667,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.166666666666667,1,1,0,0,0,0,0,0,0.1,0.933333333333333,0,0.133333333333333,0.966666666666667,1,0.466666666666667,1,0,0.2,0,0.366666666666667,0.933333333333333,0,0,0,1,0.233333333333333,0,0,0,0,0.1,0.433333333333333,0,0.0333333333333333,0,0.2,0.8,1,0,0,0,0.233333333333333,0,0.1,0,0,0,0,0,0,0.6,1,0,0,0,0.866666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0.9,1,0.566666666666667,0.0333333333333333,1,0,0,0,0.1,0.9,0,0,0,0.1,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0.766666666666667,0.433333333333333,0.366666666666667,0.1,0.933333333333333,0,0.933333333333333,0.733333333333333,0,0.266666666666667 150 | "KEGG_HUNTINGTONS_DISEASE",0,0.5,0.133333333333333,1,0,0.1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.366666666666667,0,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0,1,1,1,0.2,0.666666666666667,0.966666666666667,1,1,1,1,0.166666666666667,1,0.466666666666667,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,0.0333333333333333,0,0.7,1,1,0,0,0,0.566666666666667,0,0.266666666666667,0.0333333333333333,0,1,0,0.133333333333333,1,0.3,0.833333333333333,0.1,0.6,0.266666666666667,0.933333333333333,0.833333333333333,0,0,0,0.933333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.5,0.1,0,0,0,0.466666666666667,0.1,0.0333333333333333,0,0,0.0666666666666667,1,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0.133333333333333,0,0.533333333333333,0,0.133333333333333,0,0,1,0,0,1,0.166666666666667,0,0.133333333333333,0,1,0,0.166666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0.1,0.1,0.6,0.466666666666667,0,0.2,0.466666666666667 151 | "KEGG_PRION_DISEASES",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.633333333333333,1,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0,0,0,0.966666666666667,0,0,1,0.166666666666667,0,0.2,0.466666666666667,1,1,1,0,0.3,0.166666666666667,0.0333333333333333,1,0,0.0333333333333333,0.133333333333333,0.566666666666667,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.666666666666667,0,0.766666666666667,0.433333333333333,1,0.566666666666667,0.6,0.0666666666666667,0.2,0,0.366666666666667,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.1,0.933333333333333,1,0.633333333333333,0,0,1,1,1,0.866666666666667,1,0,0,0.633333333333333,0.0666666666666667,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0.133333333333333,0,0,0,0,0.9,0,0.9,1,0.933333333333333,1,1,0.0333333333333333,1,0,0,0.7 152 | "KEGG_VIBRIO_CHOLERAE_INFECTION",0.133333333333333,1,1,1,0.933333333333333,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0.2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0.166666666666667,0.633333333333333,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,0,0.7,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0.333333333333333,0,0,0.0666666666666667,1,0,0,0.266666666666667,0,1,0,0,0,0,0,0.4,0,0,0,0,0,0,0,0.2,0.4,0,0,0.0333333333333333,0,1,0,0,0,0,0,0.9,0,0.0666666666666667,0.933333333333333,0.566666666666667,0,0.266666666666667,0.633333333333333,0,0,0,0.933333333333333,0,0,0.1,0,0,0,0.233333333333333,0,0,1,0.533333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.166666666666667,0,0.233333333333333,0,0,0,0,0,0,0.433333333333333,0.2,0.0666666666666667,0,1,0.233333333333333,0.433333333333333,1,1,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0,0.933333333333333 153 | "KEGG_EPITHELIAL_CELL_SIGNALING_IN_HELICOBACTER_PYLORI_INFECTION",1,1,1,1,0.9,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,0.633333333333333,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.233333333333333,0.0333333333333333,1,1,1,0,0,0,0,0,0.466666666666667,0.0666666666666667,0,0,0,0.8,1,0.433333333333333,0.4,0,0.466666666666667,0,0.1,1,0.133333333333333,0,0.233333333333333,1,0,0.266666666666667,0.0333333333333333,0.5,0,0,0.366666666666667,0,0,0,0.3,0.8,1,0,0.133333333333333,0,0.0333333333333333,0.3,0,0,0,0,0,0.166666666666667,0,0.866666666666667,1,0.0333333333333333,0,0.0333333333333333,0.833333333333333,0,0,0,0.2,0.366666666666667,0,0,0,1,0.133333333333333,0,0,1,0,0,0,0.0666666666666667,0.433333333333333,0,0,0,0,0,0.166666666666667,0,0,0.3,0,0,0,0,0,0.433333333333333,0,0,0,0,0.766666666666667,0.766666666666667,0.466666666666667,0.966666666666667,0.966666666666667,0,0,0,0,0.266666666666667 154 | "KEGG_PATHOGENIC_ESCHERICHIA_COLI_INFECTION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.5,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,1,0,0,0.4,0.566666666666667,0.733333333333333,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.5,0.633333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,0.0666666666666667,0.933333333333333,0,0.1,1,0.3,0.333333333333333,0.933333333333333,0.1,0.2,0.8,1,1,0.566666666666667,0,0.4,0.633333333333333,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0.966666666666667,0.2,0.4,0.3,0.2,0,0.4,0,0,0.8,0,0,0,0.966666666666667,0.5,1,0.6,0,0,0.733333333333333,0,0.9,0,0.566666666666667,0.1,0.3,0,0,0.666666666666667,0.9,0,0.566666666666667,0,0.133333333333333,0,0,0.466666666666667,0.5,0.633333333333333,0,0,0.8,0.833333333333333,0.333333333333333,0.266666666666667,1,1,0.1,0,0,0,0.1,0,0,0,0.0333333333333333,0.566666666666667,0.2,0.966666666666667,0.2,0.7,0,1,0.866666666666667,0.966666666666667,0,0.933333333333333,0.966666666666667,1,0.833333333333333,0,0.833333333333333,0.766666666666667,0.333333333333333,0.933333333333333,0.866666666666667,0.333333333333333,0,0,0.0333333333333333,0 155 | "KEGG_LEISHMANIA_INFECTION",0.5,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,0.7,1,1,0.533333333333333,0,0.166666666666667,1,1,1,0.866666666666667,1,0,1,0.366666666666667,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,0.4,1,1,1,0.133333333333333,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.2,1,1,1,0.1,1,0.0666666666666667,0.0333333333333333,0.3,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0.1,0.166666666666667,0.4,1,0.1,0.666666666666667,0,1,0,0.9,0.733333333333333,0,0,0,1,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0.133333333333333,0,1,0,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0.666666666666667,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.866666666666667,0.9,0,0.633333333333333,0,0.933333333333333,0.1,0,0.0333333333333333,0,0,0.233333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0.1,0,0.633333333333333,0 156 | "KEGG_PATHWAYS_IN_CANCER",0,0,0,1,0,0,1,0.333333333333333,1,0,0.8,0.333333333333333,0,0,1,1,1,0.0666666666666667,0.0333333333333333,0,1,0.233333333333333,1,0.0333333333333333,0.0333333333333333,1,0.966666666666667,0.666666666666667,0,1,1,1,0,1,1,1,0.1,0,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,0,0.366666666666667,0.0666666666666667,0.0333333333333333,1,0.733333333333333,0.933333333333333,1,1,0.733333333333333,0,0.133333333333333,0,1,1,1,0.966666666666667,0,1,0.133333333333333,1,0,0.866666666666667,0.766666666666667,0,0,0,0.6,0.866666666666667,1,0,0,1,0.566666666666667,0,0,0.6,0,0,0.933333333333333,0,1,1,1,0,0,0,0,0.366666666666667,0,0,0,0,0,0.5,0,0,1,0,0,0.7,0,0,0.0333333333333333,0,1,0,0,1,0,0,0.866666666666667,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0.1,0.0333333333333333,0,0,0.166666666666667,0,0,0.966666666666667,0,0,0,0,0,0.733333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0.0333333333333333,0,0,1,0.6 157 | "KEGG_COLORECTAL_CANCER",1,1,1,1,0.633333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0.9,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.5,0.766666666666667,0,0,0.633333333333333,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,0,0.533333333333333,0,0.966666666666667,1,1,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0,0.933333333333333,0.633333333333333,0.933333333333333,1,0.566666666666667,0.0333333333333333,0,0.966666666666667,0,0.0666666666666667,1,0,0,0.0333333333333333,0,0.233333333333333,0,0,0,0,0,0,0.2,0.366666666666667,0,0.866666666666667,0,1,0.166666666666667,0.0666666666666667,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0.333333333333333,0,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,1,0.4,0,0,1,0.866666666666667,0.0666666666666667,0,0,0.0333333333333333,0,0.0666666666666667,0.266666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.733333333333333,0.0666666666666667,0.166666666666667,1,1,0,0.1,0.933333333333333,0.3,0.0666666666666667 158 | "KEGG_RENAL_CELL_CARCINOMA",0,0.633333333333333,0.1,1,0.0333333333333333,0.7,1,1,1,1,1,0.466666666666667,0.366666666666667,0.633333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,0.133333333333333,0.5,0.966666666666667,1,1,0.4,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,0,0,1,0.833333333333333,1,1,0,0.866666666666667,0,0,0,0,0.166666666666667,0,1,0.333333333333333,0.833333333333333,1,0.9,0.766666666666667,0,0.766666666666667,0,0,0.866666666666667,0.0333333333333333,0.366666666666667,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0.0666666666666667,0.866666666666667,0,0,0,0.9,0.166666666666667,1,0.4,0.766666666666667,0.9,1,0,0,0.0333333333333333,0,0,0.533333333333333,0,0,0,0,0,0,0.3,1,0.533333333333333,0,0.1,1,0,1,0,0,0,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0,0.933333333333333,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.9,0,0,0,0,0,0,0.1,0,0.666666666666667,0,0,0,0,0,0.566666666666667,0,0.5,0.4,0.3,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.766666666666667,0.633333333333333 159 | "KEGG_PANCREATIC_CANCER",0.1,1,1,1,0.433333333333333,0.633333333333333,1,0.866666666666667,1,1,1,1,0.0666666666666667,0.2,1,1,1,0.966666666666667,1,0,1,0.666666666666667,1,0.2,1,1,1,0.8,0.233333333333333,1,1,1,0,1,1,1,0,0,1,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,1,1,1,1,0.1,1,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,0.933333333333333,0.0333333333333333,0,0.133333333333333,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0.3,0.9,1,0.866666666666667,0.0666666666666667,0,0.966666666666667,0,0.666666666666667,0.866666666666667,0,0,0,0.933333333333333,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.733333333333333,0,0.933333333333333,0,0.7,0,1,0,0.0666666666666667,0,0.133333333333333,0,0.0666666666666667,0,0,0,0.466666666666667,0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0.0666666666666667,0,1,0,0,0,0.933333333333333,0,0.833333333333333,0,0.9,0,0.4,0,0,0.0333333333333333,0,0,0.2,0,0,0,0,0,0.233333333333333,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.566666666666667,0.7,0,0.333333333333333,0.166666666666667,0.3,0.466666666666667 160 | "KEGG_ENDOMETRIAL_CANCER",0,0.466666666666667,1,1,0.533333333333333,0.2,1,1,1,1,1,1,0.433333333333333,0.5,1,1,1,1,0.666666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,0.866666666666667,0.0666666666666667,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,0,1,0.266666666666667,0.166666666666667,0,0,0.0333333333333333,0,1,1,1,0.2,1,1,1,1,0.3,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.633333333333333,0.2,0.1,1,1,0,0,0,0,0,0,0.466666666666667,0,1,0.966666666666667,0.833333333333333,1,0.4,0.966666666666667,0,0.8,0,0,1,0,1,0,0,0.7,0,0,0.4,0,0,0.433333333333333,0.9,0.433333333333333,0,0.0666666666666667,0,1,0.133333333333333,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0.4,0,0,0,0.966666666666667,0.0666666666666667,0.833333333333333,0,0,0,0.133333333333333,0.266666666666667,0.766666666666667,0,0,0.0333333333333333,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.3,0,0,0,0,0,0,0.966666666666667,0.966666666666667,0.166666666666667,0.366666666666667,0.133333333333333,0,0.0333333333333333,1,0.0333333333333333,0.0333333333333333 161 | "KEGG_GLIOMA",1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0.633333333333333,0,0.6,1,1,1,1,1,0,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.566666666666667,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,0.533333333333333,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.5,1,0,1,1,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.533333333333333,0,0,0,0.5,1,1,1,0.766666666666667,0,0.733333333333333,0,0,1,0.0333333333333333,1,0,0.0666666666666667,0.266666666666667,0,0.1,0,0,0,0.866666666666667,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0.933333333333333,0,0.133333333333333,0,0,0,0,0,0,1,1,0.366666666666667,0,0,0,0,0.633333333333333,0,0,0,1,0,0,0.866666666666667,0,0,0,1,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0.0666666666666667,0.166666666666667,0,0.0333333333333333,0,0,0.533333333333333,0,1,1,0.6,0.933333333333333,0.6,0,0,0,0,0.366666666666667 162 | "KEGG_PROSTATE_CANCER",0,0.0333333333333333,0,1,0,0.466666666666667,1,1,1,0.8,1,1,0.133333333333333,0,1,1,1,1,0.9,0,1,1,1,0.9,1,1,1,0.8,0,1,1,1,0,1,1,1,1,0.466666666666667,1,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,1,1,1,0,1,0.866666666666667,1,1,0.3,1,1,1,1,0.133333333333333,0.0333333333333333,1,1,1,1,0.966666666666667,0.933333333333333,1,1,1,0.2,0.0666666666666667,1,0,0,0,0,0.0333333333333333,1,0,0,0,0,0,0.466666666666667,0.5,0,1,0.933333333333333,0,1,0.5,0.0333333333333333,0,0.5,0,0,0.933333333333333,0,0.333333333333333,0.1,0.0333333333333333,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.833333333333333,0,1,0.0666666666666667,0.766666666666667,0,1,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.766666666666667,0,0.8,0,0,0.966666666666667,0,0,0.0333333333333333,0,0.4,0,1,0,0.933333333333333,0,0.266666666666667,0,0,0,0,0.133333333333333,0,0,0,0.966666666666667,0.2,0.266666666666667,0,0,0,0,0,0.966666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.9,0.633333333333333,0,0,0,0.0666666666666667,0.1,0,0.266666666666667,0.0666666666666667,0.2,0.133333333333333 163 | "KEGG_THYROID_CANCER",0.666666666666667,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.1,0.1,1,1,1,0.9,0.4,0.0333333333333333,1,1,1,0.833333333333333,0.933333333333333,1,1,0.8,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,0.233333333333333,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,0.833333333333333,1,0.433333333333333,0.833333333333333,1,0.166666666666667,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0.6,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,0.1,1,1,0.666666666666667,0.433333333333333,0,0.3,0,0.466666666666667,0.0666666666666667,0,1,0.166666666666667,0.566666666666667,1,0.533333333333333,1,0,0.866666666666667,0,0,0.633333333333333,0.0666666666666667,0.7,0.6,1,0.733333333333333,0.3,0.0333333333333333,0,0.0333333333333333,0,1,0.9,1,0,0.2,0.0333333333333333,1,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.0666666666666667,0,0.1,0,0,0,0,0.433333333333333,1,0.4,0,0,1,0,0.833333333333333,0,0,0,0,0.1,0.5,0.9,0,0,0.1,0.133333333333333,0,0.133333333333333,0,0,0,0,0,0.733333333333333,0,0.9,0,0.7,0,0,0.1,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0.2,0.133333333333333,0.733333333333333,1,0.466666666666667,1,1,1,0,0.3,0,0.766666666666667 164 | "KEGG_BASAL_CELL_CARCINOMA",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0.3,0.2,0,0.1,0,0,0,0.966666666666667,1,0.3,1,1,1,0.7,1,0.0333333333333333,0,1,0.0333333333333333,0,0.833333333333333,0,0,0.233333333333333,0,0,0,0.233333333333333,0.966666666666667,0,0,0.0333333333333333,0.766666666666667,0.1,1,0,0,1,1,0.0333333333333333,1,0,0,0.133333333333333,0,0,0,1,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0.8,1,0,0.9,0,1,0,1,0.0666666666666667,0,0.0666666666666667,0,0,0.966666666666667,0,0,0,0,0,0.2,0.1,0,0,0,0.0666666666666667,0.2,0.866666666666667,0.333333333333333,0.266666666666667,0.333333333333333,1,1,0.3,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,0.966666666666667 165 | "KEGG_MELANOMA",1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,1,1,0,0.333333333333333,1,1,1,1,1,0,1,0.566666666666667,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.233333333333333,1,0,1,1,0.566666666666667,0,0,0,0.866666666666667,0,0.333333333333333,0,0,0.1,1,1,0.966666666666667,0.533333333333333,0,0.433333333333333,0,0,0.2,0,0,0,1,0.133333333333333,0.2,0,0,0,0,0.766666666666667,0,0,0.0333333333333333,0.666666666666667,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,0,1,0,0.966666666666667,0,0,0,0.533333333333333,0,0.866666666666667,0.866666666666667,0,0,0.133333333333333,0.0333333333333333,0,0.166666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.1,0,0,0,0,1,1,0.6,1,0.533333333333333,0,0.0333333333333333,0.133333333333333,0.933333333333333,0.333333333333333 166 | "KEGG_BLADDER_CANCER",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0.933333333333333,1,1,0.866666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.3,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,0.833333333333333,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,0.933333333333333,0.766666666666667,1,1,1,0.9,1,0,0.866666666666667,1,0.0333333333333333,0.966666666666667,1,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0.2,0,1,0.566666666666667,0.9,1,0.466666666666667,0.8,0,0.566666666666667,0,0,0.966666666666667,0,0.0666666666666667,0.3,0.266666666666667,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0.1,0,1,0.1,0.666666666666667,0,1,0.833333333333333,0.1,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0,0.833333333333333,0,0,0,0.2,0.266666666666667,0,0.733333333333333,1,0,0.433333333333333,0,1,0,0.866666666666667,0,0,0,0,0,0,0.733333333333333,0,0,0,0.766666666666667,0,0.266666666666667,0,0,0,0,0.633333333333333,0.8,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0.166666666666667,0.0333333333333333,0,0,0,0,0.566666666666667,0.933333333333333,1,0.5,0.3,0.966666666666667,1,0,0.133333333333333,0,0.333333333333333 167 | "KEGG_CHRONIC_MYELOID_LEUKEMIA",0.833333333333333,1,1,1,0.3,0.633333333333333,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,0,1,1,1,1,1,0,1,0.933333333333333,1,0.766666666666667,1,1,1,0.666666666666667,0.833333333333333,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.466666666666667,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,0.933333333333333,1,0,0.2,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0.433333333333333,0.966666666666667,1,0.666666666666667,1,0,0.666666666666667,0,0,0.466666666666667,0,0.533333333333333,0.0333333333333333,0.233333333333333,0.133333333333333,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.133333333333333,0.0666666666666667,1,0,0.9,0,1,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0.833333333333333,0.3,0.0333333333333333,0.333333333333333,0,0.433333333333333,1,0,0,0,1,0,0,0.233333333333333,0,1,0,0,0,1,0,0.0666666666666667,0,0.433333333333333,0,0.2,0,0,0,0.3,0,1,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,0,0,0.866666666666667,0,0,0,0.366666666666667,0.866666666666667,0,0.933333333333333,1,0,1,0,0,0,0,0.266666666666667,0.5 168 | "KEGG_ACUTE_MYELOID_LEUKEMIA",0.566666666666667,1,1,1,0.3,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,0,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0.633333333333333,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,0.566666666666667,1,1,1,0.466666666666667,0,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.466666666666667,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0.433333333333333,1,0.6,1,1,1,1,0,0.766666666666667,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0.866666666666667,0.966666666666667,1,0.7,1,0,0.266666666666667,0,0,0.533333333333333,0,1,0,0.966666666666667,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,0.366666666666667,0.966666666666667,0,0.133333333333333,0.9,1,0,0,0,0,0,0.166666666666667,0,0.866666666666667,0.133333333333333,0.0333333333333333,0.0666666666666667,0,0.466666666666667,0.433333333333333,0,0,0,1,0,0,0.5,0,1,0,0,0,1,0,0.0666666666666667,0,0.366666666666667,0,0.466666666666667,0,0,0,0.366666666666667,0,0.966666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.333333333333333,0,0,0.366666666666667,0,0.5,0,0.766666666666667,0.966666666666667,0.1,0.966666666666667,0.966666666666667,0,0,0,0.0333333333333333,0.366666666666667 169 | "KEGG_SMALL_CELL_LUNG_CANCER",1,1,1,1,0.333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,0.1,0.233333333333333,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0.933333333333333,1,0.266666666666667,1,0.633333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.266666666666667,1,1,1,1,1,0.866666666666667,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.9,1,0,0,0,0.933333333333333,0.933333333333333,1,0,0.0333333333333333,0.7,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,0,1,0.633333333333333,1,0,1,0,0.933333333333333,0.3,1,0.566666666666667,0.4,1,0.266666666666667,0.966666666666667,0.466666666666667,0,0,0,0,0.533333333333333,0.0666666666666667,0,0.533333333333333,0.433333333333333,1,0,0,0.833333333333333,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,1,0.833333333333333,1,0.0666666666666667,0.266666666666667,0,0,0,1,0,0.1,0,0,0.933333333333333,1,0.5,0.0666666666666667,0.366666666666667,0.7,0.0666666666666667,0,0,0.866666666666667,0.0666666666666667,0,0.833333333333333,0,0.0333333333333333,0,0.433333333333333,0,0,0.2,0.966666666666667,0.166666666666667,0.266666666666667,0,0.0333333333333333,0.9,0.6,0,0.366666666666667,0.333333333333333,1,0.766666666666667,0.933333333333333,0.3,0,0,0,0,0.933333333333333 170 | "KEGG_NON_SMALL_CELL_LUNG_CANCER",0.9,1,1,1,0.0666666666666667,0,1,1,1,1,1,0.5,0,0.133333333333333,1,1,1,1,0.133333333333333,0,1,0.366666666666667,1,1,1,1,1,0.8,0.0666666666666667,1,1,1,0.0666666666666667,1,1,1,1,0,1,0.666666666666667,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0.5,0.466666666666667,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.5,0.9,1,0.8,0.633333333333333,0,1,0,0,0.933333333333333,0.633333333333333,1,0.666666666666667,0.966666666666667,0.2,0,0,0,0,0,0.2,0,0,0,0.0333333333333333,0,1,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0.766666666666667,0,0.933333333333333,1,0.1,0.6,0,0,0,0,0,0.2,0,0,0,0,0.266666666666667,0,0.366666666666667,0.433333333333333,1,0,0.766666666666667,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.8,0.133333333333333,0.333333333333333,0,0.633333333333333,0,0,0.433333333333333,0,0.966666666666667,0.966666666666667,0.133333333333333,0.4,0.2,0,0,0,0,0.866666666666667 171 | "KEGG_ASTHMA",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,0.8,1,1,0,1,0,1,0.933333333333333,1,0.766666666666667,1,1,1,1,0.9,0.8,1,1,0.966666666666667,1,0.833333333333333,1,1,0.566666666666667,1,0.966666666666667,1,0.333333333333333,0.666666666666667,0.866666666666667,1,1,1,0,1,0.166666666666667,0.933333333333333,0.833333333333333,1,0,0,0,0,1,0.133333333333333,0.566666666666667,0.733333333333333,0.366666666666667,1,0.966666666666667,1,0.933333333333333,1,1,1,0.866666666666667,0.9,0.333333333333333,0,0.5,0.866666666666667,0.466666666666667,1,0.633333333333333,0,1,0.266666666666667,1,0.8,1,0.933333333333333,1,0.8,0.833333333333333,0,0,0.8,0.6,0,1,1,0,0.566666666666667,1,1,0.966666666666667,0.766666666666667,0.8,0.366666666666667,1,0,0.5,0.366666666666667,0.6,0.633333333333333,0.266666666666667,1,1,1,0.4 172 | "KEGG_AUTOIMMUNE_THYROID_DISEASE",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.8,1,0.866666666666667,1,1,0.366666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.733333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,1,1,1,0.566666666666667,0.866666666666667,1,1,0,0.933333333333333,0,1,1,0.666666666666667,0.566666666666667,1,1,1,0.966666666666667,0.966666666666667,0.4,0.266666666666667,1,0.833333333333333,0.933333333333333,0.833333333333333,1,0.8,1,0.966666666666667,0.0666666666666667,1,1,0.533333333333333,1,0.666666666666667,1,1,0,1,0.866666666666667,1,1,1,1,0,0.166666666666667,0,1,0.833333333333333,0.666666666666667,0.6,0.333333333333333,1,0.3,1,0.566666666666667,1,0.333333333333333,1,0.766666666666667,0.833333333333333,0.666666666666667,0,0.2,0.866666666666667,0.466666666666667,1,0.4,0,1,0.733333333333333,1,0.4,0.0333333333333333,1,0.133333333333333,0.9,0.933333333333333,0,0,0.0666666666666667,0.366666666666667,0,0.966666666666667,1,0,1,1,1,1,1,1,0.933333333333333,1,0.5,0,0.4,0.433333333333333,0.366666666666667,0.0333333333333333,0.833333333333333,0.9,0.333333333333333,0.6 173 | "KEGG_SYSTEMIC_LUPUS_ERYTHEMATOSUS",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.4,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.333333333333333,0.4,0.833333333333333,1,0,0.0666666666666667,0.233333333333333,1,0.3,1,0.433333333333333,1,1,1,0.5,0.933333333333333,0.1,0.166666666666667,0.966666666666667,0.6,0.9,0.166666666666667,1,0.733333333333333,0.4,0.633333333333333,0.3,0.866666666666667,1,0.566666666666667,0.4,0.633333333333333,0.833333333333333,0.866666666666667,0,1,0,0.466666666666667,0.766666666666667,0.733333333333333,0,0.933333333333333,0.233333333333333,0,0.933333333333333,0.333333333333333,0.1,0.666666666666667,0.466666666666667,1,0.9,0.6,1,0.4,0.366666666666667,0.633333333333333,0.3,0.8,0.366666666666667,0,0.366666666666667,0.633333333333333,0.7,1,0.0333333333333333,0,1,0.333333333333333,1,0.533333333333333,1,0.866666666666667,0.7,0.533333333333333,0.4,0,0.166666666666667,0.233333333333333,0.5,0,0.1,0.766666666666667,0,0.266666666666667,0.166666666666667,0.666666666666667,0.6,0,0.333333333333333,0.8,0.333333333333333,0.566666666666667,0.533333333333333,0,0.6,0.6,0,1,0.933333333333333,1,0.3 174 | "KEGG_ALLOGRAFT_REJECTION",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.833333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,0.5,0.933333333333333,0,1,1,0.7,0.566666666666667,1,1,1,0.866666666666667,0.933333333333333,0.233333333333333,0.633333333333333,1,1,1,0.333333333333333,1,1,0.8,1,1,0.366666666666667,1,0.533333333333333,0.2,1,0.8,1,0,1,1,1,1,1,1,0,0.166666666666667,0,1,0,0.1,0.0333333333333333,0.466666666666667,1,1,1,1,1,1,0.966666666666667,0.0333333333333333,1,0,0.0666666666666667,0.0333333333333333,0,0.633333333333333,1,0.133333333333333,0,1,0.366666666666667,1,0.133333333333333,0.0666666666666667,1,1,1,0.9,0,0,1,0,0.633333333333333,0.2,0.966666666666667,0.0333333333333333,1,1,0.966666666666667,0.133333333333333,1,1,0.733333333333333,0.466666666666667,0.466666666666667,0.5,0.733333333333333,0,0.666666666666667,0.6,1,0.966666666666667,0.566666666666667,0.5 175 | "KEGG_GRAFT_VERSUS_HOST_DISEASE",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.766666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.166666666666667,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,0.4,0.866666666666667,0.2,0.633333333333333,1,1,1,0.866666666666667,1,1,0.766666666666667,0.966666666666667,1,0.9,1,0.5,0.133333333333333,1,0.9,1,0,1,1,1,1,1,0,0.166666666666667,0,0,0,1,0.1,0.133333333333333,0.566666666666667,1,1,0,1,1,1,0.666666666666667,0.0666666666666667,1,1,0,0.133333333333333,0.833333333333333,0.666666666666667,1,0.233333333333333,0,1,0.366666666666667,1,1,0,1,1,0.933333333333333,0.933333333333333,0,0.0333333333333333,1,0.0333333333333333,0.433333333333333,0.1,0.7,0.1,0.966666666666667,1,0.7,0.933333333333333,0,1,0.233333333333333,0.466666666666667,0.366666666666667,0.533333333333333,0.533333333333333,0.766666666666667,0,0.7,1,0.966666666666667,0.833333333333333,0.333333333333333 176 | "KEGG_PRIMARY_IMMUNODEFICIENCY",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.566666666666667,0.666666666666667,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.0333333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.5,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0.133333333333333,0,0,0,1,1,0,0.166666666666667,0.1,1,1,1,0.3,1,0,0,1,0.466666666666667,0.3,0.1,1,1,0.0333333333333333,0.4,0,0,1,0.966666666666667,0.966666666666667,0.966666666666667,0,1,0,1,0,0,0.933333333333333,0.833333333333333,1,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0.0333333333333333,1,1,0,0.133333333333333,1,1,0,0,0,0,1,0,0,0.6,1,0,1,1,0.4,1,0,0.566666666666667,0.1,0.0666666666666667,0,0.4,1,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0,1,1,0,1,0,0,0,0,0.133333333333333,0,0,0.666666666666667,0.8,0,0.633333333333333,1,1,0.566666666666667 177 | "KEGG_HYPERTROPHIC_CARDIOMYOPATHY_HCM",1,0.966666666666667,1,1,0.966666666666667,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.533333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0.1,0,0,1,0.566666666666667,1,0.2,1,1,0.866666666666667,1,0.166666666666667,1,0.3,1,0,0,0,0.0333333333333333,1,1,1,0.0333333333333333,0,1,1,0.5,0,0,0,0.0666666666666667,0.1,1,0.966666666666667,0.966666666666667,0.966666666666667,0.966666666666667,1,0.533333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0.8,0.933333333333333,0,0,0,1,0.966666666666667,0,0.0666666666666667,0,0,0,0.0333333333333333,0.9,0.466666666666667,1,0,1,0.366666666666667,0,0.0333333333333333,0.966666666666667,0.366666666666667,1,0,0,0,0,0,0.266666666666667,0.0333333333333333,0.333333333333333,0,0,0.3,0,1,0,0.0333333333333333,0,0,0,0,1,0.833333333333333,0.966666666666667,0.966666666666667,0.933333333333333,0.6,0,0,0,0.166666666666667 178 | "KEGG_ARRHYTHMOGENIC_RIGHT_VENTRICULAR_CARDIOMYOPATHY_ARVC",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.166666666666667,0.933333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,0,0.0666666666666667,0,0.1,1,0,0,0,0.233333333333333,1,0.9,1,0.0333333333333333,1,0,0,0.233333333333333,0,1,0.166666666666667,0,0,1,0.333333333333333,0,1,1,0.233333333333333,0,0.9,0,0.0666666666666667,0.333333333333333,1,0,0,1,1,1,0.666666666666667,0,0.133333333333333,0,0,0,0.0333333333333333,0.466666666666667,1,0,0,0,0,0,0.633333333333333,0,0,0,0,1,0,0.633333333333333,0.6,0,0,1,0.0666666666666667,0,0.766666666666667,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0.1,0.966666666666667,0,0.1,0.466666666666667,0,0.0333333333333333,0.0333333333333333,0,0,0,0,1,0.866666666666667,0.866666666666667,1,0.966666666666667,1,0,0,0.766666666666667,0 179 | "KEGG_DILATED_CARDIOMYOPATHY",0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0.0333333333333333,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0,0.966666666666667,0.966666666666667,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,0.2,1,1,1,1,0,1,1,1,1,0,0,0,0.933333333333333,0,0,0,0.5,1,0.966666666666667,1,0.1,0.666666666666667,1,0.966666666666667,0.966666666666667,0.766666666666667,0,0,0,1,0.1,0.266666666666667,0,1,0.133333333333333,0,1,1,0.333333333333333,0.266666666666667,1,0,0.766666666666667,0.466666666666667,1,0,0,0,0,1,0.466666666666667,0,0,0.166666666666667,0,0,0,0.666666666666667,0.0333333333333333,0,0,0,0,0,0,0.0666666666666667,0,0,0,0,0,0.666666666666667,0,0,0.0333333333333333,0.233333333333333,0,1,0,0.333333333333333,0,0,0,0.0333333333333333,0.6,1,0.3,0.9,0.4,0.0333333333333333,0,0.1,0,0,0.933333333333333,0,0.5,0.0666666666666667,0,0,1,0.4,0.933333333333333,0.666666666666667,0.633333333333333,1,0.0666666666666667,0.8,0,0.4 180 | "KEGG_VIRAL_MYOCARDITIS",1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.6,1,1,1,0.233333333333333,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0.7,1,0.933333333333333,1,0.533333333333333,0.7,0.9,0.266666666666667,0.0333333333333333,0.3,0.9,0.866666666666667,0.433333333333333,0.5,0.7,1,0.566666666666667,0.833333333333333,0.1,1,0.0333333333333333,0.2,0.366666666666667,0.466666666666667,0.7,0.4,1,0.966666666666667,0.366666666666667,0.7,0,0,0.966666666666667,0.6,0,0.366666666666667,0.366666666666667,0.5,0,1,0,0.333333333333333,0.566666666666667,0.0666666666666667,0,0.133333333333333,0,0,0.1,0.4,0,0,0.4,1,0.933333333333333,0.3,0.2,1,1,0,0.9,0.233333333333333,0.366666666666667,0,0,0.1,0.566666666666667,1,0.0666666666666667,0,1,0.0666666666666667,0.166666666666667,0.166666666666667,0.466666666666667,0.733333333333333,0.833333333333333,0.233333333333333,0,0,0.5,0,0.633333333333333,0.333333333333333,0.0333333333333333,0.266666666666667,0.1,0.7,0.966666666666667,0.266666666666667,0.3,0.566666666666667,0.4,0.9,0.766666666666667,0.466666666666667,0.566666666666667,0.533333333333333,0.733333333333333,0.433333333333333,0.733333333333333,0.266666666666667,0,0.233333333333333,0 181 | -------------------------------------------------------------------------------- /PathwaysSetResult/ReadMe.txt: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | This folder is used to store the GESTIA calculation results of existing pathway sets such as KEGG. 2 | 3 | GESTIAKeggPvalue.csv is the recorded p-value. 4 | 5 | GESTIAKeggScore.csv is the recorded scores. 6 | -------------------------------------------------------------------------------- /R/source_GESTIA.R: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | ######################souce code of GESTIA 2 | #' @title calculate the relative positions of genes in a pathway 3 | #' @param id.vertex A vector containing the names of the genes 4 | #' @param tmp.g An igraph object which was constructed from the global network by deleting the unrelated genes of the pathway 5 | #' @description Calculate the ratio of upstream/downstream genes in a pathway. For scattered pathway/gene set, the ratio is weighted by the proportion of the sub-graph. 6 | #' @return A dataframe consisted of two variables, the first is the proportion of downstream genes, the second is the proportion of upstream genes. 7 | #' @export 8 | relativePosition<-function(id.vertex,tmp.g){ 9 | tmp.d<-c() 10 | tmp.u<-c() 11 | for(i in id.vertex){ 12 | dist.tmp.d <- distances(tmp.g, v=V(tmp.g)[name==i], to=V(tmp.g), weights=NA,mode="out") #mode=out means downstream 13 | dist.tmp.u <- distances(tmp.g, v=V(tmp.g)[name==i], to=V(tmp.g), weights=NA,mode="in") #upstream 14 | dist.tmp.d[is.infinite(dist.tmp.d)]<- -1 15 | dist.tmp.u[is.infinite(dist.tmp.u)]<- -1 16 | n.d<-length(dist.tmp.d[dist.tmp.d>0]) 17 | n.u<-length(dist.tmp.u[dist.tmp.u>0]) 18 | n.o<-length(dist.tmp.d) 19 | if(n.d + n.u == 0){ #this is when the gene is totally isolated 20 | tmp.d<-c(tmp.d,1/n.o) 21 | tmp.u<-c(tmp.u,1/n.o) 22 | }else{ 23 | tmp.d<-c(tmp.d,n.d/(n.u+n.d)*(n.u+n.d+1)/n.o) #n.d/(n.u+n.d) is the relative position of this gene in the sub-network 24 | #(n.u+n.d+1)/n.o is the proportion of this sub-network to the whole network of the gene set 25 | #if the genes of this gene set are all connected, then (n.u+n.d+1)/n.o = 1 26 | #this will be used in the calculation of the impact score of genes outside this gene set 27 | tmp.u<-c(tmp.u,n.u/(n.u+n.d)*(n.u+n.d+1)/n.o) #this will be used as coefficient in the calculation of the genes inside this gene set 28 | } 29 | } 30 | names(tmp.d)<-id.vertex 31 | names(tmp.u)<-id.vertex 32 | return(data.frame(tmp.d,tmp.u)) 33 | } 34 | 35 | #' @title Calculate impact of pathway A over pathway B 36 | #' @param ig.all Global network constructed from KEGG 37 | #' @param degree.a The degree of genes in pathway A 38 | #' @param degree.b The degree of genes in pathway B 39 | #' @param rp.a.d The proportion of downstream genes of the genes in pathway A 40 | #' @param rp.b.d The proportion of downstream genes of the genes in pathway B 41 | #' @param rp.a.u The proportion of upstream genes of the genes in pathway A 42 | #' @param rp.b.u The proportion of upstream genes of the genes in pathway B 43 | #' @param penal.isolated The penalization factor for the isolated genes. Default is 0.1 44 | #' @param cutImpactSub The cutoff for impact score. Impact score smaller than this cutoff will be set to 0. Default 0. 45 | #' @param plot Whether to plot the splitted network of the two pathways. TRUE or FALSE. Default FALSE. 46 | #' @param n.permu Number of permutations for calculating the empirical null distribution. Default 30. 47 | #' @param minGeneNum The cutoff for number of genes in pathways. Pathways with less genes (after id conversion) than this cutoff will be disgarded. 48 | #' @param exportData Whether or not to export more details in the calculation. Default FALSE. 49 | #' @description This function calls the core of the calculation function, and calculate the raw and permutated impact scores, then calculate p-value and GESTIA scores. 50 | #' @return List of results including: p-value, Normalized score,ScoreA before normalization,ScoreB before normalization,Mean permutation A,Mean permutation B 51 | #' @export 52 | relativeImpact2<-function(ig.all,degree.a,degree.b,rp.a.d,rp.b.d,rp.a.u,rp.b.u, 53 | penal.isolated=0.1,cutImpactSub=0,plot=FALSE, 54 | n.permu=30,minGeneNum=5,exportData=F){ #relative position ->rp 55 | symbol.a<-names(degree.a) 56 | symbol.b<-names(degree.b) 57 | v.all<-V(ig.all)#get the vertice names of the total graph, here equal to gene names 58 | ids.a<-unlist(v.all$name[v.all$name %in% symbol.a]) #the gene names of pathway a included in the total graph 59 | ids.b<-unlist(v.all$name[v.all$name %in% symbol.b]) #the gene names of pathway b included in the total graph 60 | if(min(c(length(ids.a),length(ids.b))) <= minGeneNum){ 61 | print("Not enough genes presenting in the map") 62 | return(NA) 63 | }else{ 64 | ig.ab<-mergePw(ig.all,list(symbol.a,symbol.b)) 65 | tmp.result<-core_rImp(ig.ab,degree.a,degree.b,rp.a.d,rp.b.d,rp.a.u,rp.b.u,penal.isolated, cutImpactSub,exportData) 66 | tmp.score<-tmp.result[[1]] 67 | tmp.a<-tmp.result[[2]] 68 | tmp.b<-tmp.result[[3]] 69 | if(length(intersect(symbol.a,symbol.b))>0){#if there are intersections between the two pathways 70 | result.split<-split_intersected_pathways(ig.all,symbol.a,symbol.b) 71 | ig.split<-result.split[[1]] 72 | genes1.spl<-result.split[[2]] 73 | genes2.spl<-result.split[[3]] 74 | degree.a.spl<-degree.a 75 | names(degree.a.spl)<-genes1.spl # 76 | rp.a.d.spl<-rp.a.d 77 | names(rp.a.d.spl)<-genes1.spl 78 | rp.a.u.spl<-rp.a.u 79 | names(rp.a.u.spl)<-genes1.spl 80 | }else{ 81 | ig.split<-ig.ab 82 | genes1.spl<-symbol.a 83 | genes2.spl<-symbol.b 84 | degree.a.spl<-degree.a 85 | names(degree.a.spl)<-genes1.spl 86 | rp.a.d.spl<-rp.a.d 87 | names(rp.a.d.spl)<-genes1.spl 88 | rp.a.u.spl<-rp.a.u 89 | names(rp.a.u.spl)<-genes1.spl 90 | } 91 | a.permu<-c() 92 | b.permu<-c() 93 | for(i in 1:n.permu){ 94 | g.new.spl<-perturb_pwPos(ig.split,genes1.spl,genes2.spl) 95 | splitResult<-core_rImp(g.new.spl,degree.a.spl,degree.b,rp.a.d.spl,rp.b.d,rp.a.u.spl,rp.b.u,penal.isolated,cutImpactSub)#### 96 | a.permu<-c(a.permu,splitResult[[2]]) 97 | b.permu<-c(b.permu,splitResult[[3]]) 98 | } 99 | if(plot){ 100 | ig.split<-set_splitPwColor(ig.split,genes1.spl,genes2.spl) 101 | l<-layout_with_fr(ig.split) 102 | plot(ig.split, 103 | edge.arrow.size=.8,vertex.label.dist=1,vertex.size=5,layout=l) 104 | } 105 | tmp.a.bk<-tmp.a 106 | tmp.b.bk<-tmp.b 107 | tmp.a<-adjustImpactScore(tmp.a,mean(a.permu)) 108 | tmp.b<-adjustImpactScore(tmp.b,mean(b.permu)) 109 | score.normalized<-tmp.a-tmp.b 110 | if(is.na(tmp.score)){ 111 | tmp.score<-0 112 | } 113 | p.a<-pValueCal(tmp.a.bk,tmp.b.bk,a.permu,b.permu) 114 | if(exportData){ 115 | result<-list(p.a,score.normalized,tmp.a.bk,tmp.b.bk,mean(a.permu),mean(b.permu),tmp.result[[4]],tmp.result[[5]]) 116 | names(result)<-c("p-value","Normalized score","ScoreA before normalization", 117 | "ScoreB before normalization","Mean permutation A","Mean permutation B", 118 | "GeneA's impact on gene set B","GeneB's impact on gene set A") 119 | 120 | }else{ 121 | result<-list(p.a,score.normalized,tmp.a.bk,tmp.b.bk,mean(a.permu),mean(b.permu)) 122 | names(result)<-c("p-value","Normalized score","ScoreA before normalization", 123 | "ScoreB before normalization","Mean permutation A","Mean permutation B") 124 | } 125 | return(result) 126 | } 127 | } 128 | 129 | #' @title Adjust the impact score 130 | #' @param impact.score The raw impact score 131 | #' @param meanImpScore the mean of the permutated impact score 132 | #' @description This function first check whether both of the impact score and permutated scores are 0, then adjust the normalized GESTIA score 133 | #' @return GESTIA score after adjustment 134 | #' @export 135 | adjustImpactScore<-function(impact.score,meanImpScore){ 136 | if(impact.score == 0 & meanImpScore == 0){ 137 | score.adj<-0 138 | }else{ 139 | tmp<-impact.score - meanImpScore 140 | score.adj<-log(exp(tmp)+1,exp(1)) 141 | } 142 | return(score.adj) 143 | } 144 | 145 | #' @title Calculate p value 146 | #' @param score.a The raw impact score of pathway A on B 147 | #' @param score.b The raw impact score of pathway B on A 148 | #' @param a.permu The permutated impact scores of pathway A on B 149 | #' @param b.permu The permutated impact scores of pathway B on A 150 | #' @description Calculate the p-value based on the raw and permutated impact scores. 151 | #' @return p-value 152 | #' @export 153 | pValueCal<-function(score.a,score.b,a.permu,b.permu){ 154 | score.raw<-score.a - score.b 155 | permu.sub<-a.permu - b.permu 156 | if(score.raw > 0){ 157 | tmp.p<-length(permu.sub[permu.sub >= score.raw])/length(permu.sub) 158 | }else{ 159 | tmp.p<-length(permu.sub[permu.sub <= score.raw])/length(permu.sub) 160 | } 161 | if(score.a == 0 & score.b == 0){ #no interactions between A and B 162 | tmp.p<-1 163 | } 164 | return(tmp.p) 165 | } 166 | 167 | #' @title Calculate each gene's impact(from pathway A) over pathwayB: gene impact over pathway->giop 168 | #' @param ig.tmp The combined network of the two pathways 169 | #' @param ids.1.tmp The gene symbols of pathway A 170 | #' @param ids.2.tmp The gene symbols of pathway B 171 | #' @param rp.2.tmp The relative position of genes in pathway B, i.e. the proportion of downstream genes for each gene in pathway B 172 | #' @description Calculate the impact of each gene in pathway A on pathway B 173 | #' @return A vector containing the impact of each gene in pathway A 174 | #' @export 175 | giop<-function(ig.tmp,ids.1.tmp,ids.2.tmp,rp.2.tmp){ 176 | impact.1.tmp<-c() #initialize result vector 177 | for(i in ids.1.tmp){ 178 | dist.tmp <- distances(ig.tmp, v=V(ig.tmp)[name==i], to=V(ig.tmp), weights=NA,mode="out") #get the distance of each gene in the graph to gene i, limit to downstream distance 179 | dist.names<-colnames(dist.tmp)[dist.tmp==1] #only the direct downstream nodes are considered, because relative position(rp) has already considered downstream nodes 180 | dist.names<-dist.names[dist.names %in% ids.2.tmp] #limit the downstream nodes to be the ones in pathway 2 181 | value.single<-sum(rp.2.tmp[names(rp.2.tmp) %in% dist.names]) #sum of the downstream nodes' relative position; the nodes are limited to pathway 2 182 | impact.1.tmp<-c(impact.1.tmp,value.single) #put the score into the result vector 183 | } 184 | names(impact.1.tmp)<-ids.1.tmp #annotate gene names 185 | return(impact.1.tmp) 186 | } 187 | 188 | #' @title GESTIA calculation 189 | #' @param g.tmp Global network constructed from KEGG 190 | #' @param d1.symbol Gene names of pathway A 191 | #' @param d2.symbol Gene names of pathway B 192 | #' @param penal.isolated Penalization factor for isolated genes. Default 0.1 193 | #' @param cutImpact Cutoff for impact score. Scores less than this cutoff will be set to 0. Default 0. 194 | #' @param plot Whether to plot the splitted network. Default FALSE 195 | #' @param n.permu Number of permutations for calculating the empirical null distribution 196 | #' @param minGeneNum Cutoff for number of genes in pathways after id convertion 197 | #' @param exportData Whether to export detail of calculation result. Default FALSE. 198 | #' @description The main function of GESTIA. 199 | #' @return List of results including: p-value, Normalized score,ScoreA before normalization,ScoreB before normalization,Mean permutation A,Mean permutation B 200 | #' @export 201 | gestia<-function(g.tmp,d1.symbol,d2.symbol,penal.isolated=0.1,cutImpact=0, 202 | plot=FALSE,n.permu=30,minGeneNum=5,exportData=F){ 203 | v.tmp<-V(g.tmp) 204 | index1.tmp<-which(!unlist(v.tmp$name) %in% d1.symbol) 205 | index2.tmp<-which(!unlist(v.tmp$name) %in% d2.symbol) 206 | g1.tmp<-delete_vertices(g.tmp,index1.tmp) 207 | g2.tmp<-delete_vertices(g.tmp,index2.tmp) 208 | ids1.tmp<-unlist(as.vector(V(g1.tmp)$name)) 209 | ids2.tmp<-unlist(as.vector(V(g2.tmp)$name)) 210 | tmp.num<-min(c(length(ids1.tmp),length(ids2.tmp))) 211 | print(paste("Min gene number in one of the two pathway is ",tmp.num,sep="")) 212 | if(min(c(length(ids1.tmp),length(ids2.tmp))) <= minGeneNum){ 213 | tmp.num<-min(c(length(ids1.tmp),length(ids2.tmp))) 214 | return(NA) 215 | }else{ 216 | rp1.tmp<-relativePosition(ids1.tmp,g1.tmp) 217 | rp2.tmp<-relativePosition(ids2.tmp,g2.tmp) 218 | rp1.d<-as.vector(rp1.tmp$tmp.d) 219 | rp1.u<-as.vector(rp1.tmp$tmp.u) 220 | names(rp1.d)<-rownames(rp1.tmp) 221 | names(rp1.u)<-rownames(rp1.tmp) 222 | rp2.d<-as.vector(rp2.tmp$tmp.d) 223 | rp2.u<-as.vector(rp2.tmp$tmp.u) 224 | names(rp2.d)<-rownames(rp2.tmp) 225 | names(rp2.u)<-rownames(rp2.tmp) 226 | d1.degree<-degree(g1.tmp) 227 | d2.degree<-degree(g2.tmp) 228 | result<-relativeImpact2(g.tmp,d1.degree,d2.degree,rp1.d,rp2.d,rp1.u,rp2.u, 229 | penal.isolated,cutImpact,plot,n.permu,minGeneNum,exportData) 230 | return(result) 231 | } 232 | } 233 | 234 | #' @title Merge two pathways' network 235 | #' @param ig.all The global network 236 | #' @param list.pw A list of the pathways to merge. For example, list.pw[[1]] contains gene symbols of pathway A's genes. 237 | #' @description Merge two pathways' network by deleting unrelated genes. This strategy can maintain the inter-pathway interactions. 238 | #' @return An igraph object of the merged network 239 | #' @export 240 | mergePw<-function(ig.all,list.pw){ #list.pw: lists of pathways to be merged. each single list contains the gene symbols of the pathway 241 | if(length(list.pw) == 1){ 242 | print("Only one list provided. No need to merge, creating igraph object according to the single list.") 243 | ig.result<-delete_vertices(ig.all,which(!unlist(V(ig.all)$name) %in% list.pw[[1]])) 244 | }else if(length(list.pw) >1){ 245 | name.all<-unlist(V(ig.all)$name) 246 | name.final<-name.all 247 | for(i in 1:length(list.pw)){ 248 | genes.tmp<-name.all[!name.all %in% list.pw[[i]]] 249 | name.final<-intersect(name.final,genes.tmp) 250 | } 251 | ig.result<-delete_vertices(ig.all,name.final) 252 | } 253 | return(ig.result) 254 | } 255 | 256 | #' @title Visualize two pathways' components 257 | #' @param ig.all The global network 258 | #' @param genesa The gene symbols of pathway A 259 | #' @param genesb The gene symbols of pathway B 260 | #' @param colorset The color set for the shared genes, genes of pathway A, and the genes of pathway B. Default yellowgreen, tomato, gold 261 | #' @param isolated Whether to plot the isolated genes. Default FALSE 262 | #' @param ly Layout of the igraph. Available options: kk, fr, random, grid 263 | #' @description Visualization of two pathways. 264 | #' @return Plot directly. 265 | #' @export 266 | visual2pw<-function(ig.all,genesa,genesb,colorset=c("yellowgreen","tomato","gold"), 267 | isolated=FALSE,ly=c("kk","fr","random","grid")){ 268 | ig.ab<-mergePw(ig.all,list(genesa,genesb)) 269 | v.ab<-V(ig.ab) 270 | type.commuA<-ifelse(unlist(v.ab$name) %in% genesa,1,3) 271 | type.commuB<-ifelse(unlist(v.ab$name) %in% genesb,1,2) 272 | type.all<-pmax(type.commuA,type.commuB) 273 | V(ig.ab)$community<-type.all 274 | colrs <- adjustcolor( colorset, alpha=.6) 275 | if(length(ly)==4){ 276 | ly="kk" 277 | } 278 | if(isolated){ 279 | if(ly == "kk"){ 280 | l <- layout_with_kk(ig.ab) 281 | }else if(ly == "fr"){ 282 | l <- layout_with_fr(ig.ab) 283 | }else if(ly == "random"){ 284 | l <- layout_randomly(ig.ab) 285 | }else if(ly == "grid"){ 286 | l <- layout_on_grid(ig.ab) 287 | } 288 | plot(ig.ab, vertex.color=colrs[V(ig.ab)$community], 289 | edge.arrow.size=.8,vertex.label.dist=1,vertex.size=5,layout=l) 290 | }else{ 291 | name.isolated<-names(degree(ig.ab))[degree(ig.ab) == 0] 292 | index.tmp<-which(unlist(V(ig.ab)$name) %in% name.isolated) 293 | ig.tmp<-delete_vertices(ig.ab,index.tmp) 294 | if(ly == "kk"){ 295 | l <- layout_with_kk(ig.tmp) 296 | }else if(ly == "fr"){ 297 | l <- layout_with_fr(ig.tmp) 298 | }else if(ly == "random"){ 299 | l <- layout_randomly(ig.tmp) 300 | }else if(ly == "grid"){ 301 | l <- layout_on_grid(ig.tmp) 302 | } 303 | plot(ig.tmp, vertex.color=colrs[V(ig.tmp)$community], 304 | edge.arrow.size=.8,vertex.label.dist=1,vertex.size=5,layout=l) 305 | } 306 | } 307 | 308 | #' @title Calculate matrix of pairwise pathway impact of row over column 309 | #' @param list.gs The list of genes of each pathway/gene set. 310 | #' @param ig.net The global network 311 | #' @param imCut The cutoff of impact scores. Default 0 312 | #' @param penal.isolated The penalization factor for isolated genes. Default 0.1 313 | #' @param plot Whether to plot the splitted network. Default FALSE 314 | #' @param n.permu The number of permutations for calculation of empirical null distribution 315 | #' @description A wrapper to calculate the GESTIA matrix of a list of pathways. The core input is the list of pathways 316 | #' @return A list of two matrices, the normalized GESTIA scores and the p-values 317 | #' @export 318 | calculateMa<-function(list.gs,ig.net,imCut = 0, 319 | penal.isolated=0.1, 320 | plot=FALSE,n.permu=30){ 321 | genes.net<-V(ig.net)$name 322 | name.gs<-names(list.gs) 323 | num.gs<-length(list.gs) 324 | num.exist<-c() 325 | for(i in 1:num.gs){ 326 | num.exist<-c(num.exist,length(intersect(genes.net,list.gs[[i]]))) 327 | } 328 | index.fail<-which(num.exist <= 5) 329 | if(length(index.fail)>0){ 330 | print(paste0("Excluded gene sets without sufficient number of existing genes in the network: ", 331 | paste(index.fail,collapse = ","))) 332 | list.gs<-list.gs[!1:num.gs %in% index.fail] 333 | name.gs<-name.gs[!1:num.gs %in% index.fail] 334 | num.gs<-length(list.gs) 335 | } 336 | ma.norm<-matrix(rep(0,num.gs*num.gs),ncol=num.gs) 337 | ma.ori<-matrix(rep(0,num.gs*num.gs),ncol=num.gs) 338 | for(i in 1:num.gs){ 339 | for(j in 1:num.gs){ 340 | if(i == j){ 341 | ma.norm[i,j]<-0 342 | ma.ori[i,j]<-0 343 | }else{ 344 | result<-gestia(ig.net,list.gs[[i]],list.gs[[j]],penal.isolated = penal.isolated, 345 | cutImpact = imCut, plot = plot, n.permu = n.permu) 346 | ma.norm[i,j]<-result[[2]] 347 | ma.ori[i,j]<-result[[1]] 348 | } 349 | print(paste0("Done for pw pair [",i,",",j,"] in ",num.gs," rows, ", 350 | name.gs[i]," Vs ",name.gs[j], 351 | "score: ",round(ma.norm[i,j],4)," ",Sys.time())) 352 | } 353 | } 354 | rownames(ma.norm)<-name.gs 355 | colnames(ma.norm)<-name.gs 356 | rownames(ma.ori)<-name.gs 357 | colnames(ma.ori)<-name.gs 358 | return(list(ma.norm,ma.ori)) 359 | } 360 | 361 | #' @title Split two intersected pathways 362 | #' @param ig.all The global network 363 | #' @param genes1 The gene symbols of pathway A's genes 364 | #' @param genes2 The gene symbols of pathway B's genes 365 | #' @description Split two intersected pathways by duplicating the shared genes. Genes1 will be modified to contain fake vertices with "fa_" 366 | #' @return A list containing: the igraph object of the splitted network, the new genes1, the vector genes2 367 | #' @export 368 | split_intersected_pathways<-function(ig.all,genes1,genes2){ 369 | ig.ab<-mergePw(ig.all,list(genes1,genes2)) 370 | genes1<-genes1[genes1 %in% unlist(V(ig.ab)$name)] #exclude genes not presenting in the graph 371 | genes2<-genes2[genes2 %in% unlist(V(ig.ab)$name)] 372 | vertices2add<-intersect(genes1,genes2) #the order of intersecting genes are based on genes1 373 | vertices.fake<-paste("fa_",vertices2add,sep="") 374 | ig.new<-ig.ab 375 | for(i in 1:length(vertices2add)){ 376 | e.from<-ends(ig.ab,E(ig.ab)[from(match(vertices2add[i],V(ig.ab)$name))]) 377 | e.to<-ends(ig.ab,E(ig.ab)[to(match(vertices2add[i],V(ig.ab)$name))]) 378 | e.from[,1]<-vertices.fake[i] 379 | e.to[,2]<-vertices.fake[i] 380 | e2add<-c(as.character(t(e.from)),as.character(t(e.to))) 381 | ig.new<-add_vertices(ig.new,1,name = vertices.fake[i], 382 | shape = "circle", 383 | color = "blue", 384 | pathway = "fake") 385 | ig.new<-add_edges(ig.new,e2add) 386 | } 387 | genes1[genes1 %in% vertices2add]<-vertices.fake #the order of genes1's intersected genes are the same with vertices.fake. For genes2, it's not always the same 388 | return(list(ig.new,genes1,genes2)) 389 | } 390 | 391 | #' @title Permutation of the inter-pathway interactions 392 | #' @param g.ab The network of the two pathways 393 | #' @param gss1 The gene symbols of pathway A's genes 394 | #' @param gss2 The gene symbols of pathway B's genes 395 | #' @description Randomly assign the edges between two pathways, maintains the number of edges in/out the pathways, remains the structure of each pathway 396 | #' @return An igraph object of the permutated network of A and B 397 | #' @export 398 | perturb_pwPos<-function(g.ab,gss1,gss2){ 399 | e.ab<-ends(g.ab,E(g.ab)) 400 | e.a2b<-ends(g.ab,E(g.ab)[from(match(gss1,unlist(V(g.ab)$name)))]) #all the edges coming out of a's nodes 401 | e.b2a<-ends(g.ab,E(g.ab)[from(match(gss2,unlist(V(g.ab)$name)))]) #all the edges coming out of b's nodes 402 | e.a2b<-matrix(e.a2b[e.a2b[,2] %in% gss2,],ncol=2) 403 | e.b2a<-matrix(e.b2a[e.b2a[,2] %in% gss1,],ncol=2) 404 | n.a2b<-dim(e.a2b)[1] 405 | n.b2a<-dim(e.b2a)[1] 406 | pool.a2b<-expand.grid(gss1,gss2) 407 | pool.b2a<-expand.grid(gss2,gss1) 408 | eRd.a2b<-as.matrix(pool.a2b[sample(1:dim(pool.a2b)[1],n.a2b),]) 409 | eRd.b2a<-as.matrix(pool.b2a[sample(1:dim(pool.b2a)[1],n.b2a),]) 410 | e.ab.bk<-e.ab 411 | e.ab[e.ab.bk[,1] %in% e.a2b[,1] & e.ab.bk[,2] %in% e.a2b[,2],] <-eRd.a2b #replace the edges (a->b) by random a->b edges 412 | e.ab[e.ab.bk[,1] %in% e.b2a[,1] & e.ab.bk[,2] %in% e.b2a[,2],] <-eRd.b2a 413 | e2add<-c(as.character(t(e.ab))) 414 | g.ab.new<-delete_edges(g.ab,E(g.ab)) 415 | g.ab.new<-add_edges(g.ab.new,e2add) 416 | return(g.ab.new) 417 | } 418 | 419 | #' @title Calculation of the raw impact score 420 | #' @param ig.ab The network of the two pathways 421 | #' @param degree.a The degree of each genes in pathway A 422 | #' @param degree.b The degree of each genes in pathway B 423 | #' @param rp.a.d The proportion of downstream genes for each gene in pathway A 424 | #' @param rp.b.d The proportion of downstream genes for each gene in pathway B 425 | #' @param rp.a.u The proportion of upstream genes for each gene in pathway A 426 | #' @param rp.b.u The proportion of upstream genes for each gene in pathway B 427 | #' @param penal.isolated The penalization factor for isolated genes. Default 0.1 428 | #' @param cutImpactSub The cutoff for impact score. Default 0 429 | #' @param exportData Whether to output details of the calculation. Default F 430 | #' @description Calculation of the raw impact score. The core of the GESTIA 431 | #' @return A list containing: Raw GESTIA score, the impact score of A on B, and the impact score of B on A 432 | core_rImp<-function(ig.ab,degree.a,degree.b,rp.a.d,rp.b.d,rp.a.u,rp.b.u, 433 | penal.isolated=0.1,cutImpactSub=0,exportData=F){ 434 | symbol.a<-names(degree.a) 435 | symbol.b<-names(degree.b) 436 | v.ab<-V(ig.ab)#get the vertice names of the total graph, here equal to gene names 437 | ids.a<-unlist(v.ab$name[v.ab$name %in% symbol.a]) #the gene names of pathway a included in the total graph 438 | ids.b<-unlist(v.ab$name[v.ab$name %in% symbol.b]) #the gene names of pathway b included in the total graph 439 | #consider gene's relative position in pathway a when calculating impact factor 440 | impact.a<-giop(ig.ab,ids.a,ids.b,rp.b.d) #calculate each gene's impact from pathway a over pathway b 441 | impact.b<-giop(ig.ab,ids.b,ids.a,rp.a.d) #calculate each gene's impact from pathway b over pathway a 442 | impact.a<-impact.a[order(names(impact.a))] 443 | impact.b<-impact.b[order(names(impact.b))] 444 | rp.a.u<-rp.a.u[order(names(rp.a.u))] 445 | rp.b.u<-rp.b.u[order(names(rp.b.u))] 446 | impactFinal.a<-impact.a*rp.a.u 447 | impactFinal.b<-impact.b*rp.b.u 448 | impactFinal.a[impactFinal.a <= cutImpactSub] = 0 449 | impactFinal.b[impactFinal.b <= cutImpactSub] = 0 450 | a<-sum(impactFinal.a) #take the sum 451 | b<-sum(impactFinal.b) 452 | tmp.score<-(a-b)/(a+b)*sqrt(a^2+b^2) #calculate final score 453 | if(is.na(tmp.score)){ 454 | tmp.score<-0 455 | } 456 | if(exportData){ 457 | result<-list(tmp.score,a,b,impactFinal.a,impactFinal.b) 458 | }else{ 459 | result<-list(tmp.score,a,b) 460 | } 461 | return(result) 462 | } 463 | 464 | #' @title Set color for the splitted pathways for better visualization 465 | #' @param ig.split The splitted network, an igraph object 466 | #' @param gss1 The gene symbols of pathway A's genes 467 | #' @param gss2 The gene symbols of pathway B's genes 468 | #' @param verticesColor Whether to paint the vertices with color. Default TRUE 469 | #' @description Set the color for the vertices and edges in the splitted network. 470 | #' @return An igraph object with colors 471 | #' @export 472 | #set color for the split pathways for better visualization. Vertices and edges a->b are colored by "tomato", the other way around are colored by "gold" 473 | set_splitPwColor<-function(ig.split,gss1,gss2,verticesColor=TRUE){ 474 | if(verticesColor){ 475 | V(ig.split)$color[V(ig.split)$name %in% gss1] <-"tomato" 476 | V(ig.split)$color[V(ig.split)$name %in% gss2] <-"gold" 477 | } 478 | e.a2b<-ends(ig.split,E(ig.split)[from(match(gss1,unlist(V(ig.split)$name)))]) #all the edges coming out of a's nodes 479 | e.b2a<-ends(ig.split,E(ig.split)[from(match(gss2,unlist(V(ig.split)$name)))]) #all the edges coming out of b's nodes 480 | e.a2b<-matrix(e.a2b[e.a2b[,2] %in% gss2,],ncol=2) 481 | e.b2a<-matrix(e.b2a[e.b2a[,2] %in% gss1,],ncol=2) 482 | e.ab<-ends(ig.split,E(ig.split)) 483 | color.e<-rep("grey",dim(e.ab)[1]) 484 | color.e[e.ab[,1] %in% e.a2b[,1] & e.ab[,2] %in% e.a2b[,2]]<-"tomato" 485 | color.e[e.ab[,1] %in% e.b2a[,1] & e.ab[,2] %in% e.b2a[,2]]<-"gold" 486 | E(ig.split)$color<-color.e 487 | return(ig.split) 488 | } 489 | 490 | #' @title Log transformation of the matrix 491 | #' @param ma The matrix to be transformed 492 | #' @param cut The cutoff for each value in the matrix after transformation 493 | #' @description Log transformation of the GESTIA matrix, with sign maintained. 494 | #' @return The matrix after transformation 495 | log2Transform<-function(ma,cut=0.1){ 496 | ma.sign<-sign(ma) 497 | ma<-log2(abs(ma)+1)*ma.sign 498 | for(i in 1:dim(ma)[1]){ 499 | ma[i,ma[i,] < cut] = 0 500 | } 501 | return(ma) 502 | } 503 | 504 | #' @title Convert GESTIA score matrix to igraph object 505 | #' @param ls.ma The list of two matrices, first is the GESTIA scores, second is the p-values 506 | #' @param pCut The cutoff for p-value 507 | #' @param scoreCut The cutoff for GESTIA score 508 | #' @description Filter and then convert GESTIA score matrix to an igraph object, using the matrix as adjacency matrix 509 | #' @return An igraph object of the GESTIA score matrix 510 | #' @export 511 | prepareMaPlot<-function(ls.ma,pCut=0.05,scoreCut=0){ 512 | ma.sc.score<-ls.ma[[1]] 513 | ma.sc.p<-ls.ma[[2]] 514 | n.ma<-dim(ma.sc.score)[1] 515 | for(i in 1:n.ma){ 516 | ma.sc.score[i,ma.sc.p[i,] > pCut]<-0 517 | } 518 | for(i in 1:n.ma){ 519 | ma.sc.score[i,ma.sc.score[i,] < scoreCut]<-0 520 | } 521 | sf<-sum(ma.sc.score)/length(which(ma.sc.score>0)) 522 | ig.pw<-graph_from_adjacency_matrix(ma.sc.score/sf,weighted = TRUE) 523 | E(ig.pw)$width<-E(ig.pw)$weight 524 | 525 | isolated<-names(degree(ig.pw))[degree(ig.pw) == 0] 526 | id.tmp<-which(unlist(V(ig.pw)$name) %in% isolated) 527 | ig.pw.tmp<-delete_vertices(ig.pw,id.tmp) 528 | return(ig.pw.tmp) 529 | } -------------------------------------------------------------------------------- /README.md: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | # GESTIA 2 | GEne Set Impact Analysis 3 | -------------------------------------------------------------------------------- /build/partial.rdb: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/yanshen2953/GESTIA/d25976609fb9b5fc1eedb26cbc342744a41f8cea/build/partial.rdb -------------------------------------------------------------------------------- /data/g.dl.rda: -------------------------------------------------------------------------------- https://raw.githubusercontent.com/yanshen2953/GESTIA/d25976609fb9b5fc1eedb26cbc342744a41f8cea/data/g.dl.rda -------------------------------------------------------------------------------- /man/GESTIA-package.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | \name{GESTIA-package} 2 | \alias{GESTIA-package} 3 | \alias{GESTIA} 4 | \docType{package} 5 | \title{ 6 | GEne Set Impact Analysis to measure upstream/downstream correlations of pathways 7 | } 8 | \description{ 9 | \packageDescription{GESTIA} 10 | } 11 | \details{ 12 | The main function of this package is gestia, which calculates a score to measure the upstream/downstream correlations of pathways. 13 | } 14 | \author{ 15 | \packageAuthor{GESTIA} 16 | 17 | Maintainer: \packageMaintainer{GESTIA} 18 | } 19 | \references{ 20 | https://github.com/yanshen2953/GESTIA 21 | } 22 | \keyword{ package } 23 | \examples{ 24 | #See vignettes for full calculation of GESTIA 25 | } 26 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/adjustImpactScore.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{adjustImpactScore} 4 | \alias{adjustImpactScore} 5 | \title{Adjust the impact score} 6 | \usage{ 7 | adjustImpactScore(impact.score, meanImpScore) 8 | } 9 | \arguments{ 10 | \item{impact.score}{The raw impact score} 11 | 12 | \item{meanImpScore}{the mean of the permutated impact score} 13 | } 14 | \value{ 15 | GESTIA score after adjustment 16 | } 17 | \description{ 18 | This function first check whether both of the impact score and permutated scores are 0, then adjust the normalized GESTIA score 19 | } 20 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/calculateMa.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{calculateMa} 4 | \alias{calculateMa} 5 | \title{Calculate matrix of pairwise pathway impact of row over column} 6 | \usage{ 7 | calculateMa(list.gs, ig.net, imCut = 0, penal.isolated = 0.1, 8 | plot = FALSE, n.permu = 30) 9 | } 10 | \arguments{ 11 | \item{list.gs}{The list of genes of each pathway/gene set.} 12 | 13 | \item{ig.net}{The global network} 14 | 15 | \item{imCut}{The cutoff of impact scores. Default 0} 16 | 17 | \item{penal.isolated}{The penalization factor for isolated genes. Default 0.1} 18 | 19 | \item{plot}{Whether to plot the splitted network. Default FALSE} 20 | 21 | \item{n.permu}{The number of permutations for calculation of empirical null distribution} 22 | } 23 | \value{ 24 | A list of two matrices, the normalized GESTIA scores and the p-values 25 | } 26 | \description{ 27 | A wrapper to calculate the GESTIA matrix of a list of pathways. The core input is the list of pathways 28 | } 29 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/core_rImp.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{core_rImp} 4 | \alias{core_rImp} 5 | \title{Calculation of the raw impact score} 6 | \usage{ 7 | core_rImp(ig.ab, degree.a, degree.b, rp.a.d, rp.b.d, rp.a.u, rp.b.u, 8 | penal.isolated = 0.1, cutImpactSub = 0, exportData = F) 9 | } 10 | \arguments{ 11 | \item{ig.ab}{The network of the two pathways} 12 | 13 | \item{degree.a}{The degree of each genes in pathway A} 14 | 15 | \item{degree.b}{The degree of each genes in pathway B} 16 | 17 | \item{rp.a.d}{The proportion of downstream genes for each gene in pathway A} 18 | 19 | \item{rp.b.d}{The proportion of downstream genes for each gene in pathway B} 20 | 21 | \item{rp.a.u}{The proportion of upstream genes for each gene in pathway A} 22 | 23 | \item{rp.b.u}{The proportion of upstream genes for each gene in pathway B} 24 | 25 | \item{penal.isolated}{The penalization factor for isolated genes. Default 0.1} 26 | 27 | \item{cutImpactSub}{The cutoff for impact score. Default 0} 28 | 29 | \item{exportData}{Whether to output details of the calculation. Default F} 30 | } 31 | \value{ 32 | A list containing: Raw GESTIA score, the impact score of A on B, and the impact score of B on A 33 | } 34 | \description{ 35 | Calculation of the raw impact score. The core of the GESTIA 36 | } 37 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/gestia.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{gestia} 4 | \alias{gestia} 5 | \title{GESTIA calculation} 6 | \usage{ 7 | gestia(g.tmp, d1.symbol, d2.symbol, penal.isolated = 0.1, 8 | cutImpact = 0, plot = FALSE, n.permu = 30, minGeneNum = 5, 9 | exportData = F) 10 | } 11 | \arguments{ 12 | \item{g.tmp}{Global network constructed from KEGG} 13 | 14 | \item{d1.symbol}{Gene names of pathway A} 15 | 16 | \item{d2.symbol}{Gene names of pathway B} 17 | 18 | \item{penal.isolated}{Penalization factor for isolated genes. Default 0.1} 19 | 20 | \item{cutImpact}{Cutoff for impact score. Scores less than this cutoff will be set to 0. Default 0.} 21 | 22 | \item{plot}{Whether to plot the splitted network. Default FALSE} 23 | 24 | \item{n.permu}{Number of permutations for calculating the empirical null distribution} 25 | 26 | \item{minGeneNum}{Cutoff for number of genes in pathways after id convertion} 27 | 28 | \item{exportData}{Whether to export detail of calculation result. Default FALSE.} 29 | } 30 | \value{ 31 | List of results including: p-value, Normalized score,ScoreA before normalization,ScoreB before normalization,Mean permutation A,Mean permutation B 32 | } 33 | \description{ 34 | The main function of GESTIA. 35 | } 36 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/giop.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{giop} 4 | \alias{giop} 5 | \title{Calculate each gene's impact(from pathway A) over pathwayB: gene impact over pathway->giop} 6 | \usage{ 7 | giop(ig.tmp, ids.1.tmp, ids.2.tmp, rp.2.tmp) 8 | } 9 | \arguments{ 10 | \item{ig.tmp}{The combined network of the two pathways} 11 | 12 | \item{ids.1.tmp}{The gene symbols of pathway A} 13 | 14 | \item{ids.2.tmp}{The gene symbols of pathway B} 15 | 16 | \item{rp.2.tmp}{The relative position of genes in pathway B, i.e. the proportion of downstream genes for each gene in pathway B} 17 | } 18 | \value{ 19 | A vector containing the impact of each gene in pathway A 20 | } 21 | \description{ 22 | Calculate the impact of each gene in pathway A on pathway B 23 | } 24 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/log2Transform.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{log2Transform} 4 | \alias{log2Transform} 5 | \title{Log transformation of the matrix} 6 | \usage{ 7 | log2Transform(ma, cut = 0.1) 8 | } 9 | \arguments{ 10 | \item{ma}{The matrix to be transformed} 11 | 12 | \item{cut}{The cutoff for each value in the matrix after transformation} 13 | } 14 | \value{ 15 | The matrix after transformation 16 | } 17 | \description{ 18 | Log transformation of the GESTIA matrix, with sign maintained. 19 | } 20 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/mergePw.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{mergePw} 4 | \alias{mergePw} 5 | \title{Merge two pathways' network} 6 | \usage{ 7 | mergePw(ig.all, list.pw) 8 | } 9 | \arguments{ 10 | \item{ig.all}{The global network} 11 | 12 | \item{list.pw}{A list of the pathways to merge. For example, list.pw[[1]] contains gene symbols of pathway A's genes.} 13 | } 14 | \value{ 15 | An igraph object of the merged network 16 | } 17 | \description{ 18 | Merge two pathways' network by deleting unrelated genes. This strategy can maintain the inter-pathway interactions. 19 | } 20 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/pValueCal.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{pValueCal} 4 | \alias{pValueCal} 5 | \title{Calculate p value} 6 | \usage{ 7 | pValueCal(score.a, score.b, a.permu, b.permu) 8 | } 9 | \arguments{ 10 | \item{score.a}{The raw impact score of pathway A on B} 11 | 12 | \item{score.b}{The raw impact score of pathway B on A} 13 | 14 | \item{a.permu}{The permutated impact scores of pathway A on B} 15 | 16 | \item{b.permu}{The permutated impact scores of pathway B on A} 17 | } 18 | \value{ 19 | p-value 20 | } 21 | \description{ 22 | Calculate the p-value based on the raw and permutated impact scores. 23 | } 24 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/perturb_pwPos.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{perturb_pwPos} 4 | \alias{perturb_pwPos} 5 | \title{Permutation of the inter-pathway interactions} 6 | \usage{ 7 | perturb_pwPos(g.ab, gss1, gss2) 8 | } 9 | \arguments{ 10 | \item{g.ab}{The network of the two pathways} 11 | 12 | \item{gss1}{The gene symbols of pathway A's genes} 13 | 14 | \item{gss2}{The gene symbols of pathway B's genes} 15 | } 16 | \value{ 17 | An igraph object of the permutated network of A and B 18 | } 19 | \description{ 20 | Randomly assign the edges between two pathways, maintains the number of edges in/out the pathways, remains the structure of each pathway 21 | } 22 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/prepareMaPlot.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{prepareMaPlot} 4 | \alias{prepareMaPlot} 5 | \title{Convert GESTIA score matrix to igraph object} 6 | \usage{ 7 | prepareMaPlot(ls.ma, pCut = 0.05, scoreCut = 0) 8 | } 9 | \arguments{ 10 | \item{ls.ma}{The list of two matrices, first is the GESTIA scores, second is the p-values} 11 | 12 | \item{pCut}{The cutoff for p-value} 13 | 14 | \item{scoreCut}{The cutoff for GESTIA score} 15 | } 16 | \value{ 17 | An igraph object of the GESTIA score matrix 18 | } 19 | \description{ 20 | Filter and then convert GESTIA score matrix to an igraph object, using the matrix as adjacency matrix 21 | } 22 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/relativeImpact2.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{relativeImpact2} 4 | \alias{relativeImpact2} 5 | \title{Calculate impact of pathway A over pathway B} 6 | \usage{ 7 | relativeImpact2(ig.all, degree.a, degree.b, rp.a.d, rp.b.d, rp.a.u, rp.b.u, 8 | penal.isolated = 0.1, cutImpactSub = 0, plot = FALSE, 9 | n.permu = 30, minGeneNum = 5, exportData = F) 10 | } 11 | \arguments{ 12 | \item{ig.all}{Global network constructed from KEGG} 13 | 14 | \item{degree.a}{The degree of genes in pathway A} 15 | 16 | \item{degree.b}{The degree of genes in pathway B} 17 | 18 | \item{rp.a.d}{The proportion of downstream genes of the genes in pathway A} 19 | 20 | \item{rp.b.d}{The proportion of downstream genes of the genes in pathway B} 21 | 22 | \item{rp.a.u}{The proportion of upstream genes of the genes in pathway A} 23 | 24 | \item{rp.b.u}{The proportion of upstream genes of the genes in pathway B} 25 | 26 | \item{penal.isolated}{The penalization factor for the isolated genes. Default is 0.1} 27 | 28 | \item{cutImpactSub}{The cutoff for impact score. Impact score smaller than this cutoff will be set to 0. Default 0.} 29 | 30 | \item{plot}{Whether to plot the splitted network of the two pathways. TRUE or FALSE. Default FALSE.} 31 | 32 | \item{n.permu}{Number of permutations for calculating the empirical null distribution. Default 30.} 33 | 34 | \item{minGeneNum}{The cutoff for number of genes in pathways. Pathways with less genes (after id conversion) than this cutoff will be disgarded.} 35 | 36 | \item{exportData}{Whether or not to export more details in the calculation. Default FALSE.} 37 | } 38 | \value{ 39 | List of results including: p-value, Normalized score,ScoreA before normalization,ScoreB before normalization,Mean permutation A,Mean permutation B 40 | } 41 | \description{ 42 | This function calls the core of the calculation function, and calculate the raw and permutated impact scores, then calculate p-value and GESTIA scores. 43 | } 44 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/relativePosition.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{relativePosition} 4 | \alias{relativePosition} 5 | \title{calculate the relative positions of genes in a pathway} 6 | \usage{ 7 | relativePosition(id.vertex, tmp.g) 8 | } 9 | \arguments{ 10 | \item{id.vertex}{A vector containing the names of the genes} 11 | 12 | \item{tmp.g}{An igraph object which was constructed from the global network by deleting the unrelated genes of the pathway} 13 | } 14 | \value{ 15 | A dataframe consisted of two variables, the first is the proportion of downstream genes, the second is the proportion of upstream genes. 16 | } 17 | \description{ 18 | Calculate the ratio of upstream/downstream genes in a pathway. For scattered pathway/gene set, the ratio is weighted by the proportion of the sub-graph. 19 | } 20 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/set_splitPwColor.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{set_splitPwColor} 4 | \alias{set_splitPwColor} 5 | \title{Set color for the splitted pathways for better visualization} 6 | \usage{ 7 | set_splitPwColor(ig.split, gss1, gss2, verticesColor = TRUE) 8 | } 9 | \arguments{ 10 | \item{ig.split}{The splitted network, an igraph object} 11 | 12 | \item{gss1}{The gene symbols of pathway A's genes} 13 | 14 | \item{gss2}{The gene symbols of pathway B's genes} 15 | 16 | \item{verticesColor}{Whether to paint the vertices with color. Default TRUE} 17 | } 18 | \value{ 19 | An igraph object with colors 20 | } 21 | \description{ 22 | Set the color for the vertices and edges in the splitted network. 23 | } 24 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/split_intersected_pathways.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{split_intersected_pathways} 4 | \alias{split_intersected_pathways} 5 | \title{Split two intersected pathways} 6 | \usage{ 7 | split_intersected_pathways(ig.all, genes1, genes2) 8 | } 9 | \arguments{ 10 | \item{ig.all}{The global network} 11 | 12 | \item{genes1}{The gene symbols of pathway A's genes} 13 | 14 | \item{genes2}{The gene symbols of pathway B's genes} 15 | } 16 | \value{ 17 | A list containing: the igraph object of the splitted network, the new genes1, the vector genes2 18 | } 19 | \description{ 20 | Split two intersected pathways by duplicating the shared genes. Genes1 will be modified to contain fake vertices with "fa_" 21 | } 22 | -------------------------------------------------------------------------------- /man/visual2pw.Rd: -------------------------------------------------------------------------------- 1 | % Generated by roxygen2: do not edit by hand 2 | % Please edit documentation in R/source_GESTIA.R 3 | \name{visual2pw} 4 | \alias{visual2pw} 5 | \title{Visualize two pathways' components} 6 | \usage{ 7 | visual2pw(ig.all, genesa, genesb, colorset = c("yellowgreen", "tomato", 8 | "gold"), isolated = FALSE, ly = c("kk", "fr", "random", "grid")) 9 | } 10 | \arguments{ 11 | \item{ig.all}{The global network} 12 | 13 | \item{genesa}{The gene symbols of pathway A} 14 | 15 | \item{genesb}{The gene symbols of pathway B} 16 | 17 | \item{colorset}{The color set for the shared genes, genes of pathway A, and the genes of pathway B. Default yellowgreen, tomato, gold} 18 | 19 | \item{isolated}{Whether to plot the isolated genes. Default FALSE} 20 | 21 | \item{ly}{Layout of the igraph. Available options: kk, fr, random, grid} 22 | } 23 | \value{ 24 | Plot directly. 25 | } 26 | \description{ 27 | Visualization of two pathways. 28 | } 29 | --------------------------------------------------------------------------------